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データベースのレコード一覧 (件数: 2572)
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生物種
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地域
その他
運用機関:
College of informatics, HZAU
生物種:
Homo sapiens
説明:
代替ポリアデニル化（APA）に対する一塩基多型（SNP）の影響を調査するためのデータベースです。 SNP2APAでは次のようなデータの閲覧、検索が可能です。
・さまざまな種類のがんのcis-apaQT...
運用機関:
Department of Biochemistry, University of Sherbrooke
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトsnoRNAのデータベースです。各snoRNAについてシノニム、Boxタイプ、位置、塩基配列、オルソログ、外部データベースへのIDリンク、ホスト遺伝子、相互作用や発現のデータを収録しています。一覧...
運用機関:
神戸大学
生物種:
Cornaceae | Alseuosmiaceae | Argophyllaceae | Asteraceae | Calyceraceae | ...
説明:
キク目に含まれる13科の分類・系統・進化の解明に必要な情報を集めたデータベースです。植物名(学名、ラテン語)、科以下の分類ランク名 (亜科、連、亜連、属、種、亜種、変種)、染色体数、DNA量、核及び葉...
運用機関:
厚生労働省 医薬・生活衛生局
生物種:
説明:
厚生労働省医薬・生活衛生局が運営する薬の製造、使用、健康被害などに関わる制度や統計のポータルサイトです。薬関連の法令や通知のデータベース、医薬品や副作用に関する情報サイト、薬に関する統計（厚生労働省保...
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
Homo sapiens
説明:
アメリカ食品医薬品局 （FDA） が運用している医薬品の有害事象（副作用）レポートシステムFAERS の公開データを検索するサイトです。医薬品一覧、副作用一覧、疾患一覧、難病一覧からの検索や医薬品名、...
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
説明:
SARS-CoV-2タンパク質の構造ドメインの2D NMRスペクトルのデータベースです。産総研細胞分子生物工学研究所が無細胞発現タンパク質発現系を利用して発現および精製に成功したSARS-CoV-2タ...
運用機関:
国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構
生物種:
Viridiplantae
説明:
農研機構で開発された品種のデータベースです。食用作物、工芸作物、野菜、果樹、飼料作物、花き・鑑賞作物、バイオマス作物について、品種の名称、形状や病害抵抗性などの主要特性、品種出願登録番号、公開日、交配...
運用機関:
国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構
生物種:
Solanum lycopersicum | Fragaria x ananassa | Cucumis sativus | Solanum melongena
説明:
農作物の病害虫の被害画像を公開するデータベースです。農林水産省戦略的プロジェクト研究推進事業「AIを活用した病害虫診断技術の開発」において収集された、トマト、イチゴ、キュウリ、ナスの病害虫による被害画...
運用機関:
一般社団法人日本病理学会
生物種:
Homo sapiens
説明:
日本病理学会が運営する病理画像の症例登録システムです。Japan Pathology Artificial Intelligence Diagnostics Project （JP-AID） として全...
運用機関:
厚生労働省 国立感染症研究所
生物種:
Bacilli | Betaproteobacteria | Clostridia | Epsilonproteobacteria | Gammaproteobacteria | ...
説明:
病原体ゲノム情報と疫学調査解析 （年・地域・由来） を統合したデータベースです。感染症法に規定される35菌種のゲノム情報をNCBIの公開データから収集、解析し、生物種ごとにプロジェクト名（NCBIリン...
運用機関:
ZMNH Institute of Medical Systems Biology
生物種:
Homo sapiens | Bos taurus | Mus musculus | Rattus norvegicus | Caenorhabditis elegans | ...
説明:
低分子RNA （miRNA、piRNA、snoRNA、snRNA、siRNA）に関するデータベースです。 多くの疾患データセットや高品質の予測miRNAを含む公開されたデータをOasis2で再分析した...
運用機関:
国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構 基盤技術研究本部 農業情報研究センター
生物種:
Vigna angularis | Fragaria x ananassa | Oryza sativa | Castanea crenata | Ipomoea batatas | ...
説明:
作物の系譜情報を収録したデータベースです。アズキ、イチゴ、イネ、クリ、サツマイモ、ニホンナシ、リンゴについて、系譜情報を交雑育種（母系、父系)やその他の育種方法で色分けし、名称、品種や地方系統などのタ...
運用機関:
Research Center of Basic Medical Sciences, Tianjin Medical University
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトのさまざまな組織/細胞タイプにおける分子形質のゲノムワイドなQTL情報を集めたデータベースです。遺伝子やタンパク質の発現、DNAメチル化、ヒストン修飾、スプライシング、クロマチンのアクセスビリティ...
運用機関:
Beijing Agro-Biotechnology Research Center, BAAFS
生物種:
Chlorophyta | Embryophyta
説明:
植物における機能的なmiRNAの包括的なデータベースです。 緑藻から被子植物まで180近くの種におけるmiRNA情報が集約されています。全ゲノムシークエンスとゲノムアノテーションはNCBI、Phyto...
運用機関:
Shanghai Children's Hospital, Shanghai Jiao Tong University
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトの遺伝的修飾因子に関するデータベースです。 修飾因子となる遺伝子のバリアント情報、dbSNP ID、ターゲットとなる疾患や表現型、修飾因子の効果などを、文献から手動で収集しています。ヒトの遺伝子名...
運用機関:
National Cancer Institute at Frederick
生物種:
Equus caballus | Homo sapiens | Mus musculus | Rattus | Canis lupus familiaris | ...
説明:
non-B DBは、ワトソン・クリックの右巻き二重らせん構造（B-DNA構造）を取らないnon-B DNAの情報を集めたデータベースです。このDBでは、ゲノム上でnon-B DNA構造をとる可能性があ...
運用機関:
Department of Biochemistry, Eötvös Loránd University
生物種:
Homo sapiens | Eukaryota | Drosophila melanogaster | Saccharomyces cerevisiae | Caenorhabditis elegans | ...
説明:
生きた細胞内で液-液相分離を引き起こすタンパク質のデータベースです。タンパク質ごとにコードする遺伝子名、由来生物種名、形成する「膜のないオルガネラ (Membraneless organelles)」...
運用機関:
Peking University
生物種:
Homo sapiens | Metazoa | Dictyostelium discoideum | Tetrahymena thermophila | Trypanosoma brucei brucei | ...
説明:
細胞内に液液相分離（LLPS）によって形成された機能的区画やmembraneless organellesに関連するphase separation associated proteinsのデータベー...
運用機関:
富山大学 和漢医薬学総合研究所
生物種:
Viridiplantae
説明:
漢方など天然薬の作用機序や科学的データを統合するデータベースです。漢方処方（日本語名、伝統薬データベースへのリンク）、生薬情報、構成する天然化合物、標的となるタンパク質や遺伝子の科学的リソース情報を収...
運用機関:
EMBL-EBI
生物種:
Arabidopsis thaliana | Caenorhabditis elegans | Candida albicans | Danio rerio | Dictyostelium discoideum | ...
説明:
AlphaFoldによって予測されたタンパク質の3次元構造を収録したデータベースです。各タンパク質について、UniProtから取得した基本情報とアミノ酸配列、残基ごとの信頼性メトリック（pLDDT）で...
運用機関:
広島大学大学院統合生命科学研究科
生物種:
Bacteria
説明:
Kraken2によるメタゲノムデータ解析で使える16S RNA配列データセットです。Taxonomy ID, Accession No, Definitionと配列情報がfastaファイルで提供されて...
運用機関:
National Genomics Data Center, Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences
生物種:
Bacteria | Archaea
説明:
原核生物の18種類の抗ウイルス防御機構に関係する遺伝子のデータベースです。30000種以上の原核生物の系統ごとに、Assembly accession、各防御機構に関係する遺伝子の数、それらのGene...
運用機関:
Lécuyer Lab, Institut de Recherches Cliniques de Montéral
生物種:
Homo sapiens | Caenorhabditis elegans | Danio rerio | Drosophila melanogaster | Mus musculus
説明:
ヒトやマウスなど5種類の生物のRNA結合タンパク質の推定結合ドメインのデータベースです。各RNA結合タンパク質について、生物種、コードする遺伝子名、モチーフ名、モチーフのゲノム上の位置情報、種特異性の...
運用機関:
Institute of Structural and Molecular Biology, Birkbeck College
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトの生殖細胞系列変異のデータベースです。世界の研究者から提出された配列データを国際がん研究機関（IARC）が検証し、信頼性が認められた変異について、IMGTの定めた配列名、全体の配列、コーディング領...
運用機関:
Huazhong Agricultural University, College of Informatics
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトのncRNA（non-coding RNA）発現に影響を与えるSNPに関する情報のデータベースです。TCGA (The Cancer Genome Atlas) のデータから、33種類のがんそれぞ...
運用機関:
特定国立研究開発法人理化学研究所
生物種:
Homo sapiens
説明:
化合物に応答したプロテオーム解析の結果をまとめたデータベースです。がんの代謝阻害剤を含む化合物を暴露した細胞の2D-DIGEを用いたプロテオーム解析により、プロテオームの変動を分析しています。得られた...
運用機関:
奈良先端科学技術大学院大学
生物種:
Homo sapiens
説明:
疾病や身体の異常の指標となるバイオマーカー情報を集めたデータベースです。バイオマーカーについて、名称（物質名）、指標になる疾病、マーカーのタイプ（タンパク質または代謝物）を文献から収集しています。キー...
運用機関:
広島大学 薬学部
生物種:
Homo sapiens
説明:
Phos-tag SDS-PAGE によるタンパク質リン酸化解析データを収集したデータベースです。広島大学医薬分子機能科学研究室が開発したリン酸化アニオン認識分子Phos-tagを用いるSDS-PAG...
運用機関:
イモリネットワーク
生物種:
Cynops pyrrhogaster
説明:
アカハライモリの遺伝子配列情報データベースです。正常時および体の再生時に発現する遺伝子の配列や実験についての文献情報を収録しています。プロテオーム、De novo assembledトランスクリプトー...
運用機関:
大阪府立大学
生物種:
Ephemeroptera | Odonata | Plecoptera | Hemiptera | Megaloptera | ...
説明:
日本産水生生物類デジタルデータ集です。大阪府立大学 河川メタゲノム研究グループが採集・収集した日本産水生生物類の生体試料について個体全体および種判別に特徴的な形態部分の写真と種判別マーカーとなるDNA...
運用機関:
生物種:
Homo sapiens
説明:
アルツハイマー病（AD）患者死後脳で測定された様々なオミックスデータ(一塩基多型(SNP)、コピー数多型(CNV)、mRNA量、マイクロRNA量など) を再解析し、統合するデータベースです。2021年...
運用機関:
LINK-Group
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトの細胞における転座タンパク質 (translocating proteins) に関するデータベースです。文献から手動でキュレートした局在、輸送メカニズム、生体活性、病理的役割、相互作用、構造特性...
運用機関:
College of Life Science and Technology, Huazhong Agricultural University
生物種:
Bos taurus | Caenorhabditis | Danio rerio | Drosophila | Equus caballus | ...
説明:
性関連遺伝子 (SAG) に関するトランスクリプトームデータを整理したデータベースです。遺伝子ID、生物種、遺伝子タイプ、染色体上の位置、組織ごとや発生ステージによる発現量の比較、タンパク質情報、GO...
運用機関:
EMBL-EBI
生物種:
All
説明:
種々生物のゲノム内に機能的一連のタンパク質（パスウェイを構成するタンパク質など）がどの程度まとまって存在するかの情報（Genome Properties）を算出した結果を収録しており、任意のゲノムにコ...
運用機関:
Boyce Thompson Institute (BTI), Cornell University
生物種:
Cucurbitaceae
説明:
メロン、キュウリ、スイカ、カボチャ、ヒョウタンなどのウリ科植物のゲノムデータベースです。全ゲノム情報、RNA-seqコレクション、ESTのデータを収録しています。各生物種ごとに遺伝子名やキーワードによ...
運用機関:
Bioinformatics Institute (BII), A*STAR
生物種:
All
説明:
アロステリックタンパク質やそのシグナル伝達のデータベースです。タンパク質のPDB ID、遺伝子名、残基数などの情報を収録しており、各タンパク質の３次元構造と、結合／変異サイトの位置やアミノ酸位置、アロ...
運用機関:
Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), Switzerland
生物種:
Bacillus subtilis | Brucella suis | Burkholderia pseudomallei K96243 | Burkholderia thailandensis E264 | Chlamydophila caviae | ...
説明:
遺伝子発現調節部位についてのゲノムワイドアノテーションを収載したデータベースです。モデル生物全体のプロモーター領域にある調節モチーフ、プロモーター、およびTF結合部位（TFBS）のゲノムワイドなアノテ...
運用機関:
European Medicines Agency, London, United Kingdom
生物種:
Homo sapiens
説明:
2004 年 5 月 1 日以降に欧州連合（EU）または欧州経済地域（EEA）において開始された医薬品に関する介入的臨床試験に関する情報を収載したレジストリです。
運用機関:
European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ センター, National Center for Biotechnology Information (NCBI)
生物種:
All
説明:
本サイトは、３大DNAデータベースであるDDBJ、ENA(European Nucleotide Archive)、 NCBIの協力で運営されるINSDC(International Nucleoti...
運用機関:
European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), National Center for Biotechnology Information (NCBI)
生物種:
Homo sapiens
説明:
ゲノム、転写産物、タンパク質のリファレンス配列のデータベースです。臨床に関連する変異配列を報告するためのリファレンス配列を、 NCBI（RefSeq）とEMBL-EBI（Ensembl / GENCO...
運用機関:
国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構
生物種:
bacteria | Fungi | Nematoda
説明:
全国各地の農耕地で収集された土壌物理・化学性、作物栽培様式、 およびその畑土壌由来の eDNA （environmental DNA） 解析情報を収納した 「国内初の農耕地 eDNA バンク」です。
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ センター
生物種:
All
説明:
BioSample は実験データを得るために使われた生物試料 (サンプル) についての情報を管理するデータベースです。データは DDBJ，EBI と NCBIのBioSample データベース間で共有...
運用機関:
医薬品規制調和国際会議（ICH）
生物種:
説明:
MedDRAは人間が使用する医薬品の規制情報を国際的に共有しやすくするために作成された、標準化された国際医療用語集です。英語版の他に、中国語、チェコ語、オランダ語、フランス語、ドイツ語、ハンガリー語、...
運用機関:
Monarch Initiative
生物種:
Homo sapiens
説明:
疾病の定義を統合して構築したオントロジーです。疾病を定義しデータモデルを収録している多くのデータベース（HPO、OMIM、SNOMED CT、ICD、PhenoDB、MedDRA、MedGen、ORD...
運用機関:
McDonnell Genome Institute, Washington University School of Medicine
生物種:
Homo sapiens
説明:
DGIdbは薬物と遺伝子の相互作用および創薬可能なゲノム資源に関するデータベースです。 DrugBank、PharmGKB、Chembl、Drug Target Commons、TTDなど、様々な論文...
運用機関:
Genome Aggregation Database Consortium
生物種:
Homo sapiens
説明:
大規模シーケンスプロジェクトから得られた、エクソーム、ゲノムシーケンスのデータベースです。さまざまな疾患特異的および集団遺伝学研究の一部として配列決定された個人からのエクソーム配列と全ゲノム配列を収録...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information (NCBI)
生物種:
Homo sapiens
説明:
遺伝医学に関連する症状や表現型に関する情報を集約したポータルデータベースです。NIHのGTR、UMLS、HPO、Orphanet、ClinVar、その他のソースから得られた用語を概念に集約し、一意の識...
運用機関:
The Jackson Laboratory
生物種:
Homo sapiens
説明:
The Human Phenotype Ontology (HPO) はヒトの疾患に関連する形質の標準化された語彙を提供しています。医学論文、Orphanet、DECIPHER,やOMIMを基に開発さ...
運用機関:
The McDonnell Genome Institute, Washington University School of Medicine
生物種:
Homo sapiens
説明:
CIViCは癌におけるバリアントの臨床的解釈のための知識ベースです。遺伝性および体細胞性の全てのタイプの癌におけるバリアント情報と、その治療、予後、診断、素因への関連性を、専門家によるクラウドソーシン...
運用機関:
情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター
生物種:
Homo sapiens
説明:
NanbyoDataは難病オントロジー（Nanbyo Disease Ontology, NANDO）を介して国内外の難病関連情報を集積したサイトです。日本の難病関連制度である指定難病・小児慢性特定疾...
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統合TVにて解説動画が公開されています (2017年10月04日 版）