データベースのレコード一覧 (件数: 2607)
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運用機関:
バイオバンク・ジャパン, 大阪大学医学系研究科
生物種:
Homo sapiens
説明:
疾患バイオバンクであるBioBank Japan Project (BBJ) で得られた日本人のgenome-wide association study (GWAS) 結果の概要を公開するデータシェ...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所
生物種:
Saccharomycetales
説明:
理化学研究所バイオリソース研究センター微生物材料開発室（JCM）が保有する菌株の特性に基づいた酵母のリストです。The Yeasts, a taxonomic study 第５版に基づきGalacto...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所
生物種:
Saccharomycotina | Pezizomycotina | Ustilaginomycotina | Pucciniomycotina | Agaricomycotina | ...
説明:
理化学研究所バイオリソース研究センター微生物材料開発室（JCM）が保有する一般真核微生物株のドラフトゲノム配列とリソース情報のデータベースです。NBRPプログラムによりライフサイエンス技術基盤研究セン...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所
生物種:
Homo sapiens | Gallus gallus | Rattus norvegicus | Canis lupus | Macaca fascicularis
説明:
FANTOMは、ゲノムDNAから転写されているRNAの機能をカタログ化することを目的として2000年に発足した理化学研究所が主催する国際研究コンソーシアムです。
第６期 (FANTOM6)では、ヒト...
運用機関:
鹿児島大学 総合研究博物館
生物種:
Tracheophyta
説明:
鹿児島大学総合研究博物館植物標本室が収蔵する植物標本のデータベースです。学名、和名、採集情報、同定情報、タイプ情報、標本のスキャン画像を収録しています。科・属・種・和名による検索が可能です。
運用機関:
日本大学 松戸歯学部
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトの口腔病理画像のデータベースです。パパニコロウ染色による細胞診画像および舌の経口剥離細胞診画像を収録しています。
運用機関:
東京大学医学部附属病院
生物種:
Homo sapiens
説明:
免疫細胞で遺伝子多型の遺伝子発現に与える影響をデータベースにしたものです。日本人の末梢血サンプルを用いて、免疫細胞28種の遺伝子発現を定量化し、全ゲノムシークエンスで得られたゲノム情報と関連解析を行う...
運用機関:
広島市立大学
生物種:
説明:
ヘムタンパク質の構造と機能を統合するためのデータベースです。このデータベースには6000以上のPDBエントリーから取得した16000以上のヘムタンパク質の構造と歪みや配位子、機能などのデータ、および歪...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所
生物種:
Mus musculus
説明:
”誕生日タグづけ”法によるマウスの脳画像データベースです。このデータベースには、マウス胚で同時期に分化した神経細胞群を可視化した全脳切片画像が含まれています。発生過程で、短時間の薬剤投与中に分化した神...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所
生物種:
Arabidopsis thaliana | Brachypodium distachyon | Populus nigra | Oryza sativa | Lotus japonicus | ...
説明:
理化学研究所バイオリソース研究センター（BRC）実験植物開発室が提供する植物リソースのデータベースです。代表的な実験植物のシロイヌナズナとミナトカモジグサの種子のほか、多様なモデル植物の培養細胞と遺伝...
運用機関:
国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所
生物種:
Enterobacteriaceae
説明:
健康な人を対象とした腸内細菌叢のデータベースです。16S rRNA遺伝子アンプリコンシーケンシングとショットガンメタゲノムシーケンシングの腸内細菌叢データに加え、食事や摂取栄養素、身体活動などの生活習...
運用機関:
Warwick Medical School, University of Warwick
生物種:
Salmonella | Escherichia | Shigella | Mycobacterium | Vibrio | ...
説明:
腸内細菌のゲノムデータベースです。サルモネラ菌、大腸菌、赤痢菌、マイコバクテリウム、ビブリオ属、エルシニア属、ヘリコバクター、モラクセラの各strainごとにメタデータ、ゲノム配列、推定されたジェノタ...
運用機関:
東京海洋大学
生物種:
All
説明:
JEDI System/OCEANS DBは、海洋プランクトンの画像と環境モニタリングデータを含むデータベースです。伊豆大島・波浮港(北緯34度40分58.5秒，東経139度26分39.7秒, 水深約...
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
Homo sapiens
説明:
RNAapt3Dは、RNAアプタマーのデータベースであり、RNA配列や2次/3次構造情報、標的タンパク質、RNA-タンパク質の相互作用ネットワーク情報を含んでいる。RNAアプタマーの3次構造は、与えら...
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
Homo sapiens
説明:
薬剤の投与により細胞内で起こるパスウェイの変化をまとめたデータベースです。産業技術総合研究所 細胞分子生物工学研究所が独自開発したタンパク質リン酸化測定および解析技術を用いて全94化合物に対して２つの...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
説明:
統合的な化学情報データベースです。化学物質とその生物活性に関する情報を収録したPubChem Substance、医薬品名やその効能、LogP値などの物性値や類似構造を持つ別の化合物の情報を収録したP...
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ センター
生物種:
説明:
メタボロミクスデータの登録を受付ける公共リポジトリです。 質量分析、NMR、もしくは質量分析イメージングによって得られたデータファイルやメタデータを収録しています。GC-MS、LC-MS、LC-PDA...
運用機関:
Geneva Antibody Facility, University of Geneva
生物種:
All
説明:
配列を決定した抗体（主に組換え抗体） のデータベースです。文献や特許、タンパク質構造データ、大規模なファージディスプレイ法やハイブリドーマ配列解析プロジェクトの論文やリポジトリから、マニュアルキュレー...
運用機関:
国立科学博物館
生物種:
Tracheophyta | Ascomycota
説明:
ミャンマーの植生標本データベースです。国立科学博物館、東京大学、ミャンマー天然資源環境保全省に寄託された植物標本について、生物種、採集者、採集地の情報と標本の写真を収録しています。生物種、採集地などに...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 環境資源科学研究センター
生物種:
Sorghum bicolor
説明:
モロコシ（Sorghum bicolor） の遺伝子発現データベースです。モロコシの植物体全体の５つの発生段階と花の３つの成長段階から、標準化された完全長cDNAライブラリを作成してESTを取得したデ...
運用機関:
お茶の水女子大学 理学部, 早稲田大学 理工学術院
生物種:
All
説明:
生物発光のデータベースです。発光生物がもつ発光タンパク質を文献から検索し、生物種と生息域、発光タンパク質とその構造、リガンド、波長についての情報を統合しています。生物種の情報はWikipediaに、タ...
運用機関:
The Isambert Lab, Institute Curie
生物種:
Vertebrata | Oryzias latipes | Tetraodon nigroviridis | Gasterosteus aculeatus | Danio rerio
説明:
全ゲノム重複（whole genome duplication: WGD）に由来する遺伝子重複（オーノログ） のデータベースです。27種の脊椎動物ゲノムについてオーノログのファミリーやペアとその確から...
運用機関:
CSIR-Centre for Cellular & Molecular Biology (CCMB)
生物種:
All
説明:
マイクロサテライト（単純反復配列）のデータベースです。12種のモデル生物を含む4万を超える生物種について、SSRの染色体位置、繰り返しの種類、繰り返しの長さ、関連遺伝子の情報などを収録しています。UC...
運用機関:
Koch Institute for Integrative Cancer Research at MIT, University of Illinois at Chicago
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
細胞外マトリックス (ECM) に関するプロテオームデータを統合するデータベースです。 コラーゲン、ECM糖タンパク質、プロテオグリカンなどECMの主要物質や、生体サンプル（ヒト、マウス、異種移植）、...
運用機関:
Johns Hopkins School of Medicine
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Drosophila melanogaster | Caenorhabditis elegans | Danio rerio | ...
説明:
エンハンサーアノテーションを提供するデータベースです。 ヒト（hg19）、マウス（mm9）、ハエ（dm3）、線虫（ce10）、ゼブラフィッシュ（danRer10）、ラット（rn5）、酵母（sacCer...
運用機関:
University of Southern California
生物種:
All
説明:
DNA-タンパク質複合体の構造解析のためのデータベースです。 構造データ、構造処理パイプライン、Web ベースの視覚化ツールで構成されています。 データベースには、Protein Data Bank ...
運用機関:
University of Texas Health Science Center at Houston (UTHealth)
生物種:
Hepatitis B virus | Human papillomavirus | Human gammaherpesvirus 4 | Adeno-associated virus - 2 | Human immunodeficiency virus | ...
説明:
ヒトゲノムに組み込まれたウィルスの統合位置と関連情報のデータベースです。 5 つの DNA 腫瘍ウィルス (HBV、HPV、EBV、MCV、AAV2) と 4 つの RNA レトロウィルス (HIV、...
運用機関:
Faculty of Engineering, Bar Ilan University, Institute of Structural and Molecular Biology, Birkbeck College
生物種:
Homo sapiens | Macaca mulatta | Macaca fascicularis
説明:
適応免疫の受容体遺伝子、遺伝子型、ハプロタイプのデータベースです。 特定の集団で特に代表される対立遺伝子及び遺伝子を検出できます。適応免疫受容体レパートリー （adaptive immune rece...
運用機関:
College of Pharmaceutical Sciences, Zhejiang University
生物種:
Homo sapiens | Rattus | Mus musculus | Canis lupus familiaris | Danio rerio | ...
説明:
薬剤トランスポーターとその多様性に関するデータベースです。薬剤トランスポーターに関する遺伝子、タンパク質名、トランスポーターの配列や３D構造、結合する薬剤の名称、関連疾患、およびエピゲノミクスや遺伝子...
運用機関:
国立大学法人九州大学 有体物管理センター
生物種:
All
説明:
研究成果として得られた研究材料・遺伝資源などの有体物（マテリアル）の情報を公開するデータベースです。九州大学を中心に、宮崎大学、京都大学などが保有している植物や動物、微生物、遺伝子・タンパク質，抗体な...
運用機関:
西南女学院大学
生物種:
説明:
医療記録の分かち書きを支援するための実践医療用語辞書です。形態素解析器Mecabのユーザ辞書として使用できます。分かち書き結果から合成語を生成するツール「GoMusubi」も提供しています。
また，...
運用機関:
一般財団法人 医薬品医療機器レギュラトリーサイエンス財団
生物種:
説明:
医薬品規制調和国際会議 （ICH） の専門家ワーキンググループ （EWG) で開発され、ICHとして合意された医学用語集であるMedDRAに日本語を付加した用語集です。MedDRA英日版と同様に多言語...
運用機関:
一般財団法人 医療情報システム開発センター
生物種:
説明:
標準病名や標準医薬品コードなど医療情報に係わる用語の標準マスターデータベースです。病名マスター（ICD10対応標準病名マスター）、手術・処置マスター、臨床検査マスター（生理機能検査を含む）、医薬品HO...
運用機関:
University of Texas Health Science Center at Houston
生物種:
Homo sapiens
説明:
形質に関連する組織特異性のデータベースです。組織特異的エンリッチメント分析（tissue-specific enrichment analysis; TSEA）を行った形質コレクションと、（1）手動キ...
運用機関:
Helmholz-Zentrum for Environmental Research
生物種:
terrestrial metagenome | Bacteria
説明:
陸生のマイクロバイオーム研究に関わるメタゲノムデータのレポジトリとしてメタデータを収録しているデータベースです。主要レポジトリである MG-RAST と Sequence Read Archive (...
休止
SyntDB
運用機関:
Faculty of Biology, Adam Mickiewicz University
生物種:
Primates
説明:
霊長類間で保存されているヒトの長鎖ノンコーディングRNAのデータベースです。各レコードには、Ensembl ID、遺伝子ID、転写産物のタイプ、類似RNA、lncRNA情報、発現、配列、疾患や相互作用...
運用機関:
College of informatics, HZAU
生物種:
Homo sapiens
説明:
代替ポリアデニル化（APA）に対する一塩基多型（SNP）の影響を調査するためのデータベースです。 SNP2APAでは次のようなデータの閲覧、検索が可能です。
・さまざまな種類のがんのcis-apaQT...
運用機関:
Department of Biochemistry, University of Sherbrooke
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトsnoRNAのデータベースです。各snoRNAについてシノニム、Boxタイプ、位置、塩基配列、オルソログ、外部データベースへのIDリンク、ホスト遺伝子、相互作用や発現のデータを収録しています。一覧...
運用機関:
神戸大学
生物種:
Cornaceae | Alseuosmiaceae | Argophyllaceae | Asteraceae | Calyceraceae | ...
説明:
キク目に含まれる13科の分類・系統・進化の解明に必要な情報を集めたデータベースです。植物名(学名、ラテン語)、科以下の分類ランク名 (亜科、連、亜連、属、種、亜種、変種)、染色体数、DNA量、核及び葉...
運用機関:
厚生労働省 医薬・生活衛生局
生物種:
説明:
厚生労働省医薬・生活衛生局が運営する薬の製造、使用、健康被害などに関わる制度や統計のポータルサイトです。薬関連の法令や通知のデータベース、医薬品や副作用に関する情報サイト、薬に関する統計（厚生労働省保...
休止
mFAERS
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
Homo sapiens
説明:
アメリカ食品医薬品局 （FDA） が運用している医薬品の有害事象（副作用）レポートシステムFAERS の公開データを検索するサイトです。医薬品一覧、副作用一覧、疾患一覧、難病一覧からの検索や医薬品名、...
休止
SARS-Cov2NMR Protein DB: SARS (severe acute respiratory syndrome) -CoV2 Protein NMR Database
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
説明:
SARS-CoV-2タンパク質の構造ドメインの2D NMRスペクトルのデータベースです。産総研細胞分子生物工学研究所が無細胞発現タンパク質発現系を利用して発現および精製に成功したSARS-CoV-2タ...
運用機関:
国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構
生物種:
Viridiplantae
説明:
農研機構で開発された品種のデータベースです。食用作物、工芸作物、野菜、果樹、飼料作物、花き・鑑賞作物、バイオマス作物について、品種の名称、形状や病害抵抗性などの主要特性、品種出願登録番号、公開日、交配...
運用機関:
国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構
生物種:
Solanum lycopersicum | Fragaria x ananassa | Cucumis sativus | Solanum melongena
説明:
農作物の病害虫の被害画像を公開するデータベースです。農林水産省戦略的プロジェクト研究推進事業「AIを活用した病害虫診断技術の開発」において収集された、トマト、イチゴ、キュウリ、ナスの病害虫による被害画...
運用機関:
一般社団法人日本病理学会
生物種:
Homo sapiens
説明:
日本病理学会が運営する病理画像の症例登録システムです。Japan Pathology Artificial Intelligence Diagnostics Project （JP-AID） として全...
休止
gGENEPID: Global Genome Epidemiology Database
運用機関:
厚生労働省 国立感染症研究所
生物種:
Bacilli | Betaproteobacteria | Clostridia | Epsilonproteobacteria | Gammaproteobacteria | ...
説明:
病原体ゲノム情報と疫学調査解析 （年・地域・由来） を統合したデータベースです。感染症法に規定される35菌種のゲノム情報をNCBIの公開データから収集、解析し、生物種ごとにプロジェクト名（NCBIリン...
運用機関:
ZMNH Institute of Medical Systems Biology
生物種:
Homo sapiens | Bos taurus | Mus musculus | Rattus norvegicus | Caenorhabditis elegans | ...
説明:
低分子RNA （miRNA、piRNA、snoRNA、snRNA、siRNA）に関するデータベースです。 多くの疾患データセットや高品質の予測miRNAを含む公開されたデータをOasis2で再分析した...
運用機関:
国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構 基盤技術研究本部 農業情報研究センター
生物種:
Vigna angularis | Fragaria x ananassa | Oryza sativa | Castanea crenata | Pyrus pyrifolia var. culta | ...
説明:
作物の系譜情報を収録したデータベースです。アズキ、イチゴ、イネ、クリ、サツマイモ、ニホンナシ、リンゴについて、系譜情報を交雑育種（母系、父系)やその他の育種方法で色分けし、名称、品種や地方系統などのタ...
運用機関:
Research Center of Basic Medical Sciences, Tianjin Medical University
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトのさまざまな組織/細胞タイプにおける分子形質のゲノムワイドなQTL情報を集めたデータベースです。遺伝子やタンパク質の発現、DNAメチル化、ヒストン修飾、スプライシング、クロマチンのアクセスビリティ...
本カタログの使い方
統合TVにて解説動画が公開されています (2017年10月04日 版）