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本カタログについて

 

Integbioデータベースカタログとは

Integbioデータベースカタログでは文部科学省、厚生労働省、農林水産省、経済産業省の4省による、生命科学系データベースの統合の一環として国内外の生命科学系データベースの所在情報と、データベースについての説明や生物種などのさまざまな属性情報 (メタデータ)をまとめたリストを提供しています。生命科学系データベース統合の取り組みの詳細についてはintegbio.jpをご覧ください。また、国内データベースの所在情報を広く国外に発信すると共に国外のデータベース情報を収集するため、国際的な生命科学系データベース情報を収集・公開しているFAIRsharingと2017年から連携し、データベース情報の交換を行っています。FAIRsharingの活動については類似サイトリンク集のページのFAIRsharingの欄をご覧下さい。

カタログ収録の範囲

本カタログでは以下の既存のデータベースリストのエントリーを照合し、記載内容の統合を行ったものをレコードとして収録しています。今後も継続的に各省と協力し、省や専門領域の枠を越えた国内の生命科学系データベース情報の網羅を目指しています。また海外で運用されているデータベースについては、FAIRsharingと連携することによって国際的に主要なデータベース情報を収集することに努めています。

＊ 本カタログには、NBDCがIntegbio.jp として独自に管理し提供しているレコード (以下「Integbio.jp由来レコード」) と、FAIRsharing.orgから提供を受けたデータベース情報を元にNBDC側で独自データを加え再編したレコード (以下「FAIRsharing.org由来レコード」) の２種類があります。２種のデータは利用許諾の条件が異なるため、「ご利用にあたって」を精読の上ご利用ください。

 

＜本カタログに収録されている既存のデータベースリスト＞

レコードの作成

本カタログのレコードは本事業の関係者が公開されている情報などをもとに作成しています。

＜レコードの記述項目＞ (記載例: KNApSAck Family)

記述項目 記述内容 備考
基本情報
ID NBDC ID NBDCが付与した管理ID
名称 データベースの名称
別称 データベースの別称
URL データベースをWebで公開している場合、そのURL
運用機関名 現在データベースを運用している機関名
運用機関所在国•地域 運用機関が所在する国及び地域名 コンソーシアムで運用しており運用機関の所在国を定めるのが難しい場合は"Global"としています。
説明 データベースの説明
生物種 データベースが扱う生物種のTaxonomy NameとNCBI TaxnomyのID
タグ (対象) データベースに収録された主要データの対象を示すタグ 下記のタグ一覧を参照のこと
タグ (データの種類) データベースに収録された主要データの種類を示すタグ 下記のタグ一覧を参照のこと
論文等 (PubMed ID/DOI) データベースに関連した論文のPubMed IDまたはDOI データベースの作成事実や内容を発表した論文を中心に調査していますが、他の観点からの論文も含まれる場合があることをご了承ください。
言語 データベースの内容の記載に使用されている言語
稼動状況 データベースの稼動状況 以下の4つのステータスに分類されます。
1.【稼動中】データベースサイトにアクセス可能な場合
2.【休止】データベースサイトにアクセスできない場合
3.【公開停止中】データベースサイトの公開が停止されている場合
4.【運用終了】データベースサイトの運用が終了された場合
【稼動中】と【休止】については毎日自動更新されます。
一括ダウンロードデータへのリンク 当該データベースにおけるダウンロードサイト (またはそのリンクがあるページ) へのリンク データベースオリジナルサイトからのデータダウンロードです。
一括ダウンロードデータのデータ説明 当該データベースにおけるダウンロードデータの説明ページへのリンク
データベースの利用許諾へのリンク データベースの利用条件が記載されたページへのリンク
データベースの使い方 データベースの利用手順に関する説明が存在するページへのリンク
データベースの連絡先 データベース作成者・運営者への連絡先が記載されたページへのリンク、または連絡先のメールアドレス メールアドレスは[at]を@に,[dot]を.に変換して利用してください。
API / SPARQL endpoint データベース運用者が提供または関連するものとして紹介しているAPI (SPARQL endpointを含む)について記載されたページへのリンク
拡張情報
LSDBアーカイブへのリンク 「LSDBアーカイブ」へのリンク LSDBアーカイブでは当該データベースのデータセットを一括ダウンロードできます
MEDALSデータベース便覧へのリンク 経済産業省のライフサイエンス統合データベースポータルサイトの「MEDALSデータベース便覧」へのリンク
統合TVへのリンク ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) の「統合TV」へのリンク リンク先では統合TV上でDBの名称（または略称）を用いて絞り込んだ番組リストが表示されます。統合TVでは当該データベースに関連する動画（使い方等）が閲覧できます。
FAIRsharingへのリンク 「FAIRsharing」へのリンク
類似データベース 類似の内容を含むと考えられるデータベースの名称 「データベースの説明」の形態素解析から得られた用語と「タグ」を併せて類似度推定を行い、上位10データベースを示しています。
このレコードの管理情報
レコード管理者 レコード管理者 FAIRshariing由来のレコードはFAIRsharingの該当ページのRecord maintainerをご確認下さい。
レコードの由来 レコードを管理する機関 Integbio Database CatalogまたはFAIRsharing.org。 FAIRsharing.orgの場合はロゴの後ろにFAIRsharing.orgからのデータ取得日を記載。
レコード公開日 レコードの公開日
レコード最終更新日 レコードの最終更新日
本レコードの利用条件 本レコード（データベースに関する情報）の利用条件 データベース自体の利用条件ではないことにご注意ください。

＜タグ一覧＞

  • 本カタログではNBDCの担当者が各データベースに対して適切と思われるタグを以下の表から選択しレコードに記載しています (複数選択可)。
  • データベースが休止や運用終了のために閲覧できない場合は、レコードの記載などをもとにタグを付与している場合があります。
  • このタグ一覧は、Integbioデータベースカタログにおいて収集されたデータベースについて説明を付与するための語彙を集めたものです。Contributors*
  • 各タグについて、EDAM、UBERON、ChEBIの３つのオントロジーから、同一の意味を持つものを併記しました。ただし、DBの性質を表すタグ（ポータル、リポジトリ）にはオントロジー由来のタグは付与しておりません。Contributors**
  • 「分布」タグを「局在」と「地理的分布」の２つタグに分割しました（2023.12.30）。
  • 随時タグの追加や変更がありますことをご了承ください。
タグ 説明 EDAM, UBERON, ChEBI EDAM, UBERON, ChEBIのラベル
対象
ゲノム/遺伝子 ゲノムや遺伝子関連のDB EDAM / topic:3053 Genetics
cDNA/EST cDNAやEST関連のDB EDAM / data:3134 Gene transcript report
遺伝的多様性 遺伝的多様性関連のDB EDAM / topic:0199 Genetic variation
エピジェネティクス エピジェネティクス関連のDB EDAM / topic:3295 Epigenetics
DNA DNA関連のDB EDAM / topic:0654 DNA
RNA RNA関連のDB EDAM / topic:0099 RNA
タンパク質 タンパク質関連のDB EDAM / topic:0078 Protein
糖質 糖質関連のDB CHEBI:16646 carbohydrate
脂質 脂質関連のDB CHEBI:18059 lipid
代謝物 代謝物関連のDB CHEBI:25212 metabolite
化学物質 化学物質関連のDB CHEBI:24431 chemical entity
薬 薬関連のDB CHEBI:23888 drug
細胞/オルガネラ 細胞や細胞内小器官関連のDB CL_0000000 cell
個体/種 生物個体やその一部分または生物群集関連のDB EDAM / data:2530 Organism report
健康/疾患 健康・疾患関連のDB EDAM / topic:0634 Pathology
データの種類
表現型 表現型・形質関連のDB EDAM / data:0920 Genotype/phenotype report
バイオリソース バイオリソース関連のDB EDAM / topic:3277 Sample collections
手法 実験・解析手法関連のDB EDAM / data:2531 Protocol
オントロジー/用語/命名法 オントロジーや用語集、もしくは分子や生物種の命名法及びその目録関連のDB EDAM / topic:0089 Ontology and terminology
環境 生物と環境関連のDB EDAM / data:3736 Ecological data
配列 核酸やアミノ酸配列関連のDB EDAM / data:2044 Sequence
3D構造 ３次元構造関連のDB EDAM / data:0883 Structure
化学構造 化学構造関連のDB EDAM / data:0883 Structure
発現 転写産物・タンパク質の発現や蓄積量関連のDB EDAM / data:2603 Expression data
局在（旧:「分布」） 局在関連のDB GO:0051179 localization
地理的分布（旧:「分布」） 地理的分布関連のDB EDAM / data:3720 Geographic location
相互作用/パスウェイ 相互作用やパスウェイ関連のDB EDAM / topic:0602 Molecular interactions, pathways and networks
生物分類 生物分類関連のDB EDAM / data:1872 Taxonomic classification
分類 分子の分類関連のDB EDAM / operation:2990 Classification
画像/動画 画像や動画関連のDB EDAM / data:2968 Image
書誌/ドキュメント 書誌情報やドキュメント集関連のDB EDAM / data:2526 Text data
ポータル データベース集やツール集関連のDB - -
リポジトリ リポジトリ機能をもつDB - -
  • Contributors*（50音順） 片山俊明, 川島秀一, 小林紀郎, 信定知江, 畠中秀樹, 坂東明日佳, 藤澤貴智, 桝屋啓志, 箕輪真理, 山田一作
  • Contributors**（50音順） 井手隆広, 片桐沙弥, 建石由佳, 信定知江, 藤澤貴智, 山本泰智

検索機能

本カタログでは目的のデータベースのレコードを一覧から効率よく探せるように以下の検索機能を提供しています。


＜一覧内を検索する＞

収録レコードの記述内容を検索できます。

  • キーワード

    キーワードによる検索ができます。

  • DB名の完全一致

    データベース名の完全一致検索ができます。

＜一覧を絞りこむ＞

収録レコードの記述項目にもとづいた以下の条件により一覧上のレコードを絞り込むことができます。複数の条件を組み合わせることが可能です。本カタログの記述項目についてはレコードの作成をご参照ください。

  • 生物種

    「生物種」項目に記載されているNCBI Taxonomyのエントリー情報にもとづいて一覧を絞り込むことができます。

  • タグ

    「タグ（対象）」及び「タグ（データの種類）」項目に記載されているタグ名で一覧を絞り込むことができます。複数のタグを選択すると、選択したすべてのタグを記載しているレコードに絞り込まれます。

  • 稼動状況

    「稼動状況」項目に記載されている情報をもとに、【公開停止中】、【運用終了】の2つの条件で一覧を絞り込むことができます。

  • 地域

    「運用機関所在国」項目に記載されている国名の情報をもとに、【日本】、【日本以外の国・地域】の２つの条件で一覧を絞り込むことができます。

  • その他の条件 ＞ LSDBアーカイブ収載のDB

    「LSDBアーカイブへのリンク」項目にURLが記載されているレコードに絞り込まれます。LSDBアーカイブでは当該データベースのデータセットを一括ダウンロードできます。

  • その他の条件 ＞ 統合TVで紹介のあるDB

    「統合TVへのリンク」項目にURLが記載されているレコードに絞り込まれます。統合TVではDBに関連する動画が提供されています。

  • その他の条件 ＞ 一括ダウンロード可のDB

    「一括ダウンロードデータへのリンク」項目にURLが記載されているレコードに絞り込まれます。これらのDBはまとめてダウンロードできるデータセットを持っています。

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本カタログの使い方
統合TVにて解説動画が公開されています (2017年10月04日 版）