データベースのレコード一覧 (件数: 2607)
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生物種
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その他
運用機関:
公益財団法人 かずさDNA研究所
生物種:
Solanum melongena L.
説明:
ナス (Solanum melongena L.)のゲノム情報のデータベースです。遺伝子ごとの配列データに加えてBLASTによるITAG、TAIR、NR、Swissprotなど既存データベースから得ら...
休止
PHIS: Phenotyping Hybrid Information System
運用機関:
MISTEA / LEPSE, INRA (French National Institute for Agricultural Research)
生物種:
Viridiplantae
説明:
植物フェノミクスデータのための、オントロジーをベースにしたオープンソース・インフォメーションシステムです。温室やフィールド等異なる条件下で得られた、画像・数値・テキストデータなどを、再利用・解析可能な...
運用機関:
独立行政法人製品評価技術基盤機構
生物種:
Bacteria | Fungi
説明:
生物資源とその関連情報（生物の特定情報、オミックス情報など）を一元化する生物資源データのプラットフォームです。NBRCが保有する２万種類以上の微生物株情報について、物質生産や薬剤耐性などの特性情報や文...
運用機関:
国立研究開発法人国立環境研究所
生物種:
Scolopax mira | Haliaeetus albicilla | Ciconia boyciana | Bubo blakistoni | Grus japonensis | ...
説明:
絶滅危惧種を中心とした全ゲノムドラフト配列のデータベースです。国立環境研究所の環境ゲノム科学研究推進事業の成果として生態系環境研究センターが作成した、アマミヤマシギ、コウノトリ、シマフクロウ、ツシマヤ...
運用機関:
国立研究開発法人国立環境研究所
生物種:
Scleractinia
説明:
鹿児島県種子島を中心として記録された有藻性イシサンゴ類のデータベースです。学名、和名、生時・骨格についての写真や形態的特徴のほか、生息環境や国内での分布状況を収録しています。また、再検討が必要な分類学...
運用機関:
国立研究開発法人国立環境研究所
生物種:
説明:
環境リスクに着目した様々な化学物質関連情報を集約している化学物質データベースです。特に農薬や環境分析法に関する情報を約70の出典から収集し、法規制等、曝露関連、健康影響、生態影響試験、リスク評価・有害...
運用機関:
国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所
生物種:
説明:
薬物代謝および薬物動態の解析と予測のためのデータベースです。ChEMBLに収録された医薬品の情報から化合物の情報とそれらの薬物動態に関わる情報を収集し、互換性のある条件で測定されたデータを選択し、キュ...
運用機関:
University of Georgia, George Washington University
生物種:
All
説明:
糖質と糖鎖複合体のデータベースです。国際的な複数のデータベースから情報を取得し、情報源のデータベース、生物種、機能、アミノ酸配列、パスウェイ、アイソフォーム、オルソログ、関連疾患、変異、発現などの多く...
運用機関:
J. Craig Venter Institute, Texas Advanced Computing Center, The University of Texas at Austin, University of Cambridge
生物種:
Arabidopsis thaliana
説明:
シロイヌナズナの研究情報のポータルサイトです。ゲノムアノテーションデータTAIR10の後継にあたるAraport11データを無料で提供しています。ゲノム配列や機能に加えて、RNA-seqデータが統合さ...
運用機関:
一般社団法人日本再生医療学会
生物種:
Homo sapiens
説明:
再生医療を受ける患者の症例データを登録するデータベースです。臨床研究に対応する「再生医療等臨床研究データ登録システム（NRMD／CR）」、市販後調査に対応する「再生医療等製品使用データ登録システム（N...
運用終了
P-CREATEゲノム解析データポータル
運用機関:
次世代がんP-CREATEサポート機関事務局（公益財団法人がん研究会 がん研究所内）
生物種:
Homo sapiens
説明:
「次世代がん研究シーズ戦略的育成プログラム(P-DIRECT)」のゲノム解析データポータルを引き継ぎ、「次世代がん医療創生研究事業(P-CREATE)」で取得されるデータと併せて公開しています。オープ...
運用機関:
東京女子医科大学
生物種:
Caenorhabditis elegans
説明:
ナショナルバイオリソースプロジェクト「線虫」は東京女子医科大学を中核機関とし、実験動物線虫（C. elegans）の遺伝子欠失変異体の収集・保存・提供を行っています。このほかに、Cre recombi...
運用機関:
東北大学 大学院情報科学研究科
生物種:
説明:
タンパク質とリガンドの３次元相互作用データベースです。KEGG代謝パスウェイ上の酵素反応について、自動的に収集及び予測したタンパク質とリガンドの3D複合体構造が収録されています。以下の3つのカテゴリー...
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus
説明:
hGTOPはヒト、マウス、ラットのゲノムに含まれる蛋白質の構造アノテーションデータベースです。生物種を指定し、キーワードによる検索が可能です。予測２次構造や天然変性領域、モチーフなどの情報およびPDB...
運用機関:
早稲田大学
生物種:
説明:
VaProSは構造生命科学データクラウドです。ゲノム情報、蛋白質の構造や機能などを扱う複数の内部・公共のデータベース・ツールを横断的に検索することができます。キーワード、DNA/アミノ酸配列およびEn...
運用機関:
いわて東北メディカル・メガバンク機構
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトDNAメチル化情報、遺伝子発現情報、ゲノム多型情報を統合した多層オミックスデータベースです。東北メディカル・メガバンク計画の参加者約100人のCD4陽性Tリンパ球、単球、好中球を用いたWGBS、W...
運用機関:
東京大学 大学院理学系研究科附属臨海実験所
生物種:
Anneissia japonica
説明:
ニッポンウミシダ (Oxycomanthus japonicus) の飼育と提供を行っています。ウミシダの幼体、成体、すべての発生段階の固定試料、cDNA、BACライブラリー、EST、マイクロアレイの...
運用機関:
東京大学医科学研究所内 バイオバンク・ジャパン事務局
生物種:
Homo sapiens
説明:
全国の医療機関において51疾患・約27万人の患者から収集したDNA、血清、臨床情報を保管している、学術研究用の資源バンクです。研究者は「保有試料検索システム（ https://searchweb.sv...
運用機関:
独立行政法人医薬品医療機器総合機構
生物種:
Homo sapiens
説明:
医薬品の製造販売業者または医療機関等から報告された国内の副作用報告をラインリスト形式及びCSVファイル形式で公開しています。 医薬品の一般名・販売名や副作用名等から、副作用が疑われる症例報告のラインリ...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 脳神経科学研究センター
生物種:
Callithrix jacchus
説明:
コモンマーモセット（Callithrix jacchus）脳における高解像度の遺伝子発現アトラスを提供するデータベースです。in situ hybridization (ISH) 法によって得られた各...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 脳神経科学研究センター, Brain/MINDS Database Council
生物種:
Callithrix jacchus | Homo sapiens
説明:
Brain/MINDS プロジェクトで得られたデータを公開するサイトです。コモンマーモセット（Callithrix jacchus）のデジタル3次元標準脳アトラスとして、in situ hybridi...
運用機関:
東海大学 医学部
生物種:
cellular organisms | Viroids | Viruses
説明:
公開されているゲノム配列を集めた大規模データベースです。主にNCBI Assemblyから完全長のゲノム配列を収集しています。動物や植物では1つの生物種につき1つのゲノム配列のみを含んでいます。また、...
運用終了
GenEpid-J: Database of Pathogen Genomics and Epidemiology
運用機関:
厚生労働省 国立感染症研究所
生物種:
Escherichia coli | Klebsiella pneumoniae | Enterobacter cloacae | Salmonella | Klebsiella oxytoca | ...
説明:
薬剤耐性菌のゲノムデータベースです。国内外で分離された患者・家畜・環境など様々な由来の菌株について、プラスミドゲノムと染色体ゲノムを分離したうえで解読・解析し、付随する疫学情報と共にデータベースとして...
運用機関:
Naturalis Biodiversity Center
生物種:
all
説明:
Naturalis Biodiversity Center が開発、管理する生物種情報の管理システムサイトです。Linnaeus NGを利用して作成されたヨーロッパや東南アジアなど各地の生物種に関する...
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
Homo sapiens
説明:
産総研 デジタルヒューマン研究センター／デジタルヒューマン工学研究センター／人間情報研究部門 デジタルヒューマン研究グループにおいて作成、公開されていた「AIST人体寸法・形状データベース」のデータ公...
運用機関:
公益財団法人 かずさDNA研究所
生物種:
Viridiplantae
説明:
さまざまな植物のゲノムやマーカー情報を集めたポータルサイトです。ゲノム配列、マーカー（SSR, CAPS, SCARなど）、Bio Sample、アノテーション（gff/gff3）、遺伝子（cds/g...
運用機関:
GlyCosmos Portal
生物種:
説明:
日本糖質学会による公式ポータルサイトです。 糖タンパク質や糖脂質、分子構造、パスウェイ、疾患に関連するリポジトリやデータベースの情報をリンクしています。 GlyTouCan（糖鎖構造レポジトリ）、Gl...
運用機関:
Boyce Thompson Institute for Plant Research
生物種:
Solanum lycopersicum | Solanum pimpinellifolium | Solanum tuberosum | Solanum phureja | Nicotiana | ...
説明:
ナス科のゲノムマップと配列のデータベースです。QTLや遺伝子発現情報の検索機能、果実の形や色などの発現型からの遺伝子検索機能、代謝マップの検索、遺伝子の染色体上位置を表示および検索できるマップを収録し...
運用機関:
独立行政法人医薬品医療機器総合機構
生物種:
Homo sapiens
説明:
MID-NETは、国内の協力医療機関が保有する電子カルテやレセプト等の電子診療情報をデータベース化し、それらを解析するためのシステムです。本サイトでは、MID-NETの概要及び利活用に向けた留意事項等...
運用機関:
新潟大学 脳研究所
生物種:
Homo sapiens
説明:
家族性アルツハイマー病遺伝子変異データベースです。優性遺伝性アルツハイマー病関連変異 (APP, PSEN1, PSEN2) およびFTDP-17 (MAPT, GRN)変異の日本人報告例を文献から抽...
運用機関:
生物種:
説明:
イギリスの自然環境研究会議（NERC）が収集した環境と地球科学に関するデータのレポジトリデータベースです。テキストによる検索の他、データのカテゴリーやキーワード、年代などによる絞り込みが出来ます。
運用機関:
ATCC Standards Development Organisation, CellBank Australia, Genetica DNA Laboratories, Japanese Collection of Research Bioresources Cell Bank (JCRB Cell Bank), Riken Resource Centre, Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), UK Global Biological Standards Institute (GBSI)
生物種:
All
説明:
クロスコンタミネーションや誤標識などにより誤認された細胞株のデータベースです。誤認された細胞株の名称、生物種、細胞の起源、混入細胞株の情報、誤認が報告された文献の情報が収録されています。元の細胞株が存...
運用機関:
Department of Biochemistry and Biomedical Sciences, McMaster Universit
生物種:
Bacteria
説明:
微生物が持つ抗生物質耐性遺伝子のデータベースです。抗生物質耐性の分子的なデータ、モデル、アルゴリズムを提供しています。キュレート済みのリファレンス配列や抗生物質耐性オントロジー（Antibiotic ...
運用機関:
Australian Research Council, University of Queensland
生物種:
Brassica
説明:
アブラナ科ゲノムのデータベースです。Brassica napus、Brassica oleracea、Brassica rapaのゲノム情報を集約し、SNPや機能の情報も合わせてブラウザによる表示と検...
運用機関:
Australian Research Council, Edwards Group, University of Western Australia, University of Queensland
生物種:
Triticum
説明:
コムギゲノムのデータベースです。コムギのパンゲノムおよびグループ7のゲノム情報を集約し、GBrowse2を用いて表示しています。コムギパンゲノムのアッセンブリー、SNP、遺伝子、CDs、アミノ酸配列、...
運用機関:
生物種:
Caenorhabditis elegans
説明:
線虫の系統保全と分与、全塩基配列の提供、遺伝子変異のマッピングプラットフォームを提供するサイトです。系統と塩基配列の情報、ブラウザとリストによる遺伝子位置や変異の詳細が収録されています。系統ごとの塩基...
運用機関:
Masaryk University (MU)
生物種:
Homo sapiens
説明:
高解像度の病理画像アトラスのデータベースです。皮膚疾患、胎生異常、新生児病理、骨髄疾患などに関する画像が収録されています。高解像度の画像を見るには、ログインが必要です。
運用機関:
生物種:
Drosophila
説明:
遺伝子発現を調節するシスエレメントのデータベースです。キイロショウジョウバエの胚盤葉胚を用いた発現研究で用いる実験手法やコンピュータ解析について、概要、解説やツールを収録しています。３次元遺伝子発現、...
運用機関:
生物種:
Homo sapiens
説明:
EORTC（欧州癌研究治療機関）の臨床研究に関するデータベースです。EORTCが関わる臨床治療、放射線療法、診断、分子イメージング、生体サンプルについて、対象サンプル数、処置、研究スタッフ、がんの種類...
運用機関:
San Diego Supercomputer Center, University of California San Diego
生物種:
Bos taurus | Homo sapiens | Mus musculus
説明:
細胞シグナルに関わるタンパク質のデータベースです。公開された資料から名称、配列、機能、関連する相互作用やパスウェイなどの情報を収集しています。Ensembl、Gene Ontology、UniProt...
運用機関:
Institute of Human Genetics (IGH)
生物種:
Homo sapiens
説明:
遺伝性自己炎症疾患に関わる変異のデータベースです。遺伝子の位置、HGVS（Human genome variation society）で規定されたタンパク質名、配列名、塩基配列、テスト方法などを収録...
運用機関:
Indian Institute of Science
生物種:
All
説明:
ゲノム配列におけるトランスメンブレンヘリックスをまとめたデータベースです。
運用機関:
Swiss Institute of Bioinformatics (SIB)
生物種:
All
説明:
ヨーロッパ、日本、韓国、アメリカの特許に記載されたタンパク質のアミノ酸配列、核酸の配列のデータベースです。検索ツールは機能していませんが、機関ごとのデータはFASTAとEMBL形式でダウンロードできま...
運用機関:
Bioinformatics Portal Site (BPS)
生物種:
Fungi
説明:
菌類を中心とした比較ゲノムのデータベースです。コンティグ情報、遺伝子情報、GC値、アミノ酸構成が収録されています。タキソノミー、コンティグ、ゲノム情報やドメインによるブラウズ、およびゲノムビューワーに...
運用機関:
Institute of Molecular Medicine (IMM), Peking University
生物種:
Rhesus macaques
説明:
アカゲザル遺伝子のデータベースです。遺伝子ごとに概要、遺伝子や転写の機構、発現プロファイル、発現調整、変異と繰り返し、ヒト遺伝子との比較、遺伝子機能、表現形や疾患、薬剤開発の情報が収録されています。ゲ...
運用機関:
Institute of Pathogen Biology, Chinese Academy of Medical Sciences & Peking Union Medical College (CAMS&PUMC)
生物種:
Bacteria
説明:
病原菌の病原性因子に関する統合データベースです。病原菌ごとに基礎情報、特性、誘引する疾患、ゲノムと関連文献の情報を収録しています。病原菌による絞り込みやBLAST検索、キーワードによる検索が可能です。...
運用機関:
University of Washington
生物種:
Brugia malayi | Leishmania major | Schistosoma mansoni | Toxoplasma gondii
説明:
熱帯病に関する薬剤と病原体内ターゲットのデータベースです。らい菌、結核菌、マラリア原虫などの病原体に含まれるタンパク質について遺伝子ID、機能、代謝パスウェイ、一次構造（分子量、長さ、等電点、GPIア...
運用機関:
Structural Bioinformatics Group, Institute of Molecular Biology and Bioinformatics, Charité-University Medicine Berlin
生物種:
All
説明:
薬剤とターゲットとの相互作用に関するデータベースです。主に薬剤、タンパク質、副作用に重点を置き、 UniProt、SuperDrug、SIDERなどから以下の情報を収録しています。
薬剤：名称、Pu...
運用機関:
Dana-Farber Cancer Institute
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus
説明:
がん幹細胞の研究情報や分子プロファイルの解析ツールをまとめたポータルサイトです。幹細胞に関するデータセットやオンラインツールを収録したGalaxyとStem Cell Commonsがリンクされていま...
運用機関:
Institute of Biomedical Sciences (IBMS), Academia Sinica
生物種:
Homo sapiens
説明:
肺がんに関わるゲノムセットのデータベースです。肺がん遺伝子やmicroRNAについて以下の情報が収録されています。
（１）肺がん遺伝子の体細胞突然変異、実験的知見、臨床病理学的特徴
（２）高密度S...
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