NBDC02225 - Integbio データベースカタログ

レコード詳細

SwissRegulon

NBDC02225

名称

SwissRegulon

別称

―

URL

http://swissregulon.unibas.ch/sr/

運用機関名

Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), Switzerland

運用機関所在国・地域

スイス

説明

遺伝子発現調節部位についてのゲノムワイドアノテーションを収載したデータベースです。モデル生物全体のプロモーター領域にある調節モチーフ、プロモーター、およびTF結合部位（TFBS）のゲノムワイドなアノテーションを行っています。予測は、次のものを含むインプットの組み合わせを、ベイズ確率論的に分析することで行われています。i) 実験により決定され、文献で報告された結合部位、ii) 転写因子の配列特異性であって既知のもの、iii) ChIP-chip データおよび ChIP-seq データ、iiii) オーソログノンコーディング領域のアラインメント

生物種

Bacillus subtilis (1423), Brucella suis (29461), Burkholderia pseudomallei K96243 (272560), Burkholderia thailandensis E264 (271848), Chlamydophila caviae (83557), Corynebacterium glutamicum R (340322), Ehrlichia canis (944), Escherichia coli (562), Homo sapiens (9606), Mus musculus (10090), Mycobacterium tuberculosis (1773), Neisseria meningitidis (487), Prochlorococcus marinus (1219), Pseudomonas syringae (317), Ralstonia eutropha (106590), Rickettsia typhi 'wilmington' (257363), Saccharomyces cerevisiae (4932), Staphylococcus aureus (1280), Streptococcus pneumoniae (1313), Vibrio cholerae (666)

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