レコード詳細
PmiREN: Plant miRNA ENcyclopedia
| IDNBDC共通のデータベースID。日本語と英語など、タイトルが複数存在する場合は括弧を使用して併記する。 | NBDC02590 | ||||||||||||
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| 名称データベースの名称 | PmiREN | ||||||||||||
| 別称データベースの別称 | Plant miRNA ENcyclopedia | ||||||||||||
| URLデータベースをWebで公開している場合、そのURL | http://www.pmiren.com | ||||||||||||
| 運用機関名現在データベースを運用している機関名 | Beijing Agro-Biotechnology Research Center, BAAFS | ||||||||||||
| 運用機関所在国・地域運用機関が所在する国及び地域名 | 中国 | ||||||||||||
| 説明データベースの説明 | 植物における機能的なmiRNAの包括的なデータベースです。 緑藻から被子植物まで180近くの種におけるmiRNA情報が集約されています。全ゲノムシークエンスとゲノムアノテーションはNCBI、Phytozome V12.1から、sRNA-SeqとPARE-SeqデータセットはNCBI GEO DataSetsから取得し、信頼度を付けてmiRNAを予測しています。 各レコードには、種名、miRNA遺伝子座のゲノム上位置、二次構造と配列、miRNAクラスター情報、シンテニックブロック情報、miRNAの器官における発現レベル、標的遺伝子情報が含まれます。 生物種ツリーからのブラウズや、miRNA識別子、キーワード、配列、ゲノム位置、クラスター、発現部位、シンテニックブロック、ターゲット遺伝子などを使用した検索が可能です。 | ||||||||||||
| 生物種データベースが扱う生物のTaxonomy NameとNCBI TaxonomyのID | Chlorophyta (3041), Embryophyta (3193) | ||||||||||||
| タグ （対象）データベースに収録された主要データの対象を表すタグ |
ゲノム/遺伝子
cDNA/EST
遺伝的多様性
エピジェネティクス
DNA
RNA
タンパク質
糖質
脂質
代謝物
化学物質
薬
細胞/オルガネラ
個体/種
健康/疾患
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| タグ (データの種類)データベースに収録された主要データの種類を表すタグ |
表現型
バイオリソース
手法
オントロジー/用語/命名法
環境
配列
3D構造
化学構造
発現
局在
地理的分布
相互作用/パスウェイ
生物分類
分類
画像/動画
書誌/ドキュメント
ポータル
リポジトリ
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| 論文等 (PubMed ID/DOI)当該データベースに関連した論文のPubMed ID/DOI |
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| 言語データベースの内容の記載に使用されている言語 | 英語 | ||||||||||||
| 稼動状況データベースの稼動状況 | 稼動中 | ||||||||||||
| 一括ダウンロードデータへのリンク一括ダウンロードデータへのリンク | https://www.pmiren.com/download | ||||||||||||
| 一括ダウンロードデータのデータ説明一括ダウンロードデータのデータ説明 | ― | ||||||||||||
| データベースの利用許諾へのリンク一括ダウンロードデータの利用条件 | https://www.pmiren.com/news?ID=5 | ||||||||||||
| データベースの使い方 | ― | ||||||||||||
| データベースの連絡先 | https://www.pmiren.com/contact | ||||||||||||
| API / SPARQL endpoint | ― | ||||||||||||
| LSDBアーカイブへのリンクLSDBアーカイブへのリンク | ― | ||||||||||||
| MEDALSデータベース便覧へのリンクMEDALSデータベース便覧へのリンク | ― | ||||||||||||
| 統合TVへのリンク統合TVへのリンク | ― | ||||||||||||
| FAIRsharingへのリンクFAIRsharingへのリンク | ― | ||||||||||||
| 類似データベースこのデータベースに類似したデータベース | |||||||||||||
| レコード管理者レコード管理者 | Integbio Database Catalog | ||||||||||||
| レコードの由来レコードの由来 |
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| レコード公開日日本語レコードの公開日 | 2021-10-27 | ||||||||||||
| レコード最終更新日日本語レコードの最終更新日 | 2021-10-27 | ||||||||||||
| 本レコードの利用条件 | Creative Commons CC0 license |