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データベースのレコード一覧 (件数: 2582)
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生物種
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その他
運用機関:
国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構
生物種:
bacteria | Fungi | Nematoda
説明:
全国各地の農耕地で収集された土壌物理・化学性、作物栽培様式、 およびその畑土壌由来の eDNA （environmental DNA） 解析情報を収納した 「国内初の農耕地 eDNA バンク」です。
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ センター
生物種:
All
説明:
BioSample は実験データを得るために使われた生物試料 (サンプル) についての情報を管理するデータベースです。データは DDBJ，EBI と NCBIのBioSample データベース間で共有...
運用機関:
医薬品規制調和国際会議（ICH）
生物種:
説明:
MedDRAは人間が使用する医薬品の規制情報を国際的に共有しやすくするために作成された、標準化された国際医療用語集です。英語版の他に、中国語、チェコ語、オランダ語、フランス語、ドイツ語、ハンガリー語、...
運用機関:
Monarch Initiative
生物種:
Homo sapiens
説明:
疾病の定義を統合して構築したオントロジーです。疾病を定義しデータモデルを収録している多くのデータベース（HPO、OMIM、SNOMED CT、ICD、PhenoDB、MedDRA、MedGen、ORD...
運用機関:
McDonnell Genome Institute, Washington University School of Medicine
生物種:
Homo sapiens
説明:
DGIdbは薬物と遺伝子の相互作用および創薬可能なゲノム資源に関するデータベースです。 DrugBank、PharmGKB、Chembl、Drug Target Commons、TTDなど、様々な論文...
運用機関:
Genome Aggregation Database Consortium
生物種:
Homo sapiens
説明:
大規模シーケンスプロジェクトから得られた、エクソーム、ゲノムシーケンスのデータベースです。さまざまな疾患特異的および集団遺伝学研究の一部として配列決定された個人からのエクソーム配列と全ゲノム配列を収録...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information (NCBI)
生物種:
Homo sapiens
説明:
遺伝医学に関連する症状や表現型に関する情報を集約したポータルデータベースです。NIHのGTR、UMLS、HPO、Orphanet、ClinVar、その他のソースから得られた用語を概念に集約し、一意の識...
運用機関:
The Jackson Laboratory
生物種:
Homo sapiens
説明:
The Human Phenotype Ontology (HPO) はヒトの疾患に関連する形質の標準化された語彙を提供しています。医学論文、Orphanet、DECIPHER,やOMIMを基に開発さ...
運用機関:
The McDonnell Genome Institute, Washington University School of Medicine
生物種:
Homo sapiens
説明:
CIViCは癌におけるバリアントの臨床的解釈のための知識ベースです。遺伝性および体細胞性の全てのタイプの癌におけるバリアント情報と、その治療、予後、診断、素因への関連性を、専門家によるクラウドソーシン...
運用機関:
情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター
生物種:
Homo sapiens
説明:
NanbyoDataは難病オントロジー（Nanbyo Disease Ontology, NANDO）を介して国内外の難病関連情報を集積したサイトです。日本の難病関連制度である指定難病・小児慢性特定疾...
運用機関:
World Health Organization
生物種:
Homo sapiens
説明:
世界保健機関 (WHO) が提供しているICD (International Statistical Classification of Diseases and Related Health Pro...
運用機関:
EMBL-EBI
生物種:
説明:
ChEMBLは創薬を目的とした生理活性をもつ化合物や小分子のデータベースです。化合物、核酸などの小分子と、そのターゲットやアッセイ情報を紐付けて収載しています。化合物や小分子の名称、分子式、分子量、標...
運用機関:
Cornell University
生物種:
Homo sapiens | Arabidopsis thaliana | Caenorhabditis elegans | Drosophila melanogaster | Drosophila melanogaster | ...
説明:
構造解析データを基にしたタンパク質間相互作用のデータベースです。PDBに収録されている既知の共結晶データから得たドメイン間相互作用情報を基に、タンパク質間相互作用を推論しています。レコード内で各タンパ...
運用機関:
Cornell University
生物種:
Homo sapiens | Saccharomyces cerevisiae | Schizosaccharomyces pombe | cDrosophila melanogaster | Caenorhabditis elegans | ...
説明:
タンパク質間相互作用についてのデータベースです。８つのリソース（BioGRID、MINT、iRefWeb、DIP、IntAct、HPRD、MIPS、PDB）からタンパク質間相互作用の情報を機械的および...
運用機関:
国立医薬品食品衛生研究所
生物種:
Entoloma rhodopolium | Omphalotus guepiniformis | Colchicum autumnale | Narcissus | Veratrum | ...
説明:
自然毒を持つ有害植物および菌類（きのこ）についてのデータベースです。形態学的な判別が難しく、かつ食中毒事例が多いクサウラベニタケ近縁種やツキヨタケ、イヌサフラン、スイセン、バイケイソウ、チョウセンアサ...
運用機関:
ライフサイエンス出版株式会社
生物種:
Homo sapiens
説明:
糖尿病に関連する大規模臨床試験結果を整理、編集した医療従事者向けのデータベースです。米国医学図書館（NLM）のPubMedより「diabetesを主題とするもの、症例数が1群50例以上のもの、トゥルー...
運用機関:
Broad Institute, Inc., UC San Diego
生物種:
Homo sapiens
説明:
遺伝子発現のエンリッチメント解析をするための元になる遺伝子セットをまとめたコレクションです。2つの生物学的状態間で遺伝子セットに統計的に有意な差があるかどうかを判断するソフトウェア Gene Set ...
運用機関:
Icahn School of Medicine at Mount Sinai
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
遺伝子、疾患、薬物間の関連性についてのデータベースです。Gene Expression Omnibus (GEO) から得られた大量の遺伝子発現プロファイルを注釈付けし再分析するクラウドソーシングプロ...
運用機関:
国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構
生物種:
Citrus unshiu | Citrus trifoliata | Citrus clementina | Citrus sinensis | Citrus maxima | ...
説明:
ミカンゲノムデータベース（Mikan Genome Database: MiGD）はカンキツ育種のためのDNAマーカー開発支援を目的としたゲノムデータベースです。
ゲノムブラウザTASUKEを用いて、...
運用機関:
特定国立研究開発法人理化学研究所 ライフサイエンス技術基盤研究センター
生物種:
Homo sapiens
説明:
AMED Cardiotoxicity Databaseは心臓の拍動に関係するイオンチャンネルに結合して阻害することで心毒性の原因となりうる低分子化合物に関するデータベースです。公共データベースおよび...
運用機関:
独立行政法人製品評価技術基盤機構 バイオテクノロジーセンター
生物種:
Bacteria | Fungi
説明:
微生物（細菌・真菌）に関する有害性情報の総合サイトです。微生物（細菌、真菌）の危険度／有害性の判断基準となる国内外の情報を一元化した「微生物有害情報リスト」（ https://integbio.jp/...
運用機関:
独立行政法人製品評価技術基盤機構 バイオテクノロジーセンター
生物種:
Bacteria | Fungi
説明:
MALDI-TOF MS （マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析計）を用いた微生物の迅速同定（フィンガープリント法）において比較参照とするマススペクトルデータライブラリーのリスト、微...
運用機関:
創薬支援インフォマティクスシステム構築事業
生物種:
Homo sapiens | Rattus norvegicus
説明:
薬物動態と毒性（心毒性・肝毒性）予測を行うための総合的なデータベース、ツールのポータルサイトです。オールジャパンでの医薬品創出を支援するための「創薬支援インフォマティクスシステム構築事業」により構築さ...
運用機関:
Institute of Biophysics, Chinese Academy of Sciences
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus | Drosophila melanogaster | Caenorhabditis elegans | ...
説明:
PIWI-interacting RNA (piRNA)の機能解析とアノテーションに関するデータベースです。生殖細胞に特異的なイベントに関与するPiwiタンパク質に結合するpiRNAを手動でキュレート...
運用機関:
EMBL-EBI, The Jackson Laboratory
生物種:
Mus musculus | Homo sapiens
説明:
患者由来腫瘍移植（PDX）マウスモデルのデータベースです。様々な学術研究室、共同研究機関、受託研究機関によって生成、配布されているPDXマウスモデルリポジトリについて、モデル名、腫瘍由来情報、患者情報...
運用機関:
BIG Data Center, Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences
生物種:
Homo sapiens
説明:
Long non-coding RNAs (lncRNAs)とオミクスデータ、機能情報、疾患とを関連づけるデータベースです。ヒトのlncRNAデータをGENCODE v27、NONCODE v5.0、...
運用機関:
Beijing Proteome Research Center (BPRC)
生物種:
AII
説明:
プロテオミクスのデータを登録、共有するための中国におけるレポジトリです。研究で得られた生データの他、プロジェクト名、代表者、生物種、機器、手法、ファイル容量などの情報が収録されています。プロジェクト名...
運用機関:
復旦大学
生物種:
説明:
疾患、遺伝子、変異体、薬物、およびこれら4つの要素の相互作用に関する情報を統合するデータベースです。 遺伝子の機能、別名、要素の種類、染色体上の位置、疾患の特徴、変異体の変異位置や変異塩基などを収録し...
運用機関:
La Trobe Institute for Molecular Sciences
生物種:
All
説明:
細胞外小胞（Extracellular vesicle ：EV）のデータベースです。生成様式によってエクトソーム、エキソソーム、アポトーシス小体の３種類に分類される細胞外小胞について、内容物（タンパク...
運用機関:
University of Melbourne
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
幹細胞に関する遺伝子発現のデータベースです。本データベースのデータは、マイクロアレイ、RNA sequencing、single cell profiling法など遺伝子発現を調べた公共の生データから...
運用機関:
ICube, Université de Strasbourg
生物種:
Eukaryota | Archaea | Bacteria
説明:
３つの生物界（真核生物、古細菌、バクテリア）にわたるタンパク質のオーソログのデータベースです。タンパク質のオントロジー、配列、タンパク質ドメイン、オーソログなどを収録しています。Uniprot IDに...
運用機関:
TAGC, Inserm U1090
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Drosophila melanogaster | Caenorhabditis elegans | Saccharomyces cerevisiae
説明:
相関関係のない複数の機能を持つ多機能タンパク質やMoonlightingタンパク質のデータベースです。手動でキュレート、または推測された多機能タンパク質について、遺伝子名、機能、UniProtKB I...
運用機関:
College of Bioinformatics Science and Technology, Harbin Medical University
生物種:
all
説明:
ceRNAs (competing endogenous RNAs) の相互作用のデータベースです。手動でキュレート、もしくは予測されたceRNAsについて、ceRNAとなるRNAと、これらと結合する...
運用機関:
Network Biomedicine Lab, Yonsei University, Marcotte Lab, University of Texas at Austin
生物種:
Homo sapiens
説明:
HumanNetはヒト遺伝子ネットワークのためのデータベースです。さまざまなタイプのオミクスデータを統合し、独自のネットワーク推論アルゴリズムによって遺伝子と疾患の関係を提供しています。ユーザーは特定...
運用機関:
The Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
造血細胞における遺伝子発現の研究データベースです。Walter and Eliza Hall Instituteによる研究で得られたデータセットと、公的に入手できる高品質データセットについて、RNA-...
運用機関:
EMBL Heidelberg
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
GENCODEは、ヒトとマウスの全ゲノムの基本的なリファレンスゲノムアノテーション、およびそのアノテーションを維持・改善するためのツールとデータを提供しています。遺伝子セットは、包括的で、オルタナティ...
運用機関:
University of Washington
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトゲノムの一塩基バリエーションおよび挿入／欠損による有害性をスコア化するCombined Annotation-Dependent Depletion (CADD)のためのサイトです。CADDはバリ...
運用機関:
Weizmann Institute of Science
生物種:
Saccharomyces cerevisiae
説明:
出芽酵母タンパク質の細胞内局在と細胞内蓄積量を網羅的に調べたデータベースです。従来法によるC末端のGFPタグ蛍光のデータに加え、SWAp-Tag法により作成されたN末端、C末端に蛍光タンパク質が付与さ...
運用機関:
Luxembourg Centre for Systems Biomedicine (LCSB) of the University of Luxembourg
生物種:
Homo sapiens | Bacteria
説明:
ヒトと腸内細菌の代謝と遺伝子、栄養、疾患を結びつけたデータベースです。マニュアルキュレーションで文献から収集した13,000を超える代謝反応ネットワークを元にした、ゲノムスケールの再構成した代謝系がコ...
運用機関:
University of Michigan Medical School
生物種:
Bacteria | Viruses | Parasitus | Fungi
説明:
ヒトと動物の病原体における病原因子のデータベースです。病原因子の情報はピアレビューされた出版物から手動キュレーションにより集められました。細菌、寄生虫、菌類の病原因子について、塩基配列、宿主との相互作...
運用機関:
UniLectin
生物種:
All
説明:
レクチンのデータベースです。３D構造に基づいた分類（UniLectin3D module）、キュレートされたドメインを元にしたβプロペラドメインの予測（PropLec module）、全てのレクチンク...
運用機関:
特定国立研究開発法人理化学研究所 バイオリソース研究センター 統合情報開発室
生物種:
Mus musculus
説明:
実験マウス系統のゲノム多型情報データベースです。汎用される古典的な近交系マウス系統（西ヨーロッパ亜種；M. m. domesticus由来C57BL / 6Jなど）と、日本で確立された近交系マウス系統...
運用機関:
特定国立研究開発法人理化学研究所
生物種:
All
説明:
理化学研究所が管理する生物遺伝資源（バイオリソース）のメタデータに関するデータレポジトリです。マウス、植物、細胞、遺伝子、微生物に関する各バイオリソースと「農業環境エンジニアリングシステム」の開発メタ...
運用機関:
University College Cork
生物種:
Caenorhabditis elegans | Drosophila melanogaster | Escherichia coli | Homo sapiens | Mus musculus | ...
説明:
Trips-vizは、リボソームプロファイリング (Ribo-Seq) データについて様々な可視化ツールを備えたデータベースです。公的に利用できるリボソームプロファイリングデータとRNA-seqデータ...
運用機関:
Beijing University of Chinese Medicine
生物種:
Homo sapiens
説明:
漢方薬と近代医学とを関連付けたデータベースです。漢方薬の名称、中国名、抽出される分子的成分、伝統的な漢方で使われる症状用語、近代医学の症状用語、疾患名、漢方薬の有効対象となる遺伝子やタンパク質の情報を...
運用機関:
Agricultural Genetic Engineering Research Institute
生物種:
All
説明:
マイクロサテライトのデータベースです。生物種ごとにさまざまなSSRやマイクロサテライトマーカーの配列を収集しています。種名と繰り返しの型を指定すると、primer IDごとに、SSRのある配列のNCB...
運用機関:
Harbin Medical University
生物種:
Homo sapiens
説明:
細胞特異的遺伝子発現制御に重要だとされているsuper-enhancerについての包括的なデータベースです。ENCODE、Roadmap、NCBI GEO/SRA、GGRに収録されたサンプルから集めら...
運用機関:
Centre for Genomic Regulation (CRG)
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Saccharomycotina
説明:
モデル生物におけるタンパク質–RNA相互作用のデータベースです。実験データもしくはSONAR やcatRAPID (protein–RNA interaction prediction algorit...
運用機関:
INRA
生物種:
All
説明:
酵素−基質特異性に基づいた生化学反応の法則（ルール）のデータベースです。初期反応、代謝物、EC番号、酵素配列を相互に関連付けています。ルールはSMARTS (SMIRKS) 形式で記述しています。EC...
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統合TVにて解説動画が公開されています (2017年10月04日 版）