レコード詳細
Trips-Viz
| IDNBDC共通のデータベースID。日本語と英語など、タイトルが複数存在する場合は括弧を使用して併記する。 | NBDC02523 | ||||
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| 名称データベースの名称 | Trips-Viz | ||||
| 別称データベースの別称 | ― | ||||
| URLデータベースをWebで公開している場合、そのURL | http://trips.ucc.ie | ||||
| 運用機関名現在データベースを運用している機関名 | University College Cork | ||||
| 運用機関所在国・地域運用機関が所在する国及び地域名 | アイルランド | ||||
| 説明データベースの説明 | Trips-vizは、リボソームプロファイリング (Ribo-Seq) データについて様々な可視化ツールを備えたデータベースです。公的に利用できるリボソームプロファイリングデータとRNA-seqデータセットをSRAからダウンロードして作成しています。生物種を選択し、下記のプロットの種類を選択すると、目的に応じたデータをグラフとして見ることができます。 （１）Single transcript plot; １つの転写物にコドンのフレームをずらして表示したリボソームプロファイリングデータをまとめて可視化する （２）Single transcript comparison plot; １つの転写物に対して異なるサンプルから得たデータをプロットし比較する （３）Meta-Information; データセットからメタ情報を得る （４）Differential plot; 発現量の変化した遺伝子を見つける ユーザ自身のデータをアップロードすることもできます。 | ||||
| 生物種データベースが扱う生物のTaxonomy NameとNCBI TaxonomyのID | Caenorhabditis elegans (6239), Drosophila melanogaster (7227), Escherichia coli (562), Homo sapiens (9606), Mus musculus (10090), Rattus norvegicus (10116), Saccharomyces cerevisiae (4932), Schizosaccharomyces pombe (4896) | ||||
| タグ （対象）データベースに収録された主要データの対象を表すタグ |
ゲノム/遺伝子
cDNA/EST
遺伝的多様性
エピジェネティクス
DNA
RNA
タンパク質
糖質
脂質
代謝物
化学物質
薬
細胞/オルガネラ
個体/種
健康/疾患
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| タグ (データの種類)データベースに収録された主要データの種類を表すタグ |
表現型
バイオリソース
手法
オントロジー/用語/命名法
環境
配列
3D構造
化学構造
発現
局在
地理的分布
相互作用/パスウェイ
生物分類
分類
画像/動画
書誌/ドキュメント
ポータル
リポジトリ
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| 論文等 (PubMed ID/DOI)当該データベースに関連した論文のPubMed ID/DOI |
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| 言語データベースの内容の記載に使用されている言語 | 英語 | ||||
| 稼動状況データベースの稼動状況 | 稼動中 | ||||
| 一括ダウンロードデータへのリンク一括ダウンロードデータへのリンク | http://trips.ucc.ie/downloads/ | ||||
| 一括ダウンロードデータのデータ説明一括ダウンロードデータのデータ説明 | ― | ||||
| データベースの利用許諾へのリンク一括ダウンロードデータの利用条件 | ― | ||||
| データベースの使い方 | ― | ||||
| データベースの連絡先 | http://trips.ucc.ie/contactus/ | ||||
| API / SPARQL endpoint | ― | ||||
| LSDBアーカイブへのリンクLSDBアーカイブへのリンク | ― | ||||
| MEDALSデータベース便覧へのリンクMEDALSデータベース便覧へのリンク | ― | ||||
| 統合TVへのリンク統合TVへのリンク | ― | ||||
| FAIRsharingへのリンクFAIRsharingへのリンク | ― | ||||
| 類似データベースこのデータベースに類似したデータベース | |||||
| レコード管理者レコード管理者 | Integbio Database Catalog | ||||
| レコードの由来レコードの由来 |
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| レコード公開日日本語レコードの公開日 | 2020-04-22 | ||||
| レコード最終更新日日本語レコードの最終更新日 | 2020-04-22 | ||||
| 本レコードの利用条件 | Creative Commons CC0 license |