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Stemformatics

IDNBDC共通のデータベースID。日本語と英語など、タイトルが複数存在する場合は括弧を使用して併記する。 NBDC02537
名称データベースの名称 Stemformatics
別称データベースの別称 ―
URLデータベースをWebで公開している場合、そのURL https://www.stemformatics.org
運用機関名現在データベースを運用している機関名 University of Melbourne
運用機関所在国・地域運用機関が所在する国及び地域名 オーストラリア
説明データベースの説明 幹細胞に関する遺伝子発現のデータベースです。本データベースのデータは、マイクロアレイ、RNA sequencing、single cell profiling法など遺伝子発現を調べた公共の生データから一連の品質管理指標を用いて生成し、見つけやすくするために可視化しています。公開・非公開の遺伝子ドメインについて遺伝子名、Ensembl ID、染色体番号と位置、発現場所を収録しています。遺伝子名やデータセットを検索すると、遺伝子発現グラフ、マルチヴュー、YuGeneによるグラフ表示や、KEGG Pathways、Public Gene listなどによる解析が可能です。データセットは複数のデータセット群から絞り込むことも可能です。ダウンロード可能なデータセットも含まれています。
生物種データベースが扱う生物のTaxonomy NameとNCBI TaxonomyのID Homo sapiens (9606), Mus musculus (10090)
タグ （対象）データベースに収録された主要データの対象を表すタグ
ゲノム/遺伝子
cDNA/EST
遺伝的多様性
エピジェネティクス
DNA
RNA
タンパク質
糖質
脂質
代謝物
化学物質
薬
細胞/オルガネラ
個体/種
健康/疾患
タグ (データの種類)データベースに収録された主要データの種類を表すタグ
表現型
バイオリソース
手法
オントロジー/用語/命名法
環境
配列
3D構造
化学構造
発現
局在
地理的分布
相互作用/パスウェイ
生物分類
分類
画像/動画
書誌/ドキュメント
ポータル
リポジトリ
論文等 (PubMed ID/DOI)当該データベースに関連した論文のPubMed ID/DOI
PubMed ID:30407577
DOI:10.1093/nar/gky1064
PubMed ID:23466562
DOI:10.1016/j.scr.2012.12.003
言語データベースの内容の記載に使用されている言語 英語
稼動状況データベースの稼動状況 稼動中
一括ダウンロードデータへのリンク一括ダウンロードデータへのリンク https://www.stemformatics.org/workbench/download_multiple_datasets
一括ダウンロードデータのデータ説明一括ダウンロードデータのデータ説明 ―
データベースの利用許諾へのリンク一括ダウンロードデータの利用条件 ―
データベースの使い方 https://www.stemformatics.org/contents/tutorials
データベースの連絡先 https://www.stemformatics.org/contents/contact_us
API / SPARQL endpoint ―
LSDBアーカイブへのリンクLSDBアーカイブへのリンク ―
MEDALSデータベース便覧へのリンクMEDALSデータベース便覧へのリンク ―
統合TVへのリンク統合TVへのリンク ―
FAIRsharingへのリンクFAIRsharingへのリンク ―
類似データベースこのデータベースに類似したデータベース
レコード管理者レコード管理者 Integbio Database Catalog
レコードの由来レコードの由来
レコード公開日日本語レコードの公開日 2020-07-28
レコード最終更新日日本語レコードの最終更新日 2020-07-28
本レコードの利用条件 Creative Commons CC0 license