データベースのレコード一覧 (件数: 2583)
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運用機関:
Sun Yat-sen University Cancer Center
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトの組織や細胞におけるタンパク質のリン酸化に関するデータベースです。文献からさまざまな状況下にあるタンパク質リン酸化のデータセットを抽出し、UniProt、HPRD release 9、dbPTMな...
運用機関:
Institut de Biotecnologia i de Biomedicina, Universitat Autònoma de Barcelona
生物種:
Homo sapiens
説明:
人類の環境適応に応じたゲノム変異についてのデータベースです。1000 Genomes Project により得られた配列データ（SNP等）を種々の方法で解析し、染色体位置、遺伝子名、ハプロタイプ検出 ...
運用機関:
Saarland University
生物種:
Bacteria
説明:
NCBI nucleotide database から取得したバクテリアプラスミドの配列とメタデータを整理したデータベースです。各レコードには配列長、トポロジー、分類学的情報のような種々のパラメータを...
運用機関:
Faculdade de Medicina, Universidade de Lisboa
生物種:
All
説明:
NCBI RefSeqに登録されているプラスミドとそのメタデータを検索できるデータベースです。プラスミド名、生物種、抗生物質耐性、病原性、プラスミドファミリー、配列長、類似性による検索が可能で、プラス...
運用機関:
触媒インフォマティクスプロジェクト
生物種:
説明:
触媒開発のためのデータプラットフォームです。データや分析結果を共同研究者と共有するためのデータレポジトリ、データ分析や機械学習モデル選択に利用できる視覚化ツール（散布図、ヒストグラムなど）や機械学習機...
運用機関:
東海大学 医学部
生物種:
Eukaryota | Viruses
説明:
真核生物ゲノム内に存在するウイルスゲノム様配列（endogenous viral element：EVE）の予測データベースです。GenomeSync databaseから得られた真核生物およびウィル...
運用機関:
公益財団法人日本モンキーセンター
生物種:
Cebuella | Aotus | Cebus | Macaca | Cercopithecus | ...
説明:
日本モンキーセンターが所蔵する霊長類の脳標本の高解像度MRI撮像データレポジトリです。各標本について、和名、学名、分布域などの種情報、標本の個体情報、撮像条件、9.4テスラのMRIにより撮像した高解像...
運用機関:
国立研究開発法人科学技術振興機構 NBDC事業推進部
生物種:
Bovidae | Cervidae | Giraffidae | Hippopotamidae | Cetacea | ...
説明:
I型コラーゲンをコードする遺伝子配列のレファレンスデータベースです。複数の生物種について、学名、英語名、タキソノミーID、他DBへのリンク、Ⅰ型コラーゲン相同領域のアミノ酸配列を収録しています。生物種...
運用機関:
産総研・早大 生体システムビッグデータ解析 オープンイノベーションラボラトリ
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
long non-coding RNA(lncRNA)-mRNAまたはlncRNA-lncRNA間の相互作用の網羅的な予測をするためのウェブサーバーです。予測されるローカルな塩基対相互作用について、ク...
運用機関:
Cistrome Project
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
公開されているChIP-seqやDNase-seqのデータセットのポータルブラウザーです。生物種、文献の情報等データセットについて手動でキュレーションされた情報、各サンプルを均一なパイプラインで分析し...
運用機関:
University of Toronto
生物種:
Saccharomyces cerevisiae
説明:
出芽酵母Saccharomyces cerevisiaeタンパク質の局在と蓄積量に関するデータベースです。 さまざまな化学物質や変異体について処理した酵母ORF-GFPコレクションのタンパク質局在およ...
運用機関:
Stanford University
生物種:
Saccharomyces cerevisiae
説明:
出芽酵母 Saccharomyces cerevisiaeにおけるタンパク質局在化研究のためのデータベースです。GFPもしくはTAPでタグ付けしたタンパク質発現株のコレクションを対象とし、細胞質と核内...
運用機関:
Institute of Genetics and Molecular and Cellular Biology
生物種:
Arabidopsis thaliana | Caenorhabditis elegans | Danio rerio | Drosophila melanogaster | Gallus gallus | ...
説明:
NGS-QC databaseはChIP-seqおよびターゲットエンリッチメントNGSデータのquality control (QC)情報を集めたデータベースです。GEOなどの公開データベースから8万...
運用機関:
University of Massachusetts Medical School
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
FactorbookはENCODEに登録されているChIP-seqデータより得られた、転写因子とその結合領域に関する情報を提供する、Wiki形式のデータベースです。ホームページには転写因子と細胞株にお...
運用機関:
公益財団法人 かずさDNA研究所, 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
生物種:
説明:
主要な食品に含まれる成分を液体クロマトグラフィー−質量分析（LC-MS）によりメタボローム解析したデータベースです。日本食品標準成分表2015年版（七訂）に含まれる約2000品目（調理方法の違いなどを...
運用機関:
FMODD Consortium
生物種:
All
説明:
タンパク質に対する量子化学計算値データベースです。フラグメント分子軌道法（FMO法）によるIFIE、PIEDAや電荷などの各種計算値を収録しており、タンパク質‐リガンド複合体構造に対するFMO計算結果...
運用機関:
国立研究開発法人 国立精神・神経医療研究センター
生物種:
Homo sapiens
説明:
難治性神経・筋疾患の患者情報登録サイトです。ジストロフィノパチー、縁取り空胞を伴う遠位型ミオパチー、筋強直性ジストロフィー、先天性筋疾患、福山型筋ジストロフィー、ミトコンドリア病の患者について身体状況...
運用機関:
日本ブレインバンクネット
生物種:
Homo sapiens
説明:
脳組織等のヒト試料リソースの整備と普及を行う日本ブレインバンクネットのデータベースです。ヒト死後脳の凍結組織について、年齢，性、精神疾患コード、神経病理コード、死後時間、 脳重などを登録しています。精...
運用機関:
一般社団法人 日本消化器内視鏡学会
生物種:
Homo sapiens
説明:
日本全国の内視鏡関連手技・治療情報を登録し、集計・分析する JED-Project のサイトです。患者の基本情報、検査時の状況、内視鏡による診断所見、処置、病理結果を収集しています。登録された情報は主...
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所 創薬分子プロファイリング研究センター
生物種:
Homo sapiens | Rattus norvegicus
説明:
低分子化合物を曝露した際の遺伝子発現データを用いて、ユーザーが入力した遺伝子群の発現パターンに類似の発現プロファイルを持つ化合物一覧の類似度を表示するアプリケーションです。
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所 創薬分子プロファイリング研究センター
生物種:
Homo sapiens | Rattus norvegicus
説明:
低分子化合物を曝露した際の遺伝子発現データを数理解析した結果を格納したデータベースです。OpenTG-GATEsに登録された約170化合物によるin vivo (ラット肝臓)や in vitro (ヒ...
運用機関:
国立研究開発法人 医薬基盤・健康・栄養研究所
生物種:
説明:
毒性の作用機序とプロセスに関する用語を体系化したオントロジーのデータベースです。
作用機序マップ（毒性発現の過程）、プロセスマップ（機能分解手法に基づくプロセスの分解）、オントロジー（毒性機序に関する...
運用機関:
国立研究開発法人 医薬基盤・健康・栄養研究所, 熊本大学
生物種:
Homo sapiens | Rattus norvegicus
説明:
医薬品および化学物質によって引き起こされる肝毒性に関するデータベースです。既存のデータベース（Open TG-GATEs，DrugMatrix，LINKS、Liver Toxicity Knowled...
運用機関:
国立研究開発法人 医薬基盤・健康・栄養研究所
生物種:
rattus | Homo sapiens
説明:
肝毒性に関わる情報のデータベースおよび肝毒性を予測するツールのポータルサイトです。国立研究開発法人 医薬基盤・健康・栄養研究所、国立研究開発法人 産業技術総合研究所、明治薬科大学、熊本大学が連携して構...
運用機関:
一般社団法人 日本循環器学会
生物種:
Homo sapiens
説明:
循環器疾患について診療実態を調査するためのデータ登録・入力サイトです。循環器科・心臓外科を標榜する施設から施設情報（病床数、心疾患系患者数、死亡数、剖検数、専門医数など）、検査件数（心電図、心エコー、...
運用機関:
厚生労働省, NPO痛み医学研究情報センター
生物種:
Homo sapiens
説明:
厚生労働省慢性の痛み診療・教育の基盤となるシステム構築に関する研究班とNPO痛み医学研究情報センターが慢性痛対策事業の中で運営する、慢性の痛みについてのデータベースです。代表的な慢性痛一覧、診療ネット...
運用機関:
国立成功大学
生物種:
Caenorhabditis elegans | Caenorhabditis briggsae
説明:
トランスポゾンをサイレンシングすることにより変異から動物ゲノムを保護する、小型非コードRNA（piRNA）のデータベースです。 C. elegansとC. briggsaeについて実験上または予測上p...
運用機関:
National Genomics Data Center, Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences
生物種:
Viridiplantae
説明:
植物のRNA編集因子（editosome）のデータベースです。文献やオルガネラゲノムアノテーションから手動で収集した情報に基づいて、RNA編集因子、ターゲットとなるオルガネラ遺伝子の編集機構、編集因子...
運用機関:
華中科技大学, University of Texas Health Science Center at Houston
生物種:
Homo sapiens
説明:
ゲノム全体の遺伝子型と統合したDNAメチル化の量的形質遺伝子座 (meQTL) を提供するデータベースです。ゲノムのメチル化レベルに対するSNPの影響を体系的に予測する目的で作成されました。Cance...
運用機関:
公益財団法人がん研究会がん研究所
生物種:
Homo sapiens
説明:
がんゲノム研究で集積されたゲノム、トランスクリプトーム、miRNAなどの研究プロジェクトに関する情報を整理したデータベースです。研究プロジェクトの概要、検体の解析方法、患者から提供された検体の属性（正...
運用機関:
Université de Sherbrooke
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus | Pan troglodytes | Danio rerio | ...
説明:
Open reading frames (ORFs)のデータベースです。真核生物10種の30コドン以上のORFについて、既知のタンパク質（RefProt）、新規予測アイソフォーム（Isoform）、代...
運用機関:
Peking University Cancer Hospital and Institute, Chinese Academy of Sciences, University of Michigan
生物種:
Homo sapiens
説明:
がんに関わる体細胞変異の統合データベースです。TCGA、ICGC、COSMIC、ClinVarから収集した体細胞変異について、アノテーションを行なっています。局所的なクロマチンシグネチャー、異なる細胞...
運用機関:
BIG Data Center, Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences
生物種:
Arabidopsis thaliana | Caenorhabditis elegans | Candida albicans | Danio rerio | Drosophila melanogaster | ...
説明:
生物種を超えたゲノムワイドなヌクレオソーム配置マップのデータベースです。 ヌクレオソームの位置情報を１ヌクレオチドの解像度で照会および視覚化します。生物を選んでゲノムをブラウジングするか、生物と目的遺...
運用機関:
Cancer Science Institute of Singapore
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
DNAメチル化プロファイルと統合した転写因子結合サイトのデータベースです。
転写因子結合部位（TFBS: transcription factor binding sites）について、ChIP-se...
運用機関:
SBCB Unit, Department of Biochemistry, University of Oxford
生物種:
All
説明:
PDBに収録された膜タンパク質について、脂質二重膜に挿入した際のモデルをシミレーションし、分析した結果をまとめたデータベースです。脂質二重膜に組み込まれた膜タンパク質の3D視覚化、膜タンパク質トポロジ...
運用機関:
Computational Epigenomics Lab, Evolutionary Genomics and Bioinformatics Group, Dept. of Genetics, Inst. of Biotechnology, University of Granada
生物種:
Homo sapiens
説明:
生体液中のsmall RNA配列解析のデータベースです。データはSRAから取得しており、SRA study levelで閲覧、またはユーザ自身でカスタマイズしたサンプルセットを解析し、自身のデータと比...
運用機関:
Icahn School of Medicine at Mount Sinai
生物種:
All
説明:
リン酸化酵素の立体構造と構造特異性を示す阻害剤のサブセットのためのデータベースです。リン酸化酵素の構造と基本情報（PDB ID、３次元構造、タンパク質名、Uniprot ID、遺伝子名、種名、変異情報...
運用機関:
National Genomics Data Center, Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences
生物種:
Canidae
説明:
飼い犬（Canis lupus familiaris）および野生のイヌ科動物の統合データベースです。 遺伝子、ゲノム、SNP、品種/疾病特性、遺伝子発現、GO機能アノテーション、イヌとヒトとで共通する...
運用機関:
University of Bari
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトミトコンドリアDNAのバリアントと疾患に関するデータベースです。GenBankから、HmtVarの兄弟サイトであるHmtDB ( https://www.hmtdb.uniba.it ) にダウン...
運用機関:
Vanderbilt University Medical Center
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトの転写調節バリアントを解釈するためのエンハンサーのデータベースです。 GRO-seq、PRO-seq、CAGEデータからエンハンサーの情報を収集しています。細胞型特異的エンハンサー情報だけでなく、...
運用機関:
中国科学院
生物種:
Bacteria | Archaea
説明:
マイクロバイオーム研究の情報を収録するプラットフォームです。各研究について、研究概要、連絡先、サンプルの情報（採集環境、研究方法、データの種類など）を収録しています。研究方法やサンプル環境による絞り込...
運用機関:
University of Texas Health Science Center at Houston
生物種:
Homo sapiens
説明:
がんに関わる融合遺伝子のデータベースです。 Entrez mRNA sequence librariesとChiTars 5.0 、ChimerDB 4.0から得られたTCGAデータをもとに、融合遺伝...
運用機関:
Harbin Medical University
生物種:
Homo sapiens
説明:
EWAS (epigenome-wide association study) 研究の包括的なデータベースです。シングルマーカーの情報（マーカーの形質や遺伝子名、染色体上の位置等から検索）、KEGG ...
運用機関:
National Genomics Data Center, Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences
生物種:
Homo sapiens
説明:
エピゲノムワイド関連解析（EWAS）のデータベースです。DNAメチル化に焦点を当て、640以上の研究から報告されたデータを手動によるキュレーションで抽出しています。データは形質、プローブ、遺伝子、研究...
運用機関:
College of Life Science and Technology, HUST
生物種:
Homo sapiens
説明:
細胞外小胞（EV; extracellular vesicle）に含まれるmiRNAの包括的なデータベースです。NCBI SRAからダウンロードした全てのエキソソームと微細小胞サンプルのデータを解析し...
運用機関:
The Encyclopedia of Traditional Chinese Medicine
生物種:
Embryophyta
説明:
中国伝統医学に用いられる薬と一般的に使用されるハーブの成分や予測標的遺伝子、疾患との関連に関するデータベースです。原材料の中国名、学名、種の説明、生息地、成分、効能、予測標的遺伝子、関連する疾患などの...
運用機関:
School of Life Sciences, The Chinese University of Hong Kong
生物種:
Eukaryota
説明:
核酸結合タンパク質（NBP）とその機能情報のデータベースです。さまざまな真核生物のDNA結合タンパク質（DBP）、RNA結合タンパク質（RBP）、DNAおよびRNA結合タンパク質（DRBP）について、...
運用機関:
VIB-KU Leuven Center for Cancer Biology (CCB)
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Danio rerio | Rattus norvegicus | Bos taurus | ...
説明:
内皮細胞（endothelial cells; ECs）の遺伝子発現に関するデータベースです。Gene Expression OmnibusおよびArrayExpressから単一細胞RNA-seqデー...
運用機関:
国立研究開発法人科学技術振興機構 NBDC事業推進部
生物種:
Bombyx mori
説明:
カイコの組織別遺伝子発現データのデータベースです。カイコの新規リファレンスゲノム配列を用いてRNAseqで解析したカイコP50T系統の前部絹糸腺、後部絹糸腺、中部絹糸腺（前部・中部・後部）、中腸、脂肪...
運用機関:
National Institute of Neurological Disorders & Stroke
生物種:
All
説明:
既知の膜タンパク質を、配列、構造、四次構造および内部対称性の観点から関連付けるデータベースです。すべての膜貫通PDBエントリ、およびそこに含まれるすべての膜貫通チェーン個々に対して、構造と配列の両方の...
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