NBDC02505 - Integbio データベースカタログ

レコード詳細

NGS-QC: Next Generation Sequencing Quality Control Generator

NBDC02505

名称

NGS-QC

別称

Next Generation Sequencing Quality Control Generator

URL

http://www.ngs-qc.org/

運用機関名

Institute of Genetics and Molecular and Cellular Biology

運用機関所在国・地域

フランス

説明

NGS-QC databaseはChIP-seqおよびターゲットエンリッチメントNGSデータのquality control (QC)情報を集めたデータベースです。GEOなどの公開データベースから8万件以上のデータセットを格納しています。生物種やターゲット分子、QCの信頼度などによる検索が行なえます。検索結果はscatter plot上に表示され、異なるデータセット間のQCの信頼度を比較することができます。 NGSデータからのQC予測・評価システムNGS-QC GeneratorはウェブベースプラットフォームGalaxyで利用できるツールとして公開されており、ユーザーは自身のNGSデータを解析し、データベース登録データとの比較を行なうことができます。他に、クロマチン相互作用解析（HiC, ChIAPET, 4C-seqなど）を対象とした品質スコアのデータベースLOGIQA database、および、ゲノムデータにアクセスできるQC Genomicsなどのコンテンツも利用できます。

生物種

Arabidopsis thaliana (3702), Caenorhabditis elegans (6239), Danio rerio (7955), Drosophila melanogaster (7227), Gallus gallus (9031), Homo sapiens (9606), Mus musculus (10090), Pan troglodytes (9598), Rattus norvegicus (10116), Saccharomyces cerevisiae (4932)

タグ（対象）

タグ (データの種類)

論文等 (PubMed ID/DOI)

PubMed ID:	24038469
DOI:	10.1093/nar/gkt829
PubMed ID:	26484107
DOI:	10.1016/j.gdata.2014.08.002
PubMed ID:	27008019
DOI:	10.1007/978-1-4939-3578-9_13
PubMed ID:	27335635
DOI:	10.12688/f1000research.7637.2
PubMed ID:	27185059
DOI:	10.1186/s12864-016-2642-1