レコード詳細
休止
HACER: Human ACtive Enhancer to interpret Regulatory variants
| IDNBDC共通のデータベースID。日本語と英語など、タイトルが複数存在する場合は括弧を使用して併記する。 | NBDC02478 | ||||
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| 名称データベースの名称 | HACER | ||||
| 別称データベースの別称 | Human ACtive Enhancer to interpret Regulatory variants | ||||
| URLデータベースをWebで公開している場合、そのURL | http://bioinfo.vanderbilt.edu/AE/HACER | ||||
| 運用機関名現在データベースを運用している機関名 | Vanderbilt University Medical Center | ||||
| 運用機関所在国・地域運用機関が所在する国及び地域名 | アメリカ合衆国 | ||||
| 説明データベースの説明 | ヒトの転写調節バリアントを解釈するためのエンハンサーのデータベースです。 GRO-seq、PRO-seq、CAGEデータからエンハンサーの情報を収集しています。細胞型特異的エンハンサー情報だけでなく、転写因子とエンハンサー間の結合や検証済みのクロマチン相互作用の情報を統合し、エンハンサーを転写調節ネットワークに結び付けたアトラスを提供しています。各エントリには、エンハンサーの位置、配列、細胞タイプなど基本情報と、結合する転写因子、ターゲット遺伝子、GWAS解析からエンハンサー内のSNPs情報、eQTL (expression Quantitative Trait Locus) に関する情報が収録されています。細胞タイプによる絞り込み、SNP、遺伝子、エンハンサー領域による検索が可能です。 | ||||
| 生物種データベースが扱う生物のTaxonomy NameとNCBI TaxonomyのID | Homo sapiens (9606) | ||||
| タグ （対象）データベースに収録された主要データの対象を表すタグ |
ゲノム/遺伝子
cDNA/EST
遺伝的多様性
エピジェネティクス
DNA
RNA
タンパク質
糖質
脂質
代謝物
化学物質
薬
細胞/オルガネラ
個体/種
健康/疾患
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| タグ (データの種類)データベースに収録された主要データの種類を表すタグ |
表現型
バイオリソース
手法
オントロジー/用語/命名法
環境
配列
3D構造
化学構造
発現
局在
地理的分布
相互作用/パスウェイ
生物分類
分類
画像/動画
書誌/ドキュメント
ポータル
リポジトリ
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| 論文等 (PubMed ID/DOI)当該データベースに関連した論文のPubMed ID/DOI |
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| 言語データベースの内容の記載に使用されている言語 | 英語 | ||||
| 稼動状況データベースの稼動状況 | 休止 | ||||
| 一括ダウンロードデータへのリンク一括ダウンロードデータへのリンク | http://bioinfo.vanderbilt.edu/AE/HACER/download.html | ||||
| 一括ダウンロードデータのデータ説明一括ダウンロードデータのデータ説明 | http://bioinfo.vanderbilt.edu/AE/HACER/download/format.txt | ||||
| データベースの利用許諾へのリンク一括ダウンロードデータの利用条件 | ― | ||||
| データベースの使い方 | http://bioinfo.vanderbilt.edu/AE/HACER/manual.html | ||||
| データベースの連絡先 | http://bioinfo.vanderbilt.edu/AE/HACER/contact.html | ||||
| API / SPARQL endpoint | ― | ||||
| LSDBアーカイブへのリンクLSDBアーカイブへのリンク | ― | ||||
| MEDALSデータベース便覧へのリンクMEDALSデータベース便覧へのリンク | ― | ||||
| 統合TVへのリンク統合TVへのリンク | ― | ||||
| FAIRsharingへのリンクFAIRsharingへのリンク | ― | ||||
| 類似データベースこのデータベースに類似したデータベース | |||||
| レコード管理者レコード管理者 | Integbio Database Catalog | ||||
| レコードの由来レコードの由来 |
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| レコード公開日日本語レコードの公開日 | 2019-11-05 | ||||
| レコード最終更新日日本語レコードの最終更新日 | 2019-11-05 | ||||
| 本レコードの利用条件 | Creative Commons CC0 license |