データベースのレコード一覧 (件数: 2594)
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生物種
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その他
運用機関:
National University of Singapore
生物種:
All
説明:
治療用タンパク質および核酸ターゲット、ターゲットとなる疾患、パスウェイ情報およびこれらのターゲット各々に向けられた薬剤に関する情報を提供します。ターゲットとする機能、配列、3D構造、リガンド結合特性、...
運用機関:
生物種:
Arabidopsis thaliana | Escherichia coli | Homo sapiens | Mus musculus | Saccharomyces cerevisiae
説明:
タンパク質末端のアノテーションを収録したデータベースです。生物種、染色体上の位置、タンパク質配列、アイソフォームなどの情報を収録しています。タンパク質末端のエビデンスは、以下のデータベースから推論され...
運用機関:
生物種:
Prochlorococcus marinus | Synechococcus | unclassified T4virus | unclassified Myoviridae | unclassified dsDNA phages | ...
説明:
海洋性ラン藻プロクロロコッカスのゲノム、メタゲノム、転写に関する情報ならびにフィールドデータを収録したデータベースです。様々なスケールでの生物学的組織化（ゲノムから生態系まで）にわたる相互参照データソ...
運用機関:
生物種:
Archaea | Bacteria
説明:
原核生物ゲノムのオペロン予測リポジトリです。 独自の新しい高精度オペロンアルゴリズムを用いることで、1,200 以上の原核生物のゲノムのオペロン構造を予測しています。
各オペロンごとに生物名、パスウ...
運用機関:
Center for Computational and Integrative Biology
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
遺伝子発現の検出または定量化（リアルタイム PCR）用に設計されたPCR プライマーのための公共リソースです。最もよく知られているヒトおよびマウスの遺伝子をカバーする 30 万以上のプライマーが含まれ...
運用機関:
Korean Bioinformation Center (KOBIC), Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology (KRIBB)
生物種:
Homo sapiens
説明:
異なる 2 タイプの統合データを提示するデータベースです。経路レベルでの統合データは、元のデータベースで説明された個々の経路を単純に集めたものです。また、エンティティレベルの統合データとして、冗長コン...
運用機関:
Universal Mutations Database (UMD)
生物種:
Homo sapiens
説明:
Universal Mutation Database (UMD)のBRCA1 および BRCA2 遺伝子データへのアクセスを世界中の科学者および民間試験機関に提供するサイトです。遺伝子、タンパク質、...
運用機関:
Bioinformatics Centre, Institute of Microbial Technology, Council of Scientific and Industrial Research (CSIR)
生物種:
Arenaviridae | Bunyaviridae | Coronaviridae | Filoviridae | Flaviviridae | ...
説明:
ウイルスゲノム領域を標的とするウイルスの siRNA / shRNA に関する情報を収録しています。インフルエンザ、SARSおよび肝炎ウイルスを含む重要なヒトウイルスについて、siRNA 配列、ウイル...
運用機関:
Institute for Biomedical Informatics (IBI), University of Pennsylvania, Diana Lab Group, Biomedical Sciences Research Center Alexander Fleming (BSRC)
生物種:
Arabidopsis thaliana | Bombyx mori | Bos taurus | Caenorhabditis elegans | Danio rerio | ...
説明:
実験的に検証された miRNA-遺伝子の相互作用のデータベースです。高品質の手動でキュレートされた実験的に検証済みのmiRNA-遺伝子相互作用について、遺伝子の位置や詳細な説明、miRNAの塩基配列や...
運用機関:
The Federal Research Center Institute of Cytology and Genetics Lab, Novosibirsk State University
生物種:
Anopheles gambiae | Ascaris suum | Bos taurus | Caenorhabditis elegans | Canis familiaris | ...
説明:
真核生物のタンパク質機能部位に関する情報を含むデータベースです。機能部位におけるアミノ酸配列と位置を、コーディング遺伝子のエクソン構造との関連とともに収録しています。PDB ID、生物種、リガンド、エ...
運用機関:
McDonnell Genome Institute at Washington University School of Medicine, Genome Technology Access Center, Department of Genetics, Washington University School of Medicine
生物種:
Ancylostoma caninum | Ancylostoma ceylanicum | Ancylostoma duodenale | Ascaris suum | Brugia malayi | ...
説明:
ワシントン大学セントルイス校･ゲノム研究所が実施する寄生性線虫 EST プロジェクトのホームページです。ヒト、家畜、その他の生物の健康に直接的間接的な影響をもたらす寄生性線虫について、配列、疾患、ゲノ...
運用機関:
Columbia University
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
ヒトおよびマウスの脳における DNA メチル化プロファイルについての詳細な情報を提供するリソースです。ヒトおよびマウスの脳におけるゲノムワイドの DNA メチル化プロファイルが収録されています。DNA...
休止
Integrated Pathway Analysis and Visualization System: IPAVS
運用機関:
Systems Biology Laboratory of Gwangju Institute of Science and Technology, Department of Life Sciences
生物種:
Homo sapiens
説明:
手作業でキュレーションされ、かつ高度に構造化された、ヒトのパスウェイデータのコレクションです。あわせて、いくつかの公共データベースから得られた生物学的パスウェイについての情報を統合します。また、その統...
運用機関:
University of Hong Kong
生物種:
Homo sapiens
説明:
現在の GWAS から得られる形質/疾患関連 SNP（TAS）と、その包括的な機能性アノテーション、ならびに疾患分類のコレクションにより構成されるデータベースです。ゲノムワイドの有意性（P値<5×10...
運用機関:
Evolution of Protein Structure and Function Group, Biomolecular Modelling and Design Division, Bioinformatics Institute
生物種:
Vertebrata
説明:
ヒトのタンパク質ファミリーにおける機能的分岐を検出するためのデータベースです。ヒトタンパク質のマルチメンバーファミリーに属するパラログタンパク質中の残基について、事前評価した保存スコアおよび専門化スコ...
運用機関:
Institute for Microbial Technology
生物種:
All
説明:
タンパク質の構造的または機能的アノテーションに広く使用されるデータセットのコレクションです。蛋白質構造データバンク (PDB：Protein Data Bank) から全てのデータセットを取得していま...
運用機関:
Wishart Lab, University of Alberta
生物種:
Archaea | Bacteria
説明:
アノテーションが付された細菌ゲノムの写真アトラスです。ズーム可能な、検索可能な細菌ゲノムマップであり、生物種、ゲノムのタイプ、レプリコン数、遺伝子/タンパク質マップ、tRNA/rRNAマップなどを収録...
運用機関:
Korean Bioinformation Center (KOBIC), Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology (KRIBB)
生物種:
All
説明:
PDB に寄託された NMR 構造の精査したバージョンを収録するデータベースです。３次元構造の表示とαヘリックス、βストランド、コイル構造の構成、構造的な多様性の情報を収録しています。精査は、統計的ね...
運用機関:
Switch Laboratory
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒト一塩基多型（SNP）の表現型決定のためのデータベースです。ヒトプロテオームにおける疾患および多型変異体の分子特性決定およびアノテーションに主な焦点を当て、凝集しやすい領域、アミロジェニック領域、h...
運用機関:
Jurisica Lab, Ontario Cancer Institute
生物種:
All
説明:
特許メタデータにアクセスできるように設計された化学構造データベースです。米国特許に含まれるパブリックドメインの化学情報にインデックスを付け、特許文書フルテキストの他、個々の特許に記載された反応および関...
運用機関:
Swiss Institute of Bioinformatics (SIB)
生物種:
All
説明:
酵素の機能に関するアノテーションと代謝ネットワークの説明を提供するために設計されたリソースです。生化学反応に関する包括的で非冗長なこのリソースは、専門家がキュレーションを行っています。Rhea に含ま...
運用機関:
School of Computer Science and Engineering, The Hebrew University of Jerusalem
生物種:
All
説明:
UniProt のタンパク質配列を系統樹にまとめたリソースです。UniRef50 クラスターを用いたタンパク質のサブファミリーおよびスーパーファミリーの研究が可能です。各レコードにはタンパク質名とUn...
運用機関:
New England Biolabs
生物種:
All
説明:
公開･未公開のソースに含まれる DNA ポリメラーゼの生化学的、遺伝学的、構造的情報を検索できるオープンデータベースです。活性、３次元構造、塩基とアミノ酸の配列、変異の位置などを収録しています。ポリメ...
運用機関:
The Abagyan Lab UC San Diego, University of California San Diego
生物種:
All
説明:
低分子化合物により機能調節ができる可能性が高い結合部位（druggable binding site）の立体構造的な組み合わせに関する百科事典です。立体構造は、Protein Data Bank に収...
運用終了
PLEXdb
運用機関:
Agriculture Research Service (USDA-ARS), Iowa State University
生物種:
Fungi | Nematoda | Oomycetes | Sinorhizobium meliloti | Viridiplantae
説明:
植物と植物の病原体の遺伝子発現に関する統一的リソースです。MIAME (Minimum Information About a Microarray Experiment) /Plantに準拠する公開...
休止
Plantmetabolomics.org
運用機関:
Bioinformatics and Computational Biology Program, Roy J. Carver Department of Biochemistry, Biophysics and Molecular Biology (BBMB), Iowa State University
生物種:
Arabidopsis thaliana
説明:
遺伝子や代謝物の機能を研究するためのリソースを研究者に提供する、シロイヌナズナのメタボロミクスデータベースです。
運用機関:
生物種:
Caenorhabditis elegans | Drosophila melanogaster | Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus | ...
説明:
タンパク質間相互作用ネットワークの構築、フィルタリング、可視化、管理のための統合的プラットフォームです。選定された６つの公共データベースから取得したタンパク質名、生物種、相互作用するタンパク質の有無、...
運用機関:
Banting and Best Department of Medical Research, The Donnelly Centre, University of Toronto
生物種:
Saccharomyces cerevisiae
説明:
温度感受性変異体の顕微鏡写真から抽出された定量的測定値を収録し、その可視化、データマイニングが可能なデータベースです。ユーザーは、対象の遺伝子の原画像とその定量化された形態データを迅速に検索、取得する...
運用機関:
Bioinformatics and ECCPS bioinformatics service group, Max Planck Institute for Heart and Lung Research
生物種:
Notophthalmus viridescens
説明:
ハイスループット実験から得られたブチイモリ（red spotted newt Notophthalmus viridescens）のオーミクスデータを集約した包括的なリポジトリです。組織再生の間に発現...
運用機関:
Gautheret Lab, Institute for Integrative Biology of the Cell
生物種:
Archaea | Bacteria
説明:
配列決定された1000 以上の細菌ゲノムのリストに含まれる任意のゲノムから、RNAリッチのクラスターを検索することができるデータベースです。参照ゲノムの遺伝子間領域を、重なり合う50塩基毎のセグメント...
運用機関:
The Jackson Laboratory, Bar Harbor
生物種:
Mus musculus
説明:
マウスの遺伝子と表現型に関する主要な実験、データ収集プロトコル、解析ツールを提供するデータベースです。データセットは、研究者から任意で提供されたソース、または公共のソースから独自に抽出されたものです。...
運用機関:
Lawrence Berkeley National Laboratory, InterMine, System Biology Centre
生物種:
Caenorhabditis elegans | Drosophila ananassae | Drosophila melanogaster | Drosophila mojavensis | Drosophila pseudoobscura | ...
説明:
線虫とショウジョウバエのゲノムにおける機能エレメントのデータベース modENCODE のデータおよび実験の詳細を閲覧･検索することができる、データとツールの統合的ウェブリソースです。キーワードを選択...
運用機関:
MRC Mitochondrial Biology Unit (MBU), University of Cambridge
生物種:
Eukaryota
説明:
哺乳類、ゼブラフィッシュ、酵母のミトコンドリア局在に関するエビデンスおよび表現型データを集めた統合的ウェブリソースです。 ミトコンドリアの遺伝子、分布、タンパク質とMTS（mitochondrial ...
運用機関:
Department of Biology, University of Rome Tor Vergata
生物種:
All
説明:
実験的に検証されたタンパク質-タンパク質相互作用のデータベースです。タンパク質名、相互作用の種類、検出方法、文献情報を専門家が学術論文から手動でキュレートしています。タンパク質、遺伝子、文献による検索...
運用機関:
Department of Chemistry (UZH Chemistry), University of Zurich
生物種:
All
説明:
PDB および NDB に寄託された核酸の構造における各金属イオンの第一殻および第ニ殻の正確な幾何学的情報を収録したデータベースです。さらに、結合ポケットに近位の核酸の配列情報を含むため、リガンドおよ...
休止
Mimotope Database: MimoDB
運用機関:
Huang's Lab (HLAB)
生物種:
All
説明:
ファージディスプレイライブラリから選択された活性部位模倣ペプチドのデータベースです。ファージディスプレイ技術を用いて、ランダムなペプチドライブラリから選定されたペプチドに関する情報を収載しています。選...
運用機関:
Leibniz Institute of Plant Genetics and Crop Plant Research (IPK)
生物種:
Arabidopsis thaliana | Beta vulgaris | Brassica napus | Hordeum vulgare | Medicago truncatula | ...
説明:
農業上および経済上重要な穀物の主要な代謝経路に関する情報を主に含むデータベースです。本データベースは、反応およびその反応に伴う動態データに関する情報を、手作業でキュレーションした上で収載しています。さ...
運用機関:
University of Florida
生物種:
Drosophila melanogaster | Homo sapiens | Mus musculus
説明:
3つのゲノムにおける遺伝子の上流ノンコーディング配列データ情報を掲載し、転写因子結合部位（TFBS）に関する知見を提供するデータベースです。各転写について、スキャンされた領域は転写が開始される上流 1...
運用機関:
Zhao Bioinformatics Laboratory
生物種:
Lotus japonicus | Medicago truncatula
説明:
LegumeIP 2.0 データベースは、大規模ゲノミクスおよびトランスクリプトミクスデータを収載し、マメ科植物における遺伝子の機能と進化に関する統合的なバイオインフォマティクスツールを提供します。各...
運用機関:
National Centre for Scientific Research (CNRS)
生物種:
All
説明:
タンパク質の相互作用について構造と進化を解析するためのデータベースです。相互作用の構造を扱うInterEvolDB、アミノ酸配列を扱うInterEvolAlign、両方の情報を組み合わせて解析するIn...
運用機関:
State Key Laboratory of Microbial Metabolism, Shanghai Jiaotong University
生物種:
Bacteria
説明:
細菌内で見られる integrative and conjugative element (ICE) に関するウェブベースリソースです。PostgreSQLベースのデータベースとして、既知または推定さ...
運用機関:
Center for Computational Biology and Bioinformatics and College of Engineering (CCBB), Koc University (KU)
生物種:
All
説明:
タンパク質の相互作用においてエネルギー的に重要となる残基（ホットスポット）のデータベースです。予測されるホットスポット残基のタイプとインターフェイスの構造的特性（インターフェイス残基対ポテンシャルなど...
運用機関:
University of Bari
生物種:
Homo sapiens
説明:
集団遺伝学およびミトコンドリア性疾患研究をサポートするためのオープンリソースです。公開されている集団調査関連の研究から得られたヒトのミトコンドリアゲノム配列について、人種によるグループ分け（アフリカ、...
運用機関:
生物種:
Homo sapiens
説明:
ハプロタイプブロックのバリアントにおけるノンコーディングゲノム（疾患に関連する遺伝子座における調節 SNP 候補など）についてのアノテーションを探索するツールです。1000 ゲノムプロジェクトから得ら...
運用機関:
Swiss Institute of Bioinformatics (SIB)
生物種:
All
説明:
異なる生物種と条件下における遺伝子やタンパク質の発現パターンに関する情報を集めたデータベースです。マイクロサテライトやRNAシーケンシングを用いた多くの実験データを手動でキュレートし、実験条件、発現部...
運用機関:
生物種:
All
説明:
配列、構造、系統発生、機能の関係を通じてタンパク質（酵素）の機能進化を探索するためのリソースです。ドメイン構造、EC番号による機能分類、構成クラスターの生物種内分布率、GOアノテーションなどが、ダイナ...
運用機関:
Computational Biology and Informatics Laboratory (CBIL), University of Pennsylvania, Center for Tropical & Emerging Global Diseases, University of Georgia, US Department of Health and Human Services
生物種:
Fungi | Oomycetes
説明:
菌界のゲノムと機能をまとめた統合的ゲノムデータベースです（EuPathDBのファミリーデータベース）。全ゲノム配列とアノテーションに加え、実験分離株および環境分離株の配列データも収録されています。また...
運用機関:
Stockholm Bioinformatics Center
生物種:
Arabidopsis thaliana | Caenorhabditis elegans | Canis familiaris | Ciona intestinalis | Danio rerio | ...
説明:
ゲノム全体の機能の関係性を推測するためのフレームワークです。タンパク質相互作用、mRNAやタンパク質の共発現、遺伝的相互作用機構の相同性、転写因子結合部位の共有など、物理的な相互作用だけではなく間接的...
運用機関:
Howard Hughes Medical Institute, Harvard Medical School
生物種:
Drosophila melanogaster
説明:
ショウジョウバエの機能ゲノミクスに活用できるプラットフォームです。 Drosophila RNAi Screening Center (DRSC)およびTransgenic RNAi Project ...
運用機関:
Mayo Clinic, Scottsdale, Massachusetts Institute of Technology
生物種:
All
説明:
生化学系の簡単な熱力学的解析をシンプルなウェブインターフェイスで行うことができる生化学反応のための熱力学的計算ツールです。eQuilibrator は、生化学分野の化合物および反応をフリーテキストで検...
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統合TVにて解説動画が公開されています (2017年10月04日 版）