データベースのレコード一覧 (件数: 2607)
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運用機関:
University College London, Research Department of Structural and Molecular Biology, Institute of Structural and Molecular Biology, University College London
生物種:
All
説明:
Gene3Dは(PDB構造からの)CATHドメインファミリーを取得し、それらをPDB構造のない数百万のタンパク質配列に(HMMERから作成されたHidden Markovモデルを使って)割り当てます。
運用機関:
Center for Bioinformatics (CBI), Peking University
生物種:
Homo sapiens
説明:
自閉スペクトラム症（ASD）の遺伝的情報を収録したデータベースです。GWAS、ゲノムワイドCNV、連鎖解析、小さなスケールでの遺伝的関連、発現プロファイルなどから得られたASDに関連する遺伝子とCNV...
運用機関:
Stanford University School of Medicine
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトゲノムでキャプチャーされたオリゴヌクレオチドのデータベースです。ヌクレオチドの染色体上での位置、長さ、制限酵素、塩基配列、5末端'と3'末端の配列などを収録しています。染色体番号や位置、bed形式...
運用機関:
生物種:
All
説明:
遺伝子の必須性に着目したデータベースです。各遺伝子ごとにConditional（必須遺伝子）かNonessentialかの情報が付与されています。必須性の判断について、元になった文献情報、実験条件、遺...
運用機関:
Biological Data Management and Technology Center, Lawrence Berkeley National Laboratory
生物種:
Archaea | Bacteria | Eukaryota | Viruses
説明:
微生物のゲノムとマイクロバイオームのデータセットについてアノテーション、解析、分配をサポートするサイトです。DOE's Joint Genome Institute (JGI)で得られた配列にEBI ...
運用機関:
生物種:
Arabidopsis thaliana
説明:
シロイヌナズナのT-DNA挿入変異体由来のFlanking Sequence Tag（FST）のデータベースです。ベクター、対応する遺伝子、BLAST検索で一致する塩基配列、予測の挿入位置、遺伝子コー...
運用機関:
Mathivanan Lab, La Trobe Institute for Molecular Science
生物種:
All
説明:
細胞から分泌される直径30〜150nmの膜小胞（エクソソーム）のデータベースです。エクソソームについて、生物種、実験方法、検出した分子、文献、関連するパスウェイやタンパク質相互作用などの情報を収録して...
運用機関:
Center for Comparative Functional Genomics, Department of Biology, New York University, Max Delbrueck Center for Molecular Medicine (MDC), Max Planck Institute for Biology of Ageing, Howard Hughes Medical Institute
生物種:
Caenorhabditis elegans | Homo sapiens | Mus musculus
説明:
転写から翻訳までの間に行われるRNAレベルでの発現調整についてのデータベースです。発現調整を行うRNA結合タンパク質（RBP）およびマイクロRNA（miRNA）に対するRNA上の結合サイトの情報を収録...
運用機関:
Institute of Biochemistry and Biophysics Polish Academy of Sciences
生物種:
Arabidopsis thaliana | Caenorhabditis elegans | Drosophila melanogaster | Escherichia coli | Homo sapiens | ...
説明:
細胞活動において起こるゲノムの変化についてのデータベースです。クロマチンの再構成、ヒストンの変形、転写などのゲノムダイナミクス、DNA複製や翻訳などのDNA合成、DNAの修復、ダメージのチェックポイン...
運用機関:
生物種:
All
説明:
高分子内相互作用のデータベースです。高分子タンパク質のPDB ID、タンパク質に含まれるサブユニット、その相互作用の数とタイプ、および立体的な構造を収録しています。データはPDB IDやSCOPのサブ...
運用機関:
生物種:
Caenorhabditis | Danio rerio | Drosophila | Homo sapiens | Mus musculus | ...
説明:
Alliance of Genome Resourcesは、6つのモデル生物データベース（Saccharomyces Genome Database, WormBase, FlyBase, Zebra...
運用機関:
Oregon State University, Bioversity International, New York Botanical Garden, Lawrence Berkeley National Laboratory
生物種:
Rhodophyta | Phaeophyceae | Chlorophyta | Arabidopsis thaliana | Bryophyta | ...
説明:
植物のリファレンスオントロジーと遺伝子、表現型のデータを統合したデータベースです。Planteomeプロジェクトの開発した植物オントロジー（PO）、植物形質オントロジー（TO）、植物実験条件オントロジ...
運用機関:
Indiana University Bloomington
生物種:
All
説明:
クラウドコンピューティングおよびHPC（高性能計算）を利用した脳科学データの解析、データ管理、および可視化のためのオープンなオンラインプラットフォームです。ユーザーは自身のデータをアップロードしたり、...
運用機関:
Facultad de Ciencias Exactas y Naturales - Universidad de Buenos Aires
生物種:
All
説明:
病原体における薬剤標的の優先順位付けをするためのバイオインフォマティクスデータベースです。13の微生物ゲノム情報と実験情報、およびタンパク質の構造に基づいたドラッガビリティ予測、必須性、および代謝にお...
運用機関:
Technical University of Munich
生物種:
Homo sapiens
説明:
定量的質量分析に基づく大規模なプロテオミクスデータの探索が行えるインメモリデータベースです。遺伝子名やアクセッション番号などからのタンパク質/ペプチドの検索および染色体表示からヒトプロテオームのブラウ...
運用機関:
NASA Ames Research Center
生物種:
Acinetobacter pittii | Arabidopsis thaliana | Aspergillus fumigatus | Aspergillus niger | Aspergillus terreus | ...
説明:
NASA GeneLab は、地球上の生物の宇宙飛行環境に対する分子反応を探る実験に対する研究者のアクセスを拡大するリソースです。国際宇宙ステーション上で行われた実験で生成された膨大な量の生データが、...
運用機関:
Institute of Enzymology, Research Centre for Natural Sciences, Hungarian Academy of Sciences, MTA-ELTE Momentum Bioinformatics Research Group
生物種:
All
説明:
天然変性タンパク質（IDPs: Intrinsically Disordered Proteins）と立体構造を持つタンパク質の複合体を収載したデータベースです。機能や構造のアノテーション情報に加え、...
運用機関:
Ludwig-Maximilians-Universität München, Department Biologie II, Division of Neurobiology, Leibniz Supercomputing Centre of the Bavarian Academy of Sciences and Humanities
生物種:
All
説明:
神経科学データのための包括的で再現性のある管理･共有プラットフォームです。アップロードしたデータへの様々な場所からのアクセス、同期、バージョン管理、制限付きのデータ共有およびDOIを与えてデータを公開...
運用機関:
Ecole Polytechnique Federale de Lausanne, SIB Swiss Institute of Bioinformatics
生物種:
Apis mellifera | Arabidopsis thaliana | Caenorhabditis elegans | Danio rerio | Drosophila melanogaster | ...
説明:
公開された次世代シーケンシングデータおよび その他のゲノムアノテーションデータ（転写開始部位、SNP など）を標準フォーマット（SGA: Simple Genome Annotation）で保存するリ...
運用機関:
European Molecular Biology Laboratory (EMBL), National Center for Protein Sciences
生物種:
All
説明:
複数のレポジトリからのオミックスデータ（トランスクリプトミクス、ゲノミクス、プロテオミクス、メタボロミクス）を統合し、検索を可能にしたリソースです。ArrayExpress、PRIDE、MassIVE...
運用機関:
Lamond Group, University of Dundee
生物種:
Caenorhabditis elegans | Homo sapiens | Mus musculus
説明:
ダンディー大学の Lamond グループと共同研究者によって行われた大規模実験データを提供するプロテオームのエンサイクロペディアです。ヒトおよびモデル生物の3万件以上のタンパク質に対する定量、合成と分...
運用機関:
iReceptor, Simon Fraser University
生物種:
説明:
適応免疫（抗原/B-cell, T-cell）受容体レパートリーにおける次世代シーケンシングデータ (AIRR-seq) を保存し、共有するためのプラットフォームです。iReceptor Gatewa...
運用機関:
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
T細胞受容体配列を既知の抗原特異性とともに収録したキュレーションデータベースです。ウェブインターフェースからデータのブラウジングと検索を直感的に行うことができます。ユーザーのRepSeq (Immun...
運用機関:
Project Tycho, University of Pittsburgh, University of Pittsburgh Medical Center, Public Health Dynamics Laboratory, University of Pittsburgh, Department of Epidemiology, University of Pittsburgh
生物種:
Babesiidae | Bacillus anthracis | Borrelia | Brucella | Campylobacter | ...
説明:
1888年から2014年の間のアメリカ合衆国50州1284市の保健機関から報告された50の通知義務のある疾患についての毎週の症例数を含んだデータベースです。Project Tycho 2.0 は合衆国...
運用機関:
生物種:
All
説明:
BCO-DMO は、世界中の海洋学データを公開するレポジトリです。BCO-DMOのメンバーは、米国立科学財団（NSF）の海洋科学（OCE）部および極地プログラムオフィス（OPP）から資金提供を受けた研...
運用機関:
Radboud University, Donders Institute for Brain, Cognition and Behavior
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus
説明:
ラドバウド大学 ドンデルス脳認知行動研究所が、同研究所で作成･加工された研究データを管理、保存、共有するために構築したリポジトリです。公開データ情報の一部はログインせずに閲覧することができます。データ...
運用機関:
Swedish National Data Service, University of Gothenburg
生物種:
All
説明:
SND は、スウェーデン国内外に存在する新規および既存のスウェーデンの研究データへのアクセスを容易にする国家的サービスです。SND はあわせて、データ管理のプロセス全体にわたってスウェーデンの研究者を...
運用機関:
Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation, Australian National Data Service (ANDS)
生物種:
All
説明:
Commonwealth Scientific and Industrial Research Organisation (CSIRO) がさまざまな分野で公開した研究データ、ソフトウェア、その他の...
運用機関:
European Commission under FP7 Grant Agreement, European Molecular Biology Laboratory (EMBL)
生物種:
All
説明:
BioStudies データベースには、生物学的研究の説明、EMBL-EBI または外部のデータベースに含まれる生物学的研究データへのリンク、および EMBL-EBI の構造化されたアーカイブに適合し...
運用機関:
University of Essex, University of Manchester
生物種:
説明:
UK Data Service の社会学・経済学・人口学のオンラインデータリポジトリです。研究者は、公開データまたは保護データとして研究データを保存、公開、共有することができます。運営チームは、リリー...
運用機関:
生物種:
Arabidopsis thaliana | Bacillus subtilis | Bacteriophage lambda | Caenorhabditis elegans | Caulobacter crescentus | ...
説明:
リボソームプロファイリング法を用いて得られたRibo-seqデータの解析および視覚化のためのオンラインゲノムブラウザです。UCSC Genome Browserをベースに開発されています。公開されてい...
運用機関:
NEI NIH
生物種:
Homo sapiens
説明:
希少遺伝性眼疾患の表現型と遺伝子型情報を保存するDNAレポジトリおよび患者レジストリです。米国国立衛生研究所（NIH：National Institute of Health）の一機関である国立眼病研...
運用機関:
IOBIS
生物種:
All
説明:
世界中の海洋データの公開者に対し、データホスティングサービスとヘルプデスクによるサポートするOBIS ノードのIPT インストールのポータルサイトです。EurOBIS/Flanders Marine ...
運用機関:
ICPSR, Institute for Social Research
生物種:
Homo sapiens
説明:
人口研究に関するデータの普及、共有、および保存を通じて、人口統計学のコミュニティをサポートするリソースです。ウェブサイトから、テキスト検索や主題、地域、年代などによるデータの絞り込み検索が行えます。一...
運用機関:
ICPSR, Institute for Social Research
生物種:
Homo sapiens
説明:
健康と医療専門の米国最大の慈善団体であるロバート・ウッド・ジョンソン財団（RWJF：Robert Wood Johnson Foundation）のデータ・アーカイブです。RWJF が資金拠出する研究...
運用機関:
生物種:
Homo sapiens
説明:
HIPPIE は、複数のマニュアルキュレーションされたソースデータベースから、ヒトタンパク質-タンパク質間の相互作用データを統合するデータベースです。各相互作用データに、実験情報に基づいた信頼度のスコ...
運用機関:
生物種:
All
説明:
iDigBio IPT は、生物多様性データをホストし、標準化されたフォーマットで提供するウェブサイトです。iDigBio などのアグリゲーターが、自らのポータルに適用可能なデータを、自らのポータル上...
運用機関:
BenchSci
生物種:
説明:
生物医学研究者が論文から検証された抗体を迅速かつ容易に同定できるように設計されたフリープラットフォームです。機械学習ソフトウェアの開発により、抗体の使用された論文における図の情報が集積されています。タ...
運用機関:
US Environmental Protection Agency
生物種:
説明:
Chemistry Dashboard は、化学物質の安全性を評価するため EPA によって開発されたダッシュボードの一部分です。現在使用されている 70 万以上の化学物質に関するさまざまな情報にアク...
運用機関:
United States Geological Survey (USGS)
生物種:
All
説明:
GBIF の米国ノード（U.S. Geological Survey: USGS）が運営し、Biodiversity Information Serving Our Nation (BISON) が管...
運用機関:
United States Geological Survey (USGS)
生物種:
All
説明:
OBIS-USA が GBIF Integrated Publishing Toolkit (IPT) をインストールして構築、運営しているデータリポジトリです。OBIS-USA は、主に米国の領海内...
運用機関:
Taiwan Biodiversity Information Facility
生物種:
All
説明:
GBIF 台湾ポータルがGBIF 事務局との協力の下、GBIF Integrated Publishing Toolkit (IPT) をインストールして構築、運営しているデータリポジトリです。台湾生...
運用機関:
GBIF Sweden
生物種:
All
説明:
GBIFスウェーデンがGBIF 事務局との協力の下、GBIF Integrated Publishing Toolkit (IPT) をインストールして構築、運営しているデータリポジトリです。GBIF...
運用機関:
Instituto Superior de Agronomia, University of Lisbon, GBIF Portugal
生物種:
All
説明:
GBIFポルトガルがGBIF 事務局との協力の下、GBIF Integrated Publishing Toolkit (IPT) をインストールして構築、運営しているデータリポジトリです。GBIFポ...
運用機関:
Natural History Museum at the University of Oslo, GBIF Norway
生物種:
All
説明:
GBIFノルウェーがGBIF 事務局との協力の下、GBIF Integrated Publishing Toolkit (IPT) をインストールして構築、運営しているデータリポジトリです。GBIFノ...
運用機関:
GBIF France
生物種:
All
説明:
GBIF フランスが、GBIF トーゴを代理して、GBIF 事務局との協力の下、GBIF Integrated Publishing Toolkit (IPT) をインストールして構築、運営しているデ...
運用機関:
Centre National de Recherches sur l'Environnement (CNRE), GBIF France
生物種:
All
説明:
GBIF フランスが、マダガスカル生物多様性情報機構（MadBIF：Madagascar Biodiversity Information Facility）を代理して、GBIF 事務局との協力の下、...
運用機関:
GBIF France
生物種:
All
説明:
GBIF フランスが、GBIF ギニアを代理して、GBIF 事務局との協力の下、GBIF Integrated Publishing Toolkit (IPT) をインストールして構築、運営しているデ...
運用機関:
GBIF France
生物種:
All
説明:
GBIF フランスが、GBIF ベナンを代理して、GBIF Integrated Publishing Toolkit (IPT) をインストールして構築し、GBIF 事務局との協力の下で運営している...
運用機関:
GBIF France, The French National Research Agency (ANR)
生物種:
All
説明:
GBIF フランスがGBIF 事務局との協力の下、GBIF Integrated Publishing Toolkit (IPT) をインストールして構築、運営しているデータリポジトリです。GBIF ...
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統合TVにて解説動画が公開されています (2017年10月04日 版）