サーバ更新のお知らせ
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データベースのレコード一覧 (件数: 2572)
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生物種
カテゴリ
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地域
その他
運用機関:
EarthChem, Lamont-Doherty Earth Observatory (LDEO), Columbia University, Marine Geoscience Data System
生物種:
説明:
IEDA システムは、地球規模の地球化学および海洋地球科学研究の主要なコミュニティデータコレクションです。幅広い観測フィールドおよび分析データタイプの保存、発見、検索、分析をサポートしています。IED...
運用機関:
生物種:
All
説明:
タンパク質を相互作用ネットワークの面から分析するための一連のツールを提供するリソースです。 IMEx コンソーシアムに準拠したタンパク質-タンパク質間相互作用データベースから手動でキュレートしたデータ...
運用機関:
College of Earth, Ocean and Atmospheric Science, Oregon State University, San Diego Supercomputer Center, University of California San Diego, Scripps Institution of Oceanography, University of California
生物種:
説明:
地球科学に関するデータとモデルを扱ったデータベース、ネットワーク、リポジトリをまとめたオンラインリソースです。化学的性質、磁場情報、海山研究に関わる多種の分野による情報、地球科学教育のためのデータなど...
運用機関:
Oak Ridge National Laboratory, University of California Santa Barbara, University of New Mexico
生物種:
Metazoa | Archaea | Bacteria | Eukaryota | Fungi | ...
説明:
DataONE は、コミュニティ主導により、複数のメンバーリポジトリにデータへのアクセスを提供するプロジェクトです。主に地球･環境データの検索と発見の強化をサポートします。 野生生物や疾患の分布に関す...
運用機関:
Barcelona Supercomputing Center (BSC), Institute for Research in Biomedicine
生物種:
Homo sapiens
説明:
UniProtKBに含まれる全てのヒトタンパク質配列上で起こりうるアミノ酸変異体の病理学的影響の予測データを収集するリポジトリです。病理学的影響のないニュートラルな変異も対象としています。各タンパク質...
運用機関:
生物種:
All
説明:
読み取り配列の生データをアーカイブするために特化したデータリポジトリです。Sanger シーケンシングマシンからシングルセルシーケンシングマシンまで、さまざまなシーケンシングプラットフォームから生成さ...
運用機関:
Université catholique de Louvain
生物種:
Fungi
説明:
BCCM/MUCL は、糸状菌、酵母、およびアーバスキュラー菌根のコレクションとその関連情報のデータベースです。種名、収集履歴、菌床、生息域などを収録しています。種名、生息域による検索や、タキソノミー...
運用機関:
Section of Mycology and Aerobiology, Scientific Institute of Public Health (WIV-ISP)
生物種:
Ascomycetes | Basidiomycetes | Fungi incertae sedis
説明:
ヒトや動物の疾患に関わる真菌の培養コレクションです。酵母や糸状菌、病原体、アレルゲン性もしくは毒性種、リファレンス株や教育用資料など、世界中から入手できる分離株が収録されています。種名、略号、変異体に...
運用機関:
Swiss Institute of Bioinformatics (SIB)
生物種:
Viruses
説明:
ウイルス属やファミリーの詳細な分子や疫学情報と細胞外状態のウィルス（ビリオン）やゲノムの情報を提供するデータベースです。DVAウィルス、RTウィルス、RNAウィルスを含み、ビリオン状態の模式図、ゲノム...
運用機関:
Swiss Institute of Bioinformatics (SIB)
生物種:
説明:
病原性生物（細菌、毒素、ウイルス）が特異的に付着する既知の糖化合物配列のデータベースです。ウイルス、バクテリア、および生体毒素レクチンの特異的な結合を公開されている文献からグリカンの種類や構造、リガン...
運用機関:
Laboratory for Protistology & Aquatic Ecology (PAE), Ghent University
生物種:
Bacillariophyta | Rhodophyta | Phaeophyceae | Chlorophyta
説明:
BCCM/DCG パブリックコレクションは、珪藻類を専門とする培養コレクションです。応用的視点から興味深い他の微細藻類もコレクションに含まれています。各培養株ごとに種名、収拾単離の情報、成育温度や形態...
運用機関:
Institute of Tropcial Medicine (ITM)
生物種:
Mycobacterium
説明:
TDR TB-Strain バンクを含む、世界最大級かつ最も多様なマイコバクテリアのコレクションを収蔵しています。ブルーリ潰瘍 (Buruli ulcer) およびその他のマイコバクテリア疾患に対抗す...
運用機関:
Dessimoz Lab,Computational Evolutionary Biology and Genomics, Swiss Institute of Bioinformatics (SIB)
生物種:
All
説明:
OMA (Orthologous MAtrix) プロジェクトは、完全長ゲノム間のオーソログを推論するための方法およびデータベースです。種内または種間で保持される相同配列（オーソログ、パラログ）につい...
運用機関:
Centre for Protein Engineering (CIP), University of Liege
生物種:
Chroococcales | Nostocales | Oscillatoriales | cyanobacteria
説明:
文書化された（亜）極地に生息するラン藻類のパブリックコレクションです。南極および北極における陸上探検により得られたサンプルについて、系統の分離および培養に依存しない手法（DGGE、クローンライブラリ、...
運用機関:
Laboratory of Microbiology UGen (LM-UGent), Ghent University, Faculty of Sciences
生物種:
Bacteria
説明:
BCCM/LMG は、特性が十分明らかになっている菌株で構成される細菌培養コレクションです。本コレクションに含まれる生物学的な発生源は非常に幅広く、食品、臨床、獣医学、農業、水生およびその他の環境源か...
運用機関:
Laboratoire d'Analyses Bioinformatiques pour la Genomique et le Metabolisme (LABGeM)
生物種:
Bacteria
説明:
MicroScope は微生物の比較ゲノム解析と手動機能アノテーションのためのオンラインプラットフォームです。リレーショナルデータベーススキーマを用いて統語論的および機能的アノテーションパイプラインの...
運用機関:
Sea Lice Research Centre
生物種:
Anopheles gambiae | Drosophila melanogaster | Gadus morhua | Lepeophtheirus salmonis
説明:
フナムシのゲノムのデータベースです。カイアシ目（Lepeophtheirus salmonis）のゲノムアノテーションに加えて、ゲノムブラウザ、BLAST 機能、関連するハイスループットゲノミクスの研...
運用機関:
生物種:
Arabidopsis thaliana | Bacillus subtilis | Bos taurus | Caenorhabditis elegans | Danio rerio | ...
説明:
低分子化学、生化学パスウェイ、薬品化合物など、酵素に関する公に利用可能な情報を統合したポータルサイトです。酵素の名称、別名、適合するタンパク質、触媒活性、共因子の情報を収録しています。疾患、酵素分類、...
運用機関:
European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), Wellcome Genome Campus, The Wellcome Trust Sanger Institute, The Wellcome Trust Genome Campus
生物種:
Bacteria | Euaryota | Fungi | Vertebrata
説明:
脊椎動物に加え、細菌、原生生物、菌類、植物、無脊椎動物のゲノムに関する情報を収集したデータベースです。ゲノムアッセンブリー、遺伝子アノテーション、比較ゲノミクス、変異の情報を収録しています。種名、遺伝...
運用機関:
Laboratory of Informatics and Chemistry
生物種:
All
説明:
Dolbico は、DNA 構造データを格納するデータベースです。構造データには、DNA の局所的な空間配置に関する情報が含まれます。局所的な DNA 構造の解析は、ジヌクレオチドをいくつかの別個のコ...
運用機関:
Universitè Paris-Sud 11, CNRS
生物種:
Archaea | Bacteria
説明:
公開された微生物ゲノムやユーザーが提供する配列に対して、CRISPR 配列を容易に検出するためのデータベースとツールを提供するサイトです。また、CRISPR-cas （CRISPR-associate...
運用機関:
University of Helsinki
生物種:
Homo sapiens
説明:
フィンランドの住民群における配列変異のデータを検索する方法を提供するリソースです。フィンランドのコホートにおける異なる変異の属性と出現を確認し、フィンランドにおける集合的分布を地図上で可視化することが...
運用機関:
Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), Swiss Institute of Bioinformatics and the Biozentrum University of Basel
生物種:
All
説明:
計算タンパク質構造予測法（およびモデル品質推定技術）を連続的かつ自動的にベンチマーキングするシステムです。CAMEO の評価は、PDB から毎週事前にリリースされた目標の blind predicti...
運用機関:
Lawrence Berkeley National Laboratory (LBNL)
生物種:
Eukaryota | Microbiota
説明:
KBase は、植物や微生物の研究において、ユーザーが自らのデータをアップロードし、共同作業者や公開データと一緒に分析し、より現実的なモデルを構築し、ワークフローと結論を共有、公開することを可能にする...
運用機関:
VIB
生物種:
All
説明:
プラスミド、微生物宿主株、DNAライブラリの長期保存と配布を保証するコレクションです。微生物宿主株内での複製が可能な組換えプラスミドのコレクションにフォーカスしています。また、系統保護の寄託および特許...
運用機関:
Laboratory of Developmental Biology, Graduate School of Science, Osaka University
生物種:
Metazoa
説明:
発達生物学研究のために特化して設計された、後生動物の転写因子（TF）および母性因子に関するリソースです。母性因子は未受精卵で発現し、時間の経過と共に徐々に減少するので、発達上重要な遺伝子の探索範囲を減...
運用機関:
生物種:
All
説明:
特許文書の全文、画像および添付ファイルから抽出された化合物データを収録した大規模な公開リソースです。データは、自動テキスト･イメージマイニングパイプラインにより、毎日特許文献から抽出されます。高度な複...
運用機関:
Global Biodiversity Information Facility (GBIF), SiB Colombia
生物種:
All
説明:
コロンビア生物多様性情報システム (SiB Colombia) が、GBIF Integrated Publishing Toolkit (IPT) をインストールして構築、運営しているデータリポジト...
運用機関:
Canadensys, Universite de Montreal Biodiversity Centre, Global Biodiversity Information Facility (GBIF)
生物種:
All
説明:
GBIF カナダが、GBIF Integrated Publishing Toolkit (IPT) をインストールして構築、運営しているデータリポジトリです。本リポジトリでは、データセットに DOI...
運用機関:
Global Biodiversity Information Facility (GBIF), Atlas of Living Australia
生物種:
All
説明:
Atlas of Living Australia （GBIF オーストラリア）が、GBIF 事務局との協力の下、GBIF Integrated Publishing Toolkit (IPT) をイ...
運用機関:
He Group, University of Michigan Medical School
生物種:
All
説明:
オントロジーデータの共有、視覚化、照会、統合、および分析を容易にすることを目的としたリンクデータサーバーです。個々のオントロジー用語の URI を、 (i) ユーザフレンドリーな web ブラウジング...
運用機関:
Global Biodiversity Information Facility (GBIF) in Spain, Global Biodiversity Information Facility (GBIF), Copenhagen, Denmark
生物種:
All
説明:
GBIF スペインが、GBIF Integrated Publishing Toolkit (IPT) をインストールして構築、運営しているデータリポジトリです。本リポジトリでは、データセットに DO...
運用機関:
FlyBase administrators, MRC Human Genetics Unit, University of Edinburgh, MRC Laboratory of Molecular Biology (LMB), University of Cambridge, University of Edinburgh
生物種:
Drosophila melanogaster
説明:
キイロショウジョウバエ (Drosophila melanogaster) の詳細な神経解剖学、ニューロンの接続性、および遺伝子発現を探索するためのインタラクティブなツールです。同一の脳テンプレート上...
運用機関:
生物種:
All
説明:
系統分類学における進化研究のためのオンラインデータベースと作業領域を提供するウェブアプリケーションです。査読済み研究を手掛ける研究者に対し、画像をアップロードし、その画像とデータ（ラベル、種名など）を...
運用機関:
Weizmann Institute of Science
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトの疾患データベースです。既存のデータソースから疾患エントリのそれぞれについて概要、症状、解剖学的情報、薬、遺伝的検査、変異、文献などの情報を収集しています。ソース間で異なる疾患名を統合する「エイリ...
運用機関:
BioGen, The Wellcome Trust Sanger Institute, The Wellcome Trust Genome Campus
生物種:
Homo sapiens
説明:
既知のおよび潜在的な薬物標的と疾患との関連性に関するエビデンスを提供するために設計･開発された統合および可視化プラットフォームです。フォローアップすべき生物学的ターゲットの同定と優先順位付けを支援する...
運用機関:
生物種:
Ascomycota | Basidiomycota | Blastocladiomycota | Chytridiomycota | Fungi | ...
説明:
真菌の分類学的データ、表現型の詳細、その他有用なデータを収集するデータベースです。その目的は、現在の真菌の分類学的理解を向上させることであり、ひいては、菌類学者が現在の真菌分類システムについてのより優...
運用機関:
Biozentrum, University of Basel
生物種:
Caulobacter crescentus | Neisseria meningitidis | Streptomyces coelicolor | Streptomyces granaticolor
説明:
ストレプトミセス属、カウロバクター属、およびナイセリア属のプロテオミクスデータベースです。この分野におけるユニークなデータベースです。所与の種の様々な発達段階におけるタンパク質の発現に関する知識ベース...
運用機関:
生物種:
Hepatitis C virus
説明:
HCVIVdb は、C 型肝炎ウイルスの内部リボソーム進入部位（IRES）内で観察される変異についての公開データを集めたデータベースです。
運用機関:
Institute of Organic Chemistry and Biochemistry of the Czech Academy of Sciences (IOCB)
生物種:
All
説明:
Benchmark CCSD(T)/完全基底関数極限計算結果を収録したデータベースです。分子構造、エネルギー、および特性に関する高精度の QM 計算結果を収集します。これらのデータは、他の計算方法のテ...
運用機関:
European Commission under FP7 Grant Agreement, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, UNM School of Medicine, University of Miami School of Medicine
生物種:
Homo sapiens
説明:
TCRD は、ドラッガブルゲノム知識管理センター（IDG-KMC：Druggable Genome Knowledge Management Center ）を支える薬剤のヒトゲノムターゲットに関する...
運用機関:
UNM School of Medicine
生物種:
Bacteria | Viruses
説明:
薬のオンラインデータベースです。有効成分、化学物質、医薬製品、薬の作用機序、適応症に関する情報を提供しています。FDA、EMA、および PMDA の新薬承認情報を定期的にモニタリングし、リソースの最新...
運用機関:
CONCERT-European Joint Programme for the Integration of Radiation Protection Research
生物種:
Canis familiaris | Drosophila | Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus
説明:
STOREDB は、放射線生物学および放射線疫学分野のデータとリソースの共有のためのインフラストラクチャを提供します。放射線の影響に関する研究から得られたあらゆる種類の主要なデータおよび成果物（疫学的...
運用機関:
International Cooperation Center for Agricultural Research for Development (CIRAD), Bioversity International, South Green
生物種:
Musa
説明:
Banana Genome Hub は、バナナ (Musa acuminata) の遺伝子およびゲノムデータのデータベースを集中管理する、バナナの遺伝的リソースのポータルサイトです。各品種の学名、特徴...
運用機関:
Bioversity International
生物種:
Musa
説明:
バナナ（Musa）の生殖質の多様性に関する重要な情報を含むデータベースです。世界中のコレクションで管理されている登録データについて、パスポートデータ（ID、名称、保持するコレクションなど）、植物学的分...
運用機関:
Wenzhou Medical University
生物種:
Homo sapiens
説明:
遺伝子中心のバックグラウンド 新生突然変異率（DNMR ： novo mutation rate） のデータベースです。異なる方法および集団の変動データから得られたバックグラウンドDNMRや各遺伝子の...
運用機関:
European Organisation for Nuclear Research (CERN)
生物種:
All
説明:
誰もが Open Science に参加できるようにするため、OpenAIRE と CERN が構築、開発したジェネラリストの研究データリポジトリです。フォーマット、サイズ、アクセス制限またはライセン...
運用機関:
Interdisciplinary Laboratory of Biological Systems Modelling, Center of New Technology (CeNT)
生物種:
All
説明:
リンクを形成するタンパク質鎖と複合体に関する情報のコレクションです。LinkProt は、決定論的なリンク（システインによって閉じたループ）を検出し、MacroLink と呼ばれるタンパク質鎖ネットワ...
運用機関:
REFLORA Programme
生物種:
Chlorophyta | Phaeophyceae | Rhodophyta | Fungi | Viridiplantae
説明:
リオデジャネイロ植物園（JBRJ）外国産植物標本館に収蔵されているブラジル植物の画像を表示するためのバーチャル植物園データベースです。標本の写真、学名、同定者、標本所蔵機関、標本の採集地や採集者などの...
運用機関:
Quantitative and Computational Biology Group, Max Planck Institute for Biophysical Chemistry
生物種:
All
説明:
予測計算されたプロテオームにおける等電点のデータベースです。18 種類の手法を用いて計算された 5,029 件のタンパク質（2,100万の配列）の予測される等電点についてアミノ酸配列、分子量、各手法に...
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統合TVにて解説動画が公開されています (2017年10月04日 版）