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データベースのレコード一覧 (件数: 2572)
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生物種
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その他
運用機関:
Cell Networks, University of Heidelberg
生物種:
All
説明:
分子量が低いタンパク質の相互作用の3次元化学構造に関する情報を提供します。 タンパク質 - タンパク質、タンパク質 - ペプチド、タンパク質 - 化学物質の相互作用について、スーパーインポーズによって...
運用機関:
New England Biolabs
生物種:
All
説明:
公開･未公開のソースに含まれる DNA ポリメラーゼの生化学的、遺伝学的、構造的情報を検索できるオープンデータベースです。活性、３次元構造、塩基とアミノ酸の配列、変異の位置などを収録しています。ポリメ...
運用機関:
The Abagyan Lab UC San Diego, University of California San Diego
生物種:
All
説明:
低分子化合物により機能調節ができる可能性が高い結合部位（druggable binding site）の立体構造的な組み合わせに関する百科事典です。立体構造は、Protein Data Bank に収...
運用機関:
Agriculture Research Service (USDA-ARS), Iowa State University
生物種:
Fungi | Nematoda | Oomycetes | Sinorhizobium meliloti | Viridiplantae
説明:
植物と植物の病原体の遺伝子発現に関する統一的リソースです。MIAME (Minimum Information About a Microarray Experiment) /Plantに準拠する公開...
運用機関:
Ming Chen's Lab, Zhejiang University
生物種:
Viridiplantae
説明:
植物ゲノムに広く発生し、生理学的、病理学的プロセスにおいて調節 RNA として機能する天然のアンチセンス転写物 (NAT：Natural Antisense Transcript) のデータベースです...
運用機関:
Bioinformatics and Computational Biology Program, Roy J. Carver Department of Biochemistry, Biophysics and Molecular Biology (BBMB), Iowa State University
生物種:
Arabidopsis thaliana
説明:
遺伝子や代謝物の機能を研究するためのリソースを研究者に提供する、シロイヌナズナのメタボロミクスデータベースです。
運用機関:
生物種:
Caenorhabditis elegans | Drosophila melanogaster | Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus | ...
説明:
タンパク質間相互作用ネットワークの構築、フィルタリング、可視化、管理のための統合的プラットフォームです。選定された６つの公共データベースから取得したタンパク質名、生物種、相互作用するタンパク質の有無、...
運用機関:
Banting and Best Department of Medical Research, The Donnelly Centre, University of Toronto
生物種:
Saccharomyces cerevisiae
説明:
温度感受性変異体の顕微鏡写真から抽出された定量的測定値を収録し、その可視化、データマイニングが可能なデータベースです。ユーザーは、対象の遺伝子の原画像とその定量化された形態データを迅速に検索、取得する...
運用機関:
Microbial Genome Annotation Network (MGAN)
生物種:
Bacteria
説明:
研究者のコミュニティが、協力して細菌のゲノムにアノテーションを付すことができるリソースです。既存のゲノムに対し変更を提案することができる他、これらの変更を NCBI Genbank に反映することも可...
運用機関:
Bioinformatics and ECCPS bioinformatics service group, Max Planck Institute for Heart and Lung Research
生物種:
Notophthalmus viridescens
説明:
ハイスループット実験から得られたブチイモリ（red spotted newt Notophthalmus viridescens）のオーミクスデータを集約した包括的なリポジトリです。組織再生の間に発現...
運用機関:
Gautheret Lab, Institute for Integrative Biology of the Cell
生物種:
Archaea | Bacteria
説明:
配列決定された1000 以上の細菌ゲノムのリストに含まれる任意のゲノムから、RNAリッチのクラスターを検索することができるデータベースです。参照ゲノムの遺伝子間領域を、重なり合う50塩基毎のセグメント...
運用機関:
The Jackson Laboratory, Bar Harbor
生物種:
Mus musculus
説明:
マウスの遺伝子と表現型に関する主要な実験、データ収集プロトコル、解析ツールを提供するデータベースです。データセットは、研究者から任意で提供されたソース、または公共のソースから独自に抽出されたものです。...
運用機関:
Lawrence Berkeley National Laboratory, InterMine, System Biology Centre
生物種:
Caenorhabditis elegans | Drosophila ananassae | Drosophila melanogaster | Drosophila mojavensis | Drosophila pseudoobscura | ...
説明:
線虫とショウジョウバエのゲノムにおける機能エレメントのデータベース modENCODE のデータおよび実験の詳細を閲覧･検索することができる、データとツールの統合的ウェブリソースです。キーワードを選択...
運用機関:
MRC Mitochondrial Biology Unit (MBU), University of Cambridge
生物種:
Eukaryota
説明:
哺乳類、ゼブラフィッシュ、酵母のミトコンドリア局在に関するエビデンスおよび表現型データを集めた統合的ウェブリソースです。 ミトコンドリアの遺伝子、分布、タンパク質とMTS（mitochondrial ...
運用機関:
ELIXIR, Wellcome Genome Campus, Swiss Institute of Bioinformatics (SIB)
生物種:
All
説明:
データコレクション（管理されたボキャブラリ、データベースなど）およびその URI、対応する物理的 URL（またはリソース）のカタログを核として構成されたレジストリです。これらのリソースは、データへのア...
運用機関:
Wellcome Trust Sanger Institute, Wellcome Trust Genome Campus
生物種:
Arabidopsis thaliana
説明:
プライマリ miRNA の発現データの比較解析結果を集めた包括的プラットフォームです。直感的に利用できるユーザーフレンドリーなインターフェイスを備えた、汎用的および拡張可能なデータベース･スキームに、...
運用機関:
Indian Institute of Technology Kanpur
生物種:
All
説明:
MIP（主要内在性膜タンパク質）ファミリーの構造比較モデルのデータベースです。ほぼ完成されているこの MIP のデータセットは、NCBI が提供している生物の完全長ゲノム配列を用いて特定されたものです...
運用機関:
Department of Biology, University of Rome Tor Vergata
生物種:
All
説明:
実験的に検証されたタンパク質-タンパク質相互作用のデータベースです。タンパク質名、相互作用の種類、検出方法、文献情報を専門家が学術論文から手動でキュレートしています。タンパク質、遺伝子、文献による検索...
運用機関:
Department of Chemistry (UZH Chemistry), University of Zurich
生物種:
All
説明:
PDB および NDB に寄託された核酸の構造における各金属イオンの第一殻および第ニ殻の正確な幾何学的情報を収録したデータベースです。さらに、結合ポケットに近位の核酸の配列情報を含むため、リガンドおよ...
運用機関:
Huang's Lab (HLAB)
生物種:
All
説明:
ファージディスプレイライブラリから選択された活性部位模倣ペプチドのデータベースです。ファージディスプレイ技術を用いて、ランダムなペプチドライブラリから選定されたペプチドに関する情報を収載しています。選...
運用機関:
Leibniz Institute of Plant Genetics and Crop Plant Research (IPK)
生物種:
Arabidopsis thaliana | Beta vulgaris | Brassica napus | Hordeum vulgare | Medicago truncatula | ...
説明:
農業上および経済上重要な穀物の主要な代謝経路に関する情報を主に含むデータベースです。本データベースは、反応およびその反応に伴う動態データに関する情報を、手作業でキュレーションした上で収載しています。さ...
運用機関:
University of Florida
生物種:
Drosophila melanogaster | Homo sapiens | Mus musculus
説明:
3つのゲノムにおける遺伝子の上流ノンコーディング配列データ情報を掲載し、転写因子結合部位（TFBS）に関する知見を提供するデータベースです。各転写について、スキャンされた領域は転写が開始される上流 1...
運用機関:
Zhao Bioinformatics Laboratory
生物種:
Lotus japonicus | Medicago truncatula
説明:
LegumeIP 2.0 データベースは、大規模ゲノミクスおよびトランスクリプトミクスデータを収載し、マメ科植物における遺伝子の機能と進化に関する統合的なバイオインフォマティクスツールを提供します。各...
運用機関:
National Centre for Scientific Research (CNRS)
生物種:
All
説明:
タンパク質の相互作用について構造と進化を解析するためのデータベースです。相互作用の構造を扱うInterEvolDB、アミノ酸配列を扱うInterEvolAlign、両方の情報を組み合わせて解析するIn...
運用機関:
State Key Laboratory of Microbial Metabolism, Shanghai Jiaotong University
生物種:
Bacteria
説明:
細菌内で見られる integrative and conjugative element (ICE) に関するウェブベースリソースです。PostgreSQLベースのデータベースとして、既知または推定さ...
運用機関:
Center for Computational Biology and Bioinformatics and College of Engineering (CCBB), Koc University (KU)
生物種:
All
説明:
タンパク質の相互作用においてエネルギー的に重要となる残基（ホットスポット）のデータベースです。予測されるホットスポット残基のタイプとインターフェイスの構造的特性（インターフェイス残基対ポテンシャルなど...
運用機関:
University of Bari
生物種:
Homo sapiens
説明:
集団遺伝学およびミトコンドリア性疾患研究をサポートするためのオープンリソースです。公開されている集団調査関連の研究から得られたヒトのミトコンドリアゲノム配列について、人種によるグループ分け（アフリカ、...
運用機関:
Advanced Centre for Treatment, Research and Education in Cancer (ACTREC), Tata Memorial Centre (TMC)
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトのヒストンの多型や翻訳後修飾部位（PTM）、および様々なヒストンを修飾する酵素に関するデータベースです。 ５種類のヒストンに対する多型の詳細情報（遺伝子ID、プロモーター配列、関連疾患など）や、翻...
運用機関:
生物種:
Homo sapiens
説明:
ハプロタイプブロックのバリアントにおけるノンコーディングゲノム（疾患に関連する遺伝子座における調節 SNP 候補など）についてのアノテーションを探索するツールです。1000 ゲノムプロジェクトから得ら...
運用機関:
Swiss Institute of Bioinformatics (SIB)
生物種:
All
説明:
異なる生物種と条件下における遺伝子やタンパク質の発現パターンに関する情報を集めたデータベースです。マイクロサテライトやRNAシーケンシングを用いた多くの実験データを手動でキュレートし、実験条件、発現部...
運用機関:
生物種:
All
説明:
配列、構造、系統発生、機能の関係を通じてタンパク質（酵素）の機能進化を探索するためのリソースです。ドメイン構造、EC番号による機能分類、構成クラスターの生物種内分布率、GOアノテーションなどが、ダイナ...
運用機関:
Computational Biology and Informatics Laboratory (CBIL), University of Pennsylvania, Center for Tropical & Emerging Global Diseases, University of Georgia, US Department of Health and Human Services
生物種:
Fungi | Oomycetes
説明:
菌界のゲノムと機能をまとめた統合的ゲノムデータベースです（EuPathDBのファミリーデータベース）。全ゲノム配列とアノテーションに加え、実験分離株および環境分離株の配列データも収録されています。また...
運用機関:
Stockholm Bioinformatics Center
生物種:
Arabidopsis thaliana | Caenorhabditis elegans | Canis familiaris | Ciona intestinalis | Danio rerio | ...
説明:
ゲノム全体の機能の関係性を推測するためのフレームワークです。タンパク質相互作用、mRNAやタンパク質の共発現、遺伝的相互作用機構の相同性、転写因子結合部位の共有など、物理的な相互作用だけではなく間接的...
運用機関:
Howard Hughes Medical Institute, Harvard Medical School
生物種:
Drosophila melanogaster
説明:
ショウジョウバエの機能ゲノミクスに活用できるプラットフォームです。 Drosophila RNAi Screening Center (DRSC)およびTransgenic RNAi Project ...
運用機関:
Mayo Clinic, Scottsdale, Massachusetts Institute of Technology
生物種:
All
説明:
生化学系の簡単な熱力学的解析をシンプルなウェブインターフェイスで行うことができる生化学反応のための熱力学的計算ツールです。eQuilibrator は、生化学分野の化合物および反応をフリーテキストで検...
運用機関:
Genomics Institute, University of California
生物種:
Caenorhabditis | Drosophila | Homo sapiens | Mus musculus
説明:
ヒトゲノムの機能因子のパーツを包括的なリストにまとめたデータベースです。タンパク質やRNAレベルで働く因子や、細胞や遺伝子が活性化する環境を制御する調節因子について、各因子の説明、解析方法や条件詳細、...
運用機関:
Universitetet i Bergen
生物種:
Eukaryota
説明:
真核生物におけるタンパク質相互作用部位の線形モチーフ（Eukaryotic Linear Motif:ELM）のアノテーションと発見に主眼を置いた計算生物学のリソースです。機能の種類、構成、3次元構造...
運用機関:
生物種:
説明:
オーソロガスな遺伝子群のデータベースです。（遺伝子オーソログのデータベースです。）これらのオーソロガス群には、機能を説明するアノテーション（様々なアノテーションにもとづき、遺伝子に共通する特徴 [de...
運用機関:
Texas A and M University
生物種:
Escherichia coli
説明:
あらゆる非病原性大腸菌とそのファージ、プラスミド、可動性遺伝因子にアノテーションを付すことを目的とした、コミュニティベースのリソースです。大腸菌の各系統についての遺伝子型、表現型、関係するプラスミドな...
運用機関:
Disease Systems Biology Group, Novo Nordisk Foundation Center for Protein Research, University of Copenhagen
生物種:
Homo sapiens
説明:
疾患に関連する SNP および遺伝子を染色体の観点から容易に照会･可視化することができるデータベースです。過去に行われたゲノムワイド関連解析（GWAS：genome-wide association ...
運用機関:
Structural Biology and Bioinformatics Division Indian Institute of Chemical Biology
生物種:
Actinobacillus | Aeromonas | Arcanobacterium | Bacillus | Bordetella | ...
説明:
ヒトに対する細菌外毒素のデータベースです。本データベースは、ヒトの細菌性疾患の発症に寄与する毒素に関する情報を集約することを目的としています。病原菌については名称とNCBI Taxonomyへのリンク...
運用機関:
European Medicines Agency
生物種:
説明:
2004 年 5 月 1 日以降、欧州連合（EU）において開始されたすべての介入臨床試験のデータベースです。小児用医薬品開発に関連する臨床試験も含まれています。各エントリーには臨床試験名、基礎情報、適...
運用機関:
Open Research and Contributor ID Initiative (ORCID)
生物種:
説明:
ORCID は、研究者を特定する独自の識別子のレジストリです。透明性の高い手法で、これらの識別子に研究活動と成果を結びつけます。ORCID は、学問分野、研究分野、国境を越える拡張性においてユニークで...
運用機関:
生物種:
説明:
GESDB は、ヒト遺伝子研究についてのシミュレーションデータを共有し、シミュレーション技術を議論するためのプラットフォームです。データベースには、シミュレーションの説明、シミュレーション結果、および...
運用機関:
University of California
生物種:
All
説明:
BiGG は、公開されたゲノムスケールの代謝ネットワークの概説をまとめたフリーのリソースです。遺伝子はNCBI ゲノムアノテーションを使用してマッピングし、代謝産物は KEGG、PubChem などの...
運用機関:
AgBase, Mississippi State University
生物種:
All
説明:
宿主-病原体間におけるタンパク質-タンパク質間相互作用（PPI： protein-protein interaction）を収録したデータベースです。実験から得られた PPI についてタンパク質名と生...
運用機関:
Universiteit Stellenbosch
生物種:
All
説明:
運動モデルの構築、修正、シミュレーションを行う他、キュレーションされたモデルを保存するためのシステム生物学ツールです。モデル名、生物種、組織、反応過程、シミュレーション、文献の情報などを収録しています...
運用機関:
Labome
生物種:
All
説明:
市販の試薬についての情報を整理したデータベースです。試薬には、抗体、siRNA / shRNA、ELISA キット、cDNA クローン、タンパク質/ペプチド、および生化学物質が含まれます。抗体の品質に...
運用機関:
ELIXIR-Hub, UK, URGI, transplant
生物種:
Agaricus subrefescens | Arabidopsis thaliana | Arabis alpina | Botrytis cinerea B0510 | Botrytis cinerea T4 | ...
説明:
植物や真菌の害虫に特化した多種統合的な情報システムです。遺伝学データとゲノムデータを橋渡しすることで、研究者に農学に関係する種の遺伝的情報（遺伝地図、定量的形質遺伝子座、関連遺伝学、マーカー、多型、生...
運用機関:
Heidelberg Institute for Theoretical Studies, University of Manchester
生物種:
All
説明:
科学研究の資源、行程、結果を共有するためのプラットフォームです。科学的コミュニティ内での共同作業を可能にする SEEK ソフトウェアを使用して構築されています。FAIRDOM は、欧州システム生物学コ...
本カタログの使い方
統合TVにて解説動画が公開されています (2017年10月04日 版）