サーバ更新のお知らせ
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データベースのレコード一覧 (件数: 2572)
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生物種
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稼動状況
地域
その他
運用機関:
Australian Centre For Plant Functional Genomics (ACPFG)
生物種:
Brassica | Hordeum vulgare | Oryza sativa | Triticum
説明:
SNP 探索ソフトウェア autoSNP をリレーショナルデータベース内に実装し、同定された多型の効率的なデータマイニングとデータの詳細な照会を可能にしたデータベースです。コンティグのEST配列、SN...
運用機関:
EuroCarbDB, Justus Liebig Universitat Giesen, Justus-Liebig University Giessen
生物種:
All
説明:
炭水化物の構成要素である単一の残基（単糖類）のデータベースです。さまざまな種類の残基データ、特に記述法に関する情報を提供します。
運用機関:
生物種:
All
説明:
検証済みの遺伝子やタンパク質の発現、細胞型に関連する表現型や画像をマッピングするツールです。各細胞のタイプやクラス、シノニム、発現遺伝子、および各用語のデータにより、細胞型の特性決定および比較が可能と...
運用機関:
Max Planck Institute of Molecular Plant Physiology (MPIMP)
生物種:
Viridiplantae
説明:
大規模スクリーニングや新規代謝バイオマーカー発見のために、最も広く利用されているルーチン技術のためのガスクロマトグラフィー（GC）質量分析（MS）の基準スペクトル、基準代謝産物プロファイルおよびツール...
運用機関:
生物種:
All
説明:
フローサイトメトリー実験のデータベースです。MIFlowCyt 標準に従って文献から収集およびアノテーション付けされたフローサイトメトリー実験について、研究者、実施機関、目的、ファンド、実験条件などを...
運用機関:
J. Craig Venter Institute (JCVI), Northrop Grumman Health IT, Vecna Technologies
生物種:
Influenza virus
説明:
米国国立アレルギー・感染症研究所が、Bioinformatics Resource Centers プログラムを通じて資金を提供している、インフルエンザに関するオープンアクセスの公開リソースです。公共...
運用機関:
Neuroscience Information Framework (NIF)
生物種:
All
説明:
研究者に論文で使用されている抗体を普遍的に同定する方法を提供するためのレジストリです。約 200 のサプライヤーが販売する市販抗体について抗体名、抗原、使用文献、クローンの種類、免疫動物種、サプライヤ...
運用機関:
Centre for Structural and Functional Genomics, Concordia University
生物種:
Fungi
説明:
特徴が同定されている真菌由来のリグノセルロース - 活性タンパク質に関する知識とアノテーションを検索することができるリソースです。遺伝子名、タンパク質名、酵素活性、基質、解析条件および、タンパク質や遺...
運用機関:
American Society for Cell Biology (ASCB)
生物種:
All
説明:
細胞の画像、動画、およびアニメーションを集めた公共データベースです。簡単にアクセスでき、多様な生物、細胞型、細胞プロセスをカバーしています。細胞プロセス、構成要素、細胞のタイプ、生物種から検索できます...
運用機関:
Bioinformatics Centre, University of Copenhagen, Biotech Research and Innovation Centre (BRIC), University of Copenhagen, Danish State Hospital, Finsen Laboratory
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
健康な個体および悪性血球新生個体における mRNA 発現のデータベースであり、ヒトおよびマウスの両方からのデータを含みます。特定の分化段階で、健康造形細胞およびがん性の造血細胞の遺伝子の発現プロットを...
運用機関:
Comparative Genomics Group (CRG)
生物種:
Musa | Oryza | Solanaceae | Viridiplantae
説明:
植物の抵抗性遺伝子に関する情報が毎日更新されるオープンサイトです。抵抗性遺伝子を持つ生物種、遺伝子の名称、配列、非病原性遺伝子のリスト、疾患一覧などが保存され、キュレーションされ、議論されています。研...
運用機関:
CERM, University of Florence, Florence
生物種:
All
説明:
生体高分子の３次元構造から得られた金属結合部位に関するデータベースです。タンパク質および核酸中の金属結合部位を、最小機能部位（MFS）を介して、系統的かつ自動的に表示します。MFS は、金属の周囲の局...
運用機関:
Institute of Systems Biology Ltd, King Abdullah University of Science and Technology (KAUST), Vavilov Institute of General Genetics, Russian Academy of Sciences
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
ヒト転写因子（TF）およびマウス TF に対する TF 結合モデルを提供するデータベースです。基本的なモノヌクレオチド位置特異的マトリックス（PWM）の他、ChIP-Seqデータに基づいてジヌクレオチ...
運用機関:
慶應義塾大学 医学部 臨床遺伝学センター
生物種:
Homo sapiens
説明:
日本人の生殖細胞系列の病的変異（バリアント）の情報を提供するデータベースです。主に難病希少疾患領域における病的変異の情報を、論文からのキュレーションや既存のデータベースから収録しています。変異、疾患、...
運用機関:
特定国立研究開発法人理化学研究所
生物種:
Homo sapiens
説明:
核酸医薬の開発支援のための、ヒトと実験動物（霊長類）のRNAデータを網羅するデータベース（2019年3月現在テスト版）です。RefSeq、Gencode、FANTOM5のデータから作成されたヒトのゲノ...
運用機関:
国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所
生物種:
説明:
医薬基盤・健康・栄養研究所が公開している16のデータベース（生物資源および研究データ）を横断的に検索できるシステムです。キーワードを入力し、対象のデータベースを選択した検索の他、薬剤・化合物、疾患、遺...
運用機関:
日本環境変異原学会
生物種:
Homo sapiens | Bacteria | Salmonella Typhimurium | Escherichia coli | Drosophila | ...
説明:
天然物を含め、食品や食品添加物、医薬品や医療用品、農薬などのほか、それらの材料として使用されてきた既存の工業用化学物質に対して国内外で行われた変異原性試験の結果を収集したデータベースです。化合物の一般...
運用機関:
難病プラットフォーム
生物種:
Homo sapiens
説明:
日本医療研究開発機構（AMED）の「難治性疾患実用化研究事業」および厚生労働省が所管する「難治性疾患政策研究事業」で行われている難病を対象としたレジストリ研究の共通基盤を提供するサイトです。各研究班か...
運用機関:
東京大学医学部附属病院
生物種:
Homo sapiens
説明:
東京大学医学部附属病院脳神経外科で開発された健常成人（アジア人男性）の頭部解剖構造の3次元コンピュータグラフィックス（ポリゴンモデル）です。検体データを基礎とし、複数の教科書や医師の知見に基づき作成さ...
運用機関:
Neotoma Leadership Council
生物種:
Spermatophyta | Vertebrata | Bacillariophyta | Ostracoda | Insecta | ...
説明:
コミュニティベースの古生態学データベースです。約500万年前からの花粉、哺乳類、珪藻、貝形虫などの化石のデータおよび地質学データを含みます。ユーザーはCC BY 4.0の利用条件の下でデータを自由に利...
運用機関:
国立科学博物館
生物種:
Tracheophyta
説明:
日本の絶滅危惧維管束植物（環境省 2012）について、周辺地域となる中国、韓国、台湾、ロシア東部における分布と状態（絶滅危惧あるいは非絶滅危惧）を、各国および各地域のレッドリストをもとに作成し公開して...
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター, TEC group
生物種:
Escherichia coli
説明:
大腸菌の全シグマ因子・転写因子とその制御標的遺伝子セットを格納したデータベースです。新規に開発したGonomic SELEX法により、全シグマ因子・転写因子の認識配列を同定しています。転写因子を指定し...
運用機関:
東京大学, 国立研究開発法人 森林研究・整備機構, 地方独立行政法人 北海道立総合研究機構, 明治大学
生物種:
Abies sachalinensis
説明:
トドマツのトランスクリプトームデータベースです。網羅的に収集された、トドマツの主要な器官（雄花、雌花、新葉、内樹皮）で働く遺伝子の発現と塩基配列情報およびアノテーションを提供しています。キーワード検索...
運用機関:
東邦大学 理学部 生物分子科学科
生物種:
Homo sapiens
説明:
核内受容体constitutive androstane receptor（CAR）のヒトゲノム内の結合部位配列および結合部位内のrSNPs (regulatory SNPs) の情報を提供するサイト...
運用機関:
東邦大学 理学部 生物分子科学科
生物種:
Homo sapiens
説明:
核内ホルモン受容体スーパーファミリーで転写因子として働く retinoid X receptor (RXR) のヒトゲノム内の結合部位配列および結合部位内のrSNPs (regulatory SNPs...
運用機関:
大阪府立大学大学院 生命環境科学研究科 緑地環境科学専攻
生物種:
Aves
説明:
大阪府立大学とその隣にあるにさんざい古墳で観察された野鳥約40種を紹介しています。種名・科名・および風景の写真から検索ができます。
運用機関:
大阪府立大学大学院 生命環境科学研究科 緑地環境科学専攻
生物種:
Embryophyta
説明:
大阪府立大学キャンパスおよび森林、公園、緑化現場などで出現した樹木の実生画像約170種を紹介しています。
運用機関:
大阪府立大学大学院 生命環境科学研究科 緑地環境科学専攻
生物種:
Embryophyta
説明:
大阪府立大学のキャンパスに生育する200種以上の樹木を紹介しています。種名・科名・花やたねおよび風景の写真から樹木の検索ができます。
運用機関:
京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター
生物種:
Bacteria | Archaea | Viruses | Eukaryota
説明:
ウィルスとその宿主をNCBI taxonomy IDのペアとして整理したデータベースです。NCBI/RefSeq、またはアクセッション番号がEBI GenomesにリストされたGenBankに完全長ゲ...
運用機関:
公益財団法人 かずさDNA研究所
生物種:
Allium cepa | Allium cepa var. aggregatum | Allium roylei | Allium fistulosum
説明:
ネギ属のトランスクリプトームデータベースです。次世代シークエンサーによるRNA-Seqで、日本ネギ（A. fistulosum, FF）、Shallot (A. cepa Aggregatum gro...
運用機関:
東北大学 大学院情報科学研究科
生物種:
Chlamydomonas reinhardtii | Cyanidioschyzon merolae
説明:
微細藻類の遺伝子共発現データベースです。公共データベース (Sequence Read Archive: http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01098, ...
運用機関:
Japan Paleobiology Database
生物種:
Metazoa | Bacteria | Haptophyceae | Stramenopiles | Fungi | ...
説明:
日本国内の大学・博物館・資料館などが所蔵する古生物標本を横断的に検索できるデータベースです。当該機関から提供された学名、記載著者名、産地や年代などの標本情報と所蔵機関名を収録しています。各レコードは所...
運用機関:
長浜バイオ大学
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトの疾患に関連する遺伝子多型を可視化するサイトです。dbSNP、ClinVar、COSMIC、OMIM、RAPIDなどから収集した情報を統合し、多型マップ、アミノ酸配列、タンパク質の3次元構造、SN...
運用機関:
公益財団法人長尾自然環境財団
生物種:
Chondrichthyes | Actinopterygii | Lepidosauria | Amphibia | Decapoda | ...
説明:
東南アジアの淡水魚を中心とする標本データベースです。ラオス、タイ、カンボジア、ベトナム、マレーシア、ミャンマー、および日本に生息する淡水魚、水生昆虫、貝類の生態写真や標本写真、遺伝子情報、タキソノミー...
運用機関:
公益財団法人 かずさDNA研究所
生物種:
Fagopyrum esculentum
説明:
ソバのゲノムデータベースです。NGSによって得られたショートリード配列を用いてドラフトゲノムを決定し、遺伝子予測解析により決定されたCDSについて、NCBI NRまたはTAIR 10データベースによる...
運用機関:
千葉大学 真菌医学研究センター
生物種:
Fungi | Actinobacteria
説明:
千葉大学真菌医学研究センターが収集、寄託された病原性真菌および放線菌の情報です。種名、単離日、遺伝子型、血清型、バイオハザードレベルなどの情報を収録しています。真菌リスト、放線菌リストによるブラウズや...
運用機関:
自然科学研究機構 基礎生物学研究所
生物種:
Archaea | Bacteria | Apicomplexa | Mycetozoa | Fungi | ...
説明:
大規模な比較ゲノム解析を行うためのワークベンチです。クライアント・サーバ型システムで、MBGD (Microbial Genome Database for Comparative Analysis)...
運用機関:
認定特定非営利活動法人 健康と病いの語りディペックス・ジャパン
生物種:
Homo sapiens
説明:
病気の診断を受けた人やその家族が、同じような経験をした人たちの「語り」に触れて、 病気と向き合う勇気と知恵を身につけるために作られたウェブサイトです。認知症、乳がん、前立腺がん、大腸がん検診、臨床試験...
運用機関:
特定国立研究開発法人理化学研究所 環境資源科学研究センター
生物種:
Arabidopsis thaliana
説明:
シロイヌナズナ二次代謝産物の液体クロマトグラフィー/質量分析（LC-MS）によるプロファイルデータベースです。シロイヌナズナ野生型（Col-0）の部位別、発生段階別代謝物プロファイルデータベースAtM...
運用機関:
株式会社 生命誌研究館
生物種:
Parasteatoda tepidariorum | Ligia exotica | Caridina multidentata | Hexapoda | Viridiplantae
説明:
生命誌研究館が提供するデータリソースのポータルサイトです。Pt_spiderBASE (日本産オオヒメグモのデータベース)、Pt_spider Image/Movie Database (日本産オオヒ...
運用機関:
東北大学 大学院医学系研究科 附属創生応用医学研究センター
生物種:
Homo sapiens
説明:
PDBに含まれるタンパク質を配列相同性を用いてヒトゲノムにマッピングしたBAM形式ファイル（pdbBAM）をダウンロードして利用できます。pdbBAM をゲノムブラウザで読み込むことで、個人ゲノム解析...
運用機関:
International Institute of Molecular and Cell Biology in Warsaw
生物種:
Homo sapiens | Escherichia coli | Saccharomyces cerevisiae
説明:
DNAの損傷と修復機構に関わる因子のデータベースです。タンパク質、損傷原因因子、DNA修復タンパク質の異常に起因する疾患、ホモログ情報、損傷修復パスウェイ、キーワード、論文の各カテゴリごとに情報がまと...
運用機関:
創価大学 理工学部
生物種:
Bacteria | Fungi | Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus | ...
説明:
糖鎖構造のグループの中から共通の構造を見つけることができる糖鎖マルチアラインメントツールMCAWによって得られた糖鎖プロファイルデータベースです。Consortium of Functional Gl...
運用機関:
京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター
生物種:
Viridiplantae
説明:
植物代謝産物とそれに相互作用するヒトタンパク質情報やヒトに対する効能情報を統合したデータベースです。KNApSAcKの植物とそれに由来する代謝産物の情報、ChEMBLの化合物とタンパク質の相互作用情報...
運用機関:
エルピクセル株式会社
生物種:
説明:
バイオイメージング用途の画像解析ソフトウェアImageJのプラグインパッケージです。種々の画像処理や画像解析を高効率かつ適応的に行うことを可能にします。
運用機関:
創価大学 理工学部
生物種:
説明:
RINGSは糖鎖（構造）解析のためのリソースです。 大量の糖鎖構造の中から頻繁に出現する糖鎖の部分構造を抽出するツール（GlycanMiner）や、糖転移酵素によるN型糖鎖の生合成を予測するためのツー...
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ センター
生物種:
説明:
WABI は、 DDBJの検索サービス を Web画面を介せずに利用できる Web API です。BLAST、getentry、ARSA、ClustalW、VecScreen、MAFFT の Web ...
運用機関:
Computational Epigenomics Lab, Evolutionary Genomics and Bioinformatics Group, Dept. of Genetics, Inst. of Biotechnology, University of Granada
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Arabidopsis thaliana | Pan troglodytes | Rhesus macaque | ...
説明:
NGSmethDBは次世代シーケンサーから得られるホールゲノムでのメチル化データのデータベースです。主にNCBI GEOやROADMAP projectkからダウンロードされたセルラインや組織のシーク...
運用機関:
明治大学 農学部 生命科学科・バイオインフォマティクス研究室
生物種:
Arabidopsis thaliana | Oryza sativa
説明:
イネ、シロイヌナズナの遺伝子発現ネットワーク（GEN）情報データベースです。マイクロアレイデータおよび予め計算されたGENデータが保存されています。イネ（OryzaExpress）、シロイヌナズナ（A...
運用機関:
東京大学 総合研究博物館
生物種:
Aceraceae | Adoxaceae | Annonaceae | Aquifoliaceae | Araceae | ...
説明:
東京大学 総合研究博物館で保存している植物タイプ標本のデータベースです。種および種以下で分類されたタイプ標本について、学名、タイプの種別、写真、採取場所、関連文献のデータが整理されています。収録データ...
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統合TVにて解説動画が公開されています (2017年10月04日 版）