データベースのレコード一覧 (件数: 2607)
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運用機関:
Association of Universities in the Netherlands (VSNU), Data Archiving and Networked Services (DANS)
生物種:
説明:
すべてのオランダの大学、KNAW、NWO、および他の多くの研究機関のリポジトリに収録されているものの、他のデータベースでは参照されていない科学的情報へのオープンアクセスを提供します。文献、データセット...
運用機関:
PBIL
生物種:
Archaea | Bacteria | Eukaryota
説明:
完全に配列決定された生物（細菌、古細菌および真核生物）から得られた相同遺伝子のデータベースです。遺伝子ID、生物種、機能の情報を相同性に基づく系統樹の形式で収録しています。このコレクションは、UniP...
運用終了
National Database for Autism Research: NDAR
運用機関:
US National Institute of Mental Health (NIMH)
生物種:
Homo sapiens
説明:
自閉スペクトラム障害関連データのための拡張可能でスケーラブルな情報科学プラットフォームです。すべてのレベルの生物学的および行動的組織（分子、遺伝子、神経組織の他、行動、社会および環境相互作用）、ならび...
運用機関:
生物種:
Oryza
説明:
イネの日本晴種亜種のゲノム配列と12のイネ染色体のアノテーションを提供するデータベースです。遺伝子位置、構造、予測されるタンパク質の長さなどを収録しています。これらのデータは、検索ページとアノテーショ...
運用機関:
生物種:
説明:
世界中 90 以上の集団の HLA 配列、HLA 遺伝子座、HLA 対立遺伝子座、およびハプロタイプ頻度の遺伝学的検査のサポートツールへのアクセスを提供するリソースです。この他にも、造血幹細胞移植およ...
運用機関:
National Center for Biological Sciences (NCBS)
生物種:
All
説明:
単一メンバータンパク質ドメインのスーパーファミリーの配列構造テンプレートを提供するデータベースです。アミノ酸配列、残基数、モチーフの３次元構造、空間的距離によるクラスタリング情報などを提供します。配列...
運用機関:
Center for Biomedical Informatics and Information Technology (CBIIT), Centers of Cancer Nanotechnology Excellence (CCNEs), Nanotechnology Characterization Laboratory (NLC), National Institute of Health
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
世界の生物医学ナノテクノロジー研究コミュニティ全体の情報共有を促進するべく設計されたデータ共有ポータルです。 生物医学においてナノテクノロジーがより迅速に利用され、その有効性が確認されることを目指して...
運用機関:
Lawrence Berkeley National Laboratory (LBNL)
生物種:
All
説明:
キメラスクリーニング、標準アラインメント、および複数の公表された分類学を使用して系統学的分類を提供する16S rRNA 遺伝子データベースです。マイクロアレイ、プロトコール、シーケンス、文献、タキソノ...
運用機関:
生物種:
説明:
異なる構造予測技術によって得られた３次元タンパク質モデルを収集するデータベースです。タンパク質の配列、生物種、PDBへのリンク、予測されたモデルのデータを収録しています。
運用機関:
International Union of Basic and Clinical Pharmacology
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Plasmodium falciparum | Rattus
説明:
薬理学関連の情報を集約したデータベースです。各ターゲットについて専門家がキュレーションを行った主要な特性と選択可能なリガンド、利用可能なツール化合物の概要を提供します。また、薬理学、生理学、構造、遺伝...
運用機関:
International Mycological Association (IMA), U.S. National Library of Medicine
生物種:
Fungi
説明:
新たな菌学上の名称を関連情報と組み合わせをて文書化したオンラインデータベースです。新規の名称、報告文献、系統分類、サンプル情報などを収録しています。種名、文献などの情報から検索が可能です。
運用機関:
Institute of Bioinformatics
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトタンパク質データの共有･統合のためのコミュニティポータルです。翻訳後修飾、タンパク質ータンパク質相互作用、組織ごとの発現、細胞株での発現、酵素ー基質作用などの情報を免疫蛍光発現、MS/MS Spe...
運用機関:
Higher Institute of Applied Biological Sciences of Tunis (ISSBAT), Laval University
生物種:
Bacteria
説明:
グラム陽性細菌およびグラム陰性細菌の双方により産生されるバクテリオシンの物理化学的特性（計算値または予測値）のデータベースです。生物種、文献、構造データ、物理化学的情報が収録されています。一般的情報、...
運用終了
Streptococcus agalactiae NEM316 / Serotype III genome database: SagaList
運用機関:
生物種:
説明:
食品媒介病原菌であるストレプトコッカス・アガラクティエ（Streptococcus agalactiae）のゲノム解析専用のデータベースです。Streptococcus agalactiae NEM3...
運用終了
Photorhabdus luminescens genome database: PhotoList
運用機関:
生物種:
説明:
Photorhabdus luminescens のゲノム解析データベースです。線虫に内部共生し、昆虫に病原性を示すPhotorhabdus luminescensのゲノムについて、遺伝子名、塩基長、...
運用終了
Mycoplasma pulmonis genome database: MypuList
運用機関:
生物種:
説明:
マウスの呼吸器マイコプラズマの病原菌である肺マイコプラズマ（M. pulmonis）のゲノム情報を、様々な面から関連づけ、統合することを目的としています。肺マイコプラズマ UAB CTIP 株から抽出...
運用終了
Listeria innocua and Listeria monocytogenes genomes database: ListiList
運用機関:
生物種:
説明:
食品媒介性病原菌であるリステリア菌、およびその非病原性近縁種であるリステリア・イノキュアのゲノムの解析に特化したデータベースです。細菌-宿主の相互作用を起こす典型であるリステリア菌（L. monocy...
運用終了
Legionella pneumophila genome database: LegioList
運用機関:
生物種:
説明:
レジオネラ・ニューモフィラ（Legionella pneumophila）の Paris 株 （フランスの固有種）、Lens 株（流行株）、Phildelphia 1 株、Corby 株のゲノム分析専...
運用終了
Colibri
運用機関:
生物種:
説明:
グラム陰性細菌の典型である大腸菌（E. coli）のゲノム情報を様々な面から関連づけ、統合することを目的としたリソースです。典型株 K-12 から抽出された DNA とタンパク質の完全な配列データセッ...
運用終了
Buruli ulcer bacillus Database: BuruList
運用機関:
生物種:
説明:
マイコバクテリウム・ウルセランス菌、ブルーリ潰瘍桿菌のゲノム解析を専門とするデータベースです。流行株 Agy99 から抽出された DNA とタンパク質の完全な配列データセットを関連するアノテーションお...
運用機関:
Institut National de la Sante et de la Recherche Medicale (INSERM)
生物種:
Viruses
説明:
VirHostNet 2.0は広範囲におよぶ原著の文献をキュレートし、公開されたデータで補完したウイルス/ウイルス間およびウイルス/ホスト間のタンパク質間相互作用のデータセットを統合するデータベースで...
運用機関:
Indian Institute of Science
生物種:
All
説明:
非冗長（25％および90％）データセットに存在するアミノ酸残基の立体配座角（主鎖および側鎖）に関する情報の検索を容易にするために開発された包括的でタイムリーな、権威あるリソースです。
運用機関:
University of Tampere
生物種:
Homo sapiens
説明:
疾患の原因となるタンパク質キナーゼドメイン上の変異を収録した包括的なレジストリです。本リソースは、突然変異に関する統計情報および表示、突然変異を有する配列（クリック可能）、および制限酵素パターンの変化...
運用機関:
Institut de Genetique et de Biologie Moleculaire et Cellulaire (IGBMC), Laboratoire de Microbiologie et Genetique Moleculaires (LMGM)
生物種:
All
説明:
反復配列、膜貫通配列、および循環配列のための機能拡張を含むベンチマークアラインメントデータベースです。
運用終了
The Gene Index Project: TIGR_TGI
運用機関:
Harvard University, Dana-Farber Cancer Institute
生物種:
All
説明:
入手可能な EST および遺伝子配列を、可能な限り参照ゲノムと一緒に使用することで、可能性のある遺伝子およびそのバリアントのインベントリを提供し、あわせてこれらの遺伝子によって果たされる機能的役割およ...
休止
STING
運用機関:
Computational Biology Research Group , Embrapa/Informatica Agropecuaria
生物種:
All
説明:
タンパク質と他の生体巨大分子との相互作用に関する情報を収録したデータベースです。ブラジルの農業、家畜および医学が直面する課題の研究を支援することを主な目的として、これらの相互作用の分析に使用される構造...
運用機関:
Human Genome Organisation (HUGO), Transforming Genetic Medicine Initiative
生物種:
Homo sapiens
説明:
HGNCデータベースは、HGNC (HUGO Gene Nomenclature Comittee) が既知のヒトの遺伝子ごとに承認した全ての遺伝子名と短縮名（シンボル）を収録しています。HGNC承認...
運用機関:
生物種:
説明:
Protein Data Bank (PDB) の構造、リガンド、およびアノテーションが付された機能部位残基のデータベースです。タンパク質名、機能部位名、機能部位配列や共通配列などを収録しています。P...
運用機関:
Bioversity International
生物種:
Oryza
説明:
Genoplante プロジェクトによるイネ挿入変異株ライブラリーの評価から得られた表現型データを統合した検索可能なデータベースです。変異名、対応遺伝子、発現レベル、発現部位、観察方法などを収録してい...
運用機関:
International Cooperation Center for Agricultural Research for Development (CIRAD), Bioversity International, Generation Challenge Programme, South Green
生物種:
Viridiplantae
説明:
主要な植物門の進化に関する 37 種の完全ゲノムを含むデータベースです。位相同型の植物ファミリーを、広範かつ一貫した形で定義するため、これらのゲノムのクラスタリングを行いアノテーションしています。クラ...
運用機関:
Cincinnati Children's Hospital Medical Center
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトの一塩基多型（SNP）とそのアノテーションをまとめた統合的データベースです。mRNA、タンパク質、遺伝子のNCBIリンク、CDD、パスウェイ情報などを収録しています。
運用機関:
Cincinnati Children's Hospital Medical Center, National Institute of Health
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
ヒトおよびマウス遺伝子のオーソログセットを系統的に分析することによって得られたシスエレメント領域のデータベースです。NCBI の参照配列（RefSeq）データベースにおけるマウスおよびヒト遺伝子の m...
運用機関:
Centro Biotecnologie Avanzate
生物種:
Bacteria | Bacteriophage sp. | Fungi | Saccharomyces
説明:
ヨーロッパのさまざまな生物種、遺伝的資料、およびその他の生物学的なカタログデータベースへリンクする統合リソースセンターです。これにより、世界中のユーザーは １つの共通の入り口からの検索で、関連する複数...
運用機関:
Center for Bioinformatics (CBI), Peking University
生物種:
Viridiplantae
説明:
植物転写因子（TF）、調節因子およびそれらの間の相互作用に関する包括的で高品質なリソースを提供するデータベースです。GO、機能的記述、結合モチーフ、シスエレメント、調節、オーソロガスなグループ、系統樹...
運用機関:
Human Microbiome Project, Broad Institute
生物種:
Magnaporthe grisea
説明:
Magnaporthaceae 科の複数の真菌ゲノムへのアクセスを提供し、それらの比較分析を容易にするデータベースです。このプロジェクトは、国際イネブラストゲノムコンソーシアム（Internation...
運用機関:
Bonsai Bioinformatics
生物種:
All
説明:
非リボゾームペプチドのデータベースと解析ツールを含むプラットフォームです。ペプチドの種類、活性、分子式、重量などを収録しています。
運用機関:
BindingDB
生物種:
Pan paniscus | Pan troglodytes | Rattus norvegicus | Sus scrofa | Teleostei | ...
説明:
薬物ターゲットと薬物様小分子との相互作用に焦点を当てた、測定による結合親和性についての公共オンラインデータベースです。ターゲットと生物種、リガンド、ターゲットとリガンドの化学的性質、文献などの情報を収...
運用機関:
Beijing Genomics Institute (BGI)
生物種:
Influenza virus
説明:
BGI が作成したインフルエンザAウイルスの完全なゲノム配列の他、その他すべての公開されたインフルエンザウイルス配列を専門家のアノテーションを付した上で収録したデータベースです。ウイルスゲノム、遺伝子...
運用機関:
ATCC Standards Development Organisation
生物種:
All
説明:
微生物および細胞株の真正性を確認し、科学コミュニティのため培養体の長期保存と分配を管理するためのデータベースです。ATCC は、入手した培養体についてサポートを提供するとともに、専門家の技術的サポート...
運用機関:
Arizona State University, National Institute of Health
生物種:
Archaea | Bacteria | Eukaryota | Viruses
説明:
プラスミドのクローンおよびコレクションのリポジトリです。「PSI: Biology Material Repository」(PSI:Biology-MR) や個人研究者が作成した大小のコレクションか...
運用機関:
California Academy of Sciences
生物種:
Formicidae
説明:
アリの既知の種を文書化したウェブサイトです。各々の種についてのレコードは、地理的分布や生活史に関連づけられており、写真も含まれています。
運用機関:
Nottingham Arabidopsis Stock Centre (NASC)
生物種:
Arabidopsis thaliana | Brassica
説明:
国際シロイヌナズナゲノムプログラム（International Arabidopsis Genome Programme）および、より広範な研究コミュニティに種子と情報資源を提供するデータベースです。...
運用機関:
Laboratory of Bioinformatics, Faculty of Biology, Adam Mickiewicz University
生物種:
All
説明:
動物、植物、ウィルスのマイクロRNAに関する統合データベースです。
外部DBや文献からのデータだけではなく、オリジナルのコンピュータ予測（新規miRNA、ターゲット、mirtron、miRNA遺伝子...
運用機関:
Australian Centre For Plant Functional Genomics (ACPFG)
生物種:
Brassica | Hordeum vulgare | Oryza sativa | Triticum
説明:
SNP 探索ソフトウェア autoSNP をリレーショナルデータベース内に実装し、同定された多型の効率的なデータマイニングとデータの詳細な照会を可能にしたデータベースです。コンティグのEST配列、SN...
運用機関:
EuroCarbDB, Justus Liebig Universitat Giesen, Justus-Liebig University Giessen
生物種:
All
説明:
炭水化物の構成要素である単一の残基（単糖類）のデータベースです。さまざまな種類の残基データ、特に記述法に関する情報を提供します。
運用機関:
生物種:
All
説明:
検証済みの遺伝子やタンパク質の発現、細胞型に関連する表現型や画像をマッピングするツールです。各細胞のタイプやクラス、シノニム、発現遺伝子、および各用語のデータにより、細胞型の特性決定および比較が可能と...
運用機関:
American Society for Cell Biology (ASCB)
生物種:
All
説明:
細胞の画像、動画、およびアニメーションを集めた公共データベースです。簡単にアクセスでき、多様な生物、細胞型、細胞プロセスをカバーしています。細胞プロセス、構成要素、細胞のタイプ、生物種から検索できます...
運用機関:
CERM, University of Florence, Florence
生物種:
All
説明:
生体高分子の３次元構造から得られた金属結合部位に関するデータベースです。タンパク質および核酸中の金属結合部位を、最小機能部位（MFS）を介して、系統的かつ自動的に表示します。MFS は、金属の周囲の局...
運用機関:
慶應義塾大学 医学部 臨床遺伝学センター
生物種:
Homo sapiens
説明:
日本人の生殖細胞系列の病的変異（バリアント）の情報を提供するデータベースです。主に難病希少疾患領域における病的変異の情報を、論文からのキュレーションや既存のデータベースから収録しています。変異、疾患、...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所
生物種:
Homo sapiens
説明:
核酸医薬の開発支援のための、ヒトと実験動物（霊長類）のRNAデータを網羅するデータベース（2019年3月現在テスト版）です。RefSeq、Gencode、FANTOM5のデータから作成されたヒトのゲノ...
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統合TVにて解説動画が公開されています (2017年10月04日 版）