データベースのレコード一覧 (件数: 2607)
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運用機関:
Institute of Integrative Biology, University of Liverpool, The Wellcome Trust Centre for Molecular Parasitology, The Wellcome Trust Sanger Institute, Bioinformatics Resource Centers, National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID), National Institutes of Health (NIH)
生物種:
Acanthamoeba | Aedes aegypti | Anncaliia | Anopheles gambiae | Babesia | ...
説明:
真核生物病原体をカバーする統合ゲノムデータベースです。同じ構造で構築された分類群ごとのデータベースを多数含んでいます。VEuPathDB ポータルは、これらすべてのリソースへの入口として機能し、属間の...
運用機関:
Computational Biology and Informatics Laboratory (CBIL), University of Pennsylvania, Center for Tropical & Emerging Global Diseases, University of Georgia
生物種:
Cryptosporidium
説明:
寄生虫クリプトスポリジウムのゲノムと機能をまとめた統合的ゲノムデータベースです（VEuPathDBのファミリーデータベース）。全ゲノム配列およびアノテーションを統合したこのデータベースには、コミュニテ...
運用機関:
生物種:
Homo sapiens
説明:
市販されている医薬品およびその記録された副作用に関する情報を収録しています。副作用情報は、公開文書および添付文書から抽出されます。提供されている情報には、副作用の頻度、薬と副作用の分類、関連情報（薬と...
運用機関:
生物種:
説明:
大腸菌 K-12 ゲノムおよびプロテオーム配列に関する最新情報を含むデータベースです。遺伝子名、配列、前後の遺伝子マップ、マイクロアレイ、タンパク質の情報、大規模な遺伝子関連の文献目録を収録しています...
運用機関:
Comparative Genomics Group (CRG), ELIXIR-Hub, MRC Laboratory of Molecular Biology (LMB), European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)
生物種:
Homo sapiens
説明:
さまざまなデータ提供者から提供されたゲノム研究のデータセットを探索できるリソースです。データセットにアクセスするには、指定されたデータアクセス委員会（DAC）の承認を得る必要があります。
運用機関:
European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), wwPDB, European Molecular Biology Laboratory (EMBL)
生物種:
All
説明:
Protein Data Bank のエントリーに含まれるすべての残基および小分子成分を記述するデータベースです。リガンド、小分子、モノマーについての詳細な化学的記述（分子名、分子構造、SMILES、...
運用機関:
Digital Science, Macmillan Publishers, Datacite
生物種:
All
説明:
ユーザーの研究者が、自らの研究成果のすべてを、引用、共有、発見が可能な形で公開することができるリポジトリです。研究データのショーケース、研究結果のインパクトを測る場、カスタマイズ不要の実装ツールなどと...
運用機関:
Comparative Genomics Group (CRG)
生物種:
All
説明:
遺伝子系統（phylomes）のカタログデータベースです。遺伝子の履歴を、系統樹および複数の配列アラインメントを用いて視覚化することができます。遺伝子名、配列、生物種、コピー数の情報を収録しています。
運用機関:
Laboratoire de Microbiologie et Genetique Moleculaires (LMGM)
生物種:
Phaeodactylum tricornutum | Thalassiosira pseudonana
説明:
珪藻生物学の研究に利用することができる珪藻のEST（発現配列タグ）データベースを提示しています。コンティグ番号、クラスターサイズ、塩基配列などを収録しています。これらのデータベースは検索が可能です。
運用機関:
Laboratoire Architecture et Fonction des Macromolecules Biologiques (AFMB), Université d'Aix-Marseille
生物種:
All
説明:
グリコシド結合を分解、改変、または生成する酵素について構造的に関連する触媒および炭水化物結合モジュール（または機能的ドメイン）のデータベースです。活性部位の分類ファミリー、機能、3D構造、生物種などを...
運用機関:
The CUCKOO Workgroup
生物種:
Caenorhabditis elegans | Drosophila melanogaster | Homo sapiens | Mus musculus | Saccharomyces cerevisiae | ...
説明:
細胞周期に関わるタンパク質のデータベースです。真菌（S. cerevisiaeおよびS. pombe）動物（C. elegans、D. melanogaster、X. laevis、M. muscul...
運用機関:
Charles University
生物種:
Eukaryota | Viruses
説明:
実験的に得られた配列内リボソーム進入部位（IRES：Internal Ribosome Entry Site）のセグメントに関する情報を収録したデータベースです。機能の有無、プロモーターとのオーバーラ...
運用機関:
Coli Genetic Stock Center (CGSC), Yale University
生物種:
Escherichia coli
説明:
CGSCが保有する大腸菌の遺伝情報について、遺伝子型、CGSC が保有する株に対する参考文献情報、遺伝子の名称、同義語、特性、およびマップ位置、遺伝子産物、ならびに特定の突然変異と重要な文献への参照情...
運用機関:
Centre for Arab Genomic Studies
生物種:
Homo sapiens
説明:
アラブ首長国連邦ゲノム研究センター（CAGS）が運営する、アラブ人の遺伝性疾患についてのデータベースです。疾患名、WHO ICD、OMIM番号、関連遺伝子、変異位置や疾患の解説を収録しています。疾患、...
運用機関:
Centre de Biochimie Structurale (CBS)
生物種:
All
説明:
ジスルフィド結合の結び目を突き抜けるジスルフィド結合（ノッティン構造）ファミリー（別名：インヒビターシスチンノット[ICK] ）のデータベースです。PDB ID、学術名称、3D構造、アミノ酸配列などの...
運用機関:
Center for Applied Genomics
生物種:
Homo sapiens
説明:
自閉症に関連した情報を手作業でキュレーションしたデータベースです。公開されている文献、データベース、および未発表データから得られたブレークポイントやその他のゲノム機能が収録されています。
運用機関:
Icahn School of Medicine at Mount Sinai, US National Cancer Institute
生物種:
Drosophila | Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus
説明:
タンパク質の翻訳後修飾（PTM）に関する広範な情報を提供するデータベースです。タンパク質の機能、分布、配列、３次元構造、関与するリン酸化酵素やタンパク質、がん部位での変異、他生物種との配列比較などの情...
運用機関:
生物種:
説明:
Cell Signaling Technology 社の抗リン酸化抗体製品を展示するためのシグナル伝達パスウェイポータルです。細胞周期調節、細胞内代謝、エピジェネティックスなどについてのインタラクティ...
運用機関:
LBI Team (CEA)
生物種:
Arabidopsis thaliana | Drosophila melanogaster | Escherichia coli | Helicobacter pylori | Homo sapiens | ...
説明:
タンパク質 - タンパク質相互作用ネットワークを推測する自動予測ツールです。interolog 概念に基づいたメソッドを採用しており、ソースである公共データベースから得られた相互作用のデータセットと、...
運用機関:
Cambridge Crystallographic Data Centre (CCDC)
生物種:
All
説明:
1965年に創設された、小分子有機結晶および金属-有機結晶構造の世界的なデータベースです。X線および中性子回折解析から得られた化学構造、3D構造、文献を収録しています。
運用機関:
生物種:
説明:
本データベースは、天然タンパク質を対象として、in vivo または in vitro でのタンパク質分解事象について記述したドキュメントに簡単にアクセスできるコレクションです。エントリは、プロテアー...
運用機関:
Bulyk Laboratory, Brigham and Women's Hospital/ Harvard Medical School
生物種:
Ashbya gossypii | Burkholderia pseudomallei K96243 | Burkholderia thailandensis E264 | Caenorhabditis elegans | Cryptosporidium parvum | ...
説明:
in vitro での タンパク質の DNA 結合特異性に、汎用的なタンパク質結合マイクロアレイ（PBM）技術を適用して生成したデータを収録しています。タンパク質名、PBMに結合する領域の塩基配列、遺...
運用機関:
Buck Institute for Research on Aging, U.S. National Library of Medicine
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトの変異データに、タンパク質構造情報およびその他機能関連情報（存在する場合のみ）をアノテーション付けしたデータベースです。各変異について、変異配列、関連するタンパク質、染色体位置などを収録しています...
運用機関:
BC Cancer Agency
生物種:
All
説明:
学術的な文献から、既知の遺伝子調節因子をキュレーションするためのオープンデータベースです。世界中のユーザーから、バイオアッセイに対するアノテーションが収集され、PubMED、Entrez Gene、E...
運用機関:
Department of Medical Informatics, Institute of Medical Biometry und Informatics, Heidelberg University, University of Tübingen
生物種:
Homo sapiens
説明:
クラス I およびクラス II MHC 分子に結合することが知られているペプチド配列のデータベースです。公開された文献からMHCクラスIおよびクラスIIリガンドのコレクションと、ヒトおよび他の生物種（...
運用機関:
University of Dundee
生物種:
All
説明:
構造データにおいて観察されるドメイン-ドメイン間の相互作用をまとめたオブジェクト指向のデータベースです。MSD データウェアハウス（現PDBe）から得た構造データにProtein Quaternary...
運用機関:
Biolead, US National Cancer Institute
生物種:
Mammalia
説明:
多様な哺乳動物 RNAi 実験のコレクションです。遺伝子を選択した後、その遺伝子を標的とするすべての siRNA レコードを検索することが出来る他、その遺伝子を標的とする新しい siRNA を設計した...
運用機関:
Bioinformatics Resource Center, University of Wisconsin Biotechnology Center
生物種:
Campylobacter | Chlamydiaceae | Haemophilus | Listeria | Mycoplasma | ...
説明:
病原体に起因する疾患の研究に関わるデータやツールを提供するサイトです。カンピロバクター、リステリア、ブドウ球菌、連鎖状球菌、およびビブリオ菌などの食物媒介病原体の他、クラミジア、ヘモフィルス、マイコプ...
運用機関:
Department of Bioinformatics and Biochemistry, Institute for Biochemistry and Biotechnology, Technical University Braunschweig, National Genome Research Network (NGFN), Project Management Julich
生物種:
Archaea | Bacteria
説明:
原核生物における遺伝子調節と遺伝子発現に関する包括的なデータベースです。手動でキュレーションされたユニークな転写因子結合部位のコレクションを収録しています。各レコードには調節因子、塩基配列、アラインメ...
運用機関:
生物種:
All
説明:
多くの生物のタンパク質相互作用に関する情報を提供するデータベースです。実験的に確認された、既知のタンパク質 - タンパク質間の物理的相互作用 （PPI） を統合しています。相互作用に関するデータには、...
運用機関:
Bioinformatics and Drug Design Group, Department of Pharmacy, National University of Singapore
生物種:
Homo sapiens
説明:
文献に記載された複数の経路と標的疾患に関する情報、標的となる疾患の状況、各標的に向けられた薬／リガンドについての情報を提供するデータベースです。
運用機関:
BGEE administrators
生物種:
Anolis carolinensis | Bos taurus | Branchiostoma lanceolatum | Caenorhabditis elegans | Canis lupus | ...
説明:
複数のデータタイプ（bulk RNA-Seq、scRNA-Seq、Affymetrix、in situ ハイブリダイゼーション、および EST データ）から作成された複数の動物種の遺伝子発現パターンを...
運用機関:
生物種:
説明:
アジア人口の代表として、漢民族個人の全DNA配列を提示するデータベースです。YH と名付けられたこのゲノムは、Illumina Genome Analyzer によって生成された 33 億個のリード（...
運用機関:
Beijing Genomics Institute (BGI)
生物種:
Gallus gallus
説明:
鶏の変異データを保存、検索、視覚化、分析するための統合的情報システムです。
運用機関:
生物種:
Oryza sativa L. Yssp. Indica | Oryza sativa L. ssp. japonica
説明:
北京インディカとシンジェンタ社のジャポニカの配列断片群をさらに組み合わせた上で、イネの染色体に関連づけたデータベースです。また、遺伝子内容、反復要素、および SNP に関するイネゲノムのアノテーション...
運用機関:
BC Cancer Agency
生物種:
Caenorhabditis elegans | Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus
説明:
ゲノムスケールのモチーフ探索、類似性、クラスタリング、共発生および共発現計算により同定された保存配列モチーフを収録したデータベースです。配列インプットには、低カバレージゲノム配列のデータ、および EN...
運用機関:
National Institute for Biological Standards and Control (NIBSC)
生物種:
Homo sapiens
説明:
英国生物製品基準規制機構（NIBSC：National Institute for Biological Standards and Control）が運営するヒト幹細胞（成人、胎児、胚由来）バンクで...
運用機関:
Rothamsted Research
生物種:
Bacteria | Fungi | Metazoa | Viridiplantae
説明:
病原体 - 宿主相互作用の結果に影響する遺伝子に関する分子･生物学的情報を収録したデータベースです。データは専門家がキュレーションしています。実験で検証された病原性、毒性、およびエフェクター遺伝子であ...
運用機関:
Baylor College of Medicine
生物種:
Drosophila melanogaster
説明:
単一の転移性因子によるショウジョウバエの遺伝子変異に関する公的リソースです。挿入因子、挿入位置、影響を受ける遺伝子,隣接配列などの情報を収録しています。またMiMICの手法やトランスポゾンの情報も記載...
運用機関:
Barcelona University
生物種:
Drosophila
説明:
ショウジョウバエ属の既存のすべての多型配列のコレクションを提供する二次データベースです。GenBankに収録された配列から配列の収集、分類、アラインメント、多型パラメータの確定を自動的に行っています。...
運用機関:
Arizona State University
生物種:
Eukaryota
説明:
テロメラーゼリボ核タンパク質の構造、機能、および進化の研究のためのウェブベースのツールです。テロメラーゼ酵素およびその基質であるテロメアについて知られている配列、機能、構造、疾患との関係などの情報を包...
運用機関:
American Chemical Society
生物種:
All
説明:
米国化学会（American Chemical Society） の情報部門であるCASが提供する化学物質情報のレポジトリです。各レコードには名称、同義語、構造、分子式、タンパク質や核酸の配列などが登...
運用機関:
Allergy Data Laboratories s.c., International Fund for Advanced Research in Allergy and Immunology (IFARAI)
生物種:
Homo sapiens
説明:
IgE 媒介性（アレルギー性、アトピー性）疾患（アナフィラキシー、喘息、アトピー性皮膚炎、結膜炎、鼻炎、蕁麻疹）を引き起こすアレルギー性分子（アレルゲン）のデータベースです。各アレルゲンについて、一般...
運用機関:
AGRIS Administrators, Ohio State University
生物種:
Arabidopsis thaliana
説明:
シロイヌナズナのプロモーター配列、転写因子、およびそれらの標的遺伝子を収録した新しい情報リソースです。現在、以下のデータベースにより構成されています：
1) AtcisDB （Arabidopsis ...
運用機関:
AFTOL Team, Oregon State University
生物種:
Fungi
説明:
生命の主要なクレードの1つである、菌界の進化の理解を大幅に強化することを目的とするプロジェクトです。きのこ、菌類についての栽培、採取、生態など様々なレポートが登録されています。
運用機関:
Advance Biomedical Computing Center, United States National Cancer Institute
生物種:
All
説明:
RNAの３次元結合およびキッシングループ構造のデータベースです。PDB、SCOR、NCIR、NDB、MeRNAなど既存のデータベースからRNA情報を抽出し、エントリー名、構造の３次元画像、塩基配列に加...
運用機関:
Max Planck Institute of Molecular Plant Physiology (MPIMP)
生物種:
Viridiplantae
説明:
大規模スクリーニングや新規代謝バイオマーカー発見のために、最も広く利用されているルーチン技術のためのガスクロマトグラフィー（GC）質量分析（MS）の基準スペクトル、基準代謝産物プロファイルおよびツール...
運用機関:
生物種:
All
説明:
フローサイトメトリー実験のデータベースです。MIFlowCyt 標準に従って文献から収集およびアノテーション付けされたフローサイトメトリー実験について、研究者、実施機関、目的、ファンド、実験条件などを...
運用機関:
J. Craig Venter Institute (JCVI), Northrop Grumman Health IT, Vecna Technologies
生物種:
Influenza virus
説明:
米国国立アレルギー・感染症研究所が、Bioinformatics Resource Centers プログラムを通じて資金を提供している、インフルエンザに関するオープンアクセスの公開リソースです。公共...
運用機関:
Neuroscience Information Framework (NIF)
生物種:
All
説明:
研究者に論文で使用されている抗体を普遍的に同定する方法を提供するためのレジストリです。約 200 のサプライヤーが販売する市販抗体について抗体名、抗原、使用文献、クローンの種類、免疫動物種、サプライヤ...
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統合TVにて解説動画が公開されています (2017年10月04日 版）