データベースのレコード一覧 (件数: 2607)
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運用機関:
Plant Molecular Biology Institute (IBMP)
生物種:
Arabidopsis thaliana | Brachypodium distachyon | Chlamydomonas reinhardtii | Cyanophora paradoxa | Ectocarpus siliculosus | ...
説明:
完全にアノテーションを付された植物の核、プラスチドおよびミトコンドリアのゲノムから収集された tRNA 遺伝子配列を集約したデータベースです。各 tRNA 遺伝子について、線形二次構造ならびに生物学的...
休止
Whole-Cell Knowledge Base: WholeCellKB
運用機関:
Karr Lab, Institute for Multiscale Biology & Genomics
生物種:
Mycoplasma genitalium
説明:
全細胞モデルを実現するべく設計された、モデル生物データベースのオープンアクセスコレクションです。現在、グラム陽性細菌で一般的なヒト病原体であるマイコプラズマ・ジェニタリウムのデータベースが収録されてい...
運用機関:
Department of Biochemistry, University of Cambridge, National Center for Biological Sciences (NCBS), Department of Crystallography, Birkbeck College, University of London
生物種:
All
説明:
タンパク質スーパーファミリーの構造的モチーフのアラインメントを収録するデータベースです。元のスーパーファミリーアラインメントデータベース CAMPASS (CAMbridge database of ...
運用機関:
Computer and Laboratory Investigation of Proteins of Human Origin Group (CALIPHO), Swiss Institute of Bioinformatics, SIB Swiss Institute of Bioinformatics
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトタンパク質関連のデータをシームレスに統合するプラットフォームです。PTM、タンパク質-タンパク質相互作用、細胞内分布などの情報に加えて、siRNA実験データ、3D実験データ、パスウェイデータ、集団...
運用機関:
Theoretical Biology and Biophysics, T-10, Los Alamos National Laboratory
生物種:
Nairovirus | Viruses | Zika virus
説明:
エボラ出血熱およびその他の出血熱を引き起こすウィルスのデータベースです。ウィルス種、地域による発生頻度、アミノ酸および塩基の配列を収録しています。種名、配列、サンプル情報や、地域による検索が可能です。
運用機関:
生物種:
Metazoa | Placozoa
説明:
平板動物門を除く後生動物について、完全なおよびほぼ完全な（7 kbより長い）mtDNA エントリーを集めた専門的なデータベースです。ミトコンドリア遺伝子の配列順序、非コーディング領域、遺伝子の内容、遺...
休止
zfishbook
運用機関:
Mayo Clinic
生物種:
Danio rerio
説明:
ゼブラフィッシュのトランスポゾン標識変異体のリアルタイムデータベースです。発現タグが付いた復帰可能な突然変異を作成する遺伝子破壊トランスポゾン（GBT）を導入したセルラインを登録しています。各レコード...
運用機関:
The Biotechnology Center (BIOTEC), Technische Universitat Dresden, European Molecular Biology Organisation (EMBO), University of Copenhagen
生物種:
All
説明:
化学物質とタンパク質間の既存および予測される相互作用を探索することができるリソースです。実験、データベースおよび文献から得られたエビデンスに基づいて、化学物質を他の化学物質およびタンパク質とリンクづけ...
運用機関:
Yale University, Yale University School of Medicine
生物種:
All
説明:
計算神経科学モデルを保存し、効果的に検索することができるアクセス先を提供するデータベースです。NeuronDB と強固に連携しています。各モデルについては、モデルの種類、細胞のタイプ、ギャップジャンク...
運用機関:
生物種:
All
説明:
全てのカタログ化された３次元核酸 PDB 構造（不一致、対称性内部ループ、ヘアピンループ、バルジループなどの二次構造モチーフを含む）を系統的に検索することができるデータベースです。PDB ID、核酸の...
運用機関:
Cell Networks, University of Heidelberg
生物種:
All
説明:
分子量が低いタンパク質の相互作用の3次元化学構造に関する情報を提供します。 タンパク質 - タンパク質、タンパク質 - ペプチド、タンパク質 - 化学物質の相互作用について、スーパーインポーズによって...
運用機関:
Ming Chen's Lab, Zhejiang University
生物種:
Viridiplantae
説明:
植物ゲノムに広く発生し、生理学的、病理学的プロセスにおいて調節 RNA として機能する天然のアンチセンス転写物 (NAT：Natural Antisense Transcript) のデータベースです...
休止
GENI-ACT
運用機関:
Microbial Genome Annotation Network (MGAN)
生物種:
Bacteria
説明:
研究者のコミュニティが、協力して細菌のゲノムにアノテーションを付すことができるリソースです。既存のゲノムに対し変更を提案することができる他、これらの変更を NCBI Genbank に反映することも可...
運用機関:
ELIXIR, Wellcome Genome Campus, Swiss Institute of Bioinformatics (SIB)
生物種:
All
説明:
データコレクション（管理されたボキャブラリ、データベースなど）およびその URI、対応する物理的 URL（またはリソース）のカタログを核として構成されたレジストリです。これらのリソースは、データへのア...
運用機関:
Wellcome Trust Sanger Institute, Wellcome Trust Genome Campus
生物種:
Arabidopsis thaliana
説明:
プライマリ miRNA の発現データの比較解析結果を集めた包括的プラットフォームです。直感的に利用できるユーザーフレンドリーなインターフェイスを備えた、汎用的および拡張可能なデータベース･スキームに、...
休止
MIPModDB: A Central Resource for the Superfamily of Major Intrinsic Proteins
運用機関:
Indian Institute of Technology Kanpur
生物種:
All
説明:
MIP（主要内在性膜タンパク質）ファミリーの構造比較モデルのデータベースです。ほぼ完成されているこの MIP のデータセットは、NCBI が提供している生物の完全長ゲノム配列を用いて特定されたものです...
運用機関:
Advanced Centre for Treatment, Research and Education in Cancer (ACTREC), Tata Memorial Centre (TMC)
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトのヒストンの多型や翻訳後修飾部位（PTM）、および様々なヒストンを修飾する酵素に関するデータベースです。 ５種類のヒストンに対する多型の詳細情報（遺伝子ID、プロモーター配列、関連疾患など）や、翻...
運用終了
DistiLD Database: Diseases and Traits in Linkage Disequilibrium Blocks: DistiLD
運用機関:
Disease Systems Biology Group, Novo Nordisk Foundation Center for Protein Research, University of Copenhagen
生物種:
Homo sapiens
説明:
疾患に関連する SNP および遺伝子を染色体の観点から容易に照会･可視化することができるデータベースです。過去に行われたゲノムワイド関連解析（GWAS：genome-wide association ...
運用機関:
Stanford University Center for Biomedical Informatics Research, University of Miami School of Medicine
生物種:
All
説明:
RegenBase は、脊髄損傷 (SCI) の生物学的ナレッジベースです。SCI のための初めてのオントロジーの形で、文献ベースのファクトと実験の詳細、SCI が化合物の酵素活性と細胞増殖に与える影...
休止
The Pain and Interoception Imaging Network: PAIN
運用機関:
Gail and Gerald Oppenheimer Center for Neurobiology of Stress at UCLA, University of California
生物種:
Homo sapiens
説明:
UCLA で行われた構造的および機能的磁気共鳴スキャン（MRI、fMRI、および DTI）の脳画像アーカイブであり、すべての疼痛研究者に公開されています。
運用機関:
University of Vienna, Department of Microbiology and Ecosystem Science
生物種:
All
説明:
rRNA を標的としたオリゴヌクレオチドプローブおよびプライマーに関する手作業でメンテナンスおよびキュレーションされたデータベースです。各オリゴヌクレオチドエントリーについて、最新の rRNA 配列デ...
運用機関:
Lab of bioinformatics and computational genomics (BIOBIX)
生物種:
説明:
リボソームプロファイリングを用いて同定された 短いオープンリーディングフレーム(sORF) のデータベースです。リボソームプロファイリングからsORF を同定し、最先端のツールと測定基準を組み込み、結...
休止
WholeCellSimDB
運用機関:
Karr Lab, Institute for Multiscale Biology & Genomics
生物種:
説明:
全細胞モデルのシミュレーション結果を収録したデータベースです。研究者が、全細胞モデルの予測結果を簡単に調べて分析できるように設計されています。予測には以下の項目が含まれます。
- 代謝産物濃度
...
運用終了
Digenic diseases database: DIDA
運用機関:
生物種:
Homo sapiens
説明:
多因子遺伝の最もシンプルな形態である二遺伝子遺伝疾患の消化器疾患に関与するデータベースです。２つの遺伝子の遺伝子名、変異塩基、タンパク質、疾患名を収録しています。 遺伝子、多型、二遺伝子の組み合わせ、...
運用機関:
生物種:
Homo sapiens
説明:
公開されている転写因子のクロマチン免疫沈降シーケンス（ChIP-seq）実験結果をEncodeデータセットと統合した、包括的解析のためのリソースです。転写因子（TF）、転写コアクチベーター（TCA）、...
休止
ProteoRed
運用機関:
Centro de Investigacion Medica Aplicada (CIMA)
生物種:
Archaea | Bacteria | Eukaryota
説明:
スペインのプロテオミクス研究施設の連携、統合、発展を目的とした国家的ネットワークサイトです。プロテオミクス分野の技術提供、Human Proteome Project (HPP) を含む国際プロジェク...
運用終了
openSNP
運用機関:
Seven Bridges, openSNP Administrators
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトのゲノムデータのクラウドソースコレクションです。SNP のジェノタイピングデータ、エクソンの配列決定データ、表現型に付されたアノテーション、定量化された自己追跡データを提供します。ジェノタイピング...
運用終了
National Database for Clinical Trials related to Mental Illness: NDCT
運用機関:
US National Institute of Mental Health (NIMH)
生物種:
Homo sapiens
説明:
米国国立精神衛生研究所（National Institute of Mental Health）が資金を提供する臨床試験のデータを共有するための情報科学プラットフォームです。本データベースは、米国国立...
運用機関:
University of California San Diego
生物種:
Caenorhabditis elegans | Danio rerio | Drosophila melanogaster | Mus musculus
説明:
NIDDK のミッションに関連する大規模なデータプールへのアクセスを提供するリソースです。dkNET ポータルには、抗体、ベクター、マウスの系統、データ、プロトコル、文献などといった研究リソースに関す...
運用機関:
The Reference Center on Environmental Information (CRIA)
生物種:
All
説明:
ブラジル･サンパウロ州内で収集された主要な生物多様性データ、および SinBiota データベースに登録された他のネットワークや観測データから統合されたデータを取得するためのサイトです。データの概要、...
休止
Swedish Ocean Archive: SHARK
運用機関:
Swedish Meterological and Hydrological Institute (SMHI)
生物種:
All
説明:
スウェーデン周辺の海の海洋環境モニタリングで得られたデータを含むデータベースです。コンピュータで利用するためのメタデータ、データ、パッケージとして収録しています。人間が読むことができるコンテンツはSH...
休止
SICAS Medical Image Repository: SMIR
運用機関:
Swiss Institute for Computer Assisted Surgery
生物種:
Homo sapiens
説明:
Sicas Medical Image Repository は、医療分野の画像、セグメンテーション画像、SSM などのデータから統計的形状モデルを構築･共有できる集中ストレージシステムです。DICO...
運用機関:
BioComputing laboratory, University of Padua, Institue of Molecular Biology, gGmbH, Structural Bioinformatics and Molecular Modelling Group, CRBM
生物種:
All
説明:
アノテーションを付したタンデムリピートタンパク質構造のデータベースです。最先端のリピート検出法と手作業のキュレーションを利用して、タンパク質データバンクに体系的にアノテーションを付けるとともに、リピー...
運用機関:
Cambridge Systems Biology Centre, University of Cambridge
生物種:
Anopheles gambiae | Caenorhabditis elegans | Drosophila melanogaster
説明:
ショウジョウバエ、ハマダラカ、および線虫のゲノム、発現およびタンパク質データの統合データベースです。データが統合されているため、生物学的知識の領域にまたがる高度なデータマイニングクエリの実行が可能です...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information (NCBI)
生物種:
All
説明:
塩基配列のデータベースです。以下のアーカイブにより構成されています：
・配列リードアーカイブ（SRA：Sequence Read Archive）：454、IonTorrent、Illumina、S...
休止
iSpyBio
運用機関:
生物種:
All
説明:
生命科学のためのインテリジェントで偏りのない検索エンジンです。論文、レビュー、特性決定画像、テスト済みアプリケーションなどのデータ数により試薬をランク付けします。抗体、タンパク質、ELISA キット、...
休止
bNAber
運用機関:
Ragon Institute, SBMRI, Sanford-Burnham Prebys Medical Discovery Institute, TSRI
生物種:
Homo sapiens | Human immunodeficiency virus
説明:
抗HIV広域中和抗体（bNAb）の中和プロファイル、配列、および３次元構造（解明されている場合）を含む詳細データを提供するデータベースです。また、中和データを解析するためのヒートマップや、bNAb の...
運用機関:
Laboratory of Andrej Sali, University of California at San Francisco (UCSF)
生物種:
All
説明:
アノテーションが付されたタンパク質構造比較モデルのデータベースです。モデルは、MODELLERプログラム（http://salilab.org/modeller/）に基づいた、自動モデリングパイプライ...
運用機関:
CiteAB, STORM Consultancy
生物種:
All | Mus musculus | Xenopus
説明:
引用数でランク付けされた最大の抗体検索エンジンであり、有用な抗体を簡単に見つけることができます。抗体の順位を決める透明性の高い方法として、引用の数を使用しています。また、強力なフィルターにより、アプリ...
運用機関:
Jurisica Lab, Ontario Cancer Institute
生物種:
Caenorhabditis elegans | Drosophila melanogaster | Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus
説明:
ヒトとモデル生物の、実験的に既知もしくは予測されたタンパク質-タンパク質相互作用のデータベースです。タンパク質名、SwissProt ID、生物種などを指定して相互作用データを検索でき、全データのダウ...
運用機関:
University of Toronto
生物種:
Escherichia coli
説明:
大腸菌に関する知識ベースとして、タンパク質 - タンパク質間の物理的相互作用と機能的相互作用を統合したデータベースです。タンパク質名、ドメイン名、GO termなどでの相互作用データの検索、Blast...
運用機関:
The National Autonomous University of Mexico at the Center for Genomic Sciences, University of Mexico
生物種:
Escherichia coli
説明:
RegulonDB は、細菌（大腸菌K12株）の遺伝子調節に関する知識を計算可能で体系化された形式で格納したデータベースです。文献からのマニュアルキュレーションおよびハイスループット実験データと計算機...
運用機関:
Manchester Center for Integrative Systems Biology
生物種:
Saccharomyces cerevisiae
説明:
出芽酵母のゲノムスケール代謝モデル（GEM）のレポジトリです。yeast.sf.netから引き継いだプロジェクトです。ゲノムデータと文献から再構成された、高度にアノテーションされた酵母代謝ネットワーク...
運用機関:
University of Athens
生物種:
All
説明:
G タンパク質、GPCR およびエフェクター分子とそれらの相互作用に関するパブリックデータベースです。配列は、広範な文献検索に基づいて、異なるクラス、ファミリーおよびサブファミリーの階層に従って分類さ...
運用機関:
University of Maryland
生物種:
Homo sapiens
説明:
各疾患変異を遺伝子、タンパク質、またはドメイン位置によって表示するデータベースです。ヒトの全てのコーディング遺伝子の変異をタンパク質ドメインにマッピングし、関連する機能情報（結合部位ドメインの活性、触...
運用終了
Aspergillus Genomes
運用機関:
生物種:
説明:
さまざまなアスペルギルス属の配列およびアノテーション付けプロジェクトから得られたアノテーション付き遺伝子データを閲覧できるリソースです。
運用機関:
National Toxicology Program (NTP), NIEHS, NIH
生物種:
All
説明:
毒物ゲノミクスデータの統合公開リポジトリです。研究デザインおよびスケジュール、臨床化学的および組織病理学的所見、ならびにマイクロアレイデータおよびプロテオミクスデータが含まれます。また、化学物質および...
運用機関:
University of California Los Angeles, University of Missouri, University of North Carolina, The Jackson Laboratory
生物種:
Mus musculus
説明:
科学的に価値のある遺伝子改変マウス系統およびマウスES細胞株を配布および凍結保存するリソースです。変異遺伝子の位置や種類、表現型、コロニーの状態などの情報を収録しています。
運用機関:
Wellcome Trust Sanger Institute
生物種:
Vertebrata
説明:
配列決定が完了した脊椎動物のゲノム配列に手作業で付された高品質なアノテーションを収集したリポジトリです。マウスのノックアウトおよびヒトLOF転写産物を含む遺伝子、MHCおよびLRC領域、NODマウスの...
運用終了
TargetTrack
運用機関:
生物種:
説明:
ターゲットタンパク質の登録データベースです。構造決定のために選択されたターゲットタンパク質に関する実験の進行･状態に関する情報を収録しています。
Protein Structure Initiati...
本カタログの使い方
統合TVにて解説動画が公開されています (2017年10月04日 版）