データベースのレコード一覧 (件数: 2594)
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その他
運用機関:
Ming Chen's Lab, Zhejiang University
生物種:
Viridiplantae
説明:
植物ゲノムに広く発生し、生理学的、病理学的プロセスにおいて調節 RNA として機能する天然のアンチセンス転写物 (NAT：Natural Antisense Transcript) のデータベースです...
休止
GENI-ACT
運用機関:
Microbial Genome Annotation Network (MGAN)
生物種:
Bacteria
説明:
研究者のコミュニティが、協力して細菌のゲノムにアノテーションを付すことができるリソースです。既存のゲノムに対し変更を提案することができる他、これらの変更を NCBI Genbank に反映することも可...
運用機関:
ELIXIR, Wellcome Genome Campus, Swiss Institute of Bioinformatics (SIB)
生物種:
All
説明:
データコレクション（管理されたボキャブラリ、データベースなど）およびその URI、対応する物理的 URL（またはリソース）のカタログを核として構成されたレジストリです。これらのリソースは、データへのア...
運用機関:
Wellcome Trust Sanger Institute, Wellcome Trust Genome Campus
生物種:
Arabidopsis thaliana
説明:
プライマリ miRNA の発現データの比較解析結果を集めた包括的プラットフォームです。直感的に利用できるユーザーフレンドリーなインターフェイスを備えた、汎用的および拡張可能なデータベース･スキームに、...
休止
MIPModDB: A Central Resource for the Superfamily of Major Intrinsic Proteins
運用機関:
Indian Institute of Technology Kanpur
生物種:
All
説明:
MIP（主要内在性膜タンパク質）ファミリーの構造比較モデルのデータベースです。ほぼ完成されているこの MIP のデータセットは、NCBI が提供している生物の完全長ゲノム配列を用いて特定されたものです...
運用機関:
Advanced Centre for Treatment, Research and Education in Cancer (ACTREC), Tata Memorial Centre (TMC)
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトのヒストンの多型や翻訳後修飾部位（PTM）、および様々なヒストンを修飾する酵素に関するデータベースです。 ５種類のヒストンに対する多型の詳細情報（遺伝子ID、プロモーター配列、関連疾患など）や、翻...
運用終了
DistiLD Database: Diseases and Traits in Linkage Disequilibrium Blocks: DistiLD
運用機関:
Disease Systems Biology Group, Novo Nordisk Foundation Center for Protein Research, University of Copenhagen
生物種:
Homo sapiens
説明:
疾患に関連する SNP および遺伝子を染色体の観点から容易に照会･可視化することができるデータベースです。過去に行われたゲノムワイド関連解析（GWAS：genome-wide association ...
運用機関:
Stanford University Center for Biomedical Informatics Research, University of Miami School of Medicine
生物種:
All
説明:
RegenBase は、脊髄損傷 (SCI) の生物学的ナレッジベースです。SCI のための初めてのオントロジーの形で、文献ベースのファクトと実験の詳細、SCI が化合物の酵素活性と細胞増殖に与える影...
休止
The Pain and Interoception Imaging Network: PAIN
運用機関:
Gail and Gerald Oppenheimer Center for Neurobiology of Stress at UCLA, University of California
生物種:
Homo sapiens
説明:
UCLA で行われた構造的および機能的磁気共鳴スキャン（MRI、fMRI、および DTI）の脳画像アーカイブであり、すべての疼痛研究者に公開されています。
運用機関:
University of Vienna, Department of Microbiology and Ecosystem Science
生物種:
All
説明:
rRNA を標的としたオリゴヌクレオチドプローブおよびプライマーに関する手作業でメンテナンスおよびキュレーションされたデータベースです。各オリゴヌクレオチドエントリーについて、最新の rRNA 配列デ...
運用機関:
Lab of bioinformatics and computational genomics (BIOBIX)
生物種:
説明:
リボソームプロファイリングを用いて同定された 短いオープンリーディングフレーム(sORF) のデータベースです。リボソームプロファイリングからsORF を同定し、最先端のツールと測定基準を組み込み、結...
休止
WholeCellSimDB
運用機関:
Karr Lab, Institute for Multiscale Biology & Genomics
生物種:
説明:
全細胞モデルのシミュレーション結果を収録したデータベースです。研究者が、全細胞モデルの予測結果を簡単に調べて分析できるように設計されています。予測には以下の項目が含まれます。
- 代謝産物濃度
...
運用終了
Digenic diseases database: DIDA
運用機関:
生物種:
Homo sapiens
説明:
多因子遺伝の最もシンプルな形態である二遺伝子遺伝疾患の消化器疾患に関与するデータベースです。２つの遺伝子の遺伝子名、変異塩基、タンパク質、疾患名を収録しています。 遺伝子、多型、二遺伝子の組み合わせ、...
運用機関:
生物種:
Homo sapiens
説明:
公開されている転写因子のクロマチン免疫沈降シーケンス（ChIP-seq）実験結果をEncodeデータセットと統合した、包括的解析のためのリソースです。転写因子（TF）、転写コアクチベーター（TCA）、...
休止
ProteoRed
運用機関:
Centro de Investigacion Medica Aplicada (CIMA)
生物種:
Archaea | Bacteria | Eukaryota
説明:
スペインのプロテオミクス研究施設の連携、統合、発展を目的とした国家的ネットワークサイトです。プロテオミクス分野の技術提供、Human Proteome Project (HPP) を含む国際プロジェク...
運用終了
openSNP
運用機関:
Seven Bridges, openSNP Administrators
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトのゲノムデータのクラウドソースコレクションです。SNP のジェノタイピングデータ、エクソンの配列決定データ、表現型に付されたアノテーション、定量化された自己追跡データを提供します。ジェノタイピング...
運用終了
National Database for Clinical Trials related to Mental Illness: NDCT
運用機関:
US National Institute of Mental Health (NIMH)
生物種:
Homo sapiens
説明:
米国国立精神衛生研究所（National Institute of Mental Health）が資金を提供する臨床試験のデータを共有するための情報科学プラットフォームです。本データベースは、米国国立...
運用機関:
University of California San Diego
生物種:
Caenorhabditis elegans | Danio rerio | Drosophila melanogaster | Mus musculus
説明:
NIDDK のミッションに関連する大規模なデータプールへのアクセスを提供するリソースです。dkNET ポータルには、抗体、ベクター、マウスの系統、データ、プロトコル、文献などといった研究リソースに関す...
運用機関:
The Reference Center on Environmental Information (CRIA)
生物種:
All
説明:
ブラジル･サンパウロ州内で収集された主要な生物多様性データ、および SinBiota データベースに登録された他のネットワークや観測データから統合されたデータを取得するためのサイトです。データの概要、...
休止
Swedish Ocean Archive: SHARK
運用機関:
Swedish Meterological and Hydrological Institute (SMHI)
生物種:
All
説明:
スウェーデン周辺の海の海洋環境モニタリングで得られたデータを含むデータベースです。コンピュータで利用するためのメタデータ、データ、パッケージとして収録しています。人間が読むことができるコンテンツはSH...
休止
SICAS Medical Image Repository: SMIR
運用機関:
Swiss Institute for Computer Assisted Surgery
生物種:
Homo sapiens
説明:
Sicas Medical Image Repository は、医療分野の画像、セグメンテーション画像、SSM などのデータから統計的形状モデルを構築･共有できる集中ストレージシステムです。DICO...
運用機関:
BioComputing laboratory, University of Padua, Institue of Molecular Biology, gGmbH, Structural Bioinformatics and Molecular Modelling Group, CRBM
生物種:
All
説明:
アノテーションを付したタンデムリピートタンパク質構造のデータベースです。最先端のリピート検出法と手作業のキュレーションを利用して、タンパク質データバンクに体系的にアノテーションを付けるとともに、リピー...
運用機関:
Cambridge Systems Biology Centre, University of Cambridge
生物種:
Anopheles gambiae | Caenorhabditis elegans | Drosophila melanogaster
説明:
ショウジョウバエ、ハマダラカ、および線虫のゲノム、発現およびタンパク質データの統合データベースです。データが統合されているため、生物学的知識の領域にまたがる高度なデータマイニングクエリの実行が可能です...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information (NCBI)
生物種:
All
説明:
塩基配列のデータベースです。以下のアーカイブにより構成されています：
・配列リードアーカイブ（SRA：Sequence Read Archive）：454、IonTorrent、Illumina、S...
休止
iSpyBio
運用機関:
生物種:
All
説明:
生命科学のためのインテリジェントで偏りのない検索エンジンです。論文、レビュー、特性決定画像、テスト済みアプリケーションなどのデータ数により試薬をランク付けします。抗体、タンパク質、ELISA キット、...
休止
bNAber
運用機関:
Ragon Institute, SBMRI, Sanford-Burnham Prebys Medical Discovery Institute, TSRI
生物種:
Homo sapiens | Human immunodeficiency virus
説明:
抗HIV広域中和抗体（bNAb）の中和プロファイル、配列、および３次元構造（解明されている場合）を含む詳細データを提供するデータベースです。また、中和データを解析するためのヒートマップや、bNAb の...
運用機関:
Laboratory of Andrej Sali, University of California at San Francisco (UCSF)
生物種:
All
説明:
アノテーションが付されたタンパク質構造比較モデルのデータベースです。モデルは、MODELLERプログラム（http://salilab.org/modeller/）に基づいた、自動モデリングパイプライ...
運用機関:
CiteAB, STORM Consultancy
生物種:
All | Mus musculus | Xenopus
説明:
引用数でランク付けされた最大の抗体検索エンジンであり、有用な抗体を簡単に見つけることができます。抗体の順位を決める透明性の高い方法として、引用の数を使用しています。また、強力なフィルターにより、アプリ...
運用機関:
Jurisica Lab, Ontario Cancer Institute
生物種:
Caenorhabditis elegans | Drosophila melanogaster | Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus
説明:
ヒトとモデル生物の、実験的に既知もしくは予測されたタンパク質-タンパク質相互作用のデータベースです。タンパク質名、SwissProt ID、生物種などを指定して相互作用データを検索でき、全データのダウ...
運用機関:
University of Toronto
生物種:
Escherichia coli
説明:
大腸菌に関する知識ベースとして、タンパク質 - タンパク質間の物理的相互作用と機能的相互作用を統合したデータベースです。タンパク質名、ドメイン名、GO termなどでの相互作用データの検索、Blast...
運用機関:
The National Autonomous University of Mexico at the Center for Genomic Sciences, University of Mexico
生物種:
Escherichia coli
説明:
RegulonDB は、細菌（大腸菌K12株）の遺伝子調節に関する知識を計算可能で体系化された形式で格納したデータベースです。文献からのマニュアルキュレーションおよびハイスループット実験データと計算機...
運用機関:
Manchester Center for Integrative Systems Biology
生物種:
Saccharomyces cerevisiae
説明:
出芽酵母のゲノムスケール代謝モデル（GEM）のレポジトリです。yeast.sf.netから引き継いだプロジェクトです。ゲノムデータと文献から再構成された、高度にアノテーションされた酵母代謝ネットワーク...
運用機関:
University of Athens
生物種:
All
説明:
G タンパク質、GPCR およびエフェクター分子とそれらの相互作用に関するパブリックデータベースです。配列は、広範な文献検索に基づいて、異なるクラス、ファミリーおよびサブファミリーの階層に従って分類さ...
運用機関:
University of Maryland
生物種:
Homo sapiens
説明:
各疾患変異を遺伝子、タンパク質、またはドメイン位置によって表示するデータベースです。ヒトの全てのコーディング遺伝子の変異をタンパク質ドメインにマッピングし、関連する機能情報（結合部位ドメインの活性、触...
運用終了
Aspergillus Genomes
運用機関:
生物種:
説明:
さまざまなアスペルギルス属の配列およびアノテーション付けプロジェクトから得られたアノテーション付き遺伝子データを閲覧できるリソースです。
運用機関:
National Toxicology Program (NTP), NIEHS, NIH
生物種:
All
説明:
毒物ゲノミクスデータの統合公開リポジトリです。研究デザインおよびスケジュール、臨床化学的および組織病理学的所見、ならびにマイクロアレイデータおよびプロテオミクスデータが含まれます。また、化学物質および...
運用機関:
University of California Los Angeles, University of Missouri, University of North Carolina, The Jackson Laboratory
生物種:
Mus musculus
説明:
科学的に価値のある遺伝子改変マウス系統およびマウスES細胞株を配布および凍結保存するリソースです。変異遺伝子の位置や種類、表現型、コロニーの状態などの情報を収録しています。
運用機関:
Wellcome Trust Sanger Institute
生物種:
Vertebrata
説明:
配列決定が完了した脊椎動物のゲノム配列に手作業で付された高品質なアノテーションを収集したリポジトリです。マウスのノックアウトおよびヒトLOF転写産物を含む遺伝子、MHCおよびLRC領域、NODマウスの...
運用終了
TargetTrack
運用機関:
生物種:
説明:
ターゲットタンパク質の登録データベースです。構造決定のために選択されたターゲットタンパク質に関する実験の進行･状態に関する情報を収録しています。
Protein Structure Initiati...
運用機関:
Association of Universities in the Netherlands (VSNU), Data Archiving and Networked Services (DANS)
生物種:
説明:
すべてのオランダの大学、KNAW、NWO、および他の多くの研究機関のリポジトリに収録されているものの、他のデータベースでは参照されていない科学的情報へのオープンアクセスを提供します。文献、データセット...
運用機関:
PBIL
生物種:
Archaea | Bacteria | Eukaryota
説明:
完全に配列決定された生物（細菌、古細菌および真核生物）から得られた相同遺伝子のデータベースです。遺伝子ID、生物種、機能の情報を相同性に基づく系統樹の形式で収録しています。このコレクションは、UniP...
運用終了
National Database for Autism Research: NDAR
運用機関:
US National Institute of Mental Health (NIMH)
生物種:
Homo sapiens
説明:
自閉スペクトラム障害関連データのための拡張可能でスケーラブルな情報科学プラットフォームです。すべてのレベルの生物学的および行動的組織（分子、遺伝子、神経組織の他、行動、社会および環境相互作用）、ならび...
運用機関:
生物種:
Oryza
説明:
イネの日本晴種亜種のゲノム配列と12のイネ染色体のアノテーションを提供するデータベースです。遺伝子位置、構造、予測されるタンパク質の長さなどを収録しています。これらのデータは、検索ページとアノテーショ...
運用機関:
生物種:
説明:
世界中 90 以上の集団の HLA 配列、HLA 遺伝子座、HLA 対立遺伝子座、およびハプロタイプ頻度の遺伝学的検査のサポートツールへのアクセスを提供するリソースです。この他にも、造血幹細胞移植およ...
運用機関:
National Center for Biological Sciences (NCBS)
生物種:
All
説明:
単一メンバータンパク質ドメインのスーパーファミリーの配列構造テンプレートを提供するデータベースです。アミノ酸配列、残基数、モチーフの３次元構造、空間的距離によるクラスタリング情報などを提供します。配列...
運用機関:
Center for Biomedical Informatics and Information Technology (CBIIT), Centers of Cancer Nanotechnology Excellence (CCNEs), Nanotechnology Characterization Laboratory (NLC), National Institute of Health
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
世界の生物医学ナノテクノロジー研究コミュニティ全体の情報共有を促進するべく設計されたデータ共有ポータルです。 生物医学においてナノテクノロジーがより迅速に利用され、その有効性が確認されることを目指して...
運用機関:
Lawrence Berkeley National Laboratory (LBNL)
生物種:
All
説明:
キメラスクリーニング、標準アラインメント、および複数の公表された分類学を使用して系統学的分類を提供する16S rRNA 遺伝子データベースです。マイクロアレイ、プロトコール、シーケンス、文献、タキソノ...
運用機関:
生物種:
説明:
異なる構造予測技術によって得られた３次元タンパク質モデルを収集するデータベースです。タンパク質の配列、生物種、PDBへのリンク、予測されたモデルのデータを収録しています。
運用機関:
International Union of Basic and Clinical Pharmacology
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Plasmodium falciparum | Rattus
説明:
薬理学関連の情報を集約したデータベースです。各ターゲットについて専門家がキュレーションを行った主要な特性と選択可能なリガンド、利用可能なツール化合物の概要を提供します。また、薬理学、生理学、構造、遺伝...
本カタログの使い方
統合TVにて解説動画が公開されています (2017年10月04日 版）