データベースのレコード一覧 (件数: 2583)
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運用機関:
生物種:
All
説明:
検証済みの遺伝子やタンパク質の発現、細胞型に関連する表現型や画像をマッピングするツールです。各細胞のタイプやクラス、シノニム、発現遺伝子、および各用語のデータにより、細胞型の特性決定および比較が可能と...
運用機関:
Max Planck Institute of Molecular Plant Physiology (MPIMP)
生物種:
Viridiplantae
説明:
大規模スクリーニングや新規代謝バイオマーカー発見のために、最も広く利用されているルーチン技術のためのガスクロマトグラフィー（GC）質量分析（MS）の基準スペクトル、基準代謝産物プロファイルおよびツール...
運用機関:
生物種:
All
説明:
フローサイトメトリー実験のデータベースです。MIFlowCyt 標準に従って文献から収集およびアノテーション付けされたフローサイトメトリー実験について、研究者、実施機関、目的、ファンド、実験条件などを...
運用機関:
J. Craig Venter Institute (JCVI), Northrop Grumman Health IT, Vecna Technologies
生物種:
Influenza virus
説明:
米国国立アレルギー・感染症研究所が、Bioinformatics Resource Centers プログラムを通じて資金を提供している、インフルエンザに関するオープンアクセスの公開リソースです。公共...
運用機関:
Neuroscience Information Framework (NIF)
生物種:
All
説明:
研究者に論文で使用されている抗体を普遍的に同定する方法を提供するためのレジストリです。約 200 のサプライヤーが販売する市販抗体について抗体名、抗原、使用文献、クローンの種類、免疫動物種、サプライヤ...
運用機関:
Centre for Structural and Functional Genomics, Concordia University
生物種:
Fungi
説明:
特徴が同定されている真菌由来のリグノセルロース - 活性タンパク質に関する知識とアノテーションを検索することができるリソースです。遺伝子名、タンパク質名、酵素活性、基質、解析条件および、タンパク質や遺...
運用機関:
American Society for Cell Biology (ASCB)
生物種:
All
説明:
細胞の画像、動画、およびアニメーションを集めた公共データベースです。簡単にアクセスでき、多様な生物、細胞型、細胞プロセスをカバーしています。細胞プロセス、構成要素、細胞のタイプ、生物種から検索できます...
運用機関:
Bioinformatics Centre, University of Copenhagen, Biotech Research and Innovation Centre (BRIC), University of Copenhagen, Danish State Hospital, Finsen Laboratory
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
健康な個体および悪性血球新生個体における mRNA 発現のデータベースであり、ヒトおよびマウスの両方からのデータを含みます。特定の分化段階で、健康造形細胞およびがん性の造血細胞の遺伝子の発現プロットを...
運用機関:
Comparative Genomics Group (CRG)
生物種:
Musa | Oryza | Solanaceae | Viridiplantae
説明:
植物の抵抗性遺伝子に関する情報が毎日更新されるオープンサイトです。抵抗性遺伝子を持つ生物種、遺伝子の名称、配列、非病原性遺伝子のリスト、疾患一覧などが保存され、キュレーションされ、議論されています。研...
運用機関:
CERM, University of Florence, Florence
生物種:
All
説明:
生体高分子の３次元構造から得られた金属結合部位に関するデータベースです。タンパク質および核酸中の金属結合部位を、最小機能部位（MFS）を介して、系統的かつ自動的に表示します。MFS は、金属の周囲の局...
運用機関:
Institute of Systems Biology Ltd, King Abdullah University of Science and Technology (KAUST), Vavilov Institute of General Genetics, Russian Academy of Sciences
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
ヒト転写因子（TF）およびマウス TF に対する TF 結合モデルを提供するデータベースです。基本的なモノヌクレオチド位置特異的マトリックス（PWM）の他、ChIP-Seqデータに基づいてジヌクレオチ...
運用機関:
生物種:
説明:
NASAの地球環境変動に関するデータとツールの情報を収録したポータルサイトです。テキスト検索の他、階層化されたキーワードからのデータのブラウジングが可能です。
運用機関:
National Institutes of Health
生物種:
All
説明:
癌生物医学情報科学グリッド（caBIG）を利用したマイクロアレイデータのデータベースです。2015年3月31日に運用終了しましたが、（https://wiki.nci.nih.gov/display/...
運用機関:
Institut Pasteur
生物種:
Bacteria
説明:
GenoList は微生物ゲノムの比較研究のための統合データベースです。現在のリリースは700種以上のゲノムデータを統合しています(Genome Reviews)。クエリーとナビゲーションユーザーイン...
運用機関:
Baylor College of Medicine
生物種:
All
説明:
タンパク質の配列におけるアミノ酸残基の進化的重要性をランク付けし、構造的に利用可能な場合はトップランクの残基を構造にマップして表示するツールです。リアルバリューとインテジャーとを使って表示するET V...
運用終了
AgBase
運用機関:
AgBase, Mississippi State University
生物種:
Metazoa | Viridiplantae
説明:
農作物や動物の遺伝子について遺伝子オントロジーを含めた構造アノテーションや機能アノテーションを行うデータベースです。データ収集元のDB名とアクセス番号、タンパク質名、遺伝子名、得られた生物種名、アミノ...
運用機関:
Myongji University
生物種:
Canis familiaris | Danio rerio | Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus
説明:
アポトーシス、炎症、ネクローシスおよび免疫細胞のシグナリングパスウェイの鍵となるdeath domain (DD) super family のデータベースです。文献から収集したヒトのDDについて、タ...
休止
FlavorDB
運用機関:
Indraprastha Institute of Information Technology (IIIT-Delhi)
生物種:
All
説明:
FlavorDB は、味と香りを表すフレーバー分子を収載したデータベースです。これらのうち 2,254 分子は、34 のカテゴリーに属する 936 の天然成分に由来しています。ダイナミックでユーザーフ...
Database of fuzzy protein complexes: FuzDB
運用機関:
生物種:
All
説明:
タンパク質の天然変性（ID：intrinsic disorder）領域がパートナー（タンパク質、核酸または小分子）との相互作用においても維持され、生物学的機能に直接影響を及ぼすファジータンパク質複合体...
運用機関:
Institute of Enzymology, Research Centre for Natural Sciences, Hungarian Academy of Sciences, MTA-ELTE Bioinformatics Research Group
生物種:
All
説明:
天然変性タンパク質同士で構成されるタンパク質複合体のデータベースです。単体の状態で安定した三次構造を持たないこれらのタンパク質の折りたたみは、複合体形成によって相互に誘導されます。このような複合体の情...
NCI Center for Strategic Scientific Initiatives Data Coordinating Center: CSSI DCC
運用機関:
Frederick National Laboratory for Cancer Research
生物種:
All
説明:
CSSI (Center for Strategic Scientific Initiatives) DCC （Data Coordinating Center） Portal は、CSSI から資金...
休止
e-ReColNat
運用機関:
RECOLNAT
生物種:
All
説明:
e-ReColNatはデジタル化された過去350年間の植物、動物、化石、地理に関する自然史コレクションを提供します。800万以上の標本と700万以上の画像データを含みます。アカウントを作成してデータを...
運用機関:
Southwest University
生物種:
Arabidopsis thaliana | Bombyx mori | Brassica | Drosophila | Homo sapiens | ...
説明:
リアルタイム定量PCR（qPCR）プライマーに関する情報を提供するデータベースです。ヒト、マウス、ゼブラフィッシュ、酵母、シロイヌナズナ、米、トウモロコシなどを対象に、遺伝子特異的かつ事前計算されたプ...
休止
Xenobiotics Metabolism Database: XMetDB
運用機関:
Department of Pharmaceutical Biosciences, Uppsala University, Department of Drug Design and Pharmacology, University of Copenhagen, Universiteit Maastricht, IdeaConsult Ltd
生物種:
説明:
薬物代謝に関するオープンアクセス、オープンソースのデータベースです。データの登録と検索が可能なウェブインターフェースを備えています。実験で得られた基質とその代謝物、酵素反応のデータを、実験タイプ、酵素...
休止
VertNet IPT
運用機関:
VertNet
生物種:
Vertebrata
説明:
VertNet がIntegrated Publication Toolkit（IPT）を使用して運営する、生物多様性データに関するIPTサイトです。IPT は、一次出現データ、種別チェックリスト、お...
運用機関:
Oak Ridge National Laboratory
生物種:
説明:
陸生生物の地球化学的および生態学的動態観察データとモデルの包括的なアーカイブです。NASA の地球科学をサポートするための研究、教育、意思決定を促進するデータサービスを集め、配布し、提供しています。
運用終了
CRISPRdb
運用機関:
Universitè Paris-Sud 11, CNRS
生物種:
Archaea | Bacteria
説明:
公開された微生物ゲノムやユーザーが提供する配列に対して、CRISPR 配列を容易に検出するためのデータベースとツールを提供するサイトです。また、CRISPR-cas （CRISPR-associate...
運用機関:
Weizmann Institute of Science
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトの疾患データベースです。既存のデータソースから疾患エントリのそれぞれについて概要、症状、解剖学的情報、薬、遺伝的検査、変異、文献などの情報を収集しています。ソース間で異なる疾患名を統合する「エイリ...
運用機関:
Biozentrum, University of Basel
生物種:
Caulobacter crescentus | Neisseria meningitidis | Streptomyces coelicolor | Streptomyces granaticolor
説明:
ストレプトミセス属、カウロバクター属、およびナイセリア属のプロテオミクスデータベースです。この分野におけるユニークなデータベースです。所与の種の様々な発達段階におけるタンパク質の発現に関する知識ベース...
休止
The Benchmark Energy & Geometry Database: BEGDB
運用機関:
Institute of Organic Chemistry and Biochemistry of the Czech Academy of Sciences (IOCB)
生物種:
All
説明:
Benchmark CCSD(T)/完全基底関数極限計算結果を収録したデータベースです。分子構造、エネルギー、および特性に関する高精度の QM 計算結果を収集します。これらのデータは、他の計算方法のテ...
運用終了
Target Central Resource Database: TCRD
運用機関:
European Commission under FP7 Grant Agreement, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, UNM School of Medicine, University of Miami School of Medicine
生物種:
Homo sapiens
説明:
TCRD は、ドラッガブルゲノム知識管理センター（IDG-KMC：Druggable Genome Knowledge Management Center ）を支える薬剤のヒトゲノムターゲットに関する...
休止
mirDNMR
運用機関:
Wenzhou Medical University
生物種:
Homo sapiens
説明:
遺伝子中心のバックグラウンド 新生突然変異率（DNMR ： novo mutation rate） のデータベースです。異なる方法および集団の変動データから得られたバックグラウンドDNMRや各遺伝子の...
運用機関:
REFLORA Programme
生物種:
Chlorophyta | Phaeophyceae | Rhodophyta | Fungi | Viridiplantae
説明:
ブラジルのすべての既知の植物、藻類、および菌類についてのデータベースです。命名法、地理的分布（ブラジル国内の分布範囲、固有種バイオーム）の他、各生物の生活型、基質、および植生の種類に関する貴重なデータ...
休止
Database of local DNA conformers: Dolce
運用機関:
生物種:
All
説明:
人が監督する手法と監督しない手法を組み合わせた自動的分類手法に基づく DNA 構造モチーフのデータベースです。2013 年 2 月までにリリースされた、X線 および NMR を用いたDNA構造解析に...
休止
CropPAL
運用機関:
Australian National Data Service (ANDS), Edwards Group, University of Western Australia
生物種:
Hordeum vulgare | Oryza sativa | Triticum aestivum | Zea mays
説明:
様々な作物におけるタンパク質の細胞内局在をワンストップで調べることができるデータベースです。大規模スケールのMS/MS（質量分析）結果、蛍光タグ実験の結果、ナズナの実験的タンパク質-タンパク質相互作用...
運用終了
Clinical Knowledgebase: JAX-CKB
運用機関:
The Jackson Laboratory
生物種:
Homo sapiens
説明:
半自動/手作業でキュレーションされた腫瘍に関するゲノムプロファイルのデータベースです。遺伝子/変異体のアノテーション、治療に関する知見、診断/予後情報、および臨床試験に関するデータを取り扱っています。...
運用機関:
Istituto di Ricovero e Cura a Carattere Scientifico (IRCCS)
生物種:
Homo sapiens
説明:
CLIMA 2 は、独自のデータベースに、認証されたヒト細胞株 STR プロファイルの全てを収載することを目指した統合データベースです。データベースの内容は、ホームページのテーブル内でダイナミックに要...
Coral Trait Database
運用機関:
生物種:
Scleractinia
説明:
イシサンゴ目の珊瑚の生活史形質、系統発生的および生物地理的データを集めたデータベースです。野外調査や採取したもの、文献から抽出した情報など観察データや形質情報を収録しています。種、特徴、リソース、採集...
休止
RNA Binding Protein Variant Database: RBP-Var
運用機関:
生物種:
Homo sapiens
説明:
RNA 結合タンパク質によって媒介される転写後調節に関与する機能的変異体のデータベースです。RBP結合部位（rbSNP）におけるdbSNP、SNPによる二次構造変化（RiboSNitch）、miRNA...
休止
Whole-Cell Knowledge Base: WholeCellKB
運用機関:
Karr Lab, Institute for Multiscale Biology & Genomics
生物種:
Mycoplasma genitalium
説明:
全細胞モデルを実現するべく設計された、モデル生物データベースのオープンアクセスコレクションです。現在、グラム陽性細菌で一般的なヒト病原体であるマイコプラズマ・ジェニタリウムのデータベースが収録されてい...
運用機関:
Department of Biochemistry, University of Cambridge, National Center for Biological Sciences (NCBS), Department of Crystallography, Birkbeck College, University of London
生物種:
All
説明:
タンパク質スーパーファミリーの構造的モチーフのアラインメントを収録するデータベースです。元のスーパーファミリーアラインメントデータベース CAMPASS (CAMbridge database of ...
運用機関:
Computer and Laboratory Investigation of Proteins of Human Origin Group (CALIPHO), Swiss Institute of Bioinformatics, SIB Swiss Institute of Bioinformatics
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトタンパク質関連のデータをシームレスに統合するプラットフォームです。PTM、タンパク質-タンパク質相互作用、細胞内分布などの情報に加えて、siRNA実験データ、3D実験データ、パスウェイデータ、集団...
運用機関:
Theoretical Biology and Biophysics, T-10, Los Alamos National Laboratory
生物種:
Nairovirus | Viruses | Zika virus
説明:
エボラ出血熱およびその他の出血熱を引き起こすウィルスのデータベースです。ウィルス種、地域による発生頻度、アミノ酸および塩基の配列を収録しています。種名、配列、サンプル情報や、地域による検索が可能です。
休止
zfishbook
運用機関:
Mayo Clinic
生物種:
Danio rerio
説明:
ゼブラフィッシュのトランスポゾン標識変異体のリアルタイムデータベースです。発現タグが付いた復帰可能な突然変異を作成する遺伝子破壊トランスポゾン（GBT）を導入したセルラインを登録しています。各レコード...
運用機関:
The Biotechnology Center (BIOTEC), Technische Universitat Dresden, European Molecular Biology Organisation (EMBO), University of Copenhagen
生物種:
All
説明:
化学物質とタンパク質間の既存および予測される相互作用を探索することができるリソースです。実験、データベースおよび文献から得られたエビデンスに基づいて、化学物質を他の化学物質およびタンパク質とリンクづけ...
休止
GENI-ACT
運用機関:
Microbial Genome Annotation Network (MGAN)
生物種:
Bacteria
説明:
研究者のコミュニティが、協力して細菌のゲノムにアノテーションを付すことができるリソースです。既存のゲノムに対し変更を提案することができる他、これらの変更を NCBI Genbank に反映することも可...
休止
MIPModDB: A Central Resource for the Superfamily of Major Intrinsic Proteins
運用機関:
Indian Institute of Technology Kanpur
生物種:
All
説明:
MIP（主要内在性膜タンパク質）ファミリーの構造比較モデルのデータベースです。ほぼ完成されているこの MIP のデータセットは、NCBI が提供している生物の完全長ゲノム配列を用いて特定されたものです...
運用終了
DistiLD Database: Diseases and Traits in Linkage Disequilibrium Blocks: DistiLD
運用機関:
Disease Systems Biology Group, Novo Nordisk Foundation Center for Protein Research, University of Copenhagen
生物種:
Homo sapiens
説明:
疾患に関連する SNP および遺伝子を染色体の観点から容易に照会･可視化することができるデータベースです。過去に行われたゲノムワイド関連解析（GWAS：genome-wide association ...
休止
The Pain and Interoception Imaging Network: PAIN
運用機関:
Gail and Gerald Oppenheimer Center for Neurobiology of Stress at UCLA, University of California
生物種:
Homo sapiens
説明:
UCLA で行われた構造的および機能的磁気共鳴スキャン（MRI、fMRI、および DTI）の脳画像アーカイブであり、すべての疼痛研究者に公開されています。
休止
WholeCellSimDB
運用機関:
Karr Lab, Institute for Multiscale Biology & Genomics
生物種:
説明:
全細胞モデルのシミュレーション結果を収録したデータベースです。研究者が、全細胞モデルの予測結果を簡単に調べて分析できるように設計されています。予測には以下の項目が含まれます。
- 代謝産物濃度
...
本カタログの使い方
統合TVにて解説動画が公開されています (2017年10月04日 版）