データベースのレコード一覧 (件数: 2607)
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運用機関:
国立研究開発法人科学技術振興機構 NBDC事業推進部
生物種:
説明:
形態素解析エンジンMeCab（http://taku910.github.io/mecab/ ）のための科学技術分野の専門用語を集めたユーザー辞書です。JSTシソーラス(2015年版)の見出し語と同義...
運用機関:
京都大学 化学研究所 バイオインフォマティクスセンター
生物種:
Homo sapiens
説明:
病気を分子ネットワークがゆらいだ状態とみなし、疾患に関連したヒトゲノム・遺伝子のバリエーションを、シグナル伝達をはじめとした様々なネットワークのバリエーションとして知識集約したデータベースです。分子ネ...
運用機関:
国立研究開発法人国立国際医療研究センター
生物種:
Homo sapiens
説明:
日本人の臨床データと遺伝子変異データとを結びつけて収集・公開するオープンアクセスのデータベースです。「がん」「希少・難治性疾患」「感染症」「認知症」「難聴」の疾患領域を対象としています 。各疾患カテゴ...
運用機関:
Harvard Medical School, Stanley Center for Psychiatric Research at Broad Institute
生物種:
Mus musculus
説明:
成体マウス脳の9つの領域由来の690,000個のシングルセルRNA-Seq解析の結果を提供するデータベースです。遺伝子、脳領域、細胞のタイプなどを指定して、遺伝子発現プロファイルを検索・視覚的に表示す...
運用機関:
情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター
生物種:
Homo sapiens
説明:
希少疾患と症状のデータベースです。希少疾患に関連する症例報告を収集し、各症例報告に含まれる症状、遺伝子名、変異情報などを利用して、患者の症状や変異と関連例の高い症例報告を効率よく検索できるようにしてい...
運用終了
RIKEN HIFI: RIKEN Heteroatom-containing Ion Finder
運用機関:
特定国立研究開発法人理化学研究所 環境資源科学研究センター
生物種:
Allium cepa | Allium sativum | Allium fistulosum
説明:
液体クロマトグラフィー-フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴質量分析装置（LC-FTICR-MS）により解析されたデータと解析ツールのサイトです。タマネギやニンニクのサンプルを解析した結果や詳細な実験...
運用終了
MeKO
運用機関:
特定国立研究開発法人理化学研究所 環境資源科学研究センター
生物種:
Arabidopsis thaliana
説明:
シロイヌナズナ変異体の代謝に関するデータベースです。野生種に近い表現形を持つ変異体50種類について変異遺伝子の情報、表現形、ガスクロマトグラフィー／マススペクトロメトリー（GC-MS）による代謝プロフ...
運用機関:
Computational Biology Institute (IBC)
生物種:
Arabidopsis thaliana | Oryza barthii | Oryza brachyantha | Oryza glaberrima | Oryza meridionalis | ...
説明:
シロイヌナズナ、イネ、モロコシ、コムギ、トウモロコシに関する情報を統合したRDFデータベースです。遺伝子、タンパク質、QTL、オントロジー、パスウェイなどの情報を以下のデータベースから収集しています：...
運用機関:
国立大学法人東京農工大学, 国立研究開発法人理化学研究所 環境資源科学研究センター
生物種:
説明:
メタボロミクスおよびリピドミクスに活用できるツール集およびデータベースです。あらゆるタイプのクロマトグラフィー/質量分析法（GC / MS、GC-MS / MS、LC / MS、およびLC-MS / ...
運用機関:
特定国立研究開発法人理化学研究所 環境資源科学研究センター
生物種:
Viridiplantae
説明:
植物代謝物質のデータベースです。文献や独自の研究から収集したMS/MSデータの代謝物名、スペクトラム、文献情報、分子情報、植物種名などを記載しています。フラグメントのm/s値やスペクトラムの相同性、キ...
運用機関:
農業環境変動研究センター
生物種:
Oryza sativa
説明:
イネの生育に影響を与える気象データを提供するデータベースです。気温、降水量、気圧、平均蒸気圧や日射量、湿度、蒸散要求量の推定値などをアメダス地点および気象官署地点ごとに提供します。また、選択した地点に...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所
生物種:
Hevea brasiliensis
説明:
パラゴムノキの遺伝子・転写関連データベースです。決定したドラフトゲノム配列や天然ゴム高生産株・病害抵抗株の遺伝子発現情報、世界の関連研究成果をまとめて掲載しています。各レコードには遺伝子名、遺伝子位置...
運用機関:
独立行政法人製品評価技術基盤機構
生物種:
Bacteria
説明:
微生物のゲノム情報から有害性に関わる遺伝子を検索し、微生物の有害性を推定するデータベースです。 微生物ゲノムの塩基配列又はアミノ酸配列を入力し検索すると、その配列中に有害性（毒素生産や薬剤耐性等）に関...
運用機関:
独立行政法人製品評価技術基盤機構
生物種:
Bacteria | Fungi
説明:
微生物（細菌、真菌）の危険度／有害性の判断基準となる国内外の情報を一元化したリストです。
各微生物のバイオセーフティーレベル（BSL）分類や国内法規制の適用の有無などの情報を、学名（旧名、異名を含む）...
運用機関:
独立行政法人製品評価技術基盤機構
生物種:
説明:
日ASEAN化学物質管理データベース（ASEAN-Japan Chemical Safety Database : AJCSD）は、日ASEAN経済産業協力委員会（AMEICC） 化学ワーキンググルー...
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
説明:
バイオ医薬品として知られる核酸医薬品の臨床情報をまとめたデータベースです。承認薬や臨床試験における第I相試験（フェーズ I）から第III相試験（フェーズ III）の3段階の治験段階の情報を製薬会社や臨...
運用機関:
筑波大学生命環境科学研究科
生物種:
Cucumis melo
説明:
高級マスクメロンの全ゲノム発現遺伝子情報データベースです。「アールスフェボリット春系３号」を対象とし、温室栽培の環境で葉、根、茎、果実部を含む全30組織から約27,000遺伝子の発現部位と発現量の情報...
運用機関:
厚生労働省
生物種:
Actinopterygii | Bivalvia | Gastropoda | Fungi | Magnoliophyta
説明:
自然毒（動植物が持つ毒成分）のデータベースです。毒を持つ生物種、有毒部位、食中毒発生状況、食中毒症状、毒成分などの情報を収録しています。魚類、二枚貝、巻貝、きのこ、および高等植物の名称一覧からデータを...
運用機関:
難治性血管炎に関する調査研究班
生物種:
Homo sapiens
説明:
血管炎病理画像のデータベースです。各疾患ごとに病理画像と解説が収録されています。画像はダウンロードして使用することが可能です（使用許諾ルール：http://www.vas-mhlw.org/html/...
運用機関:
Karydo TherapeutiX 株式会社
生物種:
Mus musculus
説明:
医薬品によって起こる体内様々な器官における遺伝子発現変化を網羅したデータベースです。がん、糖尿病、神経疾患、高コレステロール、代謝疾患などの治療のために世界中で多く使用されている医薬品をマウスに投与し...
運用終了
Oncomine
運用機関:
Thermo Fisher Scientific Inc.
生物種:
Homo sapiens
説明:
Oncomine™は、ガンの遺伝子発現データを収集したデータベースであり、ウェブベースでデータマイニングを行えるプラットフォームです。学術研究や非商業的研究に使用できる無料の「Oncomine Res...
運用機関:
大阪大学 蛋白質研究所
生物種:
説明:
BMRB NMR-STAR データをXML、RDF、 JSON 形式で提供するサイトです。BMRB （http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00380 ） に...
運用機関:
BioModels.net Team, EMBL-EBI
生物種:
説明:
生物学や医薬に関連するプロセスやシステムの数理モデルを収集したレポジトリです。シグナリング、タンパク質ー薬剤相互作用、代謝経路など多様な数理モデルの情報を提供しています。提供されるモデルは主にレビュー...
運用機関:
Department of Computer Science and Engineering, Yuan Ze University
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus
説明:
タンパク質リン酸化酵素 （キナーゼ）と基質タンパク質のデータベースです。キナーゼまたは基質の説明、種々のガンにおける発現、基質となるタンパク質名（キナーゼ）、リン酸化部位（基質）などの情報が整理されて...
運用機関:
Shanghai Jiao Tong University
生物種:
Bacteria | Archaea
説明:
バクテリアおよび古細菌のtoxin-antitoxin （TA）遺伝子データベースです。菌を殺す毒素 (Toxin)遺伝子とその作用を相殺する抗毒素 (Antitoxin)遺伝子についての情報をペアで...
運用機関:
国立研究開発法人森林研究・整備機構 森林総合研究所
生物種:
Cerambycidae | Disteniinae
説明:
国立研究開発法人森林研究・整備機構 森林総合研究所に保管されている日本産カミキリムシの標本を画像化したデータベースです。標本の写真と和名、学名、雌雄、採集地や採集日などの情報が収録されています。和名、...
運用機関:
Charité - Universitätsmedizin Berlin
生物種:
Homo sapiens
説明:
人工、天然の甘味料化合物のデータベースです。甘味を感じさせる炭水化物および類似化合物の情報と、ヒト甘味受容体構造モデルについての記述を収録しています。化合物の情報は分子構造、ショ糖を1とした甘さ、代謝...
運用機関:
RostLab, Technische Universität München
生物種:
Homo sapiens | Arabidopsis Thaliana
説明:
LocDBはヒトとシロイヌナズナにおけるタンパク質の細胞内局在性についての実験によるアノテーションを収録したデータベースです。40%以上のエントリでは、既存の様々な細胞内局在の予測方法による結果も併せ...
運用機関:
Birkbeck College, University of London, Queen Mary University of London
生物種:
説明:
タンパク質の円偏光二色性 （CD） スペクトルのデータベースです。タンパク質のCDスペクトルと放射光CDスペクトル、関連する実験の詳細、validationなどを収録しています。タンパク質名や生物種で...
運用機関:
Iowa State University
生物種:
説明:
チオエステルを含む基質に作用する酵素のデータベースです。酵素の種類毎に分類されており、生物種、配列情報（GenBank ID、RefSeq、Uniprot）、立体構造が明らかなものについてはPDBへの...
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
Actinopterygii | Chondrichthyes | Crustacea | Rhodophyta | Chlorophyta | ...
説明:
MeRAM（ミラム）は、誰でも簡便に使える、かつ、無料で入手できる、化学物質生態リスク評価管理ツールです。PCにMeRAMをインストールすれば、生態リスク評価や統計処理などの特別な知識がなくても、PC...
運用終了
OMICtools
運用機関:
omicX
生物種:
説明:
OMICtoolsはバイオインフォマティクス関連ツールとデータベースの情報を提供するウェブサイトです。登録件数は2万以上あり、全てのツールはキュレーターによってカテゴリー分けされ、ツールの有用性に関す...
運用機関:
Dynamique des Structures et Interactions des Macromolecules Biologiques, INSERM
生物種:
Saccharomyces cerevisiae
説明:
MitoGenesisDBはミトコンドリアのタンパク質形成過程のmRNAダイナミクスに関するデータベースです。ORFまたは遺伝子の名前とミトコンドリアの機能を指定して検索することで、酵母を用いたmRN...
運用機関:
Massachusetts Institute of Technology
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Drosophila melanogaster | Caenorhabditis elegans | Saccharomyces cerevisiae
説明:
Isobaseは真核生物における代表的なモデル生物である、酵母、ショウジョウバエ、線虫、マウス、ヒトの間での、機能的に関連のあるオーソログ (isologs) のデータベースです。生物種を選択すること...
運用機関:
Department of Physiology, Seoul National University College of Medicine & Department of Computer Engineering, College of Engineering, Myongji University
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus
説明:
哺乳類のTransient receptor potential （TRP） channel protein およびTRPチャンネルタンパク質と相互作用するタンパク質のデータベースです。データは論文か...
運用機関:
Genomic Medicine Institute, Seoul National University College of Medicine
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトゲノム情報のデータベースです。次世代シーケンサーやultra-high-resolution comparative genomic hybridization (CGH) arraysなどによっ...
運用機関:
京都大学 大学院理学研究科
生物種:
Acytostelium subglobosum
説明:
細胞性粘菌Acytostelium subglobosumのゲノム情報データベースです。EST解析によって得られた遺伝子の位置、構造予測、機能などの情報が収録されています。データはコンティグから探す他...
運用機関:
Cornell University
生物種:
Solanum lycopersicum | Solanum pennellii | Solanum habrochaites
説明:
トマトのファンクショナルゲノミクスのデータベースです。RNA-seqやマイクロアレイを用いた発現データ、代謝物データ、small RNAやmiRNAの情報が収められています。またトマトのESTおよびB...
運用機関:
University of Massachusetts Medical School
生物種:
Drosophila
説明:
FlyFactorSurveyはショウジョウバエの転写因子のDNA結合特異性に関するデータベースです。転写因子のDNA結合配列特異性に関するフラットファイルのダウンロードが可能です。Webサイト上では...
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
説明:
Gタンパク質共役型受容体 (GPCR)について、受容体同士の相互作用ペアの情報を提供するデータベースです。実験による報告データと予測によるデータが収録されています。相互作用のパートナー情報や相互作用部...
運用機関:
株式会社ミップ
生物種:
Homo sapiens | Bacteria | Fungi
説明:
抗菌薬インターネットブックは、国内の主要な抗菌薬の情報を検索・閲覧できる、医療関係者向けのサイトです。抗細菌剤を中心に約１２０の薬剤を収載しており、「薬剤名検索」「薬剤特性検索」「菌名検索」を行うこと...
運用機関:
公益財団法人 山階鳥類研究所
生物種:
Aves
説明:
山階鳥類研究所標本データベースは、山階鳥類研究所所蔵の剥製・骨格・卵・巣・液浸など約6万9千点の鳥類標本およびそれに付けられているラベルの画像と情報を検索・閲覧できるデータベースです。キーワード検索の...
運用機関:
EMDataResource
生物種:
説明:
生体高分子の3次元電子顕微鏡の電子密度マップのデータやモデル、関連メタデータなどを登録、検索が可能な統合データベースです。各高分子ごとに最初の掲載文献、実験方法、分子数、電子密度マップなどを収録してい...
運用機関:
University of Missouri
生物種:
Bos taurus
説明:
ウシゲノムの構造や機能アノテーションを統合したデータベースです。リファレンスゲノムアセンブリにアノテーションやQTL、SNP、発現データなど種々のデータを付与し検索できるようにしたツール（Bovine...
運用機関:
昭和薬科大学
生物種:
Embryophyta
説明:
昭和薬科大学薬用植物園で栽培している植物の紹介ページです。各植物について、和名や学名、生薬名、薬用の部位、毒性の有無、花や実、葉、全体の写真が掲載されています。日本薬局方収載生薬の基原植物または日本薬...
運用機関:
北海道医療大学 薬学部
生物種:
Embryophyta
説明:
北海道医療大学附属薬用植物園、およびそれに隣接する北方系生態観察園のサイトです。保有する全植物の詳細情報（和名、学名、分類情報、生薬名、成分、解説など）が写真とともに閲覧できます。検索機能はなく、写真...
運用機関:
富山大学 薬学部
生物種:
Embryophyta
説明:
富山大学薬学部附属薬用植物園で栽培されている植物をはじめ、多方面から収集、蓄積された薬用植物に関連する情報を収録しています。各植物の写真と学名、和名、薬用部位等が閲覧できます。和名、学名、生薬名、薬用...
運用機関:
BC Cancer Agency's Genome Sciences Centre, McGill University
生物種:
Homo sapiens
説明:
IHEC（ http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01655 ）のカナダメンバーであるCEEHRCのサイトです。Centre for Epigenome Ma...
運用機関:
Department of Electrical Engineering, National Cheng Kung University
生物種:
Saccharomyces cerevisiae
説明:
酵母のプロモーターのデータベースです。プロモーターを特徴づける様々な情報（プロモーター配列、遺伝子の転写境界転写開始部位: TSSs、5'-UTRや3'UTR、TATA boxes、転写因子結合部位、...
運用機関:
McGill Epigenomics Data Coordination Centre, McGill Epigenomics Mapping Centre
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
国際ヒトエピゲノムコンソーシアムThe International Human Epigenome Consortium (IHEC)のデータを検索、閲覧するサイトです。IHECは、様々な病気や生命現...
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統合TVにて解説動画が公開されています (2017年10月04日 版）