レコード詳細
AlliumTDB
| IDNBDC共通のデータベースID。日本語と英語など、タイトルが複数存在する場合は括弧を使用して併記する。 | NBDC02394 |
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| 名称データベースの名称 | AlliumTDB |
| 別称データベースの別称 | ― |
| URLデータベースをWebで公開している場合、そのURL | http://alliumtdb.kazusa.or.jp/index.html |
| 運用機関名現在データベースを運用している機関名 | 公益財団法人 かずさDNA研究所 (J-Globalへのリンク) |
| 運用機関所在国・地域運用機関が所在する国及び地域名 | 日本 |
| 説明データベースの説明 | ネギ属のトランスクリプトームデータベースです。次世代シークエンサーによるRNA-Seqで、日本ネギ（A. fistulosum, FF）、Shallot (A. cepa Aggregatum group, AA)、Shallot由来の余分な染色体を持つ日本ネギの一染色体添加型系統（monosomic addition lines; MALs）、野生種（A. roylei）を材料に葉、球根、根、茎などを解析した結果を収録しています。遺伝子ごとに、配列、発現プロファイル、公開DBに対するBLAST検索データ、各データセット間での相同遺伝子の情報を閲覧できます。BLAST検索、キーワード検索が可能です。 |
| 生物種データベースが扱う生物のTaxonomy NameとNCBI TaxonomyのID | Allium cepa (4679), Allium cepa var. aggregatum (28911), Allium roylei (48874), Allium fistulosum (35875) |
| タグ （対象）データベースに収録された主要データの対象を表すタグ |
ゲノム/遺伝子
cDNA/EST
遺伝的多様性
エピジェネティクス
DNA
RNA
タンパク質
糖質
脂質
代謝物
化学物質
薬
細胞/オルガネラ
個体/種
健康/疾患
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| タグ (データの種類)データベースに収録された主要データの種類を表すタグ |
表現型
バイオリソース
手法
オントロジー/用語/命名法
環境
配列
3D構造
化学構造
発現
局在
地理的分布
相互作用/パスウェイ
生物分類
分類
画像/動画
書誌/ドキュメント
ポータル
リポジトリ
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| 論文等 (PubMed ID/DOI)当該データベースに関連した論文のPubMed ID/DOI | ― |
| 言語データベースの内容の記載に使用されている言語 | 英語 |
| 稼動状況データベースの稼動状況 | 稼動中 |
| 一括ダウンロードデータへのリンク一括ダウンロードデータへのリンク | http://alliumtdb.kazusa.or.jp/list.html |
| 一括ダウンロードデータのデータ説明一括ダウンロードデータのデータ説明 | ― |
| データベースの利用許諾へのリンク一括ダウンロードデータの利用条件 | ― |
| データベースの使い方 | ― |
| データベースの連絡先 | ― |
| API / SPARQL endpoint | ― |
| LSDBアーカイブへのリンクLSDBアーカイブへのリンク | ― |
| MEDALSデータベース便覧へのリンクMEDALSデータベース便覧へのリンク | ― |
| 統合TVへのリンク統合TVへのリンク | ― |
| FAIRsharingへのリンクFAIRsharingへのリンク | ― |
| 類似データベースこのデータベースに類似したデータベース | |
| レコード管理者レコード管理者 | Integbio Database Catalog |
| レコードの由来レコードの由来 |
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| レコード公開日日本語レコードの公開日 | 2019-01-08 |
| レコード最終更新日日本語レコードの最終更新日 | 2019-01-08 |
| 本レコードの利用条件 | Creative Commons CC0 license |