データベースのレコード一覧 (件数: 2594)
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生物種
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その他
運用機関:
National Institutes of Health
生物種:
All
説明:
癌生物医学情報科学グリッド（caBIG）を利用したマイクロアレイデータのデータベースです。2015年3月31日に運用終了しましたが、（https://wiki.nci.nih.gov/display/...
運用機関:
Institut Pasteur
生物種:
Bacteria
説明:
GenoList は微生物ゲノムの比較研究のための統合データベースです。現在のリリースは700種以上のゲノムデータを統合しています(Genome Reviews)。クエリーとナビゲーションユーザーイン...
運用機関:
Baylor College of Medicine
生物種:
All
説明:
タンパク質の配列におけるアミノ酸残基の進化的重要性をランク付けし、構造的に利用可能な場合はトップランクの残基を構造にマップして表示するツールです。リアルバリューとインテジャーとを使って表示するET V...
運用終了
AgBase
運用機関:
AgBase, Mississippi State University
生物種:
Metazoa | Viridiplantae
説明:
農作物や動物の遺伝子について遺伝子オントロジーを含めた構造アノテーションや機能アノテーションを行うデータベースです。データ収集元のDB名とアクセス番号、タンパク質名、遺伝子名、得られた生物種名、アミノ...
運用機関:
Myongji University
生物種:
Canis familiaris | Danio rerio | Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus
説明:
アポトーシス、炎症、ネクローシスおよび免疫細胞のシグナリングパスウェイの鍵となるdeath domain (DD) super family のデータベースです。文献から収集したヒトのDDについて、タ...
休止
FlavorDB
運用機関:
Indraprastha Institute of Information Technology (IIIT-Delhi)
生物種:
All
説明:
FlavorDB は、味と香りを表すフレーバー分子を収載したデータベースです。これらのうち 2,254 分子は、34 のカテゴリーに属する 936 の天然成分に由来しています。ダイナミックでユーザーフ...
Database of fuzzy protein complexes: FuzDB
運用機関:
生物種:
All
説明:
タンパク質の天然変性（ID：intrinsic disorder）領域がパートナー（タンパク質、核酸または小分子）との相互作用においても維持され、生物学的機能に直接影響を及ぼすファジータンパク質複合体...
運用機関:
Institute of Enzymology, Research Centre for Natural Sciences, Hungarian Academy of Sciences, MTA-ELTE Bioinformatics Research Group
生物種:
All
説明:
天然変性タンパク質同士で構成されるタンパク質複合体のデータベースです。単体の状態で安定した三次構造を持たないこれらのタンパク質の折りたたみは、複合体形成によって相互に誘導されます。このような複合体の情...
NCI Center for Strategic Scientific Initiatives Data Coordinating Center: CSSI DCC
運用機関:
Frederick National Laboratory for Cancer Research
生物種:
All
説明:
CSSI (Center for Strategic Scientific Initiatives) DCC （Data Coordinating Center） Portal は、CSSI から資金...
休止
e-ReColNat
運用機関:
RECOLNAT
生物種:
All
説明:
e-ReColNatはデジタル化された過去350年間の植物、動物、化石、地理に関する自然史コレクションを提供します。800万以上の標本と700万以上の画像データを含みます。アカウントを作成してデータを...
運用機関:
Southwest University
生物種:
Arabidopsis thaliana | Bombyx mori | Brassica | Drosophila | Homo sapiens | ...
説明:
リアルタイム定量PCR（qPCR）プライマーに関する情報を提供するデータベースです。ヒト、マウス、ゼブラフィッシュ、酵母、シロイヌナズナ、米、トウモロコシなどを対象に、遺伝子特異的かつ事前計算されたプ...
休止
Xenobiotics Metabolism Database: XMetDB
運用機関:
Department of Pharmaceutical Biosciences, Uppsala University, Department of Drug Design and Pharmacology, University of Copenhagen, Universiteit Maastricht, IdeaConsult Ltd
生物種:
説明:
薬物代謝に関するオープンアクセス、オープンソースのデータベースです。データの登録と検索が可能なウェブインターフェースを備えています。実験で得られた基質とその代謝物、酵素反応のデータを、実験タイプ、酵素...
休止
VertNet IPT
運用機関:
VertNet
生物種:
Vertebrata
説明:
VertNet がIntegrated Publication Toolkit（IPT）を使用して運営する、生物多様性データに関するIPTサイトです。IPT は、一次出現データ、種別チェックリスト、お...
運用機関:
Oak Ridge National Laboratory
生物種:
説明:
陸生生物の地球化学的および生態学的動態観察データとモデルの包括的なアーカイブです。NASA の地球科学をサポートするための研究、教育、意思決定を促進するデータサービスを集め、配布し、提供しています。
運用機関:
Dessimoz Lab,Computational Evolutionary Biology and Genomics, Swiss Institute of Bioinformatics (SIB)
生物種:
All
説明:
OMA (Orthologous MAtrix) プロジェクトは、完全長ゲノム間のオーソログを推論するための方法およびデータベースです。種内または種間で保持される相同配列（オーソログ、パラログ）につい...
運用機関:
Laboratoire d'Analyses Bioinformatiques pour la Genomique et le Metabolisme (LABGeM)
生物種:
Bacteria
説明:
MicroScope は微生物の比較ゲノム解析と手動機能アノテーションのためのオンラインプラットフォームです。リレーショナルデータベーススキーマを用いて統語論的および機能的アノテーションパイプラインの...
運用機関:
Sea Lice Research Centre
生物種:
Anopheles gambiae | Drosophila melanogaster | Gadus morhua | Lepeophtheirus salmonis
説明:
ウミシラミのゲノムのデータベースです。カイアシ目（Lepeophtheirus salmonis）のゲノムアノテーションに加えて、ゲノムブラウザ、BLAST 機能、関連するハイスループットゲノミクスの...
運用終了
CRISPRdb
運用機関:
Universitè Paris-Sud 11, CNRS
生物種:
Archaea | Bacteria
説明:
公開された微生物ゲノムやユーザーが提供する配列に対して、CRISPR 配列を容易に検出するためのデータベースとツールを提供するサイトです。また、CRISPR-cas （CRISPR-associate...
運用機関:
Global Biodiversity Information Facility (GBIF), Atlas of Living Australia
生物種:
All
説明:
Atlas of Living Australia （GBIF オーストラリア）が、GBIF 事務局との協力の下、GBIF Integrated Publishing Toolkit (IPT) をイ...
運用機関:
Weizmann Institute of Science
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトの疾患データベースです。既存のデータソースから疾患エントリのそれぞれについて概要、症状、解剖学的情報、薬、遺伝的検査、変異、文献などの情報を収集しています。ソース間で異なる疾患名を統合する「エイリ...
運用機関:
Biozentrum, University of Basel
生物種:
Caulobacter crescentus | Neisseria meningitidis | Streptomyces coelicolor | Streptomyces granaticolor
説明:
ストレプトミセス属、カウロバクター属、およびナイセリア属のプロテオミクスデータベースです。この分野におけるユニークなデータベースです。所与の種の様々な発達段階におけるタンパク質の発現に関する知識ベース...
休止
The Benchmark Energy & Geometry Database: BEGDB
運用機関:
Institute of Organic Chemistry and Biochemistry of the Czech Academy of Sciences (IOCB)
生物種:
All
説明:
Benchmark CCSD(T)/完全基底関数極限計算結果を収録したデータベースです。分子構造、エネルギー、および特性に関する高精度の QM 計算結果を収集します。これらのデータは、他の計算方法のテ...
運用終了
Target Central Resource Database: TCRD
運用機関:
European Commission under FP7 Grant Agreement, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, UNM School of Medicine, University of Miami School of Medicine
生物種:
Homo sapiens
説明:
TCRD は、ドラッガブルゲノム知識管理センター（IDG-KMC：Druggable Genome Knowledge Management Center ）を支える薬剤のヒトゲノムターゲットに関する...
休止
mirDNMR
運用機関:
Wenzhou Medical University
生物種:
Homo sapiens
説明:
遺伝子中心のバックグラウンド 新生突然変異率（DNMR ： novo mutation rate） のデータベースです。異なる方法および集団の変動データから得られたバックグラウンドDNMRや各遺伝子の...
運用機関:
REFLORA Programme
生物種:
Chlorophyta | Phaeophyceae | Rhodophyta | Fungi | Viridiplantae
説明:
ブラジルのすべての既知の植物、藻類、および菌類についてのデータベースです。命名法、地理的分布（ブラジル国内の分布範囲、固有種バイオーム）の他、各生物の生活型、基質、および植生の種類に関する貴重なデータ...
休止
Database of local DNA conformers: Dolce
運用機関:
生物種:
All
説明:
人が監督する手法と監督しない手法を組み合わせた自動的分類手法に基づく DNA 構造モチーフのデータベースです。2013 年 2 月までにリリースされた、X線 および NMR を用いたDNA構造解析に...
休止
CropPAL
運用機関:
Australian National Data Service (ANDS), Edwards Group, University of Western Australia
生物種:
Hordeum vulgare | Oryza sativa | Triticum aestivum | Zea mays
説明:
様々な作物におけるタンパク質の細胞内局在をワンストップで調べることができるデータベースです。大規模スケールのMS/MS（質量分析）結果、蛍光タグ実験の結果、ナズナの実験的タンパク質-タンパク質相互作用...
運用機関:
Queensland University of Technology (QUT)
生物種:
Musa | Musa acuminata | Musa balbisiana
説明:
熱帯や亜熱帯の国々で重要な作物であるバナナについて、遺伝学的手法による品種改良に取り組むBanana21プロジェクトのサイトです。バナナの栄養強化、バナナの病気コントロール、環境ストレスへの対応に関す...
運用機関:
Australian National Data Service (ANDS), James Cook University
生物種:
All
説明:
熱帯に関する情報を登録することができるオープンなポータルサイトです。物理的環境および自然環境、社会およびコミュニティ（言語および文化的データ等）、ならびに経済に関係するデータを収録しています。各レコー...
運用機関:
生物種:
Homo sapiens
説明:
医用画像情報のアーカイブとコンピュータネットワークを介してデータにアクセスできるようにするプロジェクトです。超音波、デジタルマンモグラフィー、磁気共鳴、CT、RTGなどの診断装置からのデータを収録して...
運用機関:
UNESCO UNITWIN CS-DC
生物種:
Branchiostoma lanceolatum | Danio rerio | Oryctolagus cuniculus | Paracentrotus lividus | Sphaerechinus granularis | ...
説明:
in vivo での 3D+時間を含む トータルイメージングデータの保存とアノテーションのためのウェブサービスです。独自設計のアルゴリズムによる細胞検出、形状セグメンテーション、運動解析のための EG...
運用終了
Advanced Ecological Knowledge and Observation System: TERN AEKOS
運用機関:
The University of Adelaide (TERN Eco-informatics)
生物種:
Animalia | Viridiplantae
説明:
オーストラリアの陸生植物、動物、およびそれらの環境に関するデータや研究方法のデータベースです。方形区、グリッド、捕獲などの手法によりサンプリングされた同じ地点での生態プロットデータを中心に、観測、モニ...
運用終了
Clinical Knowledgebase: JAX-CKB
運用機関:
The Jackson Laboratory
生物種:
Homo sapiens
説明:
半自動/手作業でキュレーションされた腫瘍に関するゲノムプロファイルのデータベースです。遺伝子/変異体のアノテーション、治療に関する知見、診断/予後情報、および臨床試験に関するデータを取り扱っています。...
運用機関:
Istituto di Ricovero e Cura a Carattere Scientifico (IRCCS)
生物種:
Homo sapiens
説明:
CLIMA 2 は、独自のデータベースに、認証されたヒト細胞株 STR プロファイルの全てを収載することを目指した統合データベースです。データベースの内容は、ホームページのテーブル内でダイナミックに要...
運用機関:
National Genomics Data Center, China National Center for Bioinformation / Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences
生物種:
Canis lupus familiaris | Canis lupus | Cuon alpinus
説明:
飼い犬（Canis lupus familiaris）および野生のイヌ科動物の統合データベースです。 遺伝子、ゲノム、SNP、品種/疾病特性、遺伝子発現、GO機能アノテーション、イヌとヒトとで共通する...
運用機関:
生物種:
Scleractinia
説明:
イシサンゴ目の珊瑚の生活史形質、系統発生的および生物地理的データを集めたデータベースです。野外調査や採取したもの、文献から抽出した情報など観察データや形質情報を収録しています。種、特徴、リソース、採集...
休止
RNA Binding Protein Variant Database: RBP-Var
運用機関:
生物種:
Homo sapiens
説明:
RNA 結合タンパク質によって媒介される転写後調節に関与する機能的変異体のデータベースです。RBP結合部位（rbSNP）におけるdbSNP、SNPによる二次構造変化（RiboSNitch）、miRNA...
運用終了
Deciphering the Mechanisms of Developmental Disorders: DMDD
運用機関:
Francis Crick Institute
生物種:
Mus musculus
説明:
マウスの胚性致死的ノックアウト株についてのデータベースです。包括的な 3D イメージング、組織学、免疫細胞化学、およびトランスクリプトミクスを組み合わせることで、発生ステージごとに胚の断面画像と変異箇...
運用機関:
North Carolina State University
生物種:
Bos taurus | Caenorhabditis elegans | Canis lupus | Danio rerio | Eumetazoa | ...
説明:
ヒトの健康に対する環境化学物質の影響についてのデータベースです。化学物質と遺伝子、化学物質と疾患、および遺伝子と疾患の関係についてのデータを、学術的文献から手動でキュレーションし内部で統合して、化学−...
運用機関:
Plant Molecular Biology Institute (IBMP)
生物種:
Arabidopsis thaliana | Brachypodium distachyon | Chlamydomonas reinhardtii | Cyanophora paradoxa | Ectocarpus siliculosus | ...
説明:
完全にアノテーションを付された植物の核、プラスチドおよびミトコンドリアのゲノムから収集された tRNA 遺伝子配列を集約したデータベースです。各 tRNA 遺伝子について、線形二次構造ならびに生物学的...
休止
Whole-Cell Knowledge Base: WholeCellKB
運用機関:
Karr Lab, Institute for Multiscale Biology & Genomics
生物種:
Mycoplasma genitalium
説明:
全細胞モデルを実現するべく設計された、モデル生物データベースのオープンアクセスコレクションです。現在、グラム陽性細菌で一般的なヒト病原体であるマイコプラズマ・ジェニタリウムのデータベースが収録されてい...
運用機関:
Department of Biochemistry, University of Cambridge, National Center for Biological Sciences (NCBS), Department of Crystallography, Birkbeck College, University of London
生物種:
All
説明:
タンパク質スーパーファミリーの構造的モチーフのアラインメントを収録するデータベースです。元のスーパーファミリーアラインメントデータベース CAMPASS (CAMbridge database of ...
運用機関:
Computer and Laboratory Investigation of Proteins of Human Origin Group (CALIPHO), Swiss Institute of Bioinformatics, SIB Swiss Institute of Bioinformatics
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトタンパク質関連のデータをシームレスに統合するプラットフォームです。PTM、タンパク質-タンパク質相互作用、細胞内分布などの情報に加えて、siRNA実験データ、3D実験データ、パスウェイデータ、集団...
運用機関:
Theoretical Biology and Biophysics, T-10, Los Alamos National Laboratory
生物種:
Nairovirus | Viruses | Zika virus
説明:
エボラ出血熱およびその他の出血熱を引き起こすウィルスのデータベースです。ウィルス種、地域による発生頻度、アミノ酸および塩基の配列を収録しています。種名、配列、サンプル情報や、地域による検索が可能です。
運用機関:
生物種:
Metazoa | Placozoa
説明:
平板動物門を除く後生動物について、完全なおよびほぼ完全な（7 kbより長い）mtDNA エントリーを集めた専門的なデータベースです。ミトコンドリア遺伝子の配列順序、非コーディング領域、遺伝子の内容、遺...
休止
zfishbook
運用機関:
Mayo Clinic
生物種:
Danio rerio
説明:
ゼブラフィッシュのトランスポゾン標識変異体のリアルタイムデータベースです。発現タグが付いた復帰可能な突然変異を作成する遺伝子破壊トランスポゾン（GBT）を導入したセルラインを登録しています。各レコード...
運用機関:
The Biotechnology Center (BIOTEC), Technische Universitat Dresden, European Molecular Biology Organisation (EMBO), University of Copenhagen
生物種:
All
説明:
化学物質とタンパク質間の既存および予測される相互作用を探索することができるリソースです。実験、データベースおよび文献から得られたエビデンスに基づいて、化学物質を他の化学物質およびタンパク質とリンクづけ...
運用機関:
Yale University, Yale University School of Medicine
生物種:
All
説明:
計算神経科学モデルを保存し、効果的に検索することができるアクセス先を提供するデータベースです。NeuronDB と強固に連携しています。各モデルについては、モデルの種類、細胞のタイプ、ギャップジャンク...
運用機関:
生物種:
All
説明:
全てのカタログ化された３次元核酸 PDB 構造（不一致、対称性内部ループ、ヘアピンループ、バルジループなどの二次構造モチーフを含む）を系統的に検索することができるデータベースです。PDB ID、核酸の...
運用機関:
Cell Networks, University of Heidelberg
生物種:
All
説明:
分子量が低いタンパク質の相互作用の3次元化学構造に関する情報を提供します。 タンパク質 - タンパク質、タンパク質 - ペプチド、タンパク質 - 化学物質の相互作用について、スーパーインポーズによって...
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