データベースのレコード一覧 (件数: 2607)
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PDX Finder: Patient-Derived tumor Xenograft Finder
運用機関:
EMBL-EBI, The Jackson Laboratory
生物種:
Mus musculus | Homo sapiens
説明:
患者由来腫瘍移植（PDX）マウスモデルのデータベースです。様々な学術研究室、共同研究機関、受託研究機関によって生成、配布されているPDXマウスモデルリポジトリについて、モデル名、腫瘍由来情報、患者情報...
運用機関:
BIG Data Center, Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences
生物種:
Homo sapiens
説明:
Long non-coding RNAs (lncRNAs)とオミクスデータ、機能情報、疾患とを関連づけるデータベースです。ヒトのlncRNAデータをGENCODE v27、NONCODE v5.0、...
運用機関:
Beijing Proteome Research Center (BPRC)
生物種:
AII
説明:
プロテオミクスのデータを登録、共有するための中国におけるレポジトリです。研究で得られた生データの他、プロジェクト名、代表者、生物種、機器、手法、ファイル容量などの情報が収録されています。プロジェクト名...
運用機関:
復旦大学
生物種:
説明:
疾患、遺伝子、変異体、薬物、およびこれら4つの要素の相互作用に関する情報を統合するデータベースです。 遺伝子の機能、別名、要素の種類、染色体上の位置、疾患の特徴、変異体の変異位置や変異塩基などを収録し...
運用機関:
La Trobe Institute for Molecular Sciences
生物種:
All
説明:
細胞外小胞（Extracellular vesicle ：EV）のデータベースです。生成様式によってエクトソーム、エキソソーム、アポトーシス小体の３種類に分類される細胞外小胞について、内容物（タンパク...
運用機関:
University of Melbourne
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
幹細胞に関する遺伝子発現のデータベースです。本データベースのデータは、マイクロアレイ、RNA sequencing、single cell profiling法など遺伝子発現を調べた公共の生データから...
運用機関:
ICube, Université de Strasbourg
生物種:
Eukaryota | Archaea | Bacteria
説明:
３つの生物界（真核生物、古細菌、バクテリア）にわたるタンパク質のオーソログのデータベースです。タンパク質のオントロジー、配列、タンパク質ドメイン、オーソログなどを収録しています。Uniprot IDに...
運用機関:
TAGC, Inserm U1090
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Drosophila melanogaster | Caenorhabditis elegans | Saccharomyces cerevisiae
説明:
相関関係のない複数の機能を持つ多機能タンパク質やMoonlightingタンパク質のデータベースです。手動でキュレート、または推測された多機能タンパク質について、遺伝子名、機能、UniProtKB I...
運用機関:
College of Bioinformatics Science and Technology, Harbin Medical University
生物種:
all
説明:
ceRNAs (competing endogenous RNAs) の相互作用のデータベースです。手動でキュレート、もしくは予測されたceRNAsについて、ceRNAとなるRNAと、これらと結合する...
運用機関:
Network Biomedicine Lab, Yonsei University, Marcotte Lab, University of Texas at Austin
生物種:
Homo sapiens
説明:
HumanNetはヒト遺伝子ネットワークのためのデータベースです。さまざまなタイプのオミクスデータを統合し、独自のネットワーク推論アルゴリズムによって遺伝子と疾患の関係を提供しています。ユーザーは特定...
運用機関:
The Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
造血細胞における遺伝子発現の研究データベースです。Walter and Eliza Hall Instituteによる研究で得られたデータセットと、公的に入手できる高品質データセットについて、RNA-...
運用機関:
EMBL Heidelberg
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
GENCODEは、ヒトとマウスの全ゲノムの基本的なリファレンスゲノムアノテーション、およびそのアノテーションを維持・改善するためのツールとデータを提供しています。遺伝子セットは、包括的で、オルタナティ...
運用機関:
University of Washington
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトゲノムの一塩基バリエーションおよび挿入／欠損による有害性をスコア化するCombined Annotation-Dependent Depletion (CADD)のためのサイトです。CADDはバリ...
運用機関:
Weizmann Institute of Science
生物種:
Saccharomyces cerevisiae
説明:
出芽酵母タンパク質の細胞内局在と細胞内蓄積量を網羅的に調べたデータベースです。従来法によるC末端のGFPタグ蛍光のデータに加え、SWAp-Tag法により作成されたN末端、C末端に蛍光タンパク質が付与さ...
運用機関:
Luxembourg Centre for Systems Biomedicine (LCSB) of the University of Luxembourg
生物種:
Homo sapiens | Bacteria
説明:
ヒトと腸内細菌の代謝と遺伝子、栄養、疾患を結びつけたデータベースです。マニュアルキュレーションで文献から収集した13,000を超える代謝反応ネットワークを元にした、ゲノムスケールの再構成した代謝系がコ...
運用機関:
University of Michigan Medical School
生物種:
Bacteria | Viruses | Parasitus | Fungi
説明:
ヒトと動物の病原体における病原因子のデータベースです。病原因子の情報はピアレビューされた出版物から手動キュレーションにより集められました。細菌、寄生虫、菌類の病原因子について、塩基配列、宿主との相互作...
運用機関:
UniLectin
生物種:
All
説明:
レクチンのデータベースです。３D構造に基づいた分類（UniLectin3D module）、キュレートされたドメインを元にしたβプロペラドメインの予測（PropLec module）、全てのレクチンク...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 バイオリソース研究センター 統合情報開発室
生物種:
Mus musculus
説明:
実験マウス系統のゲノム多型情報データベースです。汎用される古典的な近交系マウス系統（西ヨーロッパ亜種；M. m. domesticus由来C57BL / 6Jなど）と、日本で確立された近交系マウス系統...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 バイオリソース研究センター
生物種:
All
説明:
理化学研究所が管理する生物遺伝資源（バイオリソース）のメタデータに関するデータレポジトリです。マウス、植物、細胞、遺伝子、微生物に関する各バイオリソースと「農業環境エンジニアリングシステム」の開発メタ...
運用機関:
University College Cork
生物種:
Caenorhabditis elegans | Drosophila melanogaster | Escherichia coli | Homo sapiens | Mus musculus | ...
説明:
Trips-vizは、リボソームプロファイリング (Ribo-Seq) データについて様々な可視化ツールを備えたデータベースです。公的に利用できるリボソームプロファイリングデータとRNA-seqデータ...
運用機関:
Beijing University of Chinese Medicine
生物種:
Homo sapiens
説明:
漢方薬と近代医学とを関連付けたデータベースです。漢方薬の名称、中国名、抽出される分子的成分、伝統的な漢方で使われる症状用語、近代医学の症状用語、疾患名、漢方薬の有効対象となる遺伝子やタンパク質の情報を...
運用機関:
Agricultural Genetic Engineering Research Institute
生物種:
All
説明:
マイクロサテライトのデータベースです。生物種ごとにさまざまなSSRやマイクロサテライトマーカーの配列を収集しています。種名と繰り返しの型を指定すると、primer IDごとに、SSRのある配列のNCB...
運用機関:
Harbin Medical University
生物種:
Homo sapiens
説明:
細胞特異的遺伝子発現制御に重要だとされているsuper-enhancerについての包括的なデータベースです。ENCODE、Roadmap、NCBI GEO/SRA、GGRに収録されたサンプルから集めら...
運用機関:
Centre for Genomic Regulation (CRG)
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Saccharomycotina
説明:
モデル生物におけるタンパク質–RNA相互作用のデータベースです。実験データもしくはSONAR やcatRAPID (protein–RNA interaction prediction algorit...
運用機関:
INRA
生物種:
All
説明:
酵素−基質特異性に基づいた生化学反応の法則（ルール）のデータベースです。初期反応、代謝物、EC番号、酵素配列を相互に関連付けています。ルールはSMARTS (SMIRKS) 形式で記述しています。EC...
運用機関:
Sun Yat-sen University Cancer Center
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトの組織や細胞におけるタンパク質のリン酸化に関するデータベースです。文献からさまざまな状況下にあるタンパク質リン酸化のデータセットを抽出し、UniProt、HPRD release 9、dbPTMな...
運用機関:
Institut de Biotecnologia i de Biomedicina, Universitat Autònoma de Barcelona
生物種:
Homo sapiens
説明:
人類の環境適応に応じたゲノム変異についてのデータベースです。1000 Genomes Project により得られた配列データ（SNP等）を種々の方法で解析し、染色体位置、遺伝子名、ハプロタイプ検出 ...
運用機関:
Saarland University
生物種:
Bacteria
説明:
NCBI nucleotide database から取得したバクテリアプラスミドの配列とメタデータを整理したデータベースです。各レコードには配列長、トポロジー、分類学的情報のような種々のパラメータを...
運用機関:
Faculdade de Medicina, Universidade de Lisboa
生物種:
All
説明:
NCBI RefSeqに登録されているプラスミドとそのメタデータを検索できるデータベースです。プラスミド名、生物種、抗生物質耐性、病原性、プラスミドファミリー、配列長、類似性による検索が可能で、プラス...
運用機関:
触媒インフォマティクスプロジェクト
生物種:
説明:
触媒開発のためのデータプラットフォームです。データや分析結果を共同研究者と共有するためのデータレポジトリ、データ分析や機械学習モデル選択に利用できる視覚化ツール（散布図、ヒストグラムなど）や機械学習機...
休止
pEVE: predicted endogenous viral elements in eukaryotic genomes
運用機関:
東海大学 医学部
生物種:
Eukaryota | Viruses
説明:
真核生物ゲノム内に存在するウイルスゲノム様配列（endogenous viral element：EVE）の予測データベースです。GenomeSync databaseから得られた真核生物およびウィル...
運用機関:
公益財団法人日本モンキーセンター
生物種:
Cebuella | Aotus | Cebus | Macaca | Cercopithecus | ...
説明:
日本モンキーセンターが所蔵する霊長類の脳標本の高解像度MRI撮像データレポジトリです。各標本について、和名、学名、分布域などの種情報、標本の個体情報、撮像条件、9.4テスラのMRIにより撮像した高解像...
運用機関:
国立研究開発法人科学技術振興機構 NBDC事業推進部
生物種:
Bovidae | Cervidae | Giraffidae | Hippopotamidae | Cetacea | ...
説明:
I型コラーゲンをコードする遺伝子配列のレファレンスデータベースです。複数の生物種について、学名、英語名、タキソノミーID、他DBへのリンク、Ⅰ型コラーゲン相同領域のアミノ酸配列を収録しています。生物種...
運用機関:
産総研・早大 生体システムビッグデータ解析 オープンイノベーションラボラトリ
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
long non-coding RNA(lncRNA)-mRNAまたはlncRNA-lncRNA間の相互作用の網羅的な予測をするためのウェブサーバーです。予測されるローカルな塩基対相互作用について、ク...
運用機関:
Cistrome Project
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
公開されているChIP-seqやDNase-seqのデータセットのポータルブラウザーです。生物種、文献の情報等データセットについて手動でキュレーションされた情報、各サンプルを均一なパイプラインで分析し...
運用機関:
University of Toronto
生物種:
Saccharomyces cerevisiae
説明:
出芽酵母Saccharomyces cerevisiaeタンパク質の局在と蓄積量に関するデータベースです。 さまざまな化学物質や変異体について処理した酵母ORF-GFPコレクションのタンパク質局在およ...
運用機関:
Stanford University
生物種:
Saccharomyces cerevisiae
説明:
出芽酵母 Saccharomyces cerevisiaeにおけるタンパク質局在化研究のためのデータベースです。GFPもしくはTAPでタグ付けしたタンパク質発現株のコレクションを対象とし、細胞質と核内...
運用機関:
Institute of Genetics and Molecular and Cellular Biology
生物種:
Arabidopsis thaliana | Caenorhabditis elegans | Danio rerio | Drosophila melanogaster | Gallus gallus | ...
説明:
NGS-QC databaseはChIP-seqおよびターゲットエンリッチメントNGSデータのquality control (QC)情報を集めたデータベースです。GEOなどの公開データベースから8万...
運用機関:
University of Massachusetts Medical School
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
FactorbookはENCODEに登録されているChIP-seqデータより得られた、転写因子とその結合領域に関する情報を提供する、Wiki形式のデータベースです。ホームページには転写因子と細胞株にお...
運用機関:
公益財団法人 かずさDNA研究所, 情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
生物種:
説明:
主要な食品に含まれる成分を液体クロマトグラフィー−質量分析（LC-MS）によりメタボローム解析したデータベースです。日本食品標準成分表2015年版（七訂）に含まれる約2000品目（調理方法の違いなどを...
運用機関:
FMODD Consortium
生物種:
All
説明:
タンパク質に対する量子化学計算値データベースです。フラグメント分子軌道法（FMO法）によるIFIE、PIEDAや電荷などの各種計算値を収録しており、タンパク質‐リガンド複合体構造に対するFMO計算結果...
運用機関:
国立研究開発法人 国立精神・神経医療研究センター
生物種:
Homo sapiens
説明:
難治性神経・筋疾患の患者情報登録サイトです。ジストロフィノパチー、縁取り空胞を伴う遠位型ミオパチー、筋強直性ジストロフィー、先天性筋疾患、福山型筋ジストロフィー、ミトコンドリア病の患者について身体状況...
運用機関:
日本ブレインバンクネット
生物種:
Homo sapiens
説明:
脳組織等のヒト試料リソースの整備と普及を行う日本ブレインバンクネットのデータベースです。ヒト死後脳の凍結組織について、年齢，性、精神疾患コード、神経病理コード、死後時間、 脳重などを登録しています。精...
運用機関:
一般社団法人 日本消化器内視鏡学会
生物種:
Homo sapiens
説明:
日本全国の内視鏡関連手技・治療情報を登録し、集計・分析する JED-Project のサイトです。患者の基本情報、検査時の状況、内視鏡による診断所見、処置、病理結果を収集しています。登録された情報は主...
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所 創薬分子プロファイリング研究センター
生物種:
Homo sapiens | Rattus norvegicus
説明:
低分子化合物を曝露した際の遺伝子発現データを用いて、ユーザーが入力した遺伝子群の発現パターンに類似の発現プロファイルを持つ化合物一覧の類似度を表示するアプリケーションです。
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所 創薬分子プロファイリング研究センター
生物種:
Homo sapiens | Rattus norvegicus
説明:
低分子化合物を曝露した際の遺伝子発現データを数理解析した結果を格納したデータベースです。OpenTG-GATEsに登録された約170化合物によるin vivo (ラット肝臓)や in vitro (ヒ...
運用機関:
国立研究開発法人 医薬基盤・健康・栄養研究所
生物種:
説明:
毒性の作用機序とプロセスに関する用語を体系化したオントロジーのデータベースです。
作用機序マップ（毒性発現の過程）、プロセスマップ（機能分解手法に基づくプロセスの分解）、オントロジー（毒性機序に関する...
運用機関:
国立研究開発法人 医薬基盤・健康・栄養研究所, 熊本大学
生物種:
Homo sapiens | Rattus norvegicus
説明:
医薬品および化学物質によって引き起こされる肝毒性に関するデータベースです。既存のデータベース（Open TG-GATEs，DrugMatrix，LINKS、Liver Toxicity Knowled...
運用機関:
国立研究開発法人 医薬基盤・健康・栄養研究所
生物種:
rattus | Homo sapiens
説明:
肝毒性に関わる情報のデータベースおよび肝毒性を予測するツールのポータルサイトです。国立研究開発法人 医薬基盤・健康・栄養研究所、国立研究開発法人 産業技術総合研究所、明治薬科大学、熊本大学が連携して構...
運用機関:
一般社団法人 日本循環器学会
生物種:
Homo sapiens
説明:
循環器疾患について診療実態を調査するためのデータ登録・入力サイトです。循環器科・心臓外科を標榜する施設から施設情報（病床数、心疾患系患者数、死亡数、剖検数、専門医数など）、検査件数（心電図、心エコー、...
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