レコード詳細
Microbial Genome Annotation & Analysis Platform: MicroScope
| IDNBDC共通のデータベースID。日本語と英語など、タイトルが複数存在する場合は括弧を使用して併記する。 | NBDC02218 | ||||
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| 名称データベースの名称 | Microbial Genome Annotation & Analysis Platform | ||||
| 別称データベースの別称 | MicroScope | ||||
| URLデータベースをWebで公開している場合、そのURL | http://www.genoscope.cns.fr/agc/microscope/home/ | ||||
| 運用機関名現在データベースを運用している機関名 | Laboratoire d'Analyses Bioinformatiques pour la Genomique et le Metabolisme (LABGeM) | ||||
| 運用機関所在国・地域運用機関が所在する国及び地域名 | フランス | ||||
| 説明データベースの説明 | MicroScope は微生物の比較ゲノム解析と手動機能アノテーションのためのオンラインプラットフォームです。リレーショナルデータベーススキーマを用いて統語論的および機能的アノテーションパイプラインの事前計算結果、ならびに各ゲノムに固有のパスウェイツールおよび代謝解析を収録しています。 各ゲノム上の遺伝子について、類似配列、配列からの機能予測（InterProドメイン予測など）、代謝ネットワーク予測、実験からの機能予測など、遺伝子アノテーションを付与するための様々な情報を提供しています。ゲノムの解析とアノテーション、メタゲノム配列の解析とアノテーション、RNAseqデータのリファレンスゲノムへのマッピングと発現解析、異なる進化系統間のSNP/indelの抽出に利用できます。 | ||||
| 生物種データベースが扱う生物のTaxonomy NameとNCBI TaxonomyのID | Bacteria (2) | ||||
| タグ （対象）データベースに収録された主要データの対象を表すタグ |
ゲノム/遺伝子
cDNA/EST
遺伝的多様性
エピジェネティクス
DNA
RNA
タンパク質
糖質
脂質
代謝物
化学物質
薬
細胞/オルガネラ
個体/種
健康/疾患
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| タグ (データの種類)データベースに収録された主要データの種類を表すタグ |
表現型
バイオリソース
手法
オントロジー/用語/命名法
環境
配列
3D構造
化学構造
発現
局在
地理的分布
相互作用/パスウェイ
生物分類
分類
画像/動画
書誌/ドキュメント
ポータル
リポジトリ
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| 論文等 (PubMed ID/DOI)当該データベースに関連した論文のPubMed ID/DOI |
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| 言語データベースの内容の記載に使用されている言語 | 英語 | ||||
| 稼動状況データベースの稼動状況 | 稼動中 | ||||
| 一括ダウンロードデータへのリンク一括ダウンロードデータへのリンク | ― | ||||
| 一括ダウンロードデータのデータ説明一括ダウンロードデータのデータ説明 | ― | ||||
| データベースの利用許諾へのリンク一括ダウンロードデータの利用条件 | ― | ||||
| データベースの使い方 | ― | ||||
| データベースの連絡先 | ― | ||||
| API / SPARQL endpoint | ― | ||||
| LSDBアーカイブへのリンクLSDBアーカイブへのリンク | ― | ||||
| MEDALSデータベース便覧へのリンクMEDALSデータベース便覧へのリンク | ― | ||||
| 統合TVへのリンク統合TVへのリンク | ― | ||||
| FAIRsharingへのリンクFAIRsharingへのリンク | https://fairsharing.org/10.25504/FAIRsharing.3t5qc3 | ||||
| 類似データベースこのデータベースに類似したデータベース | |||||
| レコード管理者レコード管理者 | See the corresponding part in the FAIRsharing record | ||||
| レコードの由来レコードの由来 |
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| レコード公開日日本語レコードの公開日 | 2019-03-28 | ||||
| レコード最終更新日日本語レコードの最終更新日 | 2020-07-09 | ||||
| 本レコードの利用条件 | Creative Commons Attribution and Share-alike (CC-BY-SA) International 4.0 license |