サーバ更新のお知らせ
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データベースのレコード一覧 (件数: 108)
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生物種
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その他
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
説明:
化合物を用いた実験結果を参照できるサービスです。どの様な目的で行った実験か、どの様なデータを取得したか、用いた複数の化合物データがPubChemIDと結びついて閲覧することができます。使用した化合物数...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
All
説明:
NCBI（米国立バイオテクノロジー情報センター）は、NIH（米国立衛生研究所）のNLM（米国立医学図書館）の一部門として1988年に設立されたバイオインフォマティクス研究組織です。1989年にBLAS...
運用機関:
情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター
生物種:
説明:
文部科学省「統合データベースプロジェクト」のポータルサイトです。生命科学分野のデータベースカタログや横断検索、総説や特許、研究報告書の文献検索、各種ツール、バイオNLP、教材、事業説明などを提供してい...
運用機関:
国立研究開発法人科学技術振興機構 NBDC事業推進部
生物種:
All
説明:
生命科学系データベースアーカイブは、国内のライフサイエンス研究者が生み出したデータセットをわが国の公共財としてまとめて長期間安定に維持保管しています。データ説明（メタデータ）を統一して検索を容易にする...
運用機関:
奈良先端科学技術大学院大学
生物種:
Embryophyta
説明:
生物種と代謝産物の関係を体系化することを目的に、二次代謝産物データベースシステムKNApSAcKを開発し、無償で公開しています。KNApSAcKは分子式、分子量、生物種名や実験によって得られたマススペ...
運用機関:
京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター
生物種:
説明:
KEGGデータベースシステム全体の統括ページです。データタイプごと（PATHWAY、BRITE、DISEASE、DRUG、GENES、GENOME、COMPOUND、GLYCAN、REACTION）、...
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
説明:
産総研の糖鎖遺伝子機能解析チーム、糖鎖分子情報解析チーム、レクチン応用開発チームが保有する６種類のデータベース（GMDB、LfDB、レクチンと糖鎖の相互作用プロファイリングDB、GGDB:糖鎖関連遺伝...
運用機関:
情報・システム研究機構 国立情報学研究所
生物種:
説明:
ジャビオンは日本語で最新の生物学や生命科学をわかりやすく解説した総合情報サイトです。コラム、注目ニュース、用語解説、研究最前線に関する情報に加え、GenomeViewer、データベースビューア、文献検...
運用機関:
DOE Joint Genome Institute
生物種:
説明:
GOLDは世界中で行われているゲノム、メタゲノムの塩基配列解読プロジェクトに関する情報をそれらのメタデータとともに収集・提供しているデータベースです。GOLD (v.6)では28,744の研究、272...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
説明:
マイクロアレイや次世代シーケンサー等で得られた機能ゲノムデータのレポジトリであるGEO（ http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00080 ）のデータセット部...
運用機関:
情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター
生物種:
説明:
EBI ArrayExpress に登録されている遺伝子発現データを容易に検索、閲覧するためのインターフェースです。ArrayExpress のメタデータから集計した統計値をインタラクティブなグラフに...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所
生物種:
Homo sapiens
説明:
FANTOMは、理化学研究所 オミックス基盤研究領域が主催する国際研究コンソーシアムです。このデータベースでは、過去の FANTOMプロジェクトで得られたデータを最新のゲノム配列へマップした結果ととも...
運用機関:
European Bioinformatics Institute
生物種:
All
説明:
次世代シーケンサーによる配列データのレポジトリサイトです。サンプル、実験情報、機器情報、データとしては配列トレース、配列、クオリティ値を含み、アセンブル、マッピング、機能アノテーションも提供しています...
運用機関:
European Bioinformatics Institute
生物種:
All
説明:
EBI（欧州バイオインフォマティクス研究所）は、ケンブリッジ郊外のウェルカムトラスト・ゲノムキャンパス内に設置されているバイオインフォマティクスの学術的研究機関です。EMBL（欧州分子生物学研究所）の...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
説明:
オンラインで利用できる生物医学関連の電子書籍を収録しています。テキスト中の引用文献はPubMedにリンクしています。
運用機関:
University of Wisconsin System Board of Regents
生物種:
All
説明:
ADIT-NMR、SMSDepにより登録されたペプチド、タンパク質、核酸等、生体高分子のNMR実験データを公開しています。データの検索、各データエントリーからPDBなど他のデータベースへのリンク、デー...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
説明:
代謝パスウエイやシグナルパスウエイ、疾患やその他の生体内プロセスに関わる生体分子の相互作用セットを収集したデータベースです。現在は、KEGGとEcoCycデータベースのパスウエイを対象としています。各...
運用機関:
東北大学, 東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター
生物種:
Arabidopsis thaliana | Oryza sativa | Glycine max | Zea mays | Solanum lycopersicum | ...
説明:
ATTED-IIは、シロイヌナズナを中心とした植物の遺伝子共発現データを提供するデータベースです。AtGenExpress (TAIR)、ArrayExpressからのマイクロアレイデータと、DDBJ...
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ センター
生物種:
説明:
DDBJがWWWならびにWeb APIで提供している高速なキーワード検索サービスです。国際塩基配列データベースのほか、生命科学分野の主要なデータベースに対して統合的な検索を行うことができます。SRSに...
運用機関:
情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター
生物種:
説明:
文献中に多く出現する略語は多義語であることが多く、特に専門外の読者には理解するのに困難を伴うことがあります。Allieはこの問題に対する一つの解となるよう開発されており、米国国立保健図書館(Natio...
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター
生物種:
説明:
遺伝資源情報の提供者と利用者が一緒に作り上げる情報アーカイブ。SHIGENプロジェクトは
実験研究に必要な遺伝資源材料の情報公開サイトを網羅的に調べて提供する(WGR)
国内の利用可能な資源に関し...
運用機関:
European Bioinformatics Institute
生物種:
説明:
プロテオームデータの公的レポジトリ。質量分析ペプチドおよび蛋白質の同定データの公的レポジトリ。
運用機関:
一般社団法人 日本質量分析学会
生物種:
説明:
代謝物質（基礎代謝、植物二次代謝標準物質）を高分解能質量分析によって測定したマススペクトルを収集したデータベース。国内外12機関のデータをまとめて検索、閲覧が可能であり、マニュアルが充実しています。
運用機関:
京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター
生物種:
説明:
ゲノムネットは、生物学・医学に関連したさまざまなデータベースと解析ツールが誰でも自由に利用できるインターネットサービスです。世界中に存在する生物学・医学関連の多様なデータベースを、各研究者のデスクトッ...
運用機関:
Genomics Institute of the Novartis Research Foundation
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
ヒトおよびマウスの遺伝子発現情報データベース。
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
All
説明:
公に利用できる注釈付きDNA配列のデータベース。 The International Nucleotide Sequence Database Collaborationの一部。 the DNA Da...
運用機関:
Institute of Genome Sciences, University of Maryland School of Medicine
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトの疾患に関する用語や概念について整理したDisease Ontologyを提供するサイトです。MeSH、ICD、NCI’s thesaurus、SNOMEDやOMIMへリンク付けられています。キー...
運用機関:
SRI International
生物種:
Agrobacterium tumefaciens | Bacillus subtilis | Caulobacter vibrioides | Chlamydia trachomatis | Escherichia coli O157:H7 | ...
説明:
各種生物の代謝マップが納められたパスウェイデータベースです。
運用機関:
Bird Studies Canada
生物種:
Aves
説明:
全世界に生息する鳥に関するデータベース。鳥の分布、分類、同義語、各言語での名称表記法（日本語もある）等を見ることができ、分布は世界地図（画像）で見ることができます。鳥の調査のために世界各地を訪れた際の...
運用機関:
UniProt Consortium
生物種:
All
説明:
アミノ酸配列とその機能情報を掲載している代表的なデータベースです。「UniProtKB」、「UniRef」、「UniParc」の3種類のデータベースから構成されています。
UniProtKB: 文献情...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
All
説明:
転写産物の非冗長配列セット（クラスター）を自動的に生成し、収録しています。各クラスターは別々の遺伝子、あるいは発現偽遺伝子を表し、クラスタごとに相同タンパク、遺伝子発現、ゲノム位置、mRNA配列、ES...
運用機関:
University of California, Santa Cruz
生物種:
Mammalia | Vertebrata | Deuterostomia | Hexapoda | Nematoda | ...
説明:
ゲノム解読がなされている真核生物を対象として自動アノテーションを行い、その結果をゲノムブラウザ/データベースとして公開しているプロジェクトです。ゲノム上にマッピングされた様々な分子情報や実験データを閲...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
Homo sapiens
説明:
1～数塩基の置換、挿入/欠失、反復等の多型情報からなるデータベースです。各SNPについて、集団間での多型頻度の違いを視覚的に比較することもできます。
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
Eukaryota | Bacteria | Archaea | Avsunviroidae | Pospiviroidae | ...
説明:
異なる生物種由来の冗長性を排除したDNA, RNA, タンパク配列を収録したデータベースです。プラスミド、オルガネラ、ウイルス、古細菌、真正細菌、真核生物のアノテーション付けされた配列が含まれています...
運用機関:
Reactome Team
生物種:
Homo sapiens | Arabidopsis thaliana | Bos taurus | Caenorhabditis elegans | Canis lupus familiaris | ...
説明:
ヒトの生体内の主要反応経路や生化学反応を整備したデータベースです。ヒト以外の20生物種のデータも格納しており、ヒトとの比較ができます。ここに収録されている情報は、それぞれの分野の専門家が編集しているた...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
説明:
MEDLINEおよび生命科学分野のジャーナル文献の書誌情報（タイトル、著者名、雑誌名、抄録など）を収録したデータベースです。全文をフリーで公開している文献については、提供サイトへのリンクが張られていま...
運用機関:
九州工業大学
生物種:
説明:
正常蛋白質及び実験的に作成した変異蛋白質の熱力学データ（ギブスの自由エネルギー変化、エンタルピー変化、変性温度、水中での変性温度等）を文献から抽出し、収録したデータベースです。蛋白質の立体構造や安定性...
運用機関:
九州工業大学
生物種:
説明:
実験的に決定されたタンパク質-核酸間の熱力学的相互作用データを収録したデータベースです。タンパク質情報、核酸情報、文献情報、実験条件、熱力学的パラメータ（結合定数、自由エネルギー変化、エンタルピー変化...
運用機関:
EMBL-EBI
生物種:
説明:
現在最もよく整備されたタンパク質ドメインデータベースの一つで、膨大な数のタンパク質ファミリーのコレクションを保持しています。手作業で分類を行った高品質のPfam-Aと、機械的に分類を行ったPfam-B...
運用機関:
大阪大学 蛋白質研究所
生物種:
All
説明:
日本蛋白質構造データバンク (PDBj: Protein Data Bank Japan) は、米国の構造バイオインフォマティクス研究共同体 (RCSB)、生物学的磁気共鳴データバンク (BMRB)、...
運用機関:
wwPDB consortium
生物種:
All
説明:
タンパク質と核酸の３次元構造の構造座標（立体配座）を蓄積している国際的な公共レポジトリです。
RCSB PDB （https://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc0...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
Homo sapiens
説明:
Johns Hopkins大学のVictor A. McKusick 博士が中心となって記述、編集を行っている、ヒトの遺伝子変異と遺伝病のデータベースです。全ての既知のメンデル型遺伝病と12,000以...
運用機関:
Faculty of Life Sciences (The University of Manchester)
生物種:
説明:
公開されているmicroRNAの配列について、配列から予測されるmiRNA前駆体のヘアピン構造(mirで示されます)、成熟miRNAの配列(miRで示されます)、文献情報等が登録されています。様々な検...
運用機関:
The Jackson Laboratory
生物種:
Mus musculus
説明:
マウス研究の総合サイトです。マウス遺伝子に関する情報の他、遺伝子発現データ、多型・変異情報、パスウエイ、遺伝性癌症候群モデルラットに関するデータ、マウス各系統の表現型に関する詳細な情報等を提供していま...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
説明:
文献や、生物学情報の内容を表すキーワードのデータベースです。このキーワードを利用することで関連する生物学情報を得ることができます。キーワードは階層構造をなしており、より詳細に情報をたどることも、より抽...
運用機関:
自然科学研究機構 基礎生物学研究所
生物種:
Archaea | Bacteria | Apicomplexa | Mycetozoa | Fungi | ...
説明:
オーソログ解析に基づいて微生物ゲノムの比較解析を行うためのデータベースです。公開されたゲノム全体を含む標準オーソログテーブルに基づいて、各オーソロググループの系統プロファイルの比較などを行えるほか、動...
運用機関:
European Bioinformatics Institute
生物種:
説明:
EBI によるタンパク質のファミリー分類、ドメイン、機能サイトに関する記述を収集した統合データベースです。UniProtやPROSITE、PANTHER、ProDom、SMARTなどタンパク質の特性を...
運用機関:
Institute of Bioinformatics
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトタンパク質に関して、タンパク質名、各種DBのAccessionNumber、HPRD_ID、GeneSymbol、染色体位置、分子分類、翻訳後修飾、局在情報、ドメイン名、モチーフ名、発現位置、タン...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
Homo sapiens | Pan troglodytes | Canis lupus familiaris | Bos taurus | Mus musculus | ...
説明:
全ゲノム配列が決定された20種類の真核生物の間で自動的検出したホモログ遺伝子のセット、およびmRNAやタンパク質の配列データを提供しています。他の生物種のUniGene配列でホモログの可能性があるもの...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
説明:
マイクロアレイや次世代シーケンサー、メチル化、その他、高スループット実験で得られた機能ゲノムデータを登録、公開、配布しているレポジトリサイトです。登録データの実験情報の記述内容はMIAME（Minim...
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統合TVにて解説動画が公開されています (2017年10月04日 版）