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レコード詳細

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wwPDB: worldwide Protein Data Bank

IDNBDC共通のデータベースID。日本語と英語など、タイトルが複数存在する場合は括弧を使用して併記する。 NBDC00156
名称データベースの名称 wwPDB
別称データベースの別称 worldwide Protein Data Bank
URLデータベースをWebで公開している場合、そのURL https://www.wwpdb.org
運用機関名現在データベースを運用している機関名 wwPDB consortium
運用機関所在国・地域運用機関が所在する国及び地域名 Global
説明データベースの説明 タンパク質と核酸の３次元構造の構造座標（立体配座）を蓄積している国際的な公共レポジトリです。 　RCSB PDB （https://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01865 ） 　PDBe （https://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00613 ） 　PDBj （https://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00157 ） 　BMRB （https://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00380 ） 上記４つデータベースの集合体として、X線結晶構造解析やNMRなどで実験的に決定されたタンパク質の立体構造データの他に、アミノ酸配列、GOといったタンパク質に関する情報やタンパク質に結合している化合物の情報を統合し提供しています。検証データ登録のためのツールや登録データのダウンロードが可能なFTPサイトを装備しています。
生物種データベースが扱う生物のTaxonomy NameとNCBI TaxonomyのID All (1)
タグ （対象）データベースに収録された主要データの対象を表すタグ
ゲノム/遺伝子
cDNA/EST
遺伝的多様性
エピジェネティクス
DNA
RNA
タンパク質
糖質
脂質
代謝物
化学物質
薬
細胞/オルガネラ
個体/種
健康/疾患
タグ (データの種類)データベースに収録された主要データの種類を表すタグ
表現型
バイオリソース
手法
オントロジー/用語/命名法
環境
配列
3D構造
化学構造
発現
局在
地理的分布
相互作用/パスウェイ
生物分類
分類
画像/動画
書誌/ドキュメント
ポータル
リポジトリ
論文等 (PubMed ID/DOI)当該データベースに関連した論文のPubMed ID/DOI
PubMed ID:14634627
DOI:10.1038/nsb1203-980
PubMed ID:30357364
DOI:10.1093/nar/gky949
言語データベースの内容の記載に使用されている言語 英語
稼動状況データベースの稼動状況 稼動中
一括ダウンロードデータへのリンク一括ダウンロードデータへのリンク https://www.wwpdb.org/ftp/pdb-ftp-sites
一括ダウンロードデータのデータ説明一括ダウンロードデータのデータ説明 http://www.wwpdb.org/documentation/file-format
データベースの利用許諾へのリンク一括ダウンロードデータの利用条件 http://www.wwpdb.org/about/privacy
データベースの使い方 ―
データベースの連絡先 http://www.wwpdb.org/about/contact
API / SPARQL endpoint ―
LSDBアーカイブへのリンクLSDBアーカイブへのリンク ―
MEDALSデータベース便覧へのリンクMEDALSデータベース便覧へのリンク ―
統合TVへのリンク統合TVへのリンク https://togotv.dbcls.jp/result.html?type=lecture&page=1&query=wwPDB
FAIRsharingへのリンクFAIRsharingへのリンク ―
類似データベースこのデータベースに類似したデータベース
レコード管理者レコード管理者 Integbio Database Catalog
レコードの由来レコードの由来
レコード公開日日本語レコードの公開日 2011-12-08
レコード最終更新日日本語レコードの最終更新日 2022-05-29
本レコードの利用条件 Creative Commons CC0 license