レコード詳細
運用終了
Pfam
| IDNBDC共通のデータベースID。日本語と英語など、タイトルが複数存在する場合は括弧を使用して併記する。 | NBDC00163 | ||||||||||||
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| 名称データベースの名称 | Pfam | ||||||||||||
| 別称データベースの別称 | ― | ||||||||||||
| URLデータベースをWebで公開している場合、そのURL | http://pfam.xfam.org | ||||||||||||
| 運用機関名現在データベースを運用している機関名 | EMBL-EBI | ||||||||||||
| 運用機関所在国・地域運用機関が所在する国及び地域名 | ドイツ | ||||||||||||
| 説明データベースの説明 | 現在最もよく整備されたタンパク質ドメインデータベースの一つで、膨大な数のタンパク質ファミリーのコレクションを保持しています。手作業で分類を行った高品質のPfam-Aと、機械的に分類を行ったPfam-Bから構成されています。最大の特徴は、検索システムとしてHMMERというプログラムを使用している点であり、これにより高速で精度の高いモチーフの検索を可能にしています。 | ||||||||||||
| 生物種データベースが扱う生物のTaxonomy NameとNCBI TaxonomyのID | ― | ||||||||||||
| タグ （対象）データベースに収録された主要データの対象を表すタグ |
ゲノム/遺伝子
cDNA/EST
遺伝的多様性
エピジェネティクス
DNA
RNA
タンパク質
糖質
脂質
代謝物
化学物質
薬
細胞/オルガネラ
個体/種
健康/疾患
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| タグ (データの種類)データベースに収録された主要データの種類を表すタグ |
表現型
バイオリソース
手法
オントロジー/用語/命名法
環境
配列
3D構造
化学構造
発現
局在
地理的分布
相互作用/パスウェイ
生物分類
分類
画像/動画
書誌/ドキュメント
ポータル
リポジトリ
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| 論文等 (PubMed ID/DOI)当該データベースに関連した論文のPubMed ID/DOI |
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| 言語データベースの内容の記載に使用されている言語 | 英語 | ||||||||||||
| 稼動状況データベースの稼動状況 | 運用終了 | ||||||||||||
| 一括ダウンロードデータへのリンク一括ダウンロードデータへのリンク | ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam | ||||||||||||
| 一括ダウンロードデータのデータ説明一括ダウンロードデータのデータ説明 | ― | ||||||||||||
| データベースの利用許諾へのリンク一括ダウンロードデータの利用条件 | http://pfam.xfam.org/about | ||||||||||||
| データベースの使い方 | ― | ||||||||||||
| データベースの連絡先 | ― | ||||||||||||
| API / SPARQL endpoint | ― | ||||||||||||
| LSDBアーカイブへのリンクLSDBアーカイブへのリンク | ― | ||||||||||||
| MEDALSデータベース便覧へのリンクMEDALSデータベース便覧へのリンク | ― | ||||||||||||
| 統合TVへのリンク統合TVへのリンク | https://togotv.dbcls.jp/result.html?type=manual&page=1&query=Pfam | ||||||||||||
| FAIRsharingへのリンクFAIRsharingへのリンク | https://fairsharing.org/biodbcore-000081 | ||||||||||||
| 類似データベースこのデータベースに類似したデータベース | |||||||||||||
| レコード管理者レコード管理者 | Integbio Database Catalog | ||||||||||||
| レコードの由来レコードの由来 |
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| レコード公開日日本語レコードの公開日 | 2011-12-08 | ||||||||||||
| レコード最終更新日日本語レコードの最終更新日 | 2022-11-14 | ||||||||||||
| 本レコードの利用条件 | Creative Commons CC0 license |