レコード詳細
ATTED-II: Arabidopsis thaliana trans-factor and cis-element prediction database
| IDNBDC共通のデータベースID。日本語と英語など、タイトルが複数存在する場合は括弧を使用して併記する。 | NBDC00374 | ||||||||||||||||||||||||
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| 名称データベースの名称 | ATTED-II | ||||||||||||||||||||||||
| 別称データベースの別称 | Arabidopsis thaliana trans-factor and cis-element prediction database | ||||||||||||||||||||||||
| URLデータベースをWebで公開している場合、そのURL | http://atted.jp | ||||||||||||||||||||||||
| 運用機関名現在データベースを運用している機関名 | 東北大学 (J-Globalへのリンク), 東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター (J-Globalへのリンク) | ||||||||||||||||||||||||
| 運用機関所在国・地域運用機関が所在する国及び地域名 | 日本 | ||||||||||||||||||||||||
| 説明データベースの説明 | ATTED-IIは、シロイヌナズナを中心とした植物の遺伝子共発現データを提供するデータベースです。AtGenExpress (TAIR)、ArrayExpressからのマイクロアレイデータと、DDBJからのRNAseqデータを利用して計算された共発現データは、ピアソンの積率相関係数をベースとしたオリジナルの指標 Mutual rank (MR)で表わされます。興味のある遺伝子を検索すると、共発現する遺伝子のリストとそのオルソログが表示されます。また、NetworkDrawerツールにより、複数の遺伝子をクエリとした共発現ネットワークを視覚的に表示できます。共発現データの一括ダウンロードも可能です。 | ||||||||||||||||||||||||
| 生物種データベースが扱う生物のTaxonomy NameとNCBI TaxonomyのID | Arabidopsis thaliana (3702), Oryza sativa (4530), Glycine max (3847), Zea mays (4577), Solanum lycopersicum (4081), Brassica rapa (3711), Vitis vinifera (29760), Populus trichocarpa (3694), Medicago truncatula (3880) | ||||||||||||||||||||||||
| タグ （対象）データベースに収録された主要データの対象を表すタグ |
ゲノム/遺伝子
cDNA/EST
遺伝的多様性
エピジェネティクス
DNA
RNA
タンパク質
糖質
脂質
代謝物
化学物質
薬
細胞/オルガネラ
個体/種
健康/疾患
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| タグ (データの種類)データベースに収録された主要データの種類を表すタグ |
表現型
バイオリソース
手法
オントロジー/用語/命名法
環境
配列
3D構造
化学構造
発現
局在
地理的分布
相互作用/パスウェイ
生物分類
分類
画像/動画
書誌/ドキュメント
ポータル
リポジトリ
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| 論文等 (PubMed ID/DOI)当該データベースに関連した論文のPubMed ID/DOI |
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| 言語データベースの内容の記載に使用されている言語 | 英語 | ||||||||||||||||||||||||
| 稼動状況データベースの稼動状況 | 稼動中 | ||||||||||||||||||||||||
| 一括ダウンロードデータへのリンク一括ダウンロードデータへのリンク | http://atted.jp/top_download.shtml | ||||||||||||||||||||||||
| 一括ダウンロードデータのデータ説明一括ダウンロードデータのデータ説明 | http://atted.jp/download.shtml | ||||||||||||||||||||||||
| データベースの利用許諾へのリンク一括ダウンロードデータの利用条件 | http://atted.jp/license.shtml | ||||||||||||||||||||||||
| データベースの使い方 | ― | ||||||||||||||||||||||||
| データベースの連絡先 | ― | ||||||||||||||||||||||||
| API / SPARQL endpoint | ― | ||||||||||||||||||||||||
| LSDBアーカイブへのリンクLSDBアーカイブへのリンク | ― | ||||||||||||||||||||||||
| MEDALSデータベース便覧へのリンクMEDALSデータベース便覧へのリンク | http://medals.jp/list/detail/126.html | ||||||||||||||||||||||||
| 統合TVへのリンク統合TVへのリンク | https://togotv.dbcls.jp/result.html?type=manual&page=1&query=ATTED-II | ||||||||||||||||||||||||
| FAIRsharingへのリンクFAIRsharingへのリンク | https://fairsharing.org/biodbcore-000211 | ||||||||||||||||||||||||
| 類似データベースこのデータベースに類似したデータベース | |||||||||||||||||||||||||
| レコード管理者レコード管理者 | Integbio Database Catalog | ||||||||||||||||||||||||
| レコードの由来レコードの由来 |
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| レコード公開日日本語レコードの公開日 | 2011-12-08 | ||||||||||||||||||||||||
| レコード最終更新日日本語レコードの最終更新日 | 2022-01-24 | ||||||||||||||||||||||||
| 本レコードの利用条件 | Creative Commons CC0 license |