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PDBj: Protein Data Bank Japan

IDNBDC共通のデータベースID。日本語と英語など、タイトルが複数存在する場合は括弧を使用して併記する。 NBDC00157
名称データベースの名称 PDBj
別称データベースの別称 Protein Data Bank Japan
URLデータベースをWebで公開している場合、そのURL http://pdbj.org
運用機関名現在データベースを運用している機関名 大阪大学　蛋白質研究所 (J-Globalへのリンク)
運用機関所在国・地域運用機関が所在する国及び地域名 日本
説明データベースの説明 日本蛋白質構造データバンク (PDBj: Protein Data Bank Japan) は、米国の構造バイオインフォマティクス研究共同体 (RCSB)、生物学的磁気共鳴データバンク (BMRB)、および欧州バイオインフォマティクス研究所 (PDBe) と協力し、蛋白質・核酸・糖などの生体高分子の立体構造データベースを国際的なPDBアーカイブとして運営しています。また、派生する様々なデータベースやそれらの解析ツールも提供しています。 タンパク質の構造検索には、PDBML (eXtensible Markup Language：PDBの正式なXMLフォーマット) で記述したPDBデータに基づく関係データベースを使用しているPDBj Mine (http://pdbj.org/mine) がご利用になれます。詳細検索にはSQL文を指定した検索も可能です。 なお、PDBjのデータは日本時間の毎週水曜日午前９時に更新されています。
生物種データベースが扱う生物のTaxonomy NameとNCBI TaxonomyのID All (1)
タグ （対象）データベースに収録された主要データの対象を表すタグ
ゲノム/遺伝子
cDNA/EST
遺伝的多様性
エピジェネティクス
DNA
RNA
タンパク質
糖質
脂質
代謝物
化学物質
薬
細胞/オルガネラ
個体/種
健康/疾患
タグ (データの種類)データベースに収録された主要データの種類を表すタグ
表現型
バイオリソース
手法
オントロジー/用語/命名法
環境
配列
3D構造
化学構造
発現
局在
地理的分布
相互作用/パスウェイ
生物分類
分類
画像/動画
書誌/ドキュメント
ポータル
リポジトリ
論文等 (PubMed ID/DOI)当該データベースに関連した論文のPubMed ID/DOI
PubMed ID:14634627
DOI:-
PubMed ID:27789697
DOI:-
言語データベースの内容の記載に使用されている言語 日本語, 英語
稼動状況データベースの稼動状況 稼動中
一括ダウンロードデータへのリンク一括ダウンロードデータへのリンク http://pdbj.org/info/archive
一括ダウンロードデータのデータ説明一括ダウンロードデータのデータ説明 http://pdbj.org/#!help?PID=904
データベースの利用許諾へのリンク一括ダウンロードデータの利用条件 http://pdbj.org/info/terms-conditions
データベースの使い方 ―
データベースの連絡先 ―
API / SPARQL endpoint ―
LSDBアーカイブへのリンクLSDBアーカイブへのリンク ―
MEDALSデータベース便覧へのリンクMEDALSデータベース便覧へのリンク ―
統合TVへのリンク統合TVへのリンク https://togotv.dbcls.jp/result.html?type=manual&page=1&query=PDBj
FAIRsharingへのリンクFAIRsharingへのリンク https://fairsharing.org/biodbcore-000498
類似データベースこのデータベースに類似したデータベース
レコード管理者レコード管理者 Integbio Database Catalog
レコードの由来レコードの由来
レコード公開日日本語レコードの公開日 2011-12-08
レコード最終更新日日本語レコードの最終更新日 2022-05-29
本レコードの利用条件 Creative Commons CC0 license