データベースのレコード一覧 (件数: 2594)
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生物種
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その他
運用機関:
Academia Sinica
生物種:
Viruses
説明:
ウイルス検出方法の殆どは、特定のウイルスや良く知られている少数のウイルスのみを対象としていたり、感染力の強い新興ウイルスをカバーできないという欠点があります。そこで我々は保存配列プローブを用いて新興ウ...
運用終了
VectorDB
運用機関:
Stanford University
生物種:
Eukaryota | Bacteria | Viruses
説明:
分子生物学分野で一般的に使用されている2,600以上のベクターの配列情報とアノテーションを収録しています。対象としているベクターの種類は、Pharge Vector、Plasmid Vector、Ph...
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
Homo sapiens
説明:
H-Inv転写産物のアノテーションに基づいたヒト多型情報を提供しています。転写領域やスプライス・サイト上の一塩基多型(SNPs)、挿入欠失多型(DIPs)、縦列型反復配列(STRs)、単一アミノ酸反復...
運用機関:
Institute for Biomedical Technologies
生物種:
Eukaryota
説明:
真核生物mRNAの5'および3'非翻訳領域は、mRNAの細胞質輸送や翻訳効率、局在や安定性の機能に関わることで遺伝子発現を制御する役割があります。UTRdbは真核生物mRNAの5'および3'非翻訳領域...
運用機関:
東京大学大学院 理学系研究科
生物種:
Saccharomyces cerevisiae
説明:
UTGBは、酵母に関して遺伝子名（Gene symbol）やORF name、chromosome numberから検索し、ゲノムブラウザ上で閲覧することができるサイトです。
東京大学によるオリジナル...
運用機関:
国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構
生物種:
Nilaparvata lugens
説明:
トビイロウンカのcDNA(EST)情報が格納されたデータベースです。 キーワード等の検索により、ESTの注釈(アノテーション)やクラスタリング情報を参照できます。
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
説明:
冗長のないベクター配列のデータベースで、NCBIのFTPサイトで配布されています。ベクターの他、アダプター、リンカー、プライマーの配列も登録されています。VecScreenを用いることにより、入力核酸...
運用機関:
University of Minnesota
生物種:
Bacteria | Archaea
説明:
微生物の生体触媒反応と生分解パスウエイのデータベースです。登録されている化学反応は、自然科学の基礎研究や、化学薬品製造の生体触媒反応、環境汚染物質の生分解の研究向けとなっており、各反応には、開始化合物...
運用機関:
UK CropNetコンソーシアム
生物種:
説明:
UK Crop Plant Bioinformatics Network (UK CropNet) で開発した作物ゲノムのデータベースや解析ソフトウェア、米国で開発された植物データベースを保守、管理し...
休止
UgMicroSatdb: Unigene MicroSatellite database
運用機関:
Guru Gobind Singh Indraprastha University/University School of Biotechnology
生物種:
Eukaryota | Bacteria
説明:
Unigeneの80種のゲノム配列中のマイクロサテライトを検索するためのデータベースです。様々な検索パラメータが用意されており、検索結果として、マイクロサテライトの型、長さ、繰り返し数、配列、配列のア...
運用機関:
岩手医科大学 歯学部
生物種:
Homo sapiens
説明:
HSG (Human salivary intercalated duct cell line, ヒト唾液腺に放射線照射して確立した細胞株) 中のタンパク質を2次元ゲル電気泳動で展開した結果を掲載して...
運用機関:
国立研究開発法人科学技術振興機構
生物種:
Homo sapiens
説明:
日本熱帯医学会では熱帯医学分野の学術的研究成果を学術誌「Tropical Medicine and Health」にて発表、掲載しています。本誌は熱帯地を中心とした海外における医療、研究、教育のそれぞ...
運用機関:
新潟大学 工学部情報工学科
生物種:
Bacteria | Archaea | Viruses
説明:
3種類のtRNA遺伝子予測プログラム（tRNAScan-SE、Aragorn、tRNAfinder）を用いて、塩基配列の解読された原核生物や真核生物のゲノムからtRNA遺伝子の網羅的検索を行い、その結...
運用機関:
University of Otago
生物種:
説明:
mRNA配列と制御エレメントを提供しているデータベースです。Genbankから取得したmRNA配列を、5'非翻訳領域と3'非翻訳領域、翻訳開始領域と翻訳終了領域、完全コード領域に分割し、各エレメントに...
運用機関:
Ohio State University
生物種:
Mus musculus
説明:
Sleeping Beautyトランスポゾンを用いて作製した変異マウスのトランスポゾン挿入部位と変異遺伝子を提示したデータベースです。
運用機関:
国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構
生物種:
Sus scrofa
説明:
ブタの連鎖地図です。マイクロサテライトマーカーを配置しています。
運用機関:
筑波大学 遺伝子実験センター
生物種:
Solanum lycopersicum
説明:
トマトの野生種に加え、ガンマ線照射、EMS(Ethyl Methanesulfonate)処理による変異体の情報を検索することができ、そのまま分与申し込みが可能です。表現系もまとめられており、変異体の...
運用機関:
University of Texas Health Science Center
生物種:
Bacteria
説明:
tmRNA（以前は「10S RNA」と呼ばれていた）の配列や構造を収集、提供しているデータベースです。tmRNAは1分子でtRNAとmRNAの両方の性質をあわせ持つRNAです。生物種ごと（アルファベッ...
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
Bacillus halodurans | Bacteriophage M13 | Bordetella pertussis | Bos taurus | Carassius auratus | ...
説明:
α-ヘリックスおよびβ-バレル膜タンパク質中の機能的に重要な残基についてのデータベースです。タンパク質の基本情報やアミノ酸の修飾、変異情報の他、親和性、解離定数、IC50、活性などの実験値を格納してい...
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
Archaea | Bacteria | Eukaryota
説明:
TMBETA-GENOMEはゲノム配列が完了している生物種のゲノム中に含まれるβ-バレル型膜タンパク質のデータベースです。各ゲノム配列に対して、機械学習と統計手法を用いた計算が実行され、それらのアノテ...
運用終了
TIGR Plant Transcript Assemblies
運用機関:
J. Craig Venter Institute
生物種:
Embryophyta
説明:
植物の転写産物データベースです。dbESTやGenBank nucleotide databaseのcDNAを収集しています。全ゲノム配列決定のプロジェクトからの予測転写産物は含んでいません。キーワー...
運用機関:
J. Craig Venter Institute
生物種:
説明:
隠れマルコフモデルに基づくタンパクファミリーのデータベースです。手作業でキュレーションしたファミリーが登録されています。キーワードもしくは配列をクエリーとしてファミリーを検索できます。
運用機関:
Stanford University
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Drosophila melanogaster | Danio rerio
説明:
Wnt研究者に向けて、Wnt研究の最新情報、WntおよびWntシグナル経路上の遺伝子やタンパク質の分子情報、シグナルパスウエイマップ、研究方法など、Wntに関する有用な情報を提供しています。
運用機関:
Indiana University
生物種:
Bacteria | Viruses
説明:
tRNAとmRNAの両方の性質を持ち合わせるRNA分子のデータベースです。tmRNAの配列、二次構造、tmRNAによって付加されるタンパク質分解タグ、関連する文献の情報等を提供しています。
2022年...
運用機関:
University at Albany
生物種:
Eukaryota | Bacteria | Archaea
説明:
転写後に自然修飾されるRNAに関するデータベースです。古細菌、真正細菌及び真核生物の全RNAからの転写後修飾ヌクレオシドの包括的リストを提供してします。各エントリーには、修飾ヌクレオチドの名称と化学構...
運用機関:
University of Edinburgh
生物種:
Vertebrata
説明:
腎臓の発達に関するデータベースです。発達過程や腎臓の部位等で区別されて、変異やマーカー、遺伝子発現情報を検索することができます。発現データは次のサイトへ移行されています。http://www.gudm...
運用機関:
東北大学
生物種:
Homo sapiens
説明:
第一線で診療に当たる医師の修学の機会をインターネットを利用して提供することを目的とし、診断・治療に関する多数のコンテンツが用意されています。
運用機関:
University of Minnesota
生物種:
Candida albicans
説明:
カンジダ・アルビカンスの物理地図、SNP地図のデータベースです。
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
All
説明:
NCBI Entrezデータベースに少なくとも1件以上登録されている全ての生物種と上位分類名を収集したデータベースです。160,000以上の生物種が登録されています。各エントリーには、学名、英名、階層...
運用機関:
Leibniz Institute on Aging - Fritz Lipmann Institute (FLI)
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
GY(N)0-10GYNドナーとNAG(N)0-10AGアクセプター間で生じる選択的スプライシングに関するデータを提供しています。現在、ヒトとマウスの遺伝子について、2-12塩基の距離にあるタンデムス...
運用機関:
Boston University
生物種:
Anopheles gambiae | Apis mellifera | Arabidopsis thaliana | Bos taurus | Caenorhabditis briggsae | ...
説明:
ゲノムDNAのタンデムリピート情報を収集したデータベースです。UCSCのゲノムデータをデータソースとしています。ゲノムごとに、タンデムリピート配列、サイズ、コピー数、塩基含量％が表示されます。ユーザ自...
運用機関:
Ohio State University
生物種:
Arabidopsis thaliana
説明:
シロイヌナズナについて、ゲノム、遺伝子、分子生物学的データなどを包括的に収集したデータベースです。注釈付けされたゲノム、遺伝子産物、代謝、遺伝子発現、マーカー、株リソース情報、文献情報を提供しています...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所
生物種:
Nicotiana tabacum
説明:
植物のモデル細胞として最も広く用いられているタバコ培養細胞株BY-2について、cDNAライブラリを構築し、EST解析を行いました。各ESTの配列や相同性検索結果を公開しています。
運用機関:
国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構
生物種:
Sus scrofa
説明:
ブタのDNAマーカー情報です。プライマー情報、連鎖地図、RH地図を提供しています。
運用機関:
Georg-August-Universitat Gottingen
生物種:
Bacillus subtilis
説明:
枯草菌の遺伝子とタンパク質に関する統合データベースです。遺伝子名、機能説明、分子量、タンパク質の長さ、タンパク質の機能などの詳細情報や、パスウェイ、タンパク質ータンパク質の相互作用の情報を収録していま...
運用機関:
Institut Pasteur
生物種:
Bacillus subtilis
説明:
B. subtilis 168株由来の完全DNA配列およびタンパク配列のデータセットを提供しています。遺伝子名やゲノム位置、キーワード等の様々な条件で検索することができます。枯草菌ゲノムシーケンスプロ...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
説明:
Structure（またはMMDB）は、Protein Data Bank (PDB)に登録されている結晶解析やNMR構造解析の実験データを収録しているデータベースです。タンパク、DNA、RNAそれぞ...
運用機関:
STRING開発チーム
生物種:
Bacteria | Archaea | Eukaryota | Viruses
説明:
タンパク質相互作用情報のデータベースです。相互作用は既知のものと推定のものがあり、直接的（物理的）および間接的（機能的）関係が含まれています。情報源は高スループット実験や共発現実験のレポジトリ、コンピ...
運用機関:
National Institute of Standards and Technology
生物種:
Homo sapiens
説明:
STRマーカーを用いる法医学DNAタイピングコミュニティのための情報リソースとして、1997年から運用されています。STRシステムの配列情報、人口データ、一般的に使用されている多重STRシステム、PC...
運用機関:
Department of Biochemistry
University of Texas Health Science Center
生物種:
Bacteria | Archaea | Eukaryota
説明:
シグナル認識粒子(SRP)の構造と機能に関するデータベースです。アノテーション付けされたSRP RNAとSRPタンパクの配列を提供しています。SRPコンポーネントの構造情報の他に、比較配列解析によるR...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
All
説明:
次世代シーケンサーによる配列データのレポジトリサイトです。現在扱っているプラットフォームは454(ロシュ)、Genome Analyzer(イルミナ)、SOLiD(アプライドバイオシステムズ)、Hel...
運用終了
SpBase: Strongylocentrotus purpuratus database
運用機関:
California Institute of Technology
生物種:
Echinoidea
説明:
ムラサキウニのcDNAマイクロアレイライブラリおよびゲノムDNAについてのデータベースです。アメリカムラサキウニ（Strongylocentrotus purpuratus）とその近縁種のゲノムレベル...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所
生物種:
Glycine max
説明:
ダイズの完全長cDNAの全データを閲覧できるデータベースです。理化学研究所では世界で初めてダイズの完全長cDNAを大規模に解析し、約23,000種のcDNAの全データを公開しました。本研究では、日本の...
運用機関:
River Road Bio
生物種:
Homo sapiens
説明:
SNPediaは、ヒトのDNA変異に関する情報共有を目的としたwiki形式のサイトです。遺伝子名、ゲノム、医薬品名、病名のリストから、それぞれSNP情報を確認することができます。
運用機関:
宮崎大学 フロンティア科学実験総合センター
生物種:
Eukaryota
説明:
snoRNA(核小体低分子RNA)のオーソログの情報を整備することを目的に、生物種ごとのsnoRNAの情報を網羅したデータベースを構築しています。現在は、35生物種15,619件のsnoRNAについて...
運用機関:
EMBL Heidelberg
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Drosophila melanogaster | Caenorhabditis elegans | Arabidopsis thaliana | ...
説明:
シグナル伝達タンパク質、細胞外タンパク質、クロマチンタンパク質のドメインのデータベースです。系統分類、機能クラス、立体構造、機能上重要な残基の情報があります。キーワード検索、HMMERを用いたドメイン...
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
Eukaryota
説明:
Gタンパク共役型受容体（7回膜貫通タンパク質）遺伝子を既知のゲノム配列より予測した結果を収録しています。56種の真核生物ゲノムからバイオインフォマティクスツール（遺伝子検索ツール、配列アライメントツー...
運用機関:
特定国立研究開発法人理化学研究所
生物種:
Schizosaccharomyces pombe
説明:
理研吉田化学遺伝学研究室で得られた分裂酵母Schizosaccharomyces pombe全遺伝子のクローニングに関する情報と、全タンパク質の細胞内局在情報、画像などが閲覧できます。現在、Sange...
運用機関:
Wellcome Trust Sanger Institute
生物種:
Bacteria | Eukaryota | Viruses
説明:
サンガー研究所の研究部門やプロジェクトの紹介と、研究所で配列決定したゲノムデータのダウンロードサイト、開発したデータベースのリンク集とソフトウエアのダウンロードサイト、マウスとゼブラフィッシュの研究リ...
運用機関:
国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構
生物種:
Oryza sativa
説明:
SALADデータベースでは、植物間のアミノ酸配列の類似性をもとにデンドログラムを作成し、機能的に似たタンパク質をクラスタリングすることができます。特徴として、保存領域（モチーフ）の有無がグラフィカルに...
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統合TVにて解説動画が公開されています (2017年10月04日 版）