レコード詳細
tRNADB-CE: tRNA gene database curated manually by experts
| IDNBDC共通のデータベースID。日本語と英語など、タイトルが複数存在する場合は括弧を使用して併記する。 | NBDC00720 | ||||||||
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| 名称データベースの名称 | tRNADB-CE | ||||||||
| 別称データベースの別称 | tRNA gene database curated manually by experts | ||||||||
| URLデータベースをWebで公開している場合、そのURL | http://trna.ie.niigata-u.ac.jp | ||||||||
| 運用機関名現在データベースを運用している機関名 | 新潟大学 工学部情報工学科 (J-Globalへのリンク) | ||||||||
| 運用機関所在国・地域運用機関が所在する国及び地域名 | 日本 | ||||||||
| 説明データベースの説明 | 3種類のtRNA遺伝子予測プログラム（tRNAScan-SE、Aragorn、tRNAfinder）を用いて、塩基配列の解読された原核生物や真核生物のゲノムからtRNA遺伝子の網羅的検索を行い、その結果を収録しています。プログラム間で予測結果が一致しない場合にはエキスパートが手作業で精査しています。生物種ごとにコドン使用頻度とtRNA遺伝子数との関係を閲覧することができ、メジャーisoaccepting tRNAが解読するコドン(適合コドン)やマイナーtRNAが解読するコドン（不適合コドン）を調べることができます。 | ||||||||
| 生物種データベースが扱う生物のTaxonomy NameとNCBI TaxonomyのID | Bacteria (2), Archaea (2157), Viruses (10239) | ||||||||
| タグ （対象）データベースに収録された主要データの対象を表すタグ |
ゲノム/遺伝子
cDNA/EST
遺伝的多様性
エピジェネティクス
DNA
RNA
タンパク質
糖質
脂質
代謝物
化学物質
薬
細胞/オルガネラ
個体/種
健康/疾患
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| タグ (データの種類)データベースに収録された主要データの種類を表すタグ |
表現型
バイオリソース
手法
オントロジー/用語/命名法
環境
配列
3D構造
化学構造
発現
局在
地理的分布
相互作用/パスウェイ
生物分類
分類
画像/動画
書誌/ドキュメント
ポータル
リポジトリ
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| 論文等 (PubMed ID/DOI)当該データベースに関連した論文のPubMed ID/DOI |
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| 言語データベースの内容の記載に使用されている言語 | 英語 | ||||||||
| 稼動状況データベースの稼動状況 | 稼動中 | ||||||||
| 一括ダウンロードデータへのリンク一括ダウンロードデータへのリンク | https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/trnadb-ce/download.html | ||||||||
| 一括ダウンロードデータのデータ説明一括ダウンロードデータのデータ説明 | ftp://ftp.biosciencedbc.jp/archive/trnadb_ce/LATEST/README.html | ||||||||
| データベースの利用許諾へのリンク一括ダウンロードデータの利用条件 | https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/trnadb-ce/lic.html | ||||||||
| データベースの使い方 | ― | ||||||||
| データベースの連絡先 | ― | ||||||||
| API / SPARQL endpoint | ― | ||||||||
| LSDBアーカイブへのリンクLSDBアーカイブへのリンク | https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/trnadb-ce/desc.html | ||||||||
| MEDALSデータベース便覧へのリンクMEDALSデータベース便覧へのリンク | ― | ||||||||
| 統合TVへのリンク統合TVへのリンク | https://togotv.dbcls.jp/result.html?type=manual&page=1&query=tRNADB-CE | ||||||||
| FAIRsharingへのリンクFAIRsharingへのリンク | ― | ||||||||
| 類似データベースこのデータベースに類似したデータベース | |||||||||
| レコード管理者レコード管理者 | Integbio Database Catalog | ||||||||
| レコードの由来レコードの由来 |
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| レコード公開日日本語レコードの公開日 | 2011-12-08 | ||||||||
| レコード最終更新日日本語レコードの最終更新日 | 2022-01-24 | ||||||||
| 本レコードの利用条件 | Creative Commons CC0 license |