データベースのレコード一覧 (件数: 2594)
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生物種
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運用終了
PAZAR: A Public Database of Transcription Factor and Regulatory Sequence Annotation
運用機関:
Centre for Molecular Medicine and Therapeutic
生物種:
説明:
転写因子と転写制御配列のデータベースです。キーワード検索が可能です。またプロジェクトで生産されたデータの投稿が可能です。
運用機関:
社団法人日本病理学会
生物種:
Homo sapiens
説明:
主に医学部学生の自主学習や教員の方の講義の教材として活用してもらうことを目的にしたヒトの病理画像データベースです。日本病理学会教育委員会が中心となって作成されました。２４の臓器等に分類された目次から目...
運用機関:
Memorial Sloan-Kettering Cancer Center, the University of Toronto
生物種:
Eukaryota | Bacteria | Viruses
説明:
約325件の生体パスウエイ関連データベース、分子相互作用関連データベースのリンクURL、詳細情報、利用方法を整理し、提供しています。各データベースはサブカテゴリー（タンパク質-タンパク質相互作用、代謝...
運用機関:
The European Bioinformatics Institute
生物種:
説明:
Pfam databaseを基にしたアミノ酸配列、塩基配列のアラインメント情報をまとめたもの、多くのタンパクで共通しているドメインの進化系統樹情報を提供しているサイトです。
2005年9月以降データは...
運用終了
OriDB: DNA Replication Origin Database
運用機関:
University of Aberdeen Foresterhill
生物種:
Saccharomyces cerevisiae
説明:
出芽酵母の複製起点(ori)に関する提供者の情報をまとめて公開しているサイトです。各複製起点の情報確度、染色体上の位置が示されており、キーワード検索も可能です。
現在は運用を終了しています。後継サイト...
運用終了
OmicScan (Integrating MEDLINE and Omics Database)
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus | Caenorhabditis elegans | Arabidopsis thaliana
説明:
MEDLINE、OMIM、PPI等の文献情報とオントロジーを関連付けたデータベースです。ヒト、マウス、ラット、線虫、シロイヌナズナの生物種のデータがあります。文献、遺伝子、疾患名、代謝名、変異、局在、...
運用終了
OmicBrowse
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所
生物種:
Homo sapiens | Rattus norvegicus | Mus musculus | Caenorhabditis elegans | Arabidopsis thaliana | ...
説明:
ゲノム上に存在する遺伝子などのさまざまなアノテーション情報に関する多数のデータベース群を同時に検索して、その結果を可視化する機能を持ちます。データサーバーとビューアーから構成されており、データサーバー...
運用機関:
創価大学
生物種:
説明:
生体高分子のオリゴマー構造をインタラクティブな分子ビューアと簡便な式の形で見ることができます。Protein Data Bank (PDB)中の全ての立体構造について4次構造のキュレーションを行ってお...
運用機関:
Center for Biological Sequence Analysis
生物種:
説明:
O-またはC- のグリコシル化サイトを少なくともひとつ持つことが実験的に確認されている糖タンパク質のデータベースです。公開データベースおよび文献からデータを収集し整理しています。各エントリには配列の他...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
All
説明:
国際塩基配列データベースであるGenBank、EMBL、DDBJ の配列データを収録しています。NCGR（National Center for Genome Resources）が提供しているゲノム...
運用機関:
University of California, San Francisco, Centre for Molecular and Biomolecular Informatics
生物種:
説明:
核内受容体に関する情報を提供しているサイトです。受容体タンパク質の配列情報、配列アラインメント情報、構造情報として、２次元情報やPDBへのリンク、NRSAS (Nuclear Receptor Str...
運用機関:
Poznan University
生物種:
Bacteria | Archaea | Eukaryota
説明:
非コードRNAの配列と機能に関する情報を収集したデータベースです。真正細菌、古細菌、真核生物の99生物種について30,000以上の配列が登録されています。配列情報はGenBank、アノテーション情報は...
運用機関:
厚生労働省 国立感染症研究所
生物種:
Nocardia farcinica
説明:
病原性放線菌Nocardia farcinica IFM 10152株の全ゲノム配列（2つのプラスミドを含む）と、アノテーションを掲載しています。リピート配列、薬剤耐性遺伝子、毒性遺伝子、リボソームタ...
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
生物種:
Mus musculus
説明:
染色体提供としてMSM/Ms系統種、宿主系統種としてC57BL/6Jを用いconsomic（遺伝的背景が同一の）系統を作成し、それらの系統からComplex Traitに重きを置いた表現系情報を収集し...
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
生物種:
Mus musculus
説明:
国立遺伝学研究所（NIG）が確立した実験マウス系統の多型情報データベースです。日本の亜種を含む4つのマウス亜種由来の10の近交系（ミシマバッテリー）について全配列ゲノム情報と単一ヌクレオチド多型および...
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
生物種:
Caenorhabditis elegans
説明:
線虫（Caenorhabditis elegans）の発現パターンマップをEST解析およびWISH（組織や個体全体に対する ISH）により構築し、公開しています。他に、発生各期におけるISH画像やcD...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 和光研究所
生物種:
説明:
OECD国際協力に基づくニューロインフォマティクス日本ノードとして、日本におけるニューロインフォマティクスの情報集積拠点となるべく、国立研究開発法人理化学研究所・脳科学総合研究センター内に設立されまし...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所
生物種:
Influenza A virus | Influenza B virus
説明:
抗インフルエンザウイルス薬開発において第1の標的タンパク質とされる、ノイラミニダーゼの立体構造予測モデル情報を格納しています。構造予測は、ホモロジーモデリング法に基づく立体構造予測のソフトウエアFAM...
運用機関:
Glaxo Wellcome, Inc.
生物種:
Homo sapiens | Rodentia
説明:
遺伝子導入された微生物lacI遺伝子、ヒトp53遺伝子、ヒトhprt遺伝子、遺伝子導入lacZ遺伝子の変異情報が掲載されており、その解析に使われるツールも使用することができます。
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus | Drosophila melanogaster
説明:
機能性RNAプロジェクト (NEDO、2005年開始)において、バイオインフォマティクスグループで開発されたデータベースやバイオインフォマティクスツールを管理しているポータルサイト「ncRNA.org...
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
説明:
機能性RNAプロジェクト(NEDO、2005年開始)において、バイオインフォマティクスグループで開発されたデータベースやバイオインフォマティクスツールを管理しているポータルサイト「ncRNA.org」...
運用機関:
University College London
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Canis lupus familiaris | Ovis aries | Bos taurus
説明:
神経セロイドリポフスチン症(NCL; Neuronal Ceroid Lipofuscinosis)に関する遺伝子変異情報を提供しているサイトです。ヒトに限らず、モデル動物に関する情報も掲載されており...
運用機関:
National Institutes of Health
生物種:
Oryza sativa
説明:
イネゲノムに関する各種情報を集約したサイトです。シーケンスに関する概要、最新の関連文献、RefSeq、INSDC、ゲノムサイズ、GC%、タンパク質詳細情報へのリンクなどを収録しています。BLASTツー...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
All
説明:
NCBI（米国立バイオテクノロジー情報センター）は、NIH（米国立衛生研究所）のNLM（米国立医学図書館）の一部門として1988年に設立されたバイオインフォマティクス研究組織です。1989年にBLAS...
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター
生物種:
Dictyosteliida
説明:
細胞性粘菌は単細胞と多細胞の状態を行き来するユニークな生活環をもち、基礎と応用の両面から注目されているモデル生物です。筑波大学は第3期ナショナルバイオリソースプロジェクトの中核機関として細胞性粘菌の株...
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター
生物種:
Mus musculus | Rattus norvegicus | Drosophila | Caenorhabditis elegans | Bombyx mori | ...
説明:
２８機関のリソースセンターをつなぐメタデータサイトで、ライフサイエンス研究の基礎・基盤となるバイオリソース（動物、植物等）について収集・保存・提供を行うとともに、バイオリソースの質の向上を目指し、保存...
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター
生物種:
Bacillus subtilis
説明:
枯草菌の遺伝子破壊株の情報、寄託、分譲に関する申し込みを受け付けているサイトです。分譲の受付から発送状況まで進捗を適宜確認できるページも用意されています。
運用機関:
自然科学研究機構 生理学研究所
生物種:
Japanese macaque
説明:
研究用サルの供給を目的としています。このプロジェクトでは、研究用サルの繁殖・飼育事業、研究用サルの供給事業、供給を通して研究者への実験動物福祉と動物実験の適正化の啓発、ニホンザルに関する種々の基礎的デ...
運用機関:
慶應義塾大学 医学部
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトの疾患の原因遺伝子に関するデータベースです。染色体イディオグラム上での疾患遺伝子の検索と一覧表示、身体・臓器の模式図上での遺伝子/疾患名の検索、表示ができます。例えば目の病気、心臓の病気、脳の病気...
運用終了
MusBanks: A portal to worldwide mutant databases
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所
生物種:
Mus musculus
説明:
マウスの変異に関して、MEDLINE等の文献と世界のマウス変異データベースから情報を収集したデータベースです。キーワード検索が可能です。
運用機関:
The Jackson Laboratory
生物種:
Mus musculus
説明:
様々な要因で発生したマウスの腫瘍に関する情報を提供しています。腫瘍発生頻度、潜伏期間、系統、臓器などの様々なキーワードで検索することが可能です。病理学データも含まれており、病理組織画像や臓器の腫瘍の様...
運用機関:
Neurogenetics at University of Tennessee Health Science Center
生物種:
Mus musculus
説明:
2000-2001年マウス染色体委員会の報告書、1997年のMITマイクロサテライトマップRelease15、遺伝子組み換え近交系マウスデータベース、染色体マップのテキスト情報をもとに、データを提供し...
運用機関:
公益財団法人 かずさDNA研究所
生物種:
Mus musculus
説明:
129X1/SvJとC57BL/6Jマウスの系統間で、新生児脳、成体脾臓、成体肝臓における遺伝子発現の差をマイクロアレイで調べた結果を掲載しているデータベースです。
運用機関:
大阪大学 蛋白質研究所
生物種:
Mus musculus
説明:
マウス胎仔における基底膜蛋白質42種（既知の基底膜蛋白質の約90％）の発現部位を免疫組織化学的手法を用いて網羅的に解析し、得られた染色標本のデジタル画像を収録した画像データベースです。各基底膜蛋白質に...
運用機関:
Yale University
生物種:
説明:
PDBファイル間の動きをモーフィングしたデータベースです。その多くはユーザの投稿データによって構成されています。また、解析ツールとして、化学的に2つの構造の補間構造を生成するMorphServerがあ...
運用機関:
Center for Cancer Research Nanobiology Program
生物種:
Eukaryota
説明:
ミトコンドリアの生合成や機能に関わっている酵素、骨格系タンパク質やその他機能がいまだ判明していないタンパク質を規定している核遺伝子の情報を集めたものです。遺伝子名や分画で検索が可能です。また、データベ...
運用機関:
The Ohio State University Wexner Medical Center
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトにおけるmiRNAの情報を提供するナレッジベースです。miRNA名、ターゲット遺伝子名、機能、関連疾患名等で検索でき、ターゲッティング情報、ターゲット遺伝子に関連する情報、ゲノムの位置情報等を確認...
運用機関:
公益財団法人 かずさDNA研究所
生物種:
Solanum lycopersicum
説明:
トマト品種Micro-Tomの果実由来のESTと葉由来のEST(合計125,883EST)を公開しています。公共データベースから得たトマトESTとMicro-Tom ESTと合わせ、アセンブルを行い構...
運用機関:
東京大学 大学院新領域創成科学研究科
生物種:
Oryzias latipes
説明:
MGIはメダカに関する研究チームの国際的な枠組みです。メダカゲノムプロジェクトを推進するべく、効率的に研究を進め、遺伝子情報をはじめそのために必要な情報を収集し、開発するためのコミュニティーです。実質...
運用機関:
MethDBチーム
生物種:
Eukaryota
説明:
DNAに存在するメチル化シトシンの出現頻度に関するデータベースです。HPLCやシーケンスなど様々な方法で解析されたデータが蓄積されています。このデータベースはメチル化情報を登録するために作成されている...
運用機関:
Sanger Institute
生物種:
説明:
ぺプチダーゼ（プロテアーゼ、タンパク質分解酵素）とそのインヒビターの情報を収集、整備したデータベースです。約3,000件のぺプチダーゼとインヒビターが登録されており、各エントリーには、名称、ドメイン構...
運用機関:
東京大学 大学院情報理工学系研究科
生物種:
説明:
自然言語処理とテキストマイニング技術をベースとし、MEDLINEアブストラクトから生物医学の関係概念を検出するための知的検索エンジンです。構文解析によって計算された意味構造を用いて、高精度かつ高速に関...
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所 バイオメディシナル情報研究センター
生物種:
説明:
このポータルサイトでは、これまで経済産業省関連機関により実施されたライフサイエンス分野の研究開発プロジェクトについて、1989年以降の成果物（データベース、ツール等）の情報を整理・提供しています。現在...
運用機関:
国立研究開発法人科学技術振興機構 NBDC事業推進部
生物種:
説明:
ライフサイエンス分野のメタデータ要素のレポジトリサイト。国際標準およびライフサイエンス分野のデータベースのメタデータ要素の定義や内容、さらにデータ記述法を収録し、データベース構築時のデータのメタデータ...
運用機関:
The Scripps Research Institute
生物種:
説明:
MDBはProteinDatabase(PDB)に存在する構造のうち、金属イオンを含むものに関して定量的な情報を提供しています。金属イオンの種類とその個数、タンパク質立体構造の分解能でも検索することが...
運用機関:
東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター
生物種:
説明:
PubMed検索結果を用いた、生体臨床医学のための文献クラスタリングシステムです。
運用機関:
獨協医科大学
生物種:
Mammalia
説明:
1997年より高解像度デジタルカメラで撮影された10,956件の哺乳類頭蓋の画像集です。6方向（前面・後面・左側面・右側面・上面・下面）からの撮影は、原則として、耳眼平面[眼窩の下縁と外耳孔の上縁によ...
運用機関:
首都大学東京
生物種:
Embryophyta
説明:
日本の植物分類学の草分けともいえる故牧野富太郎博士（1862～1957）が収集した植物標本約40万点を整理、保管している「牧野標本館」所蔵のタイプ標本データベースです。東京都立大学（現：首都大学東京）...
運用機関:
東京大学 医科学研究所
生物種:
Metazoa
説明:
マクロファージの分化・活性化ネットワークに関する遺伝子発現情報等の大規模・総合的データから動的転写制御ネットワークを抽出し、利用するための計算戦略をイン・シリコパイプラインとして構築されています。この...
運用機関:
大阪大学 大学院理学研究科
生物種:
Bradyrhizobium japonicum
説明:
根粒菌Bradyrhizobium japonicumのゲノムワイドな発現比較およびCGH解析データをまとめています。１）芳香族化合物の分解過程における遺伝子発現解析結果、２）ダイズ種子抽出物と大豆由...
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統合TVにて解説動画が公開されています (2017年10月04日 版）