データベースのレコード一覧 (件数: 2594)
並び替え:
生物種
カテゴリ
稼動状況
地域
その他
運用機関:
International Gene Trap Consortium
生物種:
Mus musculus
説明:
利用可能な遺伝子トラッピング用細胞株の情報を提供しているサイトです。Accession Number、ID、キーワード、配列データ組織発現プロファイル情報や生物学的経路で検索することが可能です。
運用機関:
Princeton University
生物種:
Sterkiella histriomuscorum | Oxytricha fallax
説明:
繊毛虫類の配列データベースです。大核（MAC）や小核（MIC）の配列、IES（Internal Eliminating Sequences）およびMDS（macronuclear-destined s...
運用機関:
東京医科歯科大学
生物種:
Homo sapiens
説明:
医療への応用に向けたゲノム、プロテオームなどの分子情報の成果をこれまでの臨床・病理情報や環境情報と関連づけ、新たな臨床医学として体系化するためのデータベースを目指しています。2005年より収集したがん...
運用機関:
Jawaharlal Nehru Centre for Advanced Scientific Research
生物種:
Homo sapiens
説明:
減数分裂時に相同組み換えが起こりやすい場所 (HotSpot)に関するデータを集めています。情報は文献等から取得しており、HotSpot名や染色体番号で検索することができます。
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトES細胞の分与に関する規定や申請についての情報を提供しています。リソースの特性により、倫理に関する情報、その使用法の政府指針等へのリンクが提供されています。
国立遺伝学研究所によるナショナルバイオ...
運用機関:
National Human Genome Research Institute, National Institute of Health
生物種:
Arabidopsis thaliana | Aspergillus nidulans | Aspergillus niger | Caenorhabditis elegans | Chaetomium globosum | ...
説明:
ホメオドメインファミリーについて手作業でキュレートしたデータを収録しています。タンパク配列とドメイン領域の配列と、タンパク-DNA複合体の3次構造、タンパク-タンパク相互作用、DNA結合サイトの文献情...
運用機関:
東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター
生物種:
Homo sapiens | Saccharomyces cerevisiae | Drosophila melanogaster | Arabidopsis thaliana | Caenorhabditis elegans | ...
説明:
ハイスループットデータから予測した高信頼性のタンパク質-タンパク質相互作用を収録したデータベースです。IntAct、BIOGRID、HPRDのタンパク質相互作用情報を集結させ、アノテーションと信頼度ス...
運用機関:
国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構
生物種:
説明:
水素及び水和水を含むタンパク質構造データをデータベース化し、3次元表示を用いた分子構造閲覧機能、各種グラフを用いた統計情報閲覧機能を提供します。HHDBに登録されている水素及び水和水を含むタンパク質構...
運用機関:
University of Leicester
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトの遺伝子型と表現型をまとめたデータベースです。アレルや遺伝子型頻度、遺伝的関連の意味の情報を含みます。JBICが開発したデータ記述標準PaGE-OM(Phenotype and Genotype ...
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
Homo sapiens
説明:
「タンパク質機能解析プロジェクト」及び「タンパク質機能解析・活用プロジェクト」において、約2万2千個のヒト遺伝子の約70％にあたる約15,000種に対応する世界最大のヒトGatewayRエントリークロ...
運用機関:
Academy of Sciences of the Czech Republic
生物種:
Retroviridae
説明:
ファミリー、染色体位置などで情報を検索することができます。また、塩基配列をBLAT,FASTAを使用して検索することも可能です。
運用機関:
国立研究開発法人国立病院機構 九州がんセンター
生物種:
Homo sapiens
説明:
多岐にわたる白血病・悪性リンパ腫の病型をWHO分類(2001)、FAB分類(1976)を基に整理し、匿名化された造血器腫瘍の症例について、骨髄、リンパ節、末梢血の顕微鏡像および病理所見・検査所見等をア...
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus | Pan troglodytes | Macaca mulatta | ...
説明:
H-InvDBの配列データに基づく選択的スプライシング（alternative splicing, AS）のデータベースです。
運用機関:
La Universitat de Valencia, Universidad Politecnica de Valencia
生物種:
Viruses
説明:
可動性遺伝因子(Mobile Genetic Element)に関するWikiベースのサイト構成になっており、BLAST,HMMPfam,HMMSearch,文献検索、データ送付などのメニューから構成...
運用終了
GWAS DB: Genome wide association database
運用機関:
国立研究開発法人科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター
生物種:
Homo sapiens
説明:
ゲノムワイド関連解析（非血縁の患者群と健常対照群を対象として、疾患遺伝子と多型マーカーの連鎖不平衡をゲノム全域にわたって検出する手法）によって得られたデータの管理と共有を目的として構築されたリポジトリ...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
All
説明:
GenBankのGSS (Genome Survey Sequence)の配列レコードを収集したデータベースです。各エントリーにつき、GSS名、クローン情報、プライマー情報、配列、ライブラリー情報、文...
運用機関:
Cold Spring Harbor Laboratory
生物種:
Poaceae
説明:
イネゲノム統合情報です。ゲノム配列や、各種の系統図、代謝経路、タンパク質、遺伝子、オントロジー、マーカー、QTLなどのカテゴリを横断して検索することが可能です。BLASTなどのツールを使用することも可...
運用機関:
Centre for Molecular and Biomolecular Informatics
生物種:
説明:
Gタンパク質共役受容体 (GPCR; G protein-coupled receptors) のアミノ酸配列情報を収集したデータベースです。GPCRの立体構造データ、膜貫通部位予測のデータ及び変異実...
運用機関:
DOE Joint Genome Institute
生物種:
説明:
GOLDは世界中で行われているゲノム、メタゲノムの塩基配列解読プロジェクトに関する情報をそれらのメタデータとともに収集・提供しているデータベースです。GOLD (v.6)では28,744の研究、272...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
説明:
マイクロアレイや次世代シーケンサー等で得られた機能ゲノムデータのレポジトリであるGEO（ http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00080 ）のデータセット部...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
Mus musculus
説明:
マウスの中枢神経系において、数千の遺伝子がいつ、どこで発現しているか、詳細な遺伝子発現地図を作成することを目的としています。胎児15.5日、生後7日、成獣の発生3段階の細胞について、RI法によるin ...
運用機関:
ナラプロ・テクノロジーズ株式会社
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus | Danio rerio | Drosophila melanogaster | ...
説明:
ライフサイエンス専門用語辞書と高度な自然言語処理技術を用いて、MEDLINEアブストラクト内の概念（遺伝子／蛋白質、化合物、疾患、生命現象、器官、組織、細胞内器官、等）の関係情報をデータベース化したも...
運用終了
GenomeAtlasDatabase
運用機関:
Center for Biological Sequence Analysis
生物種:
Bacteria
説明:
各種真正細菌の様々な情報がまとまっています。GenomeAtlas, BaseAtlas, A-DNA Atlas, Z-DNA Atlas, Structure Atlasなどがあり、たとえばGen...
運用機関:
日本大学 大学院総合科学研究科
生物種:
Symbiobacterium thermophilum
説明:
Symbiobacterium thermophilum（好熱性細菌の一種）の完全長塩基配列から得られた情報（オーソログ分析の結果、パラログ分析の結果、系統樹等）を公開しています。
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
Bacteria | Archaea | Eukaryota
説明:
特定の組織やコンソーシアムにより立ち上げられたゲノムプロジェクトをはじめとする生命科学分野の各種プロジェクトを単位とし、そこから産生されたデータセットをまとめたデータベースです。産生された配列データに...
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
「ゲノムネットワークプロジェクト」は転写制御を中心とした生体内のネットワークを網羅的に探査し、その全容を明らかにすることを目的としています。ヒト遺伝子の転写開始点の情報、転写因子とヒトゲノム上の制御領...
運用機関:
European Bioinformatics Institute
生物種:
All
説明:
EMBL-EBI のツールとデータリソースをまとめたサイトです。Ensembl、UniProt、PDBe、Europe PMC、Expression AtlasなどのデータベースやClustal Om...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
Bacteria | Archaea | Eukaryota | Viruses
説明:
1,000以上の生物の染色体配列、コンティグ配列、UniGeneクラスター、遺伝子の染色体マッピング情報を提供しています。真正細菌、古細菌、真核生物、ウイルス、ファージ、ウイロイド、プラスミド、オルガ...
公開停止中
Genolevures: Genomic Exploration of the Hemiascomycete Yeasts
運用機関:
Bordeaux Bioinformatics Center
生物種:
Saccharomycetes
説明:
このデータベースはアノテーション付けされたシーケンスデータや18種類のHemiascomycete Yeastの分類を提供しています。
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
説明:
多重媒介配列検索法（MISS法）を用いて、全ゲノム配列が決定されている生物種の全ORFコードタンパク質を構造既知のタンパク質の立体構造に帰属したデータベースシステムです。
国立研究開発法人産業技術総合...
運用機関:
東京大学 大学院情報理工学系研究科
生物種:
説明:
科学技術分野における情報の洪水を克服するために科学者の書いた文章から有用な情報を抽出することを目的としたGENIA Project のサイトです。プロジェクトで作られた以下のリソースやツールについて、...
運用機関:
Sanger Institute
生物種:
説明:
GeneDBはSangerInstituteの病原菌ゲノミクスの中核をなすプロジェクトです。GeneDBではタンパクの長さ、タンパク質の分子量、遺伝子の種類やGeneOntology、EC番号などでD...
運用機関:
European Bioinformatics Institute
生物種:
説明:
UniProtKBのタンパク質、RNAcentralのRNA分子、Complex Portalの複合タンパク質に高精度のGOアノテーションを付加するためのデータベースです。遺伝子産物とGOタームの関連...
運用機関:
University of Helsinki
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
歯の遺伝子発現データベースには成長因子、受容体、シグナル分子などの分類で遺伝子発現情報が記録されており、その成長過程での遺伝子発現の有無についても各種実験方法で確かめられた結果がリストで掲載されていま...
運用機関:
東京大学 先端科学技術研究センター
生物種:
Homo sapiens
説明:
マイクロアレイによる遺伝子発現およびDNAコピー数解析によって、染色体およびRNAのレベルからゲノムの多様性を解明し、疾患感受性や薬剤感受性の遺伝的素因を明らかにすることを目指し、ヒトゲノム配列中のコ...
運用機関:
国立研究開発法人国立病院機構 九州がんセンター
生物種:
Homo sapiens
説明:
匿名化された消化管疾患の症例について、超音波によるエコー像・内視鏡像・CT・MRI・切り出し時の肉眼像・組織切片の顕微鏡像および血液検査値等をアーカイブ化しています。国立研究開発法人国立病院機構九州が...
運用機関:
名古屋市立大学 大学院薬学研究科
生物種:
説明:
アスパラギン残基に結合している糖鎖（N型糖鎖）の構造を、独自の「2D/3D糖鎖マッピング法」により解析し、得られた構造（糖残基ユニットの組み合わせ）を掲載しています。これまでに解析蓄積した500種類に...
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus | Pan troglodytes | Macaca mulatta | ...
説明:
ヒトとその他12種の脊椎動物を対象に、ゲノム保存領域を表示する比較ゲノムブラウザで、H-InvDB のサテライトデータベースとして開発されました。ヒトと各生物種間に１対１で保存されたorthologo...
運用機関:
千葉大学 真菌医学研究センター
生物種:
Fungi | Actinobacteria
説明:
本データベースは、ナショナルバイオリソースプロジェクト（NBRP）の一環として収集、保存、研究された病原性カビ、酵母、キノコおよび病原性放線菌の画像を公開しています。
運用機関:
東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター
生物種:
Glossina morsitans
説明:
ツェツェバエ完全長cDNAデータベースにはBLASTやGenomeBrowserを使用できるようになっています。ダウンロードページが機能していません。
運用機関:
東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター
生物種:
Echinococcus multilocularis
説明:
エキノコックス完全長cDNAデータベースには、クローンシーケンス情報がBLASTN(nt),BLASTX(nr),BLASTN(Em EST)と比較した結果と共に掲載されています。また、BLASTSe...
運用機関:
東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター
生物種:
Cryptosporidium parvum
説明:
クリプトスポリジウム完全長cDNAデータベースにはBLASTやGenomeBrowserを使用できるようになっています。その中ではゲノム配列のみならず、アミノ酸配列情報も掲載されています。ダウンロード...
運用機関:
東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター
生物種:
Babesia
説明:
バベシア完全長cDNAデータベースにはBLASTやGenomeBrowserを使用できるようになっています。その中ではゲノム配列のみならず、アミノ酸配列情報も掲載されています。
運用機関:
東京大学 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター
生物種:
Anopheles stephensi
説明:
ハマダラカ完全長cDNAデータベースにはBLASTやGenomeBrowserを使用できるようになっています。その中ではゲノム配列のみならず、アミノ酸配列情報も掲載されています。ダウンロードページが機...
休止
FUGU GENOME PROJECT
運用機関:
Institute of Molecular and Cell Biology
生物種:
Takifugu rubripes
説明:
フグのゲノム情報を提供しています。このサイトでは各アセンブルデータに対するBLAST機能やアセンブルされた配列情報のダウンロード、GenomeBrowserを使用することができます。
運用機関:
早稲田大学 教育学部
生物種:
Synechocystis sp. PCC 6803
説明:
原核光合成生物であるシアノバクテリアのクロロフィル蛍光強度の時間変化を変異株ごとに取得したデータベースです。シアノバクテリアSynechocystis sp. PCC 6803の約500の変異株のデー...
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所 創薬分子プロファイリング研究センター
生物種:
Homo sapiens
説明:
転写開始点の多様性やスプライシングバリアントに焦点を当てたヒトcDNA配列解析データベースです。ヒト遺伝子数は2万～2万5000と推定されましたが、ヒトmRNAのバリエーションは10万程度と予測されて...
運用機関:
東京大学 大学院理学系研究科 生物化学専攻
生物種:
説明:
様々な植物種で同定されたフラボノイドを報告した文献を集めたデータベースです。物質、植物種、文献 という3つの名前空間で構成されます。現在、6918フラボノイド構造、3655植物種、5006件の文献に基...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所
生物種:
Homo sapiens
説明:
FANTOMは、理化学研究所 オミックス基盤研究領域が主催する国際研究コンソーシアムです。このデータベースでは、過去の FANTOMプロジェクトで得られたデータを最新のゲノム配列へマップした結果ととも...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
マウス全長cDNAクローンの配列に対するアノテーションのデータベースです。（転写開始位置情報として）CAGE tags, GSC ditags情報も併用されています。FANTOM3では、CAGE（Ca...
本カタログの使い方
統合TVにて解説動画が公開されています (2017年10月04日 版）