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Whole-Cell Knowledge Base: WholeCellKB

IDNBDC共通のデータベースID。日本語と英語など、タイトルが複数存在する場合は括弧を使用して併記する。 NBDC02118
名称データベースの名称 Whole-Cell Knowledge Base
別称データベースの別称 WholeCellKB
URLデータベースをWebで公開している場合、そのURL http://www.wholecellkb.org
運用機関名現在データベースを運用している機関名 Karr Lab, Institute for Multiscale Biology & Genomics
運用機関所在国・地域運用機関が所在する国及び地域名 アメリカ合衆国
説明データベースの説明 全細胞モデルを実現するべく設計された、モデル生物データベースのオープンアクセスコレクションです。現在、グラム陽性細菌で一般的なヒト病原体であるマイコプラズマ・ジェニタリウムのデータベースが収録されています。マイコプラズマ・ジェニタリウムデータベースは、900以上の主要な研究論文、レビュー、書籍、データベースから染色体、転写ユニット、遺伝子、代謝物質、タンパク質、転写調節、反応、パスウェイなど包括的な情報を収録しています。また、BioCyc、KEGG、UniProtを含む外部のリソースと広く相互参照しています。WholeCellKB は、モデル生物データベースを構築するためのオープンソースのWebベースのソフトウェアプログラムも提供しています。WholeCellKB ソフトウェアは、個々の種を完全に記述する広範で自由にカスタマイズ可能なデータモデル(各遺伝子、タンパク質、反応、およびパスウェイ構造および機能を含む)を提供します。ウェブベースのユーザーインターフェイスや、RESTful ウェブサービスを介し、自由にアクセスできます。
生物種データベースが扱う生物のTaxonomy NameとNCBI TaxonomyのID Mycoplasma genitalium (2097)
タグ (対象)データベースに収録された主要データの対象を表すタグ
ゲノム/遺伝子
cDNA/EST
遺伝的多様性
エピジェネティクス
DNA
RNA
タンパク質
糖質
脂質
代謝物
化学物質
細胞/オルガネラ
個体/種
健康/疾患
タグ (データの種類)データベースに収録された主要データの種類を表すタグ
表現型
バイオリソース
手法
オントロジー/用語/命名法
環境
配列
3D構造
化学構造
発現
局在
地理的分布
相互作用/パスウェイ
生物分類
分類
画像/動画
書誌/ドキュメント
ポータル
リポジトリ
論文等 (PubMed ID/DOI)当該データベースに関連した論文のPubMed ID/DOI
PubMed ID:23175606
DOI:-
言語データベースの内容の記載に使用されている言語 英語
稼動状況データベースの稼動状況 稼動中
一括ダウンロードデータへのリンク一括ダウンロードデータへのリンク
一括ダウンロードデータのデータ説明一括ダウンロードデータのデータ説明
データベースの利用許諾へのリンク一括ダウンロードデータの利用条件
データベースの使い方
データベースの連絡先
API / SPARQL endpoint
LSDBアーカイブへのリンクLSDBアーカイブへのリンク
MEDALSデータベース便覧へのリンクMEDALSデータベース便覧へのリンク
統合TVへのリンク統合TVへのリンク
FAIRsharingへのリンクFAIRsharingへのリンク https://fairsharing.org/10.25504/FAIRsharing.4dfs3p
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レコード管理者レコード管理者 See the corresponding part in the FAIRsharing record
レコードの由来レコードの由来
レコード公開日日本語レコードの公開日 2019-03-28
レコード最終更新日日本語レコードの最終更新日 2020-07-09
本レコードの利用条件 Creative Commons Attribution and Share-alike (CC-BY-SA) International 4.0 license