サーバ更新のお知らせ
2025年3月19日にサーバ更新を実施しました。
詳細はNBDCポータルサイトでご確認下さい。 |
データベースのレコード一覧 (件数: 2572)
並び替え:
生物種
カテゴリ
稼動状況
地域
その他
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 生命システム研究センター
生物種:
Caenorhabditis elegans
説明:
線虫の初期胚において、野生型と各胚発生必須遺伝子の機能をRNAiで阻害した場合の細胞分裂動態データを、4次元微分干渉顕微鏡（DIC）とコンピュータ画像処理を用いて収集しました。これは動物の発生過程を理...
運用機関:
Institute of Physics, Polish Academy of Sciences
生物種:
説明:
タンパク質をはじめとする生体分子の機械的伸張性についてのシミュレーション結果のデータベースです。現在はタンパク質に限ってデータを提供しています。文献に基づく実際の伸張実験の結果についてもまとめられてい...
運用機関:
Flanders Institute of Biotechnology, Free University of Brussels
生物種:
説明:
主鎖骨格の類似性によりクラスタリングされたタンパク質断片のデータベースです。登録されているタンパク質断片は、Astral40のデータセットから取得した7290のタンパク質について4～14アミノ酸残基で...
運用機関:
Shanghai Jiaotong University
生物種:
説明:
アロステリックタンパク質とそのエフェクター (制御因子)に関するデータベース。101の生物種にわたる336のアロステリックタンパク質および8095のエフェクターが登録されています。タンパク質にはアロス...
運用機関:
Institute of Theoretical Chemistry, University of Vienna
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
脊椎動物のmRNAのUTR配列のAU-リッチ領域 (AU-rich elements; ARE)に関するデータベースです。 AREはmRNAの3'非翻訳領域上のシスエレメントの一つであり、多くのRNA...
運用機関:
EuPathDB Bioinformatics Resource Center
生物種:
Entamoeba dispar SAW760 | Entamoeba histolytica HM-1:IMSS | Entamoeba histolytica DS4-868 | Entamoeba histolytica KU27 | Entamoeba histolytica KU48 | ...
説明:
寄生アメーバである赤痢アメーバやアカンソアメーバのゲノム及びゲノムの機能解析結果をまとめた統合データベースです （EuPathDBのファミリーデータベース）。全ゲノムシーケンスデータやマイクロアレイ発...
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター
生物種:
Homo sapiens
説明:
CellMontageは、マイクロアレイデータ検索・解析システムです。異なるプラットフォーム間の遺伝子発現プロファイルを高速で比較解析できるソフトウエアです。クエリとなる遺伝子発現プロファイルに似た、...
運用機関:
国立研究開発法人科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター
生物種:
Homo sapiens
説明:
疾患原因遺伝子や関連遺伝子の変異に関する情報とそれに伴う疾患の臨床情報をアーカイブし共有することを目的としたレポジトリデータベースです。ラボでの独自の解析結果と文献から抽出した情報をともに公開していま...
運用機関:
一般社団法人バイオ産業情報化コンソーシアム
生物種:
説明:
ゲノムの多様性と表現型の多様性の関係についての研究には、大規模且つ多様なデータを多くの協力者や研究者の間で共有することが不可欠です。そのためには各々の研究者がデータの互換性を担保した統一のとれた方法で...
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター
生物種:
説明:
アミノ酸配列をもとにβ-バレル型膜タンパク質を識別するためサポートベクターマシン (SVM)や統計的手法を用いた計算手法を開発しました。アミノ酸の構成、residue pair preference及...
運用機関:
株式会社生命誌研究館
生物種:
説明:
JT生命誌研究館が発行する季刊生命誌に掲載のサイエンティストライブラリーをウェブ用に編集した記事のアーカイブです。20世紀、独自の研究によって日本の生命研究の基礎をつくった科学者が自らの研究と人生を語...
運用機関:
株式会社生命誌研究館
生物種:
説明:
生命誌ジャーナルは、JT生命誌研究館が年に4回発行するカード季刊生命誌と連動した、Webジャーナルです。
内容はトーク、リサーチ、サイエンティストライブラリーの3本立てです。巻頭トークでは、中村桂子館...
運用機関:
産業技術総合研究所 バイオメディシナル情報研究センター
生物種:
Homo sapiens
説明:
予測複合体を含めたヒト蛋白質複合体、それらの相互作用、さらにヒト蛋白質間相互作用情報のデータベースです。6つの既存の蛋白質間相互作用 （PPI）データベース (BIND、DIP、MINT、HPRD、I...
運用機関:
産業技術総合研究所 バイオメディシナル情報研究センター
生物種:
Homo sapiens
説明:
自己免疫疾患、関節リウマチ (RA) に関わる遺伝子多型情報を収集し、個人の遺伝的リスク予測や分子標的創薬を支援するデータベースです。本データベースでは、GWASなどの疾患関連解析の研究成果を包括的に...
運用機関:
岡山大学 資源植物科学研究所
生物種:
Spermatophyta
説明:
大原奨農会農業研究所 (現・岡山大学資源生物科学研究所)初代所長 近藤萬太郎博士により収集された種子の標本の目録です。標本瓶や試験管のラベルの記載をもとに作成したものです。収集日、和名、学名、入手先の...
運用機関:
岡山大学 資源植物科学研究所
生物種:
Embryophyta
説明:
日本の雑草の種子画像を公開しています。既存の帰化植物種子画像データベースと日本の雑草種子画像データベースを合併したデータベースです。植物名や種子の形態からの検索が可能です。特に種子の形態から検索ができ...
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
生物種:
Drosophila melanogaster | Mus musculus | Homo sapiens | Saccharomyces cerevisiae | Dictyostelids | ...
説明:
オートファジーデータベースは、多数の生物種におけるオートファジー関連タンパク質とそのホモログの情報を提供するデータベースです。
まず出芽酵母、ヒト及びマウスにおいて実験的にオートファジー関連と示された...
運用機関:
情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター
生物種:
説明:
生命科学において注目される分野/学問領域について、第一線の研究者の執筆による日本語レビューを公開するサービスです。
2019年1月23日をもって新規レビューの追加は終了しましたが、公開済みのレビューは...
運用機関:
公益財団法人 かずさDNA研究所
生物種:
Viridiplantae | Cyanobacteria
説明:
国内で提供される多様な植物種に関するゲノム関連情報（ゲノム解析、DNAマーカー、QTL、オルソログ情報等）や植物リソース情報の総合検索をめざしたデータベースです。各植物の基本情報も提供しています。育種...
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトゲノムにコードされいてるタンパク質の立体構造予測情報のデータベースです。PDBエントリーに対するホモロジー検索によるタンパク質ドメインの決定、MODELLERによるモデリングやeFSeekによるリ...
運用機関:
情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター
生物種:
説明:
MEDLINEを対象とし、出現する略字とその正規系のペアを検索するシステムAllieのポータルページです。ウェブでの検索システムやREST/SOAPインターフェースを提供しているAllie (http...
運用機関:
国立研究開発法人科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター
生物種:
Homo sapiens
説明:
次世代シークエンサーによって検出されたHLA領域における健常者変異、疾患関連変異、及び、文献に発表されている疾患関連変異を抽出・登録し、GUIにより閲覧できるようにしています。なお、データの利用に際し...
運用機関:
国立研究開発法人科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター
生物種:
Homo sapiens
説明:
次世代シークエンサーによって検出された健常者変異、疾患関連変異、及び、文献に発表されている疾患関連変異を抽出・登録し、GUIにより閲覧できるようにしています。また、日本人健常者の参照配列情報も閲覧でき...
運用機関:
国立研究開発法人科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター
生物種:
Homo sapiens
説明:
健常者の数十万から数百万のSNPチップデータから検出したCNVのケースコントロール解析の結果を登録し、GUIにより結果を閲覧できるようにしています。なお、データの利用に際しては共有方針のページ (ht...
運用機関:
国立研究開発法人科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター
生物種:
Homo sapiens
説明:
健常者の数十万から数百万のSNPチップデータから検出したCNVを登録し、GUIにより結果を閲覧できるようにしています。なお、データの利用に際しては共有方針のページ (http://gwas.biosc...
運用機関:
国立研究開発法人科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター
生物種:
Homo sapiens
説明:
数十万から数百万のSNPチップを用いて解析した健常者のアリル・遺伝子型頻度の情報とハーディーワインバーグ平衡検定値を登録し、GUIにより結果を閲覧できるようにしています。なお、データの利用に際しては共...
運用機関:
京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトゲノム、病原体ゲノム、腸内細菌メタゲノムをはじめとしたゲノムの情報と疾患との関連、および医薬品の作用・副作用との関連が知識ベース化され、ゲノム解読と有効利用を促進する統合リソースです。また日本と米...
運用機関:
東京工業大学
生物種:
Homo sapiens | Bacteria
説明:
世界中で公開されているヒトメタゲノム解析で得られた配列情報を，独自に注意深く再アノテーションしたメタデータに基づき参照できるようにしたDBです。メタデータ検索機能や配列相同性検索ツールBody-BLA...
運用機関:
Stanford Center for Biomedical Informatics Research
生物種:
Bacteria
説明:
本DBは，微生物の生息環境に関するメタデータを記述し整理するためのオントロジーであるMEO (Metagenome/Microbes Environmental Ontology)のOWLファイルと，...
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
生物種:
Bacteria | Archaea
説明:
マイクロバイオームの統合データベースです。微生物に関するメタゲノムプロジェクトとメタゲノムを再構成したゲノム（metagenome assembled genome：MAG）データを DNA Data...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所
生物種:
説明:
生命科学関連の公開データを、W3CのLODプロジェクト (World Wide Web Consortium Linking Open Data project)に準拠した標準形式で提供しています。2...
運用機関:
特定国立研究開発法人理化学研究所
生物種:
説明:
本DBは、生物遺伝材料としての培養細胞株を収録しています。ヒトやマウス等の哺乳類をはじめ様々な生物種にわたる、多種の細胞株を公開しています。ここに登録されている細胞株は、理研バイオリソースセンターより...
運用機関:
特定国立研究開発法人理化学研究所
生物種:
Mus musculus
説明:
本DBは、生物遺伝材料としてのマウス系統を収録しています。系統の持つ遺伝子の変異、生物学的な特性が、公共データやオントロジーにリンクされています。リンクの仕方は上位オントロジーに従っており、他のデータ...
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
生物種:
説明:
本DBは、メタボロミクスを中心とした有田研究室の活動全般を対象としたポータルサイトです。フラボノイド、基礎代謝物、生薬、植物系統分類データベースのほか、ファイトレメディエーションを含めた放射線情報、講...
運用機関:
MassBank プロジェクト
生物種:
Arabidopsis thaliana | Lotus japonicus
説明:
本DBは、植物の組織や微生物試料をLC-, GC-, CE-MSで分析して得られたマススペクトルを代謝物を同定できた、できないにかかわらず収集しています。未同定代謝物のマススペクトルをその化学構造を表...
運用機関:
奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科
生物種:
説明:
代謝物質とそれらの生物活性の関係に関するデータベースです。代謝物質名、生物活性 (機能)、ターゲットとなる生物種および参考文献の情報を収録しています。各データは代謝物質名、C_ID、CAS_ID、生物...
運用機関:
公益財団法人野口研究所
生物種:
説明:
糖鎖研究において重要である糖鎖標準品や糖鎖修飾体などに関連した情報のデータベースです。CAN（糖鎖の名称、シノニムなど）、TCarp （糖鎖やタンパク質の３次元構造）、GRG （糖鎖に関連する遺伝子）...
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
説明:
本DBは、主に糖鎖のパスウェイの情報や糖鎖科学に関する最新の情報をミニレビュー方式で収集したものです。
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
説明:
本DBは、主に糖鎖関連遺伝子や糖タンパク質に関連する遺伝子のノックアウマウスのフェノタイプ情報を、名古屋大学・古川グループと共同で収集し構築したものです。
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
Homo sapiens
説明:
本DBは、糖鎖関連遺伝子が原因で引き起こされる病気を遺伝子と結び付けてデータベース化したものです。病態の情報も著者の許可を得て掲載されています。
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
説明:
腫瘍マーカー分子と呼ばれている糖鎖・糖タンパク質・タンパク質の情報や適応度を論文から収集しデータベース化したものです。
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
説明:
平成21年度に立命館大学糖鎖工学研究センターと産総研糖鎖医工学研究センターとの共同事業としてスタートした糖鎖科学実験マニュアルです。「書いてあるように進めて行けば必ず上手く行く実験書」を目指しています...
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
説明:
病原体が宿主（ヒトやマウスなど）由来の糖鎖と結合する実験情報を論文から集めデータベース化したものです。
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
説明:
本DBは、糖鎖構造の詳細情報を閲覧するためのページです。各種検索インターフェースや各DBの構造情報とクロスリンクされています。
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
説明:
本DBは、糖鎖関連構造の化学構造式を利用して検索できる検索インターフェースです。糖鎖構造・配糖体・合成化合物などを検索できます。
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
説明:
本DBは、糖鎖構造をXMLで表記したデータセットから成るデータベースです。米国コンソーシアム（CFG）の単糖シンボルを利用して構造検索できます。
運用機関:
大阪大学 蛋白質研究所
生物種:
説明:
文部科学省ターゲットタンパク研究プログラムで開発された実験プロトコル情報をまとめたデータベース「蛋白質実験情報マネージメント・システム」です。実験プロトコル情報はターゲットタンパク研究プログラムに参加...
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
生物種:
説明:
AT Atlasは、ターゲットタンパク研究プログラム技術開発研究課題である「生産」、「解析」ならびに「制御」の成果を、Cell Illustratorなどによる概要図と技術の概要や活用事例のテキストを...
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
生物種:
Homo sapiens
説明:
TP Atlasは、ターゲットタンパク研究の各課題につき、Cell Illustratorを使って表現したネットワーク図をプラットフォームとして、 そこに登場するターゲットタンパク質やその構造などの詳...
本カタログの使い方
統合TVにて解説動画が公開されています (2017年10月04日 版）