データベースのレコード一覧 (件数: 2607)
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運用機関:
Center for Biological Sequence Analysis, Department of Systems Biology, Technical University of Denmark
生物種:
説明:
ChemProtは、化学物質-タンパク質-疾患間の関係に関して複数の無償および商用データベースからの情報をまとめた統合データベースです。化学物質名や標的タンパク質名、化学物質の構造に基づく類似性検索等...
休止
CADgene: Coronary Artery Disease Gene Database
運用機関:
Huazhong University of Science and Technology
生物種:
Homo sapiens
説明:
冠動脈疾患 (Coronary artery disease; CAD)関連遺伝子のデータベースです。心疾患研究コミュニティに向けて有用な遺伝子情報を提供することを目的に構築されています。現在、約2,...
運用機関:
Department of Fisheries and Allied Aquacultures, Auburn University
生物種:
Ictalurus
説明:
cBARBELはアメリカナマズの基礎的および応用的な遺伝とゲノムの研究データを収集したサイトです。ESTやBES、完全長cDNA、マーカーについてのBLASTベースの配列検索、contigやゼブラフィ...
運用機関:
University of California, Santa Cruz
生物種:
説明:
タンパク質間相互作用のデータベースです。構造生物学領域と機能ゲノム領域の橋渡しとなることを目的として、現在主流のタンパク間相互作用データベースに収録されているデータのなかで、モデリングの可能な部分複合...
運用終了
Trypanosomes Database
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
生物種:
Trypanosoma | Homo sapiens
説明:
トリパノソーマ症 （アフリカ睡眠病、南アメリカシャーガス病など）に対する薬剤開発において、効果的なターゲットとなり得るピリミジン生合成や酸化還元反応を触媒する酵素について包括的な情報を提供するデータベ...
運用終了
PCI DB: Protein-Compound Interaction Database
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
生物種:
説明:
世界各地に分散しているタンパク質－化合物相互作用の情報を収集/統合したデータベースです。ChEMBL、DrugBank、CTD、PubChem BioAssayからのデータが取得されており、タンパク質...
運用終了
FUJI DB: タンパク質オンデマンド解析データベース (Functionally Annotated Japanese Protein Structural Information database)
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
生物種:
説明:
指定された任意のタンパク質のアミノ酸配列に対し、様々な情報を付加して、機能予測を行うアミノ酸配列オンデマンド解析データベースです。配列の特徴分析、立体構造、天然変成 (disorder)領域の予測、さ...
運用終了
CASA db: Comprehensive Amino Acids Sequences Annotated database (タンパク質配列データベース)
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
生物種:
説明:
世界各地に分散している多種多様なタンパク質関連情報を収集/統合した網羅的アミノ酸配列データベースです。2012.12月現在、DDBJ DAD、NCBI NR、UniRefを主とした100万件超のアミノ...
運用終了
統合検索ASETT β: All-in-one SEarch of Target Tanpaku
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
生物種:
説明:
ターゲットタンパク研究プログラム（TPRP）情報プラットフォームで開発されたデータベース群をまとめて検索できるサイトです。検索可能なデーターベースにはTP Atlas, PREIMS, eSOL, C...
運用機関:
University of California, Santa Cruz
生物種:
Homo sapiens
説明:
遺伝子と疾患とを関連づけるゲノミクスデータベースです。癌や腫瘍の種類ごとに分類されたデータセットについて、コピー数多型（CNV）、DNAメチレーション、遺伝子やエクソンの発現、タンパク質発現、miRN...
運用機関:
Tel Aviv University
生物種:
Homo sapiens
説明:
既存のパスウェイデータベース、文献情報、タンパク質間相互作用情報を統合した、インタラクティブなヒトシグナルパスウェイデータベース。8種類のシグナルパスウェイマップを収録しており、任意の遺伝子、タンパク...
運用機関:
Consorzio Interuniversitario per le Applicazioni di Supercalcolo per Universita e Ricerca
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus | Gallus gallus | Bos taurus | ...
説明:
オルタナティブスプライシング （選択的スプライシング）を受ける遺伝子とタンパク質に関するデータベースです。オルタナティブスプライシングパターンによる条件絞込み検索が可能で、それぞれの遺伝子やタンパク質...
運用機関:
国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構
生物種:
Oryza sativa
説明:
文献データベースWeb of Scienceに対して、遺伝子機能解析に用いられる用語をキーワードとして検索し抽出された文献のうち、遺伝子機能が表現型と関連づけられている文献から702の遺伝子座をイネに...
運用機関:
国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構
生物種:
Oryza sativa
説明:
文献から集めたイネのQTL情報のデータベースです。
種々の文献検索サイトよりイネのQTL研究に関した文献情報を抽出し、最終的には1214件の論文から5096件のイネQTL情報を得ました。その上で、統計...
運用終了
Species Dictionary
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
生物種:
説明:
生物種及び生物分類情報のデータベースNCBI Taxonomyに収録されているエントリーの各項目 (Taxonomy ID、学名、英名、また属や科などの分類階級)を表形式で閲覧できるように独自に再整理...
運用機関:
情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター
生物種:
説明:
ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS)では生物種名や学術用語などの生物学関連の用語の整備を行っています。具体的には、個々の概念がそれぞれの出典においてどのような用語で記載されているの...
運用機関:
Charite - University Medicine Berlin, Institute for Physiology, Structural Bioinformatics Group
生物種:
説明:
FragmentStoreは代謝産物、薬品、毒物である低分子化合物から作成した化合物断片 (フラグメント)のデータベースです。FragmentStoreでは、フラグメントの2D構造、分子量や回転可能な...
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター
生物種:
Pan troglodytes | Gorilla | Pongo | Hylobates sp.
説明:
日本国内のヒト上科 （チンパンジー、ゴリラ、オランウータン、テナガザル）に関連する情報ネットワークです。 日本列島における分布図、家系図、個体簿など種々の情報をデータベース化して管理し、学術研究の発展...
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター
生物種:
Paramecium
説明:
ゾウリムシリソースの収集、保存、提供を行っているNBRPのリソース拠点です。山口大学が代表機関としてゾウリムシリソースの整備と提供を目的として以下の事業を実施しています。
１）野外から多様な種を収集保...
運用機関:
名古屋大学 大学院生命農学研究科附属鳥類バイオサイエンス研究センター
生物種:
Gallus gallus | Coturnix japonica
説明:
ニワトリ及びウズラリソースの保存と育成、および安定供給を行うNBRPのリソース拠点です。(1) リソースの収集、保存、育成、(2) 遺伝モニタリングによるリソースの高品質化(3) 遺伝子導入、遺伝子改...
運用機関:
生物種:
説明:
PDBデータを用いてユーザーが蛋白質の構造アノテーションを行い、情報交換ができるコミュニティを形成するためのプロジェクトです。これにより、データの質が高まり、また情報の重複を最小限に留めることも可能に...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所
生物種:
Homo sapiens
説明:
出生児の臍帯血（へその緒の血）に由来する細胞をゲノムや遺伝子を解析対象とする研究を含めた様々な学術研究のために提供するサイトです。以下のカテゴリーに分けて細胞材料を提供しています。
HCB：HES試...
運用機関:
Georgetown University
生物種:
Hymenoptera
説明:
ハチおよびアリのゲノム情報のデータベースです。ゲノムおよびゲノムにマッピングされた遺伝子セットの配列ファイルのダウンロードおよびゲノムブラウザによるブラウザ上での閲覧が可能です。
運用機関:
Charite - University Medicine Berlin, Institute for Physiology, Structural Bioinformatics Group
生物種:
Homo sapiens
説明:
CancerResourceは、ガンに関連するターゲット遺伝子と薬剤との相互作用情報をまとめた統合データベースです。PubMedから独自にテキストマイニングにより抽出した情報と外部のデータベースから得...
運用機関:
Institut de Biologie et Chimie des Proteines, UMR 5086 CNRS-Universite Lyon 1
生物種:
説明:
細胞外マトリックスタンパク質間相互作用、及び糖鎖との相互作用に着目したデータベースです。コラーゲン、ラミニン、トロンボスポンジンのような多量体を形成している細胞外タンパク質も扱っています。収録データは...
運用機関:
Bioinformatics Lab., Institute of Information Science, Academia Sinica
生物種:
説明:
αヘリックス型膜タンパク質のヘリックスパッキングデータベース。実験的に決定された膜貫通ヘリックスの配置、トポロジー、脂質アクセシビリティ、リガンドとの結合部位等の情報が収められています。ヘリックスの配...
運用機関:
Zhejiang University
生物種:
Arabidopsis thaliana | Oryza sativa
説明:
miRNAの4つの主要セクション (functional modules)から構成されている植物miRNA知識データベースです。対象生物はシロイヌナズナとイネです。(1) 「SNP」では、miRNA前...
運用機関:
Institute of Bioinformatics and Systems Biology, National Chiao Tung University
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus | Gallus gallus | Bos taurus | ...
説明:
世界最大規模および最新のmiRNA-ターゲット相互作用 (miRNA-target interaction; MTI)を蓄積しているデータベースです。MTIの収集は、miRNAの機能解析研究に関する文...
運用機関:
日本比較生理生化学会
生物種:
Metazoa
説明:
日本比較生理生化学会が提供する研究者データベースです。研究者名および種名の50音検索やキーワードに加えて、「動物の分類から探す」を利用することで系統樹に従って研究者を探し出すことができます。各研究者の...
運用機関:
Queensland Facility for Advanced Bioinformatics, The University of Queensland
生物種:
Araneae
説明:
クモ毒由来のタンパク質毒素の配列、立体構造、生物活性に関するデータベースで、手動でキュレーションした情報を収録しています。現在、85生物種由来の800件の毒素が登録されています。毒性情報や生物活性、タ...
運用機関:
Centre for DNA Fingerprinting and Diagnostics
生物種:
Bacteria | Archaea
説明:
原核生物の持つ繰り返し回数に多様性のある1～6bpの短い配列モチーフからなる反復配列のデータベース。バクテリアゲノムのコーディング領域、非コーディング領域中に含まれるタンデムリピート領域の検索とデータ...
運用機関:
情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター
生物種:
説明:
蛋白質核酸酵素のアーカイブ記事全文検索のサイトです。検索に加えて出版年ごとに記事を閲覧することも可能です。当サイトで提供するPDFファイルは個人の用途以外での利用はできません。収録範囲については198...
運用機関:
Institute for Molecular Bioscience, The University of Queensland
生物種:
Eukaryota
説明:
真核生物long non-coding RNA (lncRNA)の包括的アノテーション情報を提供しているデータベースです。収録データのほとんど (～75%)のlncRNAは哺乳動物由来ですが、その他脊...
運用機関:
Institute of Cytology and Preventive Oncology
生物種:
Homo sapiens
説明:
子宮頸癌に関わる遺伝子のカタログデータベースです。実験結果をもとに子宮頸癌の様々なステージに関与するであろうと考えられる遺伝子及びmiRNAの情報を、手作業のキュレーションにより収集しています。各エン...
運用機関:
Boston University
生物種:
Archaea | Bacteria
説明:
COMBREXは微生物ゲノムにコードされた遺伝子の機能決定の促進を目的とし、微生物を研究対象とするインフォマティクスのコミュニティとウェットのコミュニティの交流の場の形成をサポートするプロジェクトです...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 生命システム研究センター
生物種:
Caenorhabditis elegans
説明:
線虫の初期胚において、野生型と各胚発生必須遺伝子の機能をRNAiで阻害した場合の細胞分裂動態データを、4次元微分干渉顕微鏡（DIC）とコンピュータ画像処理を用いて収集しました。これは動物の発生過程を理...
運用機関:
Institute of Physics, Polish Academy of Sciences
生物種:
説明:
タンパク質をはじめとする生体分子の機械的伸張性についてのシミュレーション結果のデータベースです。現在はタンパク質に限ってデータを提供しています。文献に基づく実際の伸張実験の結果についてもまとめられてい...
休止
BriX
運用機関:
Flanders Institute of Biotechnology, Free University of Brussels
生物種:
説明:
主鎖骨格の類似性によりクラスタリングされたタンパク質断片のデータベースです。登録されているタンパク質断片は、Astral40のデータセットから取得した7290のタンパク質について4～14アミノ酸残基で...
運用機関:
Shanghai Jiaotong University
生物種:
説明:
アロステリックタンパク質とそのエフェクター (制御因子)に関するデータベース。101の生物種にわたる336のアロステリックタンパク質および8095のエフェクターが登録されています。タンパク質にはアロス...
運用機関:
Institute of Theoretical Chemistry, University of Vienna
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
脊椎動物のmRNAのUTR配列のAU-リッチ領域 (AU-rich elements; ARE)に関するデータベースです。 AREはmRNAの3'非翻訳領域上のシスエレメントの一つであり、多くのRNA...
運用機関:
EuPathDB Bioinformatics Resource Center
生物種:
Entamoeba dispar SAW760 | Entamoeba histolytica HM-1:IMSS | Entamoeba histolytica DS4-868 | Entamoeba histolytica KU27 | Entamoeba histolytica KU48 | ...
説明:
寄生アメーバである赤痢アメーバやアカンソアメーバのゲノム及びゲノムの機能解析結果をまとめた統合データベースです （EuPathDBのファミリーデータベース）。全ゲノムシーケンスデータやマイクロアレイ発...
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター
生物種:
Homo sapiens
説明:
CellMontageは、マイクロアレイデータ検索・解析システムです。異なるプラットフォーム間の遺伝子発現プロファイルを高速で比較解析できるソフトウエアです。クエリとなる遺伝子発現プロファイルに似た、...
運用終了
Mutation Database
運用機関:
国立研究開発法人科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター
生物種:
Homo sapiens
説明:
疾患原因遺伝子や関連遺伝子の変異に関する情報とそれに伴う疾患の臨床情報をアーカイブし共有することを目的としたレポジトリデータベースです。ラボでの独自の解析結果と文献から抽出した情報をともに公開していま...
運用機関:
一般社団法人バイオ産業情報化コンソーシアム
生物種:
説明:
ゲノムの多様性と表現型の多様性の関係についての研究には、大規模且つ多様なデータを多くの協力者や研究者の間で共有することが不可欠です。そのためには各々の研究者がデータの互換性を担保した統一のとれた方法で...
運用終了
TMBETA-DISC
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター
生物種:
説明:
アミノ酸配列をもとにβ-バレル型膜タンパク質を識別するためサポートベクターマシン (SVM)や統計的手法を用いた計算手法を開発しました。アミノ酸の構成、residue pair preference及...
運用機関:
株式会社生命誌研究館
生物種:
説明:
JT生命誌研究館が発行する季刊生命誌に掲載のサイエンティストライブラリーをウェブ用に編集した記事のアーカイブです。20世紀、独自の研究によって日本の生命研究の基礎をつくった科学者が自らの研究と人生を語...
運用機関:
株式会社生命誌研究館
生物種:
説明:
生命誌ジャーナルは、JT生命誌研究館が年に4回発行するカード季刊生命誌と連動した、Webジャーナルです。
内容はトーク、リサーチ、サイエンティストライブラリーの3本立てです。巻頭トークでは、中村桂子館...
運用機関:
産業技術総合研究所 バイオメディシナル情報研究センター
生物種:
Homo sapiens
説明:
予測複合体を含めたヒト蛋白質複合体、それらの相互作用、さらにヒト蛋白質間相互作用情報のデータベースです。6つの既存の蛋白質間相互作用 （PPI）データベース (BIND、DIP、MINT、HPRD、I...
運用機関:
産業技術総合研究所 バイオメディシナル情報研究センター
生物種:
Homo sapiens
説明:
自己免疫疾患、関節リウマチ (RA) に関わる遺伝子多型情報を収集し、個人の遺伝的リスク予測や分子標的創薬を支援するデータベースです。本データベースでは、GWASなどの疾患関連解析の研究成果を包括的に...
運用機関:
岡山大学 資源植物科学研究所
生物種:
Spermatophyta
説明:
大原奨農会農業研究所 (現・岡山大学資源生物科学研究所)初代所長 近藤萬太郎博士により収集された種子の標本の目録です。標本瓶や試験管のラベルの記載をもとに作成したものです。収集日、和名、学名、入手先の...
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