データベースのレコード一覧 (件数: 2607)
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生物種
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その他
運用機関:
岡山大学 資源植物科学研究所
生物種:
Embryophyta
説明:
日本の雑草の種子画像を公開しています。既存の帰化植物種子画像データベースと日本の雑草種子画像データベースを合併したデータベースです。植物名や種子の形態からの検索が可能です。特に種子の形態から検索ができ...
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
生物種:
Drosophila melanogaster | Mus musculus | Homo sapiens | Saccharomyces cerevisiae | Dictyostelids | ...
説明:
オートファジーデータベースは、多数の生物種におけるオートファジー関連タンパク質とそのホモログの情報を提供するデータベースです。
まず出芽酵母、ヒト及びマウスにおいて実験的にオートファジー関連と示された...
運用機関:
情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター
生物種:
説明:
生命科学において注目される分野/学問領域について、第一線の研究者の執筆による日本語レビューを公開するサービスです。
2019年1月23日をもって新規レビューの追加は終了しましたが、公開済みのレビューは...
運用機関:
公益財団法人 かずさDNA研究所
生物種:
Viridiplantae | Cyanobacteria
説明:
国内で提供される多様な植物種に関するゲノム関連情報（ゲノム解析、DNAマーカー、QTL、オルソログ情報等）や植物リソース情報の総合検索をめざしたデータベースです。各植物の基本情報も提供しています。育種...
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトゲノムにコードされいてるタンパク質の立体構造予測情報のデータベースです。PDBエントリーに対するホモロジー検索によるタンパク質ドメインの決定、MODELLERによるモデリングやeFSeekによるリ...
運用機関:
情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター
生物種:
説明:
MEDLINEを対象とし、出現する略字とその正規系のペアを検索するシステムAllieのポータルページです。ウェブでの検索システムやREST/SOAPインターフェースを提供しているAllie (http...
運用終了
HLA DB: HLA database
運用機関:
国立研究開発法人科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター
生物種:
Homo sapiens
説明:
次世代シークエンサーによって検出されたHLA領域における健常者変異、疾患関連変異、及び、文献に発表されている疾患関連変異を抽出・登録し、GUIにより閲覧できるようにしています。なお、データの利用に際し...
運用終了
Human Variation DB: human genome variation database
運用機関:
国立研究開発法人科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター
生物種:
Homo sapiens
説明:
次世代シークエンサーによって検出された健常者変異、疾患関連変異、及び、文献に発表されている疾患関連変異を抽出・登録し、GUIにより閲覧できるようにしています。また、日本人健常者の参照配列情報も閲覧でき...
運用終了
CNV association DB: copy number variation association database
運用機関:
国立研究開発法人科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター
生物種:
Homo sapiens
説明:
健常者の数十万から数百万のSNPチップデータから検出したCNVのケースコントロール解析の結果を登録し、GUIにより結果を閲覧できるようにしています。なお、データの利用に際しては共有方針のページ (ht...
運用終了
CNV control DB: copy number variation database
運用機関:
国立研究開発法人科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター
生物種:
Homo sapiens
説明:
健常者の数十万から数百万のSNPチップデータから検出したCNVを登録し、GUIにより結果を閲覧できるようにしています。なお、データの利用に際しては共有方針のページ (http://gwas.biosc...
運用終了
SNP control database
運用機関:
国立研究開発法人科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター
生物種:
Homo sapiens
説明:
数十万から数百万のSNPチップを用いて解析した健常者のアリル・遺伝子型頻度の情報とハーディーワインバーグ平衡検定値を登録し、GUIにより結果を閲覧できるようにしています。なお、データの利用に際しては共...
運用機関:
京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトゲノム、病原体ゲノム、腸内細菌メタゲノムをはじめとしたゲノムの情報と疾患との関連、および医薬品の作用・副作用との関連が知識ベース化され、ゲノム解読と有効利用を促進する統合リソースです。また日本と米...
運用終了
Metagenome.jp (Human Meta BodyMap)
運用機関:
東京工業大学
生物種:
Homo sapiens | Bacteria
説明:
世界中で公開されているヒトメタゲノム解析で得られた配列情報を，独自に注意深く再アノテーションしたメタデータに基づき参照できるようにしたDBです。メタデータ検索機能や配列相同性検索ツールBody-BLA...
運用機関:
Stanford Center for Biomedical Informatics Research
生物種:
Bacteria
説明:
本DBは，微生物の生息環境に関するメタデータを記述し整理するためのオントロジーであるMEO (Metagenome/Microbes Environmental Ontology)のOWLファイルと，...
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
生物種:
Bacteria | Archaea
説明:
マイクロバイオームの統合データベースです。微生物に関するメタゲノムプロジェクトとメタゲノムを再構成したゲノム（metagenome assembled genome：MAG）データを DNA Data...
運用終了
BioLOD.org: Biophenome Linked Open Databases
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所
生物種:
説明:
生命科学関連の公開データを、W3CのLODプロジェクト (World Wide Web Consortium Linking Open Data project)に準拠した標準形式で提供しています。2...
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
生物種:
説明:
本DBは、メタボロミクスを中心とした有田研究室の活動全般を対象としたポータルサイトです。フラボノイド、基礎代謝物、生薬、植物系統分類データベースのほか、ファイトレメディエーションを含めた放射線情報、講...
運用機関:
MassBank プロジェクト
生物種:
Arabidopsis thaliana | Lotus japonicus
説明:
本DBは、植物の組織や微生物試料をLC-, GC-, CE-MSで分析して得られたマススペクトルを代謝物を同定できた、できないにかかわらず収集しています。未同定代謝物のマススペクトルをその化学構造を表...
運用機関:
奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究科
生物種:
説明:
代謝物質とそれらの生物活性の関係に関するデータベースです。代謝物質名、生物活性 (機能)、ターゲットとなる生物種および参考文献の情報を収録しています。各データは代謝物質名、C_ID、CAS_ID、生物...
運用機関:
公益財団法人野口研究所
生物種:
説明:
糖鎖研究において重要である糖鎖標準品や糖鎖修飾体などに関連した情報のデータベースです。CAN（糖鎖の名称、シノニムなど）、TCarp （糖鎖やタンパク質の３次元構造）、GRG （糖鎖に関連する遺伝子）...
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
説明:
本DBは、主に糖鎖のパスウェイの情報や糖鎖科学に関する最新の情報をミニレビュー方式で収集したものです。
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
説明:
本DBは、主に糖鎖関連遺伝子や糖タンパク質に関連する遺伝子のノックアウマウスのフェノタイプ情報を、名古屋大学・古川グループと共同で収集し構築したものです。
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
Homo sapiens
説明:
本DBは、糖鎖関連遺伝子が原因で引き起こされる病気を遺伝子と結び付けてデータベース化したものです。病態の情報も著者の許可を得て掲載されています。
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
説明:
腫瘍マーカー分子と呼ばれている糖鎖・糖タンパク質・タンパク質の情報や適応度を論文から収集しデータベース化したものです。
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
説明:
平成21年度に立命館大学糖鎖工学研究センターと産総研糖鎖医工学研究センターとの共同事業としてスタートした糖鎖科学実験マニュアルです。「書いてあるように進めて行けば必ず上手く行く実験書」を目指しています...
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
説明:
病原体が宿主（ヒトやマウスなど）由来の糖鎖と結合する実験情報を論文から集めデータベース化したものです。
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
説明:
本DBは、糖鎖構造の詳細情報を閲覧するためのページです。各種検索インターフェースや各DBの構造情報とクロスリンクされています。
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
説明:
本DBは、糖鎖関連構造の化学構造式を利用して検索できる検索インターフェースです。糖鎖構造・配糖体・合成化合物などを検索できます。
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
説明:
本DBは、糖鎖構造をXMLで表記したデータセットから成るデータベースです。米国コンソーシアム（CFG）の単糖シンボルを利用して構造検索できます。
運用機関:
大阪大学 蛋白質研究所
生物種:
説明:
文部科学省ターゲットタンパク研究プログラムで開発された実験プロトコル情報をまとめたデータベース「蛋白質実験情報マネージメント・システム」です。実験プロトコル情報はターゲットタンパク研究プログラムに参加...
運用終了
AT Atlas: Advanced Technologies Atlas
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
生物種:
説明:
AT Atlasは、ターゲットタンパク研究プログラム技術開発研究課題である「生産」、「解析」ならびに「制御」の成果を、Cell Illustratorなどによる概要図と技術の概要や活用事例のテキストを...
運用終了
TP Atlas: Targeted Proteins Atlas
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
生物種:
Homo sapiens
説明:
TP Atlasは、ターゲットタンパク研究の各課題につき、Cell Illustratorを使って表現したネットワーク図をプラットフォームとして、 そこに登場するターゲットタンパク質やその構造などの詳...
運用機関:
ターゲットタンパク研究プログラム
生物種:
説明:
文部科学省ターゲットタンパク研究プログラムの各課題で解析された蛋白質の立体構造の画像と分子情報のデータベースです。キーワードで検索する他に「生物種」や「X線解像度」などのカテゴリごとに一覧を絞り込むこ...
運用機関:
ターゲットタンパク研究プログラム
生物種:
説明:
文部科学省ターゲットタンパク研究プログラムの各課題の成果について報告されたプレスリリースや論文情報をまとめたサイトです。成果ごとに、各研究機関のサイトから公開されたプレスリリースや論文のフルテキスト及...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所
生物種:
説明:
本DBは、生物遺伝材料としての培養細胞株を収録しています。ヒトやマウス等の哺乳類をはじめ様々な生物種にわたる、多種の細胞株を公開しています。ここに登録されている細胞株は、理研バイオリソースセンターより...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所
生物種:
Mus musculus
説明:
本DBは、生物遺伝材料としてのマウス系統を収録しています。系統の持つ遺伝子の変異、生物学的な特性が、公共データやオントロジーにリンクされています。リンクの仕方は上位オントロジーに従っており、他のデータ...
運用機関:
京都大学 大学院医学研究科 附属先天異常標本解析センター
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトの発生と先天異常の解析に役立つ形態形成過程の詳細な三次元画像データベースです。1961年以来収集された母体保護法（旧優生保護法）に基づいた4万例以上の器官形成期ヒト胚子・胎児標本とその臨床データ（...
運用機関:
慶應義塾大学 理工学部
生物種:
Ciona intestinalis | Halocynthia roretzi | Botryllus schlosseri | Phallusia mammillata | Ciona savignyi | ...
説明:
ホヤ研究においてこれまでに使われたことのある小分子化合物、あるいは単離された小分子化合物のデータベースです。過去の論文800報（1970-2009年）を調査してアノテーションされたものです。
運用機関:
慶應義塾大学 理工学部
生物種:
Ciona intestinalis
説明:
カタユウレイボヤ初期胚におけるタンパク質の局在情報の3次元イメージ（免疫局在、GFP融合タンパクの発現）、および関連情報（細胞局在、染色法、発生ステージ、実験条件など）を搭載したデータベースです。CI...
運用機関:
千葉大学 大学院融合科学研究科 ナノサイエンス専攻
生物種:
Ciona intestinalis
説明:
カタユウレイボヤ幼若体/成体の遺伝子発現プロファイルデータベースです。WISHデータ（約1,700）を各種関連データ(組織別ESTグラフ、ステージ別ESTグラフ、ステージ別マイクロアレイグラフ、gho...
運用機関:
大阪大学 蛋白質研究所
生物種:
説明:
PDBエントリに対し、似た構造のタンパク質ドメインやタンパク質鎖を検索するデータベースです。PDB IDで検索するとタンパク質鎖のIDや代表的なドメインのリストが表示されます。また、アミノ酸配列により...
運用機関:
大阪大学 蛋白質研究所
生物種:
説明:
PDBエントリに対し、PDB ID やアミノ酸配列を入力してBLAST検索を行います。結果を類似性でクラスタリングする機能があり、また PDB ID 入力では、各配列の構造の重ね合わせができます。
P...
運用機関:
国立研究開発法人科学技術振興機構 NBDC事業推進部
生物種:
説明:
バイオ研究分野の膨大なデータを標準形式化し、バイオ情報資源の選択的統合利用を可能にすることを目指した「バイオ基幹情報資源の高準化と共用化」BIRD受託事業の一環で作成されたデータベース横断検索システム...
運用機関:
東京理科大学
生物種:
説明:
生物学分野のデータベース情報をまとめたデータベースです。概要やカテゴリ、PubMed IDなどのリストを閲覧できます。また、いわゆるリンク集ではなくデータベースごとにCGI情報をまるごと保管し、ユーザ...
運用終了
GIB-IS: Genome Information Broker for Insertion sequence
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター
生物種:
Bacteria
説明:
DDBJに登録されている塩基配列から抽出したバクテリアの挿入配列（IS)のデータベースです。
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
さまざまなデータソース（マイクロアレイ、EST、SAGE）を扱う遺伝子発現解析システム。空間的、時間的変化による遺伝子発現情報を3次元グラフィック上で表示することができます。また、異なるプロトコルによ...
運用終了
GTPS: Gene Trek in Prokaryote Space
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター
生物種:
Archaea | Bacteria
説明:
ゲノム配列が決定された原核生物を対象に各種解析を行い再アノテーションを行ったデータベース。GIB (Genome Information Broker) に登録されている真正細菌と古細菌のORFを共通...
運用機関:
独立行政法人製品評価技術基盤機構
生物種:
Streptomyces | Bacteria
説明:
細菌がもつ二次代謝産物の生合成遺伝子クラスターについての知見を集約したデータベースです。 放線菌をはじめとする細菌が産生する二次代謝産物は医薬品・化合物合成の候補品として注目されていますが、二次代謝産...
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
説明:
タンパク質の類似リガンド結合部位データベースです。
本カタログの使い方
統合TVにて解説動画が公開されています (2017年10月04日 版）