レコード詳細
運用終了
PGDBj: Plant Genome DataBase Japan (植物ゲノム統合データベース)
| IDNBDC共通のデータベースID。日本語と英語など、タイトルが複数存在する場合は括弧を使用して併記する。 | NBDC01194 | ||||
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| 名称データベースの名称 | PGDBj | ||||
| 別称データベースの別称 | Plant Genome DataBase Japan (植物ゲノム統合データベース) | ||||
| URLデータベースをWebで公開している場合、そのURL | http://pgdbj.jp/ | ||||
| 運用機関名現在データベースを運用している機関名 | 公益財団法人 かずさDNA研究所 (J-Globalへのリンク) | ||||
| 運用機関所在国・地域運用機関が所在する国及び地域名 | 日本 | ||||
| 説明データベースの説明 | 国内で提供される多様な植物種に関するゲノム関連情報（ゲノム解析、DNAマーカー、QTL、オルソログ情報等）や植物リソース情報の総合検索をめざしたデータベースです。各植物の基本情報も提供しています。育種向けDNAマーカー検索は、「形質連鎖マーカーを探す」等、育種研究の実際の目的に沿った検索パターンが準備されています。 公益財団法人 かずさDNA研究所によるオリジナルサイト (http://pgdbj.jp/ ) の運用は終了し、データはPlant GARDEN (https://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc02416 ）のサイトに引き継がれています。 | ||||
| 生物種データベースが扱う生物のTaxonomy NameとNCBI TaxonomyのID | Viridiplantae (33090), Cyanobacteria (1117) | ||||
| タグ （対象）データベースに収録された主要データの対象を表すタグ |
ゲノム/遺伝子
cDNA/EST
遺伝的多様性
エピジェネティクス
DNA
RNA
タンパク質
糖質
脂質
代謝物
化学物質
薬
細胞/オルガネラ
個体/種
健康/疾患
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| タグ (データの種類)データベースに収録された主要データの種類を表すタグ |
表現型
バイオリソース
手法
オントロジー/用語/命名法
環境
配列
3D構造
化学構造
発現
局在
地理的分布
相互作用/パスウェイ
生物分類
分類
画像/動画
書誌/ドキュメント
ポータル
リポジトリ
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| 論文等 (PubMed ID/DOI)当該データベースに関連した論文のPubMed ID/DOI |
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| 言語データベースの内容の記載に使用されている言語 | 日本語, 英語 | ||||
| 稼動状況データベースの稼動状況 | 運用終了 | ||||
| 一括ダウンロードデータへのリンク一括ダウンロードデータへのリンク | http://pgdbj.jp/od2/download_33090.html | ||||
| 一括ダウンロードデータのデータ説明一括ダウンロードデータのデータ説明 | http://pgdbj.jp/od2/download_33090.html | ||||
| データベースの利用許諾へのリンク一括ダウンロードデータの利用条件 | ― | ||||
| データベースの使い方 | ― | ||||
| データベースの連絡先 | ― | ||||
| API / SPARQL endpoint | ― | ||||
| LSDBアーカイブへのリンクLSDBアーカイブへのリンク | https://dbarchive.biosciencedbc.jp/?dblist_search=PGDBj | ||||
| MEDALSデータベース便覧へのリンクMEDALSデータベース便覧へのリンク | ― | ||||
| 統合TVへのリンク統合TVへのリンク | ― | ||||
| FAIRsharingへのリンクFAIRsharingへのリンク | ― | ||||
| 類似データベースこのデータベースに類似したデータベース | |||||
| レコード管理者レコード管理者 | Integbio Database Catalog | ||||
| レコードの由来レコードの由来 |
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| レコード公開日日本語レコードの公開日 | 2012-08-20 | ||||
| レコード最終更新日日本語レコードの最終更新日 | 2024-05-15 | ||||
| 本レコードの利用条件 | Creative Commons CC0 license |