レコード詳細
休止
PCDq: Protein Complex Database with complex quality index
| IDNBDC共通のデータベースID。日本語と英語など、タイトルが複数存在する場合は括弧を使用して併記する。 | NBDC01200 | ||||
|---|---|---|---|---|---|
| 名称データベースの名称 | PCDq | ||||
| 別称データベースの別称 | Protein Complex Database with complex quality index | ||||
| URLデータベースをWebで公開している場合、そのURL | http://www.h-invitational.jp/hinv/pcdq/ | ||||
| 運用機関名現在データベースを運用している機関名 | 産業技術総合研究所 バイオメディシナル情報研究センター (J-Globalへのリンク) | ||||
| 運用機関所在国・地域運用機関が所在する国及び地域名 | 日本 | ||||
| 説明データベースの説明 | 予測複合体を含めたヒト蛋白質複合体、それらの相互作用、さらにヒト蛋白質間相互作用情報のデータベースです。6つの既存の蛋白質間相互作用 （PPI）データベース (BIND、DIP、MINT、HPRD、IntActおよびGNP_Y2H)を整理統合し、それらのPPIネットワークの密な領域から蛋白質複合体を予測しました。さらに、それらを文献をもとに既知の複合体情報と照合し情報の付加や修正などの人手によるアノテーション (注釈づけ)を行いました。アノテーションの際には独自の蛋白質複合体の信頼性指標として品質管理指数 （complex quality index: CQI）を各複合体に付与しています。また複雑なネットワークを簡素に示す図を表示・編集できる機能PPI-Mapを提供しています。 | ||||
| 生物種データベースが扱う生物のTaxonomy NameとNCBI TaxonomyのID | Homo sapiens (9606) | ||||
| タグ （対象）データベースに収録された主要データの対象を表すタグ |
ゲノム/遺伝子
cDNA/EST
遺伝的多様性
エピジェネティクス
DNA
RNA
タンパク質
糖質
脂質
代謝物
化学物質
薬
細胞/オルガネラ
個体/種
健康/疾患
|
||||
| タグ (データの種類)データベースに収録された主要データの種類を表すタグ |
表現型
バイオリソース
手法
オントロジー/用語/命名法
環境
配列
3D構造
化学構造
発現
局在
地理的分布
相互作用/パスウェイ
生物分類
分類
画像/動画
書誌/ドキュメント
ポータル
リポジトリ
|
||||
| 論文等 (PubMed ID/DOI)当該データベースに関連した論文のPubMed ID/DOI |
|
||||
| 言語データベースの内容の記載に使用されている言語 | 英語 | ||||
| 稼動状況データベースの稼動状況 | 休止 | ||||
| 一括ダウンロードデータへのリンク一括ダウンロードデータへのリンク | http://www.h-invitational.jp/hinv/dataset/download.cgi | ||||
| 一括ダウンロードデータのデータ説明一括ダウンロードデータのデータ説明 | ― | ||||
| データベースの利用許諾へのリンク一括ダウンロードデータの利用条件 | ― | ||||
| データベースの使い方 | ― | ||||
| データベースの連絡先 | ― | ||||
| API / SPARQL endpoint | ― | ||||
| LSDBアーカイブへのリンクLSDBアーカイブへのリンク | https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/pcdq/desc.html | ||||
| MEDALSデータベース便覧へのリンクMEDALSデータベース便覧へのリンク | http://medals.jp/list/detail/186.html | ||||
| 統合TVへのリンク統合TVへのリンク | ― | ||||
| FAIRsharingへのリンクFAIRsharingへのリンク | ― | ||||
| 類似データベースこのデータベースに類似したデータベース | |||||
| レコード管理者レコード管理者 | Integbio Database Catalog | ||||
| レコードの由来レコードの由来 |
|
||||
| レコード公開日日本語レコードの公開日 | 2012-10-22 | ||||
| レコード最終更新日日本語レコードの最終更新日 | 2022-01-20 | ||||
| 本レコードの利用条件 | Creative Commons CC0 license |