サーバ更新のお知らせ
2025年3月19日にサーバ更新を実施しました。
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データベースのレコード一覧 (件数: 108)
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生物種
カテゴリ
稼動状況
地域
その他
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ センター
生物種:
All
説明:
BioSample は実験データを得るために使われた生物試料 (サンプル) についての情報を管理するデータベースです。データは DDBJ，EBI と NCBIのBioSample データベース間で共有...
運用機関:
Genome Aggregation Database Consortium
生物種:
Homo sapiens
説明:
大規模シーケンスプロジェクトから得られた、エクソーム、ゲノムシーケンスのデータベースです。さまざまな疾患特異的および集団遺伝学研究の一部として配列決定された個人からのエクソーム配列と全ゲノム配列を収録...
運用機関:
The Jackson Laboratory
生物種:
Homo sapiens
説明:
The Human Phenotype Ontology (HPO) はヒトの疾患に関連する形質の標準化された語彙を提供しています。医学論文、Orphanet、DECIPHER,やOMIMを基に開発さ...
運用機関:
EMBL-EBI
生物種:
説明:
ChEMBLは創薬を目的とした生理活性をもつ化合物や小分子のデータベースです。化合物、核酸などの小分子と、そのターゲットやアッセイ情報を紐付けて収載しています。化合物や小分子の名称、分子式、分子量、標...
運用機関:
公益財団法人 かずさDNA研究所
生物種:
Viridiplantae
説明:
さまざまな植物のゲノムやマーカー情報を集めたポータルサイトです。ゲノム配列、マーカー（SSR, CAPS, SCARなど）、Bio Sample、アノテーション（gff/gff3）、遺伝子（cds/g...
運用機関:
GlyCosmos Portal
生物種:
説明:
日本糖質学会による公式ポータルサイトです。 糖タンパク質や糖脂質、分子構造、パスウェイ、疾患に関連するリポジトリやデータベースの情報をリンクしています。 GlyTouCan（糖鎖構造レポジトリ）、Gl...
運用機関:
European Molecular Biology Laboratory (EMBL), National Center for Protein Sciences
生物種:
All
説明:
複数のレポジトリからのオミックスデータ（トランスクリプトミクス、ゲノミクス、プロテオミクス、メタボロミクス）を統合し、検索を可能にしたリソースです。ArrayExpress、PRIDE、MassIVE...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information (NCBI)
生物種:
All
説明:
米国国立衛生研究所（NIH：National Institutes of Health）が運営する、生物医学・生命科学雑誌に掲載された文献のデジタルアーカイブです。
運用機関:
Human Genome Organisation (HUGO), Transforming Genetic Medicine Initiative
生物種:
Homo sapiens
説明:
HGNCデータベースは、HGNC (HUGO Gene Nomenclature Comittee) が既知のヒトの遺伝子ごとに承認した全ての遺伝子名と短縮名（シンボル）を収録しています。HGNC承認...
運用機関:
BGEE administrators
生物種:
Anolis carolinensis | Bos taurus | Branchiostoma lanceolatum | Caenorhabditis elegans | Canis lupus | ...
説明:
複数のデータタイプ（bulk RNA-Seq、scRNA-Seq、Affymetrix、in situ ハイブリダイゼーション、および EST データ）から作成された複数の動物種の遺伝子発現パターンを...
運用機関:
大学共同利用機関法人情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS)
生物種:
Homo sapiens
説明:
TogoVar（日本人ゲノム多様性統合データベース）は、日本人ゲノム配列の個人による違い（バリアント）とそれに関係する疾患情報などを収集・整理したデータベースです。TogoVarは、研究プロジェクト横...
運用機関:
国立研究開発法人国立国際医療研究センター
生物種:
Homo sapiens
説明:
日本人の臨床データと遺伝子変異データとを結びつけて収集・公開するオープンアクセスのデータベースです。「がん」「希少・難治性疾患」「感染症」「認知症」「難聴」の疾患領域を対象としています 。各疾患カテゴ...
運用機関:
情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター
生物種:
Homo sapiens
説明:
希少疾患と症状のデータベースです。希少疾患に関連する症例報告を収集し、各症例報告に含まれる症状、遺伝子名、変異情報などを利用して、患者の症状や変異と関連例の高い症例報告を効率よく検索できるようにしてい...
運用機関:
FAIRsharing
生物種:
説明:
生命科学、環境科学、バイオメディカル分野を中心としたデータ共有のためのレジストリサイトです。2017年7月に前身であるbiosharing.orgからFAIRsharing.orgへ変更され、カバー範...
運用機関:
jPOSTプロジェクト
生物種:
All
説明:
本DBは、国内外に散在している種々のプロテオーム情報を標準化・統合・一元管理し、データベース化したもので、多彩な生物種の翻訳後修飾や絶対発現量等 の情報まで網羅したプロテオーム統合データベースです。リ...
運用機関:
九州大学 大学院医学研究院, 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Drosophila melanogaster | Caenorhabditis elegans | Saccharomyces cerevisiae
説明:
論文などで報告された ChIP-seq データの可視化と解析を行うサイトです。公開 NGS データレポジトリ (NCBI, EMBL-EBI, DDBJ) に登録されたほぼ全ての ChIP-seq デ...
運用機関:
東北大学東北メディカル・メガバンク機構
生物種:
Homo sapiens
説明:
宮城県および岩手県を中心とした東北大震災の被災地を含む地域に住む健常者を対象として健康調査を実施するとともに、協力者の生体試料、健康情報、医療情報等を収集したバイオバンクの情報サイトです。バイオバンク...
運用機関:
東北大学東北メディカル・メガバンク機構
生物種:
Homo sapiens
説明:
東北メディカル・メガバンクの行うコホート調査に参加した日本人500人分の血漿についての多層オミックスデータベースです。被験者の基本情報、血漿に含まれる代謝物やタンパク質の組成・分布情報を公開しています...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトゲノムの多様性と関連する疾患についての情報を収集し、自由に利用できるアーカイブとして提供しているデータベースです。多型の位置、遺伝子名、疾患との関わりなどを収録しています。遺伝子情報はNCBIのd...
運用機関:
Flybrain Database Consortium
生物種:
Drosophila melanogaster
説明:
ショウジョウバエ脳神経系の解剖学的画像データベースです。各種分子マーカーによる染色像と解説を提供しています。このアトラスの初心者から専門家まで、階層的に使い方に見合った情報が得られるようになっています...
運用機関:
情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター
生物種:
説明:
塩基配列を高速に検索するサイトです。数塩基のミスマッチ、挿入、欠失を許容した配列の検索が可能です。検索結果はHTMLのほか、タブ区切りテキスト、JSONなど様々なフォーマットで取得できます。
運用機関:
大学共同利用機関法人情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS)
生物種:
Homo sapiens
説明:
本サイトはヒトに関する様々なデータを共有するためのプラットフォームです。次世代シークエンサーをはじめとした解析技術の発達に伴い産生されつつある膨大な量のヒト関連データを整理・格納し、個人情報の保護に配...
運用機関:
情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター
生物種:
説明:
生命科学において注目される分野/学問領域について、第一線の研究者の執筆による日本語レビューを公開するサービスです。
2019年1月23日をもって新規レビューの追加は終了しましたが、公開済みのレビューは...
運用機関:
国立研究開発法人科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター
生物種:
Homo sapiens
説明:
数十万から数百万のSNPチップを用いて解析した健常者のアリル・遺伝子型頻度の情報とハーディーワインバーグ平衡検定値を登録し、GUIにより結果を閲覧できるようにしています。なお、データの利用に際しては共...
運用機関:
京都大学 化学研究所 附属バイオインフォマティクスセンター
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトゲノム、病原体ゲノム、腸内細菌メタゲノムをはじめとしたゲノムの情報と疾患との関連、および医薬品の作用・副作用との関連が知識ベース化され、ゲノム解読と有効利用を促進する統合リソースです。また日本と米...
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
生物種:
Bacteria | Archaea
説明:
マイクロバイオームの統合データベースです。微生物に関するメタゲノムプロジェクトとメタゲノムを再構成したゲノム（metagenome assembled genome：MAG）データを DNA Data...
運用機関:
国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所
生物種:
説明:
創薬支援のための統合データウェアハウスです。
16 個の公共データベースからのデータを統合し、タンパク質立体構造や医薬品関係データ、タンパク質相互作用や転写因子制御データなどの統合的検索を可能にしまし...
運用機関:
情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター
生物種:
説明:
キーワードから遺伝子を簡単に検索できるGoogleライクな検索エンジンです。塩基配列やアミノ酸配列情報を入力し高速に検索することも可能です。
運用機関:
情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター
生物種:
説明:
SRA, ENA, DRAに登録された次世代シークエンサからの出力データを対象とした目次を提供しています。具体的にはデータ生産の目的、プラットフォームの種類、生物種別に登録情報を閲覧、検索することがで...
運用機関:
情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター
生物種:
説明:
遺伝子について関連する疾患、薬剤、臓器、生命現象などの特徴をキーワード (MeSH用語)で関連性の度合いとともに示したデータベースです。興味のある疾患名称やOMIM IDから関連する遺伝子の情報を調べ...
運用機関:
情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus
説明:
ヒトやマウスなどを対象に、異なる手法 (EST、Gene Chip、CAGE、RNA-seq)により取得された臓器/組織別の遺伝子発現データを並列に表示し、遺伝子発現解析を行う上で標準となるリファレン...
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ センター
生物種:
All
説明:
DRAは次世代シークエンサからの出力データの登録及び登録されたデータの検索のためのデータベースです。NCBIのSRA、EBIのERAとの国際協力のもとDDBJにより運営されています。従来のキャピラリ型...
運用機関:
情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター
生物種:
説明:
論文中に記述される、オンライン上に公開されいてる生命科学系データベースやソフトウェアなどを検索するシステムです。MeSH用語や著者名での検索も可能です。
運用機関:
国立研究開発法人科学技術振興機構 NBDC事業推進部
生物種:
説明:
蛋白質関連データベース統合検索システムです。キーワード検索によりまずメニューに蛋白質のファミリー名のリストが表示されます。メニューから目的の蛋白質またはファミリーを選ぶとその蛋白質 (ファミリー)のデ...
運用機関:
国立研究開発法人科学技術振興機構 NBDC事業推進部
生物種:
説明:
国内外に散在する生命科学分野のデータベースを、特許や文献情報とあわせて一括して検索できるサービスです。キーワードによる検索や、生物種リスト、更新時期による絞り込み、対象とするデータベースの選択が可能で...
運用機関:
奈良先端科学技術大学院大学
生物種:
Embryophyta | Homo sapiens | Arabidopsis | Bacillus
説明:
二次代謝産物データベースKNApSAcKをコアシステムとした統合型データベースです。遺伝子アノテーションではArabidopsis、Bacillus、Humanが公開されています。タンパク質の金属イオ...
運用機関:
国立研究開発法人科学技術振興機構 NBDC事業推進部
生物種:
説明:
生命科学系データベースの情報 （URL・稼働状況・提供機関・生物種・データ種）を対象や生物種などの項目別に閲覧検索できるカタログ型のデータベースです。2013年7月29日をもってバイオサイエンスデータ...
運用機関:
University of Alberta
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒト体内における低分子代謝物の詳細情報を収集したデータベースです。メタボロミクスや臨床化学、バイオマーカー探索、教育分野で活用されることを目的に構築しており、化学データ、臨床データ、分子生物学/化学デ...
運用機関:
Uppsala University
生物種:
Homo sapiens
説明:
様々な種類のヒトの器官、組織、細胞におけるタンパク質の発現および局在に関するデータベースです。蛍光抗体イメージング、質量分析に基づくプロテオミクス、網羅的な遺伝子発現解析によるトランスクリプトミクスお...
運用機関:
首都大学東京
生物種:
Adiantum capillus-veneris
説明:
ホウライシダ(Adiantum capillus-veneris)のEST配列データ約3万件に2次情報を追加したデータベースです。これまで、様々な植物ゲノム解析が進められていますが、陸上植物(種子、シ...
運用機関:
情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター
生物種:
Homo sapiens
説明:
解剖学用語が示す人体の部品（臓器、器官）の位置と形状を３次元人体モデルで記述したデータベースです。人体３次元モデルが無償利用できるのが最大の特徴です。臓器の３次元的位置や形状を確認する電子アトラスとし...
運用機関:
情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター
生物種:
説明:
統合TVは、ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS)が発信するデータベース(DB)やツールの使い方を紹介した動画コンテンツです。
運用機関:
国立研究開発法人科学技術振興機構 NBDC事業推進部
生物種:
説明:
真正細菌から動植物を含む200種類以上の生物種のアイコン（イラスト）集です。ダウンロードしたアイコンを自由に改変・使用することができます。現在の収録数は220件です。
運用機関:
国立研究開発法人科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター
生物種:
説明:
ライフサイエンス分野のデータベースについての情報が収集、整理、分類されており、現在のところ約417件の記事が存在します。ディレクトリからは、データベースの構築法による分類と生物種および対象による分類で...
運用機関:
新潟大学 工学部情報工学科
生物種:
Bacteria | Archaea | Viruses
説明:
3種類のtRNA遺伝子予測プログラム（tRNAScan-SE、Aragorn、tRNAfinder）を用いて、塩基配列の解読された原核生物や真核生物のゲノムからtRNA遺伝子の網羅的検索を行い、その結...
運用機関:
Ohio State University
生物種:
Arabidopsis thaliana
説明:
シロイヌナズナについて、ゲノム、遺伝子、分子生物学的データなどを包括的に収集したデータベースです。注釈付けされたゲノム、遺伝子産物、代謝、遺伝子発現、マーカー、株リソース情報、文献情報を提供しています...
運用機関:
STRING開発チーム
生物種:
Bacteria | Archaea | Eukaryota | Viruses
説明:
タンパク質相互作用情報のデータベースです。相互作用は既知のものと推定のものがあり、直接的（物理的）および間接的（機能的）関係が含まれています。情報源は高スループット実験や共発現実験のレポジトリ、コンピ...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
All
説明:
次世代シーケンサーによる配列データのレポジトリサイトです。現在扱っているプラットフォームは454(ロシュ)、Genome Analyzer(イルミナ)、SOLiD(アプライドバイオシステムズ)、Hel...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
説明:
PubChem Substanceは、出版社、研究者、化学ベンダー、製薬会社、および多くの重要なケミカルバイオロジーリソースをもつ研究者によって提供された化学物質とその生物活性に関する情報のオープンア...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
説明:
化合物名や分子量、CompoundIDなどで化合物の情報を検索することができるサイトです。医薬品名やその効能、LogP値などの物性値も掲載されています。また、類似構造を持つ別の化合物の検索も可能です。...
本カタログの使い方
統合TVにて解説動画が公開されています (2017年10月04日 版）