レコード詳細
TogoVar: 日本人ゲノム多様性統合データベース
| IDNBDC共通のデータベースID。日本語と英語など、タイトルが複数存在する場合は括弧を使用して併記する。 | NBDC02359 | ||||
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| 名称データベースの名称 | TogoVar | ||||
| 別称データベースの別称 | 日本人ゲノム多様性統合データベース | ||||
| URLデータベースをWebで公開している場合、そのURL | https://togovar.org/ | ||||
| 運用機関名現在データベースを運用している機関名 | 大学共同利用機関法人情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) (J-Globalへのリンク) | ||||
| 運用機関所在国・地域運用機関が所在する国及び地域名 | 日本 | ||||
| 説明データベースの説明 | TogoVar（日本人ゲノム多様性統合データベース）は、日本人ゲノム配列の個人による違い（バリアント）とそれに関係する疾患情報などを収集・整理したデータベースです。TogoVarは、研究プロジェクト横断的に集約した日本人におけるバリアントの頻度情報を提供します。利用可能な２つのデータセットであるJGA-NGSとJGA-SNPはNBDCヒトデータベース/Japanese Genotype-phenotype Archive (JGA)に登録されている個人ごとのゲノムデータを集約して得られた頻度情報です。さらに、多種多様なデータベースに散在して収録されてきた遺伝子型や表現型に関連する情報を整理統合し、バリアントを解釈するための情報をワンストップでわかりやすく提供します。 | ||||
| 生物種データベースが扱う生物のTaxonomy NameとNCBI TaxonomyのID | Homo sapiens (9606) | ||||
| タグ （対象）データベースに収録された主要データの対象を表すタグ |
ゲノム/遺伝子
cDNA/EST
遺伝的多様性
エピジェネティクス
DNA
RNA
タンパク質
糖質
脂質
代謝物
化学物質
薬
細胞/オルガネラ
個体/種
健康/疾患
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| タグ (データの種類)データベースに収録された主要データの種類を表すタグ |
表現型
バイオリソース
手法
オントロジー/用語/命名法
環境
配列
3D構造
化学構造
発現
局在
地理的分布
相互作用/パスウェイ
生物分類
分類
画像/動画
書誌/ドキュメント
ポータル
リポジトリ
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| 論文等 (PubMed ID/DOI)当該データベースに関連した論文のPubMed ID/DOI |
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| 言語データベースの内容の記載に使用されている言語 | 英語 | ||||
| 稼動状況データベースの稼動状況 | 稼動中 | ||||
| 一括ダウンロードデータへのリンク一括ダウンロードデータへのリンク | https://togovar.org/doc/ja/downloads | ||||
| 一括ダウンロードデータのデータ説明一括ダウンロードデータのデータ説明 | https://grch38.togovar.org/downloads/release/current/grch38/frequency/tsv/README.txt, https://grch37.togovar.org/downloads/release/current/grch37/frequency/tsv/README.txt | ||||
| データベースの利用許諾へのリンク一括ダウンロードデータの利用条件 | https://togovar.org/doc/ja/terms | ||||
| データベースの使い方 | ― | ||||
| データベースの連絡先 | https://togovar.org/doc/ja/contact | ||||
| API / SPARQL endpoint | ― | ||||
| LSDBアーカイブへのリンクLSDBアーカイブへのリンク | ― | ||||
| MEDALSデータベース便覧へのリンクMEDALSデータベース便覧へのリンク | ― | ||||
| 統合TVへのリンク統合TVへのリンク | https://togotv.dbcls.jp/result.html?type=manual&page=1&query=TogoVar | ||||
| FAIRsharingへのリンクFAIRsharingへのリンク | https://fairsharing.org/biodbcore-001182/ | ||||
| 類似データベースこのデータベースに類似したデータベース | |||||
| レコード管理者レコード管理者 | Integbio Database Catalog | ||||
| レコードの由来レコードの由来 |
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| レコード公開日日本語レコードの公開日 | 2018-06-18 | ||||
| レコード最終更新日日本語レコードの最終更新日 | 2023-10-01 | ||||
| 本レコードの利用条件 | Creative Commons CC0 license |