レコード詳細
ChIP-Atlas
| IDNBDC共通のデータベースID。日本語と英語など、タイトルが複数存在する場合は括弧を使用して併記する。 | NBDC01558 | ||||
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| 名称データベースの名称 | ChIP-Atlas | ||||
| 別称データベースの別称 | ― | ||||
| URLデータベースをWebで公開している場合、そのURL | https://chip-atlas.org/ | ||||
| 運用機関名現在データベースを運用している機関名 | 九州大学 大学院医学研究院 (J-Globalへのリンク), 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター (J-Globalへのリンク) | ||||
| 運用機関所在国・地域運用機関が所在する国及び地域名 | 日本 | ||||
| 説明データベースの説明 | 論文などで報告された ChIP-seq データの可視化と解析を行うサイトです。公開 NGS データレポジトリ (NCBI, EMBL-EBI, DDBJ) に登録されたほぼ全ての ChIP-seq データをデータソースとしています。 ChIP-Atlasは以下の4つのサービスで構成されています。 1) Peak Browser ChIP-seq データをゲノムブラウザー上に表示し、何がどこに結合しているかを一目で分かるようにしています。 2) Target Genes 転写因子からターゲット遺伝子を予測します。 3) Colocalization 転写因子から共局在する相手のタンパク質を予測します。 4) Enrichment Analysis 既存データを使ってユーザデータの解析を行います。似たようなChIP-seq データの探索、指定したモチーフに結合するタンパク質の探索、指定した遺伝子に結合するタンパク質の探索などができます。 | ||||
| 生物種データベースが扱う生物のTaxonomy NameとNCBI TaxonomyのID | Homo sapiens (9606), Mus musculus (10090), Drosophila melanogaster (7227), Caenorhabditis elegans (6239), Saccharomyces cerevisiae (4932) | ||||
| タグ （対象）データベースに収録された主要データの対象を表すタグ |
ゲノム/遺伝子
cDNA/EST
遺伝的多様性
エピジェネティクス
DNA
RNA
タンパク質
糖質
脂質
代謝物
化学物質
薬
細胞/オルガネラ
個体/種
健康/疾患
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| タグ (データの種類)データベースに収録された主要データの種類を表すタグ |
表現型
バイオリソース
手法
オントロジー/用語/命名法
環境
配列
3D構造
化学構造
発現
局在
地理的分布
相互作用/パスウェイ
生物分類
分類
画像/動画
書誌/ドキュメント
ポータル
リポジトリ
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| 論文等 (PubMed ID/DOI)当該データベースに関連した論文のPubMed ID/DOI |
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| 言語データベースの内容の記載に使用されている言語 | 英語 | ||||
| 稼動状況データベースの稼動状況 | 稼動中 | ||||
| 一括ダウンロードデータへのリンク一括ダウンロードデータへのリンク | http://chip-atlas.org/peak_browser, http://chip-atlas.org/target_genes, http://chip-atlas.org/colo | ||||
| 一括ダウンロードデータのデータ説明一括ダウンロードデータのデータ説明 | https://github.com/inutano/chip-atlas/wiki | ||||
| データベースの利用許諾へのリンク一括ダウンロードデータの利用条件 | ― | ||||
| データベースの使い方 | ― | ||||
| データベースの連絡先 | ― | ||||
| API / SPARQL endpoint | ― | ||||
| LSDBアーカイブへのリンクLSDBアーカイブへのリンク | https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/chip-atlas/desc.html | ||||
| MEDALSデータベース便覧へのリンクMEDALSデータベース便覧へのリンク | ― | ||||
| 統合TVへのリンク統合TVへのリンク | https://togotv.dbcls.jp/result.html?type=manual&page=1&query=ChIP-Atlas | ||||
| FAIRsharingへのリンクFAIRsharingへのリンク | ― | ||||
| 類似データベースこのデータベースに類似したデータベース | |||||
| レコード管理者レコード管理者 | Integbio Database Catalog | ||||
| レコードの由来レコードの由来 |
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| レコード公開日日本語レコードの公開日 | 2016-01-19 | ||||
| レコード最終更新日日本語レコードの最終更新日 | 2024-05-16 | ||||
| 本レコードの利用条件 | Creative Commons CC0 license |