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データベースのレコード一覧 (件数: 2572)
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生物種
カテゴリ
稼動状況
地域
その他
運用機関:
東京工業大学 大学院生命理工学研究科
生物種:
Vibrio parahaemolyticus
説明:
腸炎ビブリオ菌の全ゲノム配列およびアノテーションを掲載したデータベースです。ゲノムビューワやrRNAおよびtRNAの表、ORF検索、遺伝子検索、ブラスト検索などが利用できます。データ全体の一括ダウンロ...
運用機関:
東京大学 大学院新領域創成科学研究科
生物種:
Oryzias latipes
説明:
UTGB (University of Tokyo Genome Browser) を利用したメダカに関するゲノムブラウザです。予測遺伝子、EST、GC含有量、繰り返しと比較ゲノミクスなど基本的な情報...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
説明:
遺伝子型決定や遺伝子発現解析、SNP解析、ゲノムマッピング、遺伝子サイレンシングなどの研究に用いられる核酸プローブ情報を登録するデータベースです。各プローブにつき、配列、文献、実験方法が掲載されていま...
運用機関:
UniProt Consortium
生物種:
All
説明:
アミノ酸配列とその機能情報を掲載している代表的なデータベースです。「UniProtKB」、「UniRef」、「UniParc」の3種類のデータベースから構成されています。
UniProtKB: 文献情...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
All
説明:
転写産物の非冗長配列セット（クラスター）を自動的に生成し、収録しています。各クラスターは別々の遺伝子、あるいは発現偽遺伝子を表し、クラスタごとに相同タンパク、遺伝子発現、ゲノム位置、mRNA配列、ES...
運用機関:
University of California, Santa Cruz
生物種:
Mammalia | Vertebrata | Deuterostomia | Hexapoda | Nematoda | ...
説明:
ゲノム解読がなされている真核生物を対象として自動アノテーションを行い、その結果をゲノムブラウザ/データベースとして公開しているプロジェクトです。ゲノム上にマッピングされた様々な分子情報や実験データを閲...
運用機関:
九州工業大学
生物種:
説明:
遺伝子発現は転写だけでなく、翻訳のレベルでも制御されています。そこで、mRNAの翻訳レベルでのシグナル配列と機能活性データを集めたデータベースを構築しました。現在、18種類のウィルス、10種類の植物、...
運用機関:
独立行政法人産業技術総合研究所
生物種:
Aeropyrum pernix | Archaeoglobus fulgidus | Methanobacterium thermoautotrophicum | Methanococcus jannaschii | Pyrococcus abyssi | ...
説明:
古細菌7種の間で、代謝経路（解糖系、TCA回路、電子伝達系、アミノ酸生合成、核酸生合成）を比較したデータベースです。種による差分のハイライト表示が可能です。
運用機関:
特定国立研究開発法人理化学研究所
生物種:
Arabidopsis thaliana
説明:
理研ゲノム科学総合研究センター植物ゲノム機能情報研究グループ植物変異開発研究チームより寄託を受けたトランスポゾンタグライン（第１および第５染色体上に存在するDs因子の転移により挿入変異が生じたライン）...
運用機関:
Tel Aviv University
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Gallus gallus | Danio rerio | Drosophila melanogaster | ...
説明:
7生物種のタンパク質コード領域に存在する可動性遺伝因子Transposed Elements (TEs) のデータベースです。TEsの種類やファミリー、ホスト遺伝子に関する情報が収録されています。
運用機関:
奈良先端科学技術大学院大学
生物種:
Escherichia coli
説明:
大腸菌2成分制御系の欠失変異株における遺伝子発現プロファイルのマイクロアレイ解析データを公開しています。2成分制御系により影響を受ける遺伝子情報や細胞機能の解析が可能です。
※2012年9月時点で画面...
運用機関:
東京大学 大学院薬学系研究科
生物種:
Homo sapiens | Rattus | Mus | Cercopithecidaes
説明:
薬物体内動態を規定する重要な役割を果たしていることが想定される薬物トランスポーターに関する情報を収集したデータベースです。情報は文献から抽出されたものです。
このデータベースは以下の4つのサイトで構成...
運用機関:
特定国立研究開発法人理化学研究所
生物種:
Nicotiana tabacum
説明:
理研植物科学研究センター(PSC)より寄託を受けたタバコBY-2培養細胞ESTクローンのキーワード検索ができます。キーワードには、リソース番号（BRC）、BY-2 EST clone name、DDB...
運用機関:
地方国立研究開発法人東京都健康長寿医療センター
生物種:
Homo sapiens
説明:
老化の指標となるタンパク質についての二次元電気泳動実験結果を掲載したデータベースです。
運用機関:
京都大学 大学院医学研究科 附属動物実験施設
生物種:
Rattus norvegicus
説明:
ラットの系統、特性、研究対象分野の検索、分与申し込みのサービスを提供しているサイトです。ラット資源の保存情報、世代数、特性や繁殖方法、参考文献などの情報が提供されています。
運用機関:
奈良先端科学技術大学院大学 バイオサイエンス研究科
生物種:
Mus musculus
説明:
マウスES細胞に対して新規の遺伝子トラップ法(UPATrap)を用い、ランダムな遺伝子破壊変異株を作成しました。トラップされた遺伝子の配列と、さらにはその配列に基づいて作成したDNAマイクロアレイを用...
運用機関:
University of Reading
生物種:
説明:
Species 2000は、生物多様性研究の基本となるデータセットとして、現在知られている地球上の生物（動物、植物、菌類、微生物）の種を全て列挙し、地球生物種カタログの作成を目指しているプロジェクトで...
運用機関:
九州大学 大学院生物資源環境科学府
生物種:
説明:
遺伝子発現や細胞増殖を制御する膨大なシグナル伝達パスウェイ情報を整理し、可視化したデータベースです。SPADでは、細胞内シグナルパスウエイの引き金となる細胞外シグナル分子に基づき、成長因子、サイトカイ...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
Homo sapiens
説明:
1～数塩基の置換、挿入/欠失、反復等の多型情報からなるデータベースです。各SNPについて、集団間での多型頻度の違いを視覚的に比較することもできます。
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
生物種:
Homo sapiens | Pan troglodytes | Pan paniscus | Gorilla gorilla | Pongo pygmaeus | ...
説明:
チンパンジーおよびゴリラの塩基配列、ヒトと類人猿の塩基配列の比較結果、類人猿ゲノム計画(Silver)で決定した塩基配列を基にした比較結果を掲載している。
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生物遺伝資源情報総合センター
生物種:
Bombyx mori
説明:
カイコリソースの総合データベースです。系統、変異体遺伝子情報のほか、文献情報等が掲載されており、目的に応じて各種バイオリソースの提供を受けることができます。
運用機関:
東京大学
生物種:
Bombyx mori | Samia ricini | Bombyx mandarina
説明:
家蚕であるカイコ及び野蚕の一種であるエリサンはわが国独自のモデル生物であり、鱗翅目（絹糸昆虫および農業害虫の多くがここへ入る）の代表として世界の昆虫研究をリードする研究対象となっています。「SilkB...
運用機関:
Stanford University
生物種:
Saccharomyces cerevisiae
説明:
スタンフォード大学による出芽酵母の分子生物学データベースです。出芽酵母のゲノムや生物学に関する様々な情報が収録されており、キュレーターによって情報の更新や維持がなされています。SGDでは、Gene N...
運用機関:
国立研究開発法人森林研究・整備機構 森林総合研究所
生物種:
Cryptomeria japonica | Chamaecyparis obtusa
説明:
本データベースは、スギ（Cryptomeria japonica ）とヒノキ（Chamaecyparis obtusa ）の遺伝子の部分塩基配列（EST）、DNAマーカー、遺伝連鎖地図、遺伝的多様性な...
運用機関:
The Medical Research Council (MRC) Laboratory of Molecular Biology
生物種:
説明:
PBDに登録されたタンパク質を構造と進化に着目して分類したデータベースです。分類されたタンパク質は類縁関係による単純な階層構造ではなく、タイプ（形状）、構造、進化、その他の4つのカテゴリーに定義された...
運用機関:
東京大学 大学院新領域創成科学研究科
生物種:
Saccharomyces cerevisiae
説明:
出芽酵母遺伝子破壊株の形態（出芽の状態）の顕微鏡写真を収集し、形態の様々な特徴をパラメータ化しているデータベースです。細胞の大きさ、細長さ、芽の位置など細胞形態情報を定量的データとして取得する画像処理...
運用機関:
東京大学 先端科学技術研究センター
生物種:
Homo sapiens
説明:
SBM DBは包括的な遺伝子発現データベースです。 ヒトの正常組織や、様々な、組織や細胞、疾患状態や薬剤による遺伝子発現プロファイルを oligo-nuculeotide DNAマイクロアレイ「Gen...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 筑波研究所
生物種:
Arabidopsis thaliana
説明:
仙台シロイヌナズナ種子保存センター（SASSC）より寄託されたシロイヌナズナ野生株・近縁種等の種子に関わるデータベースです。各エントリーには葉の表現系や開花情報、写真が掲載されています。
運用機関:
宮崎大学 フロンティア科学実験総合センター
生物種:
Eukaryota | Archaea | Bacteria
説明:
24種の真核生物、4種の古細菌、4種の真正細菌のリボソームタンパク質遺伝子を収集したデータベースです。ヒト、マウス、フグ、ショウジョウバエ、線虫については、ミトコンドリアリボソームタンパク質遺伝子も収...
運用機関:
国立研究開発法人農業生物資源研究所
生物種:
Oryza sativa
説明:
イネのマイクロアレイプロジェクト(1999年開始)に関する総合的な情報が掲載されています。一般的なマイクロアレイの技術背景からプロジェクトで使用したアレイ解析のプロトコルや研究データ等の情報を参照でき...
運用機関:
国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構
生物種:
Oryza sativa
説明:
イネのミトコンドリアゲノム情報が掲載されています。 ミトコンドリアゲノムの配列や物理地図等の情報を参照できます。
国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構によるオリジナルサイト（http: /...
運用機関:
特定国立研究開発法人理化学研究所
生物種:
Arabidopsis thaliana
説明:
理研ゲノム科学総合研究センター(GSC)より寄託を受けたシロイヌナズナ完全長cDNAクローン(RAFL clone)のキーワード検索ができます。キーワードには、リソース番号、NCBI Accessio...
運用機関:
国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構
生物種:
Oryza sativa
説明:
イネの各種組織や細胞内小器官を対象に2次元ゲル電気泳動を行い、そのスポットを収集したデータベースです。プロテオーム解析に関する様々な手法のプロトコルも掲載されています。
国立研究開発法人 農業・食品産...
運用機関:
国立研究開発法人農業生物資源研究所
生物種:
Oryza sativa
説明:
複数のイネ関連データベースを統合し、各データベースの情報を検索できるようにしたシステムです。 お手持ちの配列による各データベースの配列検索 (BLAST)やIDによる検索ができ、グラフィカルな検索結果...
運用機関:
公益財団法人 かずさDNA研究所
生物種:
Rhizobiales | Frankia | Azoarcus | Rhodospirillales | Cupriavidus
説明:
財団法人かずさDNA研究所で全ゲノム配列決定したミヤコグサ根粒菌Mesorhizobium loti MAFF303099を含む、19種の根粒菌の全ゲノム配列情報を収録しています。種毎に、ゲノム配列、...
運用機関:
Medical College of Wisconsin/Bioinformatics Research Center
生物種:
Rattus norvegicus
説明:
ラットゲノム研究の総合サイトです。ラット遺伝子に関する情報の他に、ラットの系統に関する情報、病態モデルラットに関するデータ、文献情報等を提供しています。
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
Eukaryota | Bacteria | Archaea | Avsunviroidae | Pospiviroidae | ...
説明:
異なる生物種由来の冗長性を排除したDNA, RNA, タンパク配列を収録したデータベースです。プラスミド、オルガネラ、ウイルス、古細菌、真正細菌、真核生物のアノテーション付けされた配列が含まれています...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所
生物種:
Mus musculus
説明:
理研マウスcDNAマイクロアレイで取得した遺伝子発現データのデータベースです。実験情報とデータが登録されており、Web画面上でデータの抽出やグラフィカル表示機能を提供しています。
2013年に全てのR...
運用機関:
Reactome Team
生物種:
Homo sapiens | Arabidopsis thaliana | Bos taurus | Caenorhabditis elegans | Canis lupus familiaris | ...
説明:
ヒトの生体内の主要反応経路や生化学反応を整備したデータベースです。ヒト以外の20生物種のデータも格納しており、ヒトとの比較ができます。ここに収録されている情報は、それぞれの分野の専門家が編集しているた...
運用機関:
Michigan State University
生物種:
Archaea | Bacteria
説明:
細菌及び古細菌のrRNA配列を収めたデータベースです。rRNA配列のアラインメントの他に、類似配列検索ツール及びrRNA配列から生物種分類を行う解析ツール等を提供しています。
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 横浜研究所
生物種:
Arabidopsis thaliana
説明:
シロイヌナズナの完全長cDNAと変異株に関するサイトです。cDNAの遺伝子名、配列、関連する変異株の情報や、変異株のフェノタイプ、変異位置、3'末端配列の情報が収録されています。キーワード検索の他、フ...
運用機関:
国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構
生物種:
Oryza sativa
説明:
イネアノテーションプロジェクト（RAP）によるイネゲノムの高精度注釈（アノテーション）情報を収録したデータベースです。論文からのマニュアルキュレーションによりアノテーション情報を追加しています。ゲノム...
運用機関:
国立研究開発法人 農業・食品産業技術総合研究機構
生物種:
Oryza sativa
説明:
イネゲノム研究プログラム(RGP)で蓄積されたイネゲノム(1,3,4&10番染色体)のアノテーション情報及び包括的なゲノム解析情報を提供しています。ゲノム上の予測遺伝子や完全長cDNAのアノテーション...
運用機関:
富山大学 和漢医薬学総合研究所
生物種:
説明:
民族薬物データベースには、民族薬物資料館に保管されている生薬の標本情報及び学術情報が収録されています。その内、和漢薬4,800点（英語3,500点）、ユナニー生薬177点、タイ生薬668点、アーユルヴ...
運用機関:
国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所
生物種:
Macaca fascicularis
説明:
カニクイザル (Macaca fascicularis) の脳、精巣、肝臓、骨髄、脾臓、膵臓、腎臓、心臓、胸腺由来のオリゴキャッピングcDNAライブラリーの情報を提供しています。約120,000の5'...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
説明:
MEDLINEおよび生命科学分野のジャーナル文献の書誌情報（タイトル、著者名、雑誌名、抄録など）を収録したデータベースです。全文をフリーで公開している文献については、提供サイトへのリンクが張られていま...
運用機関:
九州工業大学
生物種:
説明:
正常蛋白質及び実験的に作成した変異蛋白質の熱力学データ（ギブスの自由エネルギー変化、エンタルピー変化、変性温度、水中での変性温度等）を文献から抽出し、収録したデータベースです。蛋白質の立体構造や安定性...
運用機関:
九州工業大学
生物種:
説明:
実験的に決定されたタンパク質-核酸間の熱力学的相互作用データを収録したデータベースです。タンパク質情報、核酸情報、文献情報、実験条件、熱力学的パラメータ（結合定数、自由エネルギー変化、エンタルピー変化...
運用機関:
大阪大学 蛋白質研究所
生物種:
説明:
基準振動解析によって得られたタンパク質立体構造の動的構造に関するデータを集めたデータベースです。タンパク質分子が基準振動モードでゆらぐ様子を、無料のプラグインChimeを使うことによって、アニメーショ...
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