データベースのレコード一覧 (件数: 2594)
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生物種
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その他
運用機関:
慶應義塾大学
生物種:
Ciona intestinalis
説明:
カタユウレイボヤの孵化後の細胞の時空間的形態変化を明らかにし、網羅的発生ステージ表を作製することを目的に、後期の各発生ステージ（受精後17.5時間幼生～受精後7日幼若体）に対応する形態の3次元画像およ...
運用機関:
大阪大学 蛋白質研究所
生物種:
説明:
アミノ酸配列をクエリとし、Blast検索、マルチプルアライメント、と順次ET法の各過程を実行し、最終的に予測した保存部位を立体構造上に表示します。
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus | Pan troglodytes | Macaca mulatta | ...
説明:
H-InvDBで定義されたヒト遺伝子の分子進化データベースとして、ヒト代表配列（1配列/遺伝子座）と14種の脊椎動物とのオーソログ情報を提供しています。ヒトと各生物種間でスプライシングバリアントを比較...
運用機関:
Institut national de la recherche agronomique
生物種:
説明:
α/β‐ヒドロラーゼ折畳みスーパーファミリーのデータベースです。タンパク質のα/β‐ヒドロラーゼ折畳みは、α/β/αサンドイッチ構造を形成する5～8本鎖のβシートコアによって特徴づけられます。共通の祖...
運用終了
EST (A collection of short single-read transcript sequences from GenBank)
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
All
説明:
GenBankに登録されている、転写産物の一部の短い配列（EST）を収集したデータベースです。各エントリーにつき、EST名、クローン情報、プライマー情報、配列、ライブラリー情報、文献情報が表示されます...
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
生物種:
Escherichia coli
説明:
再構築型の試験管内タンパク質合成系を用いて、大腸菌の全てのタンパク質を発現させた際の凝集の度合い(可溶率)と合成量を収録したデータベースです。遺伝子名またはクローンID(JW ID)から各タンパク質の...
運用機関:
University of Pennsylvania
生物種:
Vertebrata
説明:
脊椎動物の赤血球細胞（赤血球産生）関連遺伝子を収集したデータベースです。各エントリーにはDNA配列、構造、タンパク情報、遺伝子発現情報、転写因子結合サイトが含まれています。
※現在、検索時にInter...
運用機関:
Swiss Institute of Bioinformatics
生物種:
Eukaryota
説明:
転写開始点が決定されている真核生物のポリメラーゼIIプロモーターについての注釈付きデータベースです。各エントリーの注釈には、転写開始部位のマッピング実験に関する記述、外部データベースへのリンク、文献情...
運用機関:
Ensembl Project
生物種:
Dictyostelium discoideum | Plasmodium falciparum | Phytophthora infestans | Amoebozoa | Alveolata | ...
説明:
ゲノム解読された原生生物を対象として自動アノテーションを行い、その結果をゲノムビューワやデータベースとして公開しているプロジェクトです。EMBL-EBIとSanger Centreが共同で進めています...
運用機関:
Ensembl Project
生物種:
Embryophyta
説明:
ゲノム解読された植物を対象として自動アノテーションを行い、その結果をゲノムビューワやデータベースとして公開しているプロジェクトです。EMBL-EBIとSanger Centreが共同で進めています。
運用機関:
Ensembl Project
生物種:
Diptera | Nematoda | Chelicerata | Hemiptera | Phthiraptera
説明:
ゲノム解読された無脊椎動物を対象として自動アノテーションを行い、その結果をゲノムビューワやデータベースとして公開しているプロジェクトです。EMBL-EBIとSanger Centreが共同で進めていま...
運用機関:
Ensembl Project
生物種:
Fungi
説明:
ゲノム解読された菌類を対象として自動アノテーションを行い、その結果をゲノムビューワやデータベースとして公開しているプロジェクトです。EMBL-EBIとSanger Centreが共同で進めています。
運用機関:
Ensembl Project
生物種:
Eukaryota | Bacteria | Archaea | Viruses
説明:
ゲノム解読された真正細菌、古細菌を対象として自動アノテーションを行い、その結果をゲノムビューワやデータベースとして公開しているプロジェクトです。EMBL-EBIとSanger Centreが共同で進め...
運用機関:
European Bioinformatics Institute
生物種:
All
説明:
次世代シーケンサーによる配列データのレポジトリサイトです。サンプル、実験情報、機器情報、データとしては配列トレース、配列、クオリティ値を含み、アセンブル、マッピング、機能アノテーションも提供しています...
運用機関:
Universite Claude Bernard Lyon 1
生物種:
Bacteria | Archaea | Ascomycota
説明:
原核生物（真正細菌、古細菌）と酵母の完全ゲノム配列を提供しています。GenBankやEMBL、RefSeqなどのデータベース名を選択し、キーワードや配列名、アクセッション番号で検索します。
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
Homo sapiens | Macaca mulatta | Mus musculus | Pan troglodytes | Canis lupus familiaris | ...
説明:
脊椎動物ゲノム間の進化的保存領域、RefSeqとUCSC既知遺伝子のプロモーター領域、ゲノム間のシンテニー、プロモーター領域および進化的保存領域の転写因子結合サイトについて、ダウンロード形式でファイル...
運用機関:
Ewha Womans University
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus | Canis lupus familiaris | Gallus gallus | ...
説明:
選択的スプライシングを考慮した遺伝子推定プログラムECgeneをゲノムに適用してアノテーションしたデータベースです。生物種はヒト、マウス、ラットを対象としています。遺伝子を示すビューワーと詳細情報とし...
運用機関:
European Bioinformatics Institute
生物種:
All
説明:
EBI（欧州バイオインフォマティクス研究所）は、ケンブリッジ郊外のウェルカムトラスト・ゲノムキャンパス内に設置されているバイオインフォマティクスの学術的研究機関です。EMBL（欧州分子生物学研究所）の...
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ センター
生物種:
Homo sapiens | Oryzias latipes | Bacteria
説明:
大規模配列決定プロジェクトからのシングルパスリードの DNAクロマトグラム、決定した配列、クオリティ値のアーカイブです。 DTA は International Nucleotide Sequence...
運用機関:
University of Munster
生物種:
Posidonia oceanica | Zostera marina
説明:
2種類の海藻（地中海ポシドニア、アマモ）のEST配列を提供しているデータベースです。地中海ポシドニア9,412配列(3,387遺伝子）、およびアマモ5,185配列（1,219遺伝子）が収録されています...
運用機関:
Harvard University
生物種:
Escherichia coli
説明:
大腸菌ゲノムのタンパク質結合サイトを収集したデータベースです。大腸菌の55種類のDNA結合タンパク質と結合サイトを基に認識マトリクスを構築し、それを用いて予測したサイトも登録されています。
※各遺伝子...
運用機関:
独立行政法人製品評価技術基盤機構
生物種:
Homo sapiens
説明:
独立行政法人 製品評価技術基盤機構バイオテクノロジーセンター：NBRC (NITE Biological Resource Center)で分譲しているヒト完全長cDNAクローンを検索できます。クロー...
運用機関:
Fritz Lipmann Institute - Leibniz Institute for Age Research
生物種:
説明:
DNAやRNAのジヌクレオチド配列の熱力学的特性や立体配座特性を収集したデータベースです。Twist, Bend, Roll(DNA-protein complex), Slide (DNA-prot...
運用機関:
Northwestern University
生物種:
Dictyostelium discoideum | Dictyostelium purpureum
説明:
細胞性粘菌研究の総合サイトです。ゲノムや遺伝子情報、学会情報、実験プロトコル、解析ツール等の提供と、株の配布を行っています。
運用機関:
筑波大学大学院 生命環境科学研究科
生物種:
Dictyostelium discoideum
説明:
社会性アメーバとして知られる細胞性粘菌Dictyostelium discoideumのEST解析によって得られた配列一次情報に、さまざまな二次情報を追加して公開している遺伝子情報データベースです。本...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
All
説明:
Sequence Tagged Site(STS)を収録したデータベースです。STSはゲノムの位置を特定できる短い（約200-500bp）配列です。ゲノムの物理地図を作成する際の目印になります。dbS...
運用機関:
国立研究開発法人理化学研究所 神戸研究所
生物種:
Mus musculus
説明:
DBSBはゲノムワイドな情報を利用した複雑な生命現象を解析するためのプラットフォームを提供します。サーカディアンリズムとホメオスタシス、細胞周期と細胞分裂、組織特性と区別、光応答とシグナル伝達などが重...
運用機関:
Shanghai Center for Bioinformation Technology
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus | Gallus gallus | Fugu rubripes
説明:
ヒト、マウス、ラット、ニワトリ、トラフグのhead-to-head (h2h)遺伝子を収集したデータベースです。ヒト、マウス、ラット、ニワトリ、トラフグにおいて、h2h遺伝子のペアは転写開始点が1kb...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
Homo sapiens
説明:
ゲノムワイド関連解析(GWAS)、メディカルシーケンシング、分子診断アッセイを含む、遺伝子型と表現型の関連研究のアーカイブです。登録されているデータセットは、公開データとコントロールデータに分けられて...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
All
説明:
各生物種のEST情報が得られる世界最大規模のESTレポジトリです。データの登録も可能です。
運用終了
dbCFC: Cytokine Family Database
運用機関:
熊本大学 大学院医学教育部
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
NCBI GenBankに登録されているヒトサイトカインのEST配列を収集したデータベースです。EST配列は、サイトカインファミリーごと、遺伝子ごとに整理されており、遺伝子、cDNA、タンパク質に関す...
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
説明:
実験的または配列解析（ホモロジー検索とマルチプルアライメント）によって同定されたアミノ酸配列モチーフのタンパク質立体構造における位置を収録しています。アミノ酸配列モチーフデータベースとしてPROSIT...
運用終了
Database of genomes and transcriptional regulations for filamentous fungi
運用機関:
独立行政法人産業技術総合研究所
生物種:
Aspergillus oryzae
説明:
糸状菌の一種である麹菌(Aspergillus oryzae)について、塩基配列および発現制御などの研究に役立つ情報を集めたサイトです。
Aspergillus oryzae EST データベース：麹...
運用機関:
Oxford University Press
生物種:
説明:
Oxford University Pressから出版されているオープンアクセスの学術誌です。生物系のデータベース研究やキュレーションに関する新しい知見を提供することによって、データベース開発者とキュ...
運用機関:
自然科学研究機構 基礎生物学研究所
生物種:
Daphnia pulex
説明:
オオミジンコ（D. magna）のNIESクローンについてcDNAライブラリを作成し、EST解析を実施した結果が公開されています。クローン配列あるいはコンティグ配列、およびそれらに対するホモロジー検索...
運用機関:
The Hospital for Sick Children (SickKids)
生物種:
Homo sapiens
説明:
嚢胞性線維症(CF;Cystic Fibrosis)の病因はCFTR（CF transmembrane conductance regulator、嚢胞性線維症膜コンダクタンス制御因子）遺伝子の変異に...
運用機関:
東京大学
生物種:
Bacteria | Cyanobacteria | Paulinella chromatophora
説明:
原核、真核両ドメインにまたがる広汎なタンパク質についての高品質な自動クラスタリングを行うソフトウェア「GCLUST」を用いて、10種のバクテリアと38種のシアノバクテリア、59種の葉緑体、1種類の有殻...
運用機関:
東京大学 医科学研究所
生物種:
説明:
CSMLは、細胞内の遺伝子制御ネットワーク、代謝ネットワーク、シグナル伝達系、細胞間の制御関係などを、システムダイナミクスを含めて記述するためのXMLフォーマットです。他の生体内パスウェイ記述 XML...
運用機関:
公益財団法人 かずさDNA研究所
生物種:
Mus musculus
説明:
かずさマウスcDNAプロジェクトで得られたmKIAAクローンをベースにマイクロアレイを作成し、それを用いて計測した遺伝子発現が掲載されています。ectopic expressionはhybridiza...
運用機関:
調査中
生物種:
説明:
サイトカインと細胞に関するオンライン辞典で、全てテキストで記載されています。アルファベット別にキーワードが整理されており、情報量が多いのが特徴です。
※アカデミア、非営利組織のみフリーアクセスが可能で...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
説明:
分子進化的に保存されたタンパク質ドメインの配列アライメントとプロファイルを収録しています。Pfam、SMART、COG、PRK、TIGRFAMを情報源としています。
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
説明:
タンパク質立体構造と機能の関係を動的に扱った研究は、実験的には数多く存在しますが、一般的なドラッグデザインではいまだにタンパク質を静的に扱っています。タンパク質の動的情報を得るには、実験もしくは分子動...
運用機関:
European Bioinformatics Institute
生物種:
Archaea | Bacteria | Eukaryota | Avsunviroidae | Pospiviroidae | ...
説明:
完全ゲノム配列決定された生物のゲノム配列と、ゲノムにマッピングされたアノテーション情報を提供しています。
運用機関:
東京大学 医科学研究所
生物種:
Plasmodium falciparum | Plasmodium yoelii | Plasmodium vivax | Plasmodium berghei | Toxoplasma gondii | ...
説明:
7種類の寄生原虫（熱帯熱マラリア原虫、三日熱マラリア原虫、ネズミマラリア原虫2種、トキソプラズマ原虫、クリプトスポリジウム原虫、エキノコックス条虫）から全長cDNAライブラリを作成し、比較生物学的研究...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
Archaea | Bacteria | Proteobacteria
説明:
全ゲノムにコードされているタンパク質配列の全てのオーソログを定義しているデータベースです。オーソログクラスターに含まれる生物種とタンパク質名、系統樹を収録しています。各クラスターは、個々のタンパクやパ...
運用機関:
National Center for Biotechnology Information
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus
説明:
遺伝子クローンとライブラリの統合データベースです。クローン名とライブラリ情報、末端塩基配列情報、提供者の情報を提供しています。クローンの登録も行えます。前身のデータベースは「NCBI Clone Re...
運用機関:
調査中
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
ヒトとマウスの遺伝子発現データを収集・整備し、実験間で比較することができるデータベースです。キーワード検索が可能です。
運用機関:
筑波大学 下田臨海実験センター
生物種:
Ciona intestinalis
説明:
NBRPカタユウレイボヤでは、
1．カタユウレイボヤ野生型（クローズドコロニー）の飼育と提供（京都大学および東京大学）
2．カタユウレイボヤトランスジェニック系統・突然変異体の収集・保存と提供（筑波大...
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統合TVにて解説動画が公開されています (2017年10月04日 版）