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データベースのレコード一覧 (件数: 2572)
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生物種
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その他
運用機関:
生物種:
Caenorhabditis | Drosophila | Homo sapiens | Mus musculus
説明:
ENCODE は、ヒトゲノムの機能因子のパーツを包括的なリストにまとめることを目的としたデータベースです。タンパク質や RNA レベルで機能する因子、細胞や遺伝子が活性化する環境を統制する制御因子につ...
運用機関:
Institute of Clinical Physiology (IFC-CNR), Icahn School of Medicine at Mount Sinai, Institute of Informatics and Telematics (ITT), National Research Council, Ohio State University, University of Catania
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus
説明:
細胞外循環 RNA を取り扱ったデータベースです。主に、循環 miRNA およびその他のノンコーディング RNA に関する情報を含みます。本データベースは、PubMed に掲載された論文と Exoca...
運用機関:
Genomics England
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒト疾患に関連する仮想の遺伝子パネルの作成、保存、照会を可能にする、公開データベースです。100,000 Genomes Projectによりマッピングされた疾患関連の遺伝子について、疾患、遺伝様式、...
運用機関:
US Food and Drug Administration (FDA)
生物種:
Homo sapiens
説明:
UDI（Unique Device Identifiers） システムの一貫として、デバイス企業が FDA に提出した医療デバイス識別情報を収録するデータベースです。データベース内の情報を取得するため...
運用機関:
Bujnicki Lab, Laboratory of Bioinformatics and Protein Engineering, International Institute of Molecular and Cell Biology in Warsaw (IIMCB)
生物種:
Aquifex aeolicus | Arabidopsis thaliana | Archaeoglobus fulgidus | Bacillus subtilis | Chlorobium tepidum | ...
説明:
RNA修飾に関する包括的なデータベースです。修飾されたヌクレオシドの化学構造、RNA配列におけるそれらの局在、それらの生合成のパスウェイ、およびタンパク質補因子と共同でそれぞれの反応を起こす酵素につい...
運用機関:
Laboratory of Integrative Structural & Chemical Biology (iSCB)
生物種:
All
説明:
タンパク質 - タンパク質相互作用（PPI）のモジュール化に特化した、構造的データベースです。手作業でキュレーションされています。タンパク質 - タンパク質複合体およびタンパク質−モジュレーター複合体...
運用機関:
North Carolina State University
生物種:
Bos taurus | Caenorhabditis elegans | Canis lupus | Danio rerio | Eumetazoa | ...
説明:
ヒトの健康に対する環境化学物質の影響についてのデータベースです。化学物質と遺伝子、化学物質と疾患、および遺伝子と疾患の関係についてのデータを、学術的文献から手動でキュレーションし内部で統合して、化学−...
運用機関:
European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), HLA Informatics Group, Anthony Nolan Research Institute
生物種:
All
説明:
免疫系の遺伝子の多型性の研究のための統合データベースです。以下のデータベースで構成されています。
IMGT/HLA : ヒトMHC (HAL)の配列
KIR : ヒトKIR（Killer-cell I...
運用機関:
Plant Molecular Biology Institute (IBMP)
生物種:
Arabidopsis thaliana | Brachypodium distachyon | Chlamydomonas reinhardtii | Cyanophora paradoxa | Ectocarpus siliculosus | ...
説明:
完全にアノテーションを付された植物の核、プラスチドおよびミトコンドリアのゲノムから収集された tRNA 遺伝子配列を集約したデータベースです。各 tRNA 遺伝子について、線形二次構造ならびに生物学的...
運用機関:
Cambridge Systems Biology Centre, University of Cambridge, European Molecular Biology Laboratory (EMBL)
生物種:
All
説明:
メタボロミクスの実験や派生情報に関するデータベースです。異種間および異なる技法のデータが収載されており、代謝生成物の構造とそれらの参照スペクトル、生物学的役割、位置、濃度、ならびに代謝実験からの実験デ...
運用機関:
Division Signaling and Functional Genomics, German Cancer Research Center (DKFZ) and University of Heidelberg
生物種:
Drosophila melanogaster | Homo sapiens
説明:
文献で公開されたホモサピエンスおよびキイロショウジョウバエのRNAi表現型ならびにRNAi試薬に関する詳細情報のコレクションです。文献タイトル、解析方法、生物種、遺伝子ID、試薬IDなどのデータを収録...
運用機関:
Fiona Brinkman Laboratory, Simon Fraser University
生物種:
Archaea | Bacteria
説明:
配列が完全に決定された細菌ゲノムおよび古細菌ゲノムのオーソログに基づくオーソロジー予測を収録したデータベースです。以下の検索機能が含まれています。
（１）１つのリファレンスゲノムの有無を１つ以上の細菌...
運用機関:
Shanghai Jiao Tong University
生物種:
Bacteria
説明:
細菌におけるIV型分泌機構（T4SS）および同型のエフェクターのためのウェブベースのリソースです。染色体やプラスミドについて、系統、レプリコン、位置、機能、遺伝子のブラウザ情報が収録されています。レプ...
運用機関:
生物種:
Aedes aegypti | Anopheles gambiae | Arabidopsis thaliana | Bos taurus | Caenorhabditis elegans | ...
説明:
相互作用タンパク質内および相互作用タンパク質間のタンパク質翻訳後修飾（PTM）の機能的関連について、既知および予測のデータを集めたリソースです。（1）同様の進化歴を有するPTMの対を抽出する「共同進化...
運用機関:
Institute of Integrative Biology, University of Liverpool
生物種:
Caenorhabditis briggsae | Caenorhabditis elegans | Danio rerio | Drosophila melanogaster | Homo sapiens | ...
説明:
老化に関する生物学と遺伝学のためのデータベースとツールのコレクションです。手作業でキュレーションされた高品質のデータを備えた以下のデータベースを取り上げています。
1）GenAge は、ヒトとモデル生...
運用機関:
Karr Lab, Institute for Multiscale Biology & Genomics
生物種:
Mycoplasma genitalium
説明:
全細胞モデルを実現するべく設計された、モデル生物データベースのオープンアクセスコレクションです。現在、グラム陽性細菌で一般的なヒト病原体であるマイコプラズマ・ジェニタリウムのデータベースが収録されてい...
運用機関:
生物種:
Saccharomyces cerevisiae
説明:
パン酵母、ビール酵母としても知られる出芽酵母（Saccharomyces cerevisiae）に内在または産生される低分子代謝産物に関する、手作業でキュレーションされたデータベースです。書籍、科学雑...
運用機関:
Universiteit Maastricht, Gladstone Institutes
生物種:
Anopheles gambiae | Arabidopsis thaliana | Bacillus subtilis | Bos taurus | Caenorhabditis elegans | ...
説明:
生物学的パスウェイのキュレーションに特化したオープンな共同プラットフォームです。 パスウェイマップとそれを構成するタンパク質や遺伝子の配列、機能、ゲノムブラウザなど詳細情報へのリンクを収録しています。
運用機関:
J. Craig Venter Institute (JCVI), Northrop Grumman Health IT, Vecna Technologies
生物種:
Arenaviridae | Bunyaviridae | Caliciviridae | Coronaviridae | Filoviridae | ...
説明:
複数のウイルスファミリーのデータと分析ツールを提供する統合リポジトリです。配列レコード、遺伝子およびタンパク質のアノテーション、3Dタンパク質構造、免疫エピトープの位置、臨床や調査についてのメタデータ...
運用機関:
Department of Biomolecular Engineering, University of California Santa Cruz, Center for Biomolecular Science and Engineering, School of Engineering, University of California Santa Cruz, University of California
生物種:
Archaea | Plasmodium falciparum
説明:
古細菌ドメインに属する 100 以上の微生物種の生物学的情報を提供するツールです。基本的な遺伝子アノテーションは、NCBI Genbank / RefSeq のエントリーから抽出されたものです。アノテ...
運用機関:
National University of Singapore
生物種:
All
説明:
治療用タンパク質および核酸ターゲット、ターゲットとなる疾患、パスウェイ情報およびこれらのターゲット各々に向けられた薬剤に関する情報を提供します。ターゲットとする機能、配列、3D構造、リガンド結合特性、...
運用機関:
生物種:
Arabidopsis thaliana | Escherichia coli | Homo sapiens | Mus musculus | Saccharomyces cerevisiae
説明:
タンパク質末端のアノテーションを収録したデータベースです。生物種、染色体上の位置、タンパク質配列、アイソフォームなどの情報を収録しています。タンパク質末端のエビデンスは、以下のデータベースから推論され...
運用機関:
生物種:
Prochlorococcus marinus | Synechococcus | unclassified T4virus | unclassified Myoviridae | unclassified dsDNA phages | ...
説明:
海洋性ラン藻プロクロロコッカスのゲノム、メタゲノム、転写に関する情報ならびにフィールドデータを収録したデータベースです。様々なスケールでの生物学的組織化（ゲノムから生態系まで）にわたる相互参照データソ...
運用機関:
生物種:
Archaea | Bacteria
説明:
原核生物ゲノムのオペロン予測リポジトリです。 独自の新しい高精度オペロンアルゴリズムを用いることで、1,200 以上の原核生物のゲノムのオペロン構造を予測しています。
各オペロンごとに生物名、パスウ...
運用機関:
Center for Computational and Integrative Biology
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
遺伝子発現の検出または定量化（リアルタイム PCR）用に設計されたPCR プライマーのための公共リソースです。最もよく知られているヒトおよびマウスの遺伝子をカバーする 30 万以上のプライマーが含まれ...
運用機関:
Department of Biochemistry, University of Cambridge, National Center for Biological Sciences (NCBS), Department of Crystallography, Birkbeck College, University of London
生物種:
All
説明:
タンパク質スーパーファミリーの構造的モチーフのアラインメントを収録するデータベースです。元のスーパーファミリーアラインメントデータベース CAMPASS (CAMbridge database of ...
運用機関:
Computer and Laboratory Investigation of Proteins of Human Origin Group (CALIPHO), Swiss Institute of Bioinformatics, SIB Swiss Institute of Bioinformatics
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトタンパク質関連のデータをシームレスに統合するプラットフォームです。PTM、タンパク質-タンパク質相互作用、細胞内分布などの情報に加えて、siRNA実験データ、3D実験データ、パスウェイデータ、集団...
運用機関:
Korean Bioinformation Center (KOBIC), Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology (KRIBB)
生物種:
Homo sapiens
説明:
異なる 2 タイプの統合データを提示するデータベースです。経路レベルでの統合データは、元のデータベースで説明された個々の経路を単純に集めたものです。また、エンティティレベルの統合データとして、冗長コン...
運用機関:
Theoretical Biology and Biophysics, T-10, Los Alamos National Laboratory
生物種:
Nairovirus | Viruses | Zika virus
説明:
エボラ出血熱およびその他の出血熱を引き起こすウィルスのデータベースです。ウィルス種、地域による発生頻度、アミノ酸および塩基の配列を収録しています。種名、配列、サンプル情報や、地域による検索が可能です。
運用機関:
Universal Mutations Database (UMD)
生物種:
Homo sapiens
説明:
Universal Mutation Database (UMD)のBRCA1 および BRCA2 遺伝子データへのアクセスを世界中の科学者および民間試験機関に提供するサイトです。遺伝子、タンパク質、...
運用機関:
Bioinformatics Centre, Institute of Microbial Technology, Council of Scientific and Industrial Research (CSIR)
生物種:
Arenaviridae | Bunyaviridae | Coronaviridae | Filoviridae | Flaviviridae | ...
説明:
ウイルスゲノム領域を標的とするウイルスの siRNA / shRNA に関する情報を収録しています。インフルエンザ、SARSおよび肝炎ウイルスを含む重要なヒトウイルスについて、siRNA 配列、ウイル...
運用機関:
Institute for Biomedical Informatics (IBI), University of Pennsylvania, Diana Lab Group, Biomedical Sciences Research Center Alexander Fleming (BSRC)
生物種:
Arabidopsis thaliana | Bombyx mori | Bos taurus | Caenorhabditis elegans | Danio rerio | ...
説明:
実験的に検証された miRNA-遺伝子の相互作用のデータベースです。高品質の手動でキュレートされた実験的に検証済みのmiRNA-遺伝子相互作用について、遺伝子の位置や詳細な説明、miRNAの塩基配列や...
運用機関:
The Federal Research Center Institute of Cytology and Genetics Lab, Novosibirsk State University
生物種:
Anopheles gambiae | Ascaris suum | Bos taurus | Caenorhabditis elegans | Canis familiaris | ...
説明:
真核生物のタンパク質機能部位に関する情報を含むデータベースです。機能部位におけるアミノ酸配列と位置を、コーディング遺伝子のエクソン構造との関連とともに収録しています。PDB ID、生物種、リガンド、エ...
運用機関:
McDonnell Genome Institute at Washington University School of Medicine, Genome Technology Access Center, Department of Genetics, Washington University School of Medicine
生物種:
Ancylostoma caninum | Ancylostoma ceylanicum | Ancylostoma duodenale | Ascaris suum | Brugia malayi | ...
説明:
ワシントン大学セントルイス校･ゲノム研究所が実施する寄生性線虫 EST プロジェクトのホームページです。ヒト、家畜、その他の生物の健康に直接的間接的な影響をもたらす寄生性線虫について、配列、疾患、ゲノ...
運用機関:
生物種:
Metazoa | Placozoa
説明:
平板動物門を除く後生動物について、完全なおよびほぼ完全な（7 kbより長い）mtDNA エントリーを集めた専門的なデータベースです。ミトコンドリア遺伝子の配列順序、非コーディング領域、遺伝子の内容、遺...
運用機関:
Columbia University
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
ヒトおよびマウスの脳における DNA メチル化プロファイルについての詳細な情報を提供するリソースです。ヒトおよびマウスの脳におけるゲノムワイドの DNA メチル化プロファイルが収録されています。DNA...
運用機関:
Systems Biology Laboratory of Gwangju Institute of Science and Technology, Department of Life Sciences
生物種:
Homo sapiens
説明:
手作業でキュレーションされ、かつ高度に構造化された、ヒトのパスウェイデータのコレクションです。あわせて、いくつかの公共データベースから得られた生物学的パスウェイについての情報を統合します。また、その統...
運用機関:
University of Hong Kong
生物種:
Homo sapiens
説明:
現在の GWAS から得られる形質/疾患関連 SNP（TAS）と、その包括的な機能性アノテーション、ならびに疾患分類のコレクションにより構成されるデータベースです。ゲノムワイドの有意性（P値<5×10...
運用機関:
Evolution of Protein Structure and Function Group, Biomolecular Modelling and Design Division, Bioinformatics Institute
生物種:
Vertebrata
説明:
ヒトのタンパク質ファミリーにおける機能的分岐を検出するためのデータベースです。ヒトタンパク質のマルチメンバーファミリーに属するパラログタンパク質中の残基について、事前評価した保存スコアおよび専門化スコ...
運用機関:
Institute for Microbial Technology
生物種:
All
説明:
タンパク質の構造的または機能的アノテーションに広く使用されるデータセットのコレクションです。蛋白質構造データバンク (PDB：Protein Data Bank) から全てのデータセットを取得していま...
運用機関:
Wishart Lab, University of Alberta
生物種:
Archaea | Bacteria
説明:
アノテーションが付された細菌ゲノムの写真アトラスです。ズーム可能な、検索可能な細菌ゲノムマップであり、生物種、ゲノムのタイプ、レプリコン数、遺伝子/タンパク質マップ、tRNA/rRNAマップなどを収録...
運用機関:
Mayo Clinic
生物種:
Danio rerio
説明:
ゼブラフィッシュのトランスポゾン標識変異体のリアルタイムデータベースです。発現タグが付いた復帰可能な突然変異を作成する遺伝子破壊トランスポゾン（GBT）を導入したセルラインを登録しています。各レコード...
運用機関:
The Biotechnology Center (BIOTEC), Technische Universitat Dresden, European Molecular Biology Organisation (EMBO), University of Copenhagen
生物種:
All
説明:
化学物質とタンパク質間の既存および予測される相互作用を探索することができるリソースです。実験、データベースおよび文献から得られたエビデンスに基づいて、化学物質を他の化学物質およびタンパク質とリンクづけ...
運用機関:
Korean Bioinformation Center (KOBIC), Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology (KRIBB)
生物種:
All
説明:
PDB に寄託された NMR 構造の精査したバージョンを収録するデータベースです。３次元構造の表示とαヘリックス、βストランド、コイル構造の構成、構造的な多様性の情報を収録しています。精査は、統計的ね...
運用機関:
Switch Laboratory
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒト一塩基多型（SNP）の表現型決定のためのデータベースです。ヒトプロテオームにおける疾患および多型変異体の分子特性決定およびアノテーションに主な焦点を当て、凝集しやすい領域、アミロジェニック領域、h...
運用機関:
Jurisica Lab, Ontario Cancer Institute
生物種:
All
説明:
特許メタデータにアクセスできるように設計された化学構造データベースです。米国特許に含まれるパブリックドメインの化学情報にインデックスを付け、特許文書フルテキストの他、個々の特許に記載された反応および関...
運用機関:
Yale University, Yale University School of Medicine
生物種:
All
説明:
計算神経科学モデルを保存し、効果的に検索することができるアクセス先を提供するデータベースです。NeuronDB と強固に連携しています。各モデルについては、モデルの種類、細胞のタイプ、ギャップジャンク...
運用機関:
生物種:
All
説明:
全てのカタログ化された３次元核酸 PDB 構造（不一致、対称性内部ループ、ヘアピンループ、バルジループなどの二次構造モチーフを含む）を系統的に検索することができるデータベースです。PDB ID、核酸の...
運用機関:
Swiss Institute of Bioinformatics (SIB)
生物種:
All
説明:
酵素の機能に関するアノテーションと代謝ネットワークの説明を提供するために設計されたリソースです。生化学反応に関する包括的で非冗長なこのリソースは、専門家がキュレーションを行っています。Rhea に含ま...
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統合TVにて解説動画が公開されています (2017年10月04日 版）