サーバ更新のお知らせ
2025年3月19日にサーバ更新を実施しました。
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データベースのレコード一覧 (件数: 2572)
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生物種
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稼動状況
地域
その他
運用機関:
Max Planck Institute for Informatics
生物種:
Homo sapiens
説明:
DeepBlueは、主なエピゲノムプロジェクトであるENCODE、NIH Roadmap、BLUEPRINT、DEEPに収録されたエピゲノムデータを包括的に検索、フィルタリング、ダウンロードするための...
運用機関:
特定国立研究開発法人理化学研究所
生物種:
Oryzias
説明:
メダカ系統のリソースデータベースであるNBRP Medaka（ https://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00147 ）のメタデータを体系的に整理して提供してい...
運用機関:
大学共同利用機関法人情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS)
生物種:
説明:
purl（Persistent Uniform Resource Identifier）を作成、保持するサーバーです。オリジナルのWebリソースにリダイレクトするPURLを作成、登録、公開することで、...
運用機関:
大学共同利用機関法人情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS)
生物種:
Homo sapiens
説明:
NBDCヒトデータベース （https://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc01348） などの公開系データベースからデータを公開するのに先駆けて、プロジェクト内やグ...
運用機関:
千葉大学 真菌医学研究センター
生物種:
Fungi | Actinobacteria | Amoeba | Babesia | Blastocystis | ...
説明:
NBRP病原真核微生物では、病原真菌・放線菌・原虫の収集・保存・提供を行っています。キーワード検索により菌株情報へのアクセスができ、リソース保有機関へ分譲依頼も行うことができます。ギャラリーページより...
運用機関:
岐阜大学 研究推進・社会連携機構 微生物遺伝資源保存センター
生物種:
Bacteria
説明:
NBRP病原細菌では、感染症及びヒトの健康に関わる細菌の収集、保存、提供を行っています。キーワード検索により菌株情報へのアクセスができ、リソース保有機関へ分譲依頼も行うことができます。
NBRP病原微...
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
Arabidopsis thaliana | Dianthus caryophyllus | Cyclamen persicum | Chrysanthemum morifolium | Eustoma exaltatum subsp. Russellianum | ...
説明:
「花きCRES-Tプロジェクト」において、シロイヌナズナの様々な転写因子を標的にしてキメラリプレッサー遺伝子サイレンシング法 (CRES-T法)により作成した形質転換体の表現型を収録したデータベースで...
運用機関:
J. Craig Venter Institute (JCVI)
生物種:
Medicago truncatula
説明:
マメ科のモデル植物であるタルウマゴヤシ（Medicago truncatula）のゲノムデータベースです。最新のゲノム配列・アノテーション情報を提供しています。キーワード検索やBLAST検索、データの...
運用機関:
奈良先端科学技術大学院大学
生物種:
説明:
アルカロイドのパスウェイマップを集めたデータベースです。マップ内に記述される代謝物名（複数指定可）または生物種を指定すると、リスト上のパスウェイマップIDや、マップ上のオブジェクトがハイライト表示され...
運用機関:
奈良先端科学技術大学院大学
生物種:
説明:
代謝物の構造相同性のデータベースです。KNApSAcK CIDと類似度を設定すると、指定した代謝物と構造相同性をもった代謝物の代謝物ID、名称、構造、類似度が一覧として表示されます。KNApSAcK ...
運用機関:
National Key Laboratory of Crop Genetic Improvement, Huazhong Agricultural University
生物種:
Oryza sativa
説明:
イネの遺伝的多様性および機能アノテーションに関する包括的なデータベースです。17,397,026の遺伝子多型（14,541,446のSNPおよび2,855,580のsmall INDEL）の情報および...
運用機関:
Structural Bioinformatics Group, National University of Quilmes
生物種:
Bacteria | Eukaryota | Archaea | Avsunviroidae | Pospiviroidae | ...
説明:
タンパク質のコンフォメーションの多様性に関するデータベースです。PDBに登録されたタンパク質について重複する結晶構造をまとめて、収録しています。PDB、Uniprot、CATHのID、コンフォメーショ...
運用機関:
Barts Cancer Institute
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
膵臓由来の遺伝学データを収録しているデータベースです。トランスクリプトーム、プロテオーム、メチレーション、miRNAの研究から得られる遺伝子発現データベースとゲノムの研究から得られるコピー数変異データ...
運用機関:
International Rice Research Institute
生物種:
Oryza sativa
説明:
イネの遺伝子型・表現型・多様性情報を提供するデータベースです。SNP/indelおよび多様性/表現型情報の検索・ダウンロード、イネゲノム参照配列のブラウジングが可能です。データの一括ダウンロードおよび...
運用機関:
大学共同利用機関法人情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS)
生物種:
Homo sapiens
説明:
TogoVar（日本人ゲノム多様性統合データベース）は、日本人ゲノム配列の個人による違い（バリアント）とそれに関係する疾患情報などを収集・整理したデータベースです。TogoVarは、研究プロジェクト横...
運用機関:
国立研究開発法人科学技術振興機構 NBDC事業推進部
生物種:
説明:
形態素解析エンジンMeCab（http://taku910.github.io/mecab/ ）のための科学技術分野の専門用語を集めたユーザー辞書です。JSTシソーラス(2015年版)の見出し語と同義...
運用機関:
京都大学 化学研究所 バイオインフォマティクスセンター
生物種:
Homo sapiens
説明:
病気を分子ネットワークがゆらいだ状態とみなし、疾患に関連したヒトゲノム・遺伝子のバリエーションを、シグナル伝達をはじめとした様々なネットワークのバリエーションとして知識集約したデータベースです。分子ネ...
運用機関:
国立研究開発法人国立国際医療研究センター
生物種:
Homo sapiens
説明:
日本人の臨床データと遺伝子変異データとを結びつけて収集・公開するオープンアクセスのデータベースです。「がん」「希少・難治性疾患」「感染症」「認知症」「難聴」の疾患領域を対象としています 。各疾患カテゴ...
運用機関:
特定国立研究開発法人理化学研究所 環境資源科学研究センター
生物種:
説明:
メタボロミクスおよびリピドミクスに活用できるツール集です。あらゆるタイプのクロマトグラフィー/質量分析法（GC / MS、GC-MS / MS、LC / MS、およびLC-MS / MSなど）をサポー...
運用機関:
Harvard Medical School, Stanley Center for Psychiatric Research at Broad Institute
生物種:
Mus musculus
説明:
成体マウス脳の9つの領域由来の690,000個のシングルセルRNA-Seq解析の結果を提供するデータベースです。遺伝子、脳領域、細胞のタイプなどを指定して、遺伝子発現プロファイルを検索・視覚的に表示す...
運用機関:
情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター
生物種:
Homo sapiens
説明:
希少疾患と症状のデータベースです。希少疾患に関連する症例報告を収集し、各症例報告に含まれる症状、遺伝子名、変異情報などを利用して、患者の症状や変異と関連例の高い症例報告を効率よく検索できるようにしてい...
運用機関:
特定国立研究開発法人理化学研究所 環境資源科学研究センター
生物種:
Allium cepa | Allium sativum | Allium fistulosum
説明:
液体クロマトグラフィー-フーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴質量分析装置（LC-FTICR-MS）により解析されたデータと解析ツールのサイトです。タマネギやニンニクのサンプルを解析した結果や詳細な実験...
運用機関:
特定国立研究開発法人理化学研究所 環境資源科学研究センター
生物種:
Viridiplantae
説明:
植物代謝物質のデータベースです。文献や独自の研究から収集したMS/MSデータの代謝物名、スペクトラム、文献情報、分子情報、植物種名などを記載しています。フラグメントのm/s値やスペクトラムの相同性、キ...
運用機関:
特定国立研究開発法人理化学研究所 環境資源科学研究センター
生物種:
Arabidopsis thaliana
説明:
シロイヌナズナ変異体の代謝に関するデータベースです。野生種に近い表現形を持つ変異体50種類について変異遺伝子の情報、表現形、ガスクロマトグラフィー／マススペクトロメトリー（GC-MS）による代謝プロフ...
運用機関:
農業環境変動研究センター
生物種:
Oryza sativa
説明:
イネの生育に影響を与える気象データを提供するデータベースです。気温、降水量、気圧、平均蒸気圧や日射量、湿度、蒸散要求量の推定値などをアメダス地点および気象官署地点ごとに提供します。また、選択した地点に...
運用機関:
Computational Biology Institute (IBC)
生物種:
Arabidopsis thaliana | Oryza barthii | Oryza brachyantha | Oryza glaberrima | Oryza meridionalis | ...
説明:
シロイヌナズナ、イネ、モロコシ、コムギ、トウモロコシに関する情報を統合したRDFデータベースです。遺伝子、タンパク質、QTL、オントロジー、パスウェイなどの情報を以下のデータベースから収集しています：...
運用機関:
特定国立研究開発法人理化学研究所
生物種:
Hevea brasiliensis
説明:
パラゴムノキの遺伝子・転写関連データベースです。決定したドラフトゲノム配列や天然ゴム高生産株・病害抵抗株の遺伝子発現情報、世界の関連研究成果をまとめて掲載しています。各レコードには遺伝子名、遺伝子位置...
運用機関:
独立行政法人製品評価技術基盤機構
生物種:
Bacteria
説明:
微生物のゲノム情報から有害性に関わる遺伝子を検索し、微生物の有害性を推定するデータベースです。 微生物ゲノムの塩基配列又はアミノ酸配列を入力し検索すると、その配列中に有害性（毒素生産や薬剤耐性等）に関...
運用機関:
独立行政法人製品評価技術基盤機構
生物種:
Bacteria | Fungi
説明:
微生物（細菌、真菌）の危険度／有害性の判断基準となる国内外の情報を一元化したリストです。
各微生物のバイオセーフティーレベル（BSL）分類や国内法規制の適用の有無などの情報を、学名（旧名、異名を含む）...
運用機関:
独立行政法人製品評価技術基盤機構
生物種:
説明:
日ASEAN化学物質管理データベース（ASEAN-Japan Chemical Safety Database : AJCSD）は、日ASEAN経済産業協力委員会（AMEICC） 化学ワーキンググルー...
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
説明:
バイオ医薬品として知られる核酸医薬品の臨床情報をまとめたデータベースです。承認薬や臨床試験における第I相試験（フェーズ I）から第III相試験（フェーズ III）の3段階の治験段階の情報を製薬会社や臨...
運用機関:
筑波大学生命環境科学研究科
生物種:
Cucumis melo
説明:
高級マスクメロンの全ゲノム発現遺伝子情報データベースです。「アールスフェボリット春系３号」を対象とし、温室栽培の環境で葉、根、茎、果実部を含む全30組織から約27,000遺伝子の発現部位と発現量の情報...
運用機関:
厚生労働省
生物種:
Actinopterygii | Bivalvia | Gastropoda | Fungi | Magnoliophyta
説明:
自然毒（動植物が持つ毒成分）のデータベースです。毒を持つ生物種、有毒部位、食中毒発生状況、食中毒症状、毒成分などの情報を収録しています。魚類、二枚貝、巻貝、きのこ、および高等植物の名称一覧からデータを...
運用機関:
難治性血管炎に関する調査研究班
生物種:
Homo sapiens
説明:
血管炎病理画像のデータベースです。各疾患ごとに病理画像と解説が収録されています。画像はダウンロードして使用することが可能です（使用許諾ルール：http://www.vas-mhlw.org/html/...
運用機関:
Karydo TherapeutiX 株式会社
生物種:
Mus musculus
説明:
医薬品によって起こる体内様々な器官における遺伝子発現変化を網羅したデータベースです。がん、糖尿病、神経疾患、高コレステロール、代謝疾患などの治療のために世界中で多く使用されている医薬品をマウスに投与し...
運用機関:
Thermo Fisher Scientific Inc.
生物種:
Homo sapiens
説明:
Oncomine™は、ガンの遺伝子発現データを収集したデータベースであり、ウェブベースでデータマイニングを行えるプラットフォームです。学術研究や非商業的研究に使用できる無料の「Oncomine Res...
運用機関:
大阪大学 蛋白質研究所
生物種:
説明:
BMRB NMR-STAR データをXML、RDF、 JSON 形式で提供するサイトです。BMRB （http://integbio.jp/dbcatalog/record/nbdc00380 ） に...
運用機関:
BioModels.net Team, EMBL-EBI
生物種:
説明:
生物学や医薬に関連するプロセスやシステムの数理モデルを収集したレポジトリです。シグナリング、タンパク質ー薬剤相互作用、代謝経路など多様な数理モデルの情報を提供しています。提供されるモデルは主にレビュー...
運用機関:
Department of Computer Science and Engineering, Yuan Ze University
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus
説明:
タンパク質リン酸化酵素 （キナーゼ）と基質タンパク質のデータベースです。キナーゼまたは基質の説明、種々のガンにおける発現、基質となるタンパク質名（キナーゼ）、リン酸化部位（基質）などの情報が整理されて...
運用機関:
Shanghai Jiao Tong University
生物種:
Bacteria | Archaea
説明:
バクテリアおよび古細菌のtoxin-antitoxin （TA）遺伝子データベースです。菌を殺す毒素 (Toxin)遺伝子とその作用を相殺する抗毒素 (Antitoxin)遺伝子についての情報をペアで...
運用機関:
国立研究開発法人森林研究・整備機構 森林総合研究所
生物種:
Cerambycidae | Disteniinae
説明:
国立研究開発法人森林研究・整備機構 森林総合研究所に保管されている日本産カミキリムシの標本を画像化したデータベースです。標本の写真と和名、学名、雌雄、採集地や採集日などの情報が収録されています。和名、...
運用機関:
Charité - Universitätsmedizin Berlin
生物種:
Homo sapiens
説明:
人工、天然の甘味料化合物のデータベースです。甘味を感じさせる炭水化物および類似化合物の情報と、ヒト甘味受容体構造モデルについての記述を収録しています。化合物の情報は分子構造、ショ糖を1とした甘さ、代謝...
運用機関:
RostLab, Technische Universität München
生物種:
Homo sapiens | Arabidopsis Thaliana
説明:
LocDBはヒトとシロイヌナズナにおけるタンパク質の細胞内局在性についての実験によるアノテーションを収録したデータベースです。40%以上のエントリでは、既存の様々な細胞内局在の予測方法による結果も併せ...
運用機関:
Birkbeck College, University of London, Queen Mary University of London
生物種:
説明:
タンパク質の円偏光二色性 （CD） スペクトルのデータベースです。タンパク質のCDスペクトルと放射光CDスペクトル、関連する実験の詳細、validationなどを収録しています。タンパク質名や生物種で...
運用機関:
Iowa State University
生物種:
説明:
チオエステルを含む基質に作用する酵素のデータベースです。酵素の種類毎に分類されており、生物種、配列情報（GenBank ID、RefSeq、Uniprot）、立体構造が明らかなものについてはPDBへの...
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
Actinopterygii | Chondrichthyes | Crustacea | Rhodophyta | Chlorophyta | ...
説明:
MeRAM（ミラム）は、誰でも簡便に使える、かつ、無料で入手できる、化学物質生態リスク評価管理ツールです。PCにMeRAMをインストールすれば、生態リスク評価や統計処理などの特別な知識がなくても、PC...
運用機関:
omicX
生物種:
説明:
OMICtoolsはバイオインフォマティクス関連ツールとデータベースの情報を提供するウェブサイトです。登録件数は2万以上あり、全てのツールはキュレーターによってカテゴリー分けされ、ツールの有用性に関す...
運用機関:
Dynamique des Structures et Interactions des Macromolecules Biologiques, INSERM
生物種:
Saccharomyces cerevisiae
説明:
MitoGenesisDBはミトコンドリアのタンパク質形成過程のmRNAダイナミクスに関するデータベースです。ORFまたは遺伝子の名前とミトコンドリアの機能を指定して検索することで、酵母を用いたmRN...
運用機関:
Massachusetts Institute of Technology
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Drosophila melanogaster | Caenorhabditis elegans | Saccharomyces cerevisiae
説明:
Isobaseは真核生物における代表的なモデル生物である、酵母、ショウジョウバエ、線虫、マウス、ヒトの間での、機能的に関連のあるオーソログ (isologs) のデータベースです。生物種を選択すること...
運用機関:
Department of Physiology, Seoul National University College of Medicine & Department of Computer Engineering, College of Engineering, Myongji University
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus
説明:
哺乳類のTransient receptor potential （TRP） channel protein およびTRPチャンネルタンパク質と相互作用するタンパク質のデータベースです。データは論文か...
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統合TVにて解説動画が公開されています (2017年10月04日 版）