データベースのレコード一覧 (件数: 2583)
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運用機関:
生物種:
All
説明:
DataMedはさまざまなデータレポジトリ やデータ集を横断的に検索し、データセットを発見するための生物医学データ検索エンジン（プロトタイプ）です。データセットの検索とそれらに関するアクセス情報の提供...
運用機関:
Bioconductor
生物種:
All
説明:
Bioconductor は、ハイスループットゲノムデータを解析し、理解するためのツールを提供します。統計的プログラミング言語「R」を使用した、オープンソースかつオープン開発ソフトウェアプロジェクトで...
運用機関:
Bodleian Library, University of Oxford
生物種:
All
説明:
Oxford University Research Archive (ORA)はオックスフォード大学組織のレポジトリであり、そのメンバーの学術研究成果物のホームです。リソース内の各項目にはDOIが付...
運用機関:
National Institute for Research in Reproductive Health (NIRRH)
生物種:
説明:
CAMPR3 (Collection of Anti-Microbial Peptides) データベースに含まれる 45 の主要な抗菌性ペプチド (AMP) ファミリーに属する抗菌ペプチドを同定する...
運用機関:
Life Imaging Center (LIC), University of Freiburg
生物種:
Danio rerio
説明:
幼生ゼブラフィッシュの脳における仮想共局在研究のためのイメージングおよび画像解析フレームワークです。現在、72 hpf（受精後経過時間）、48 hpf、および 96 hpf の幼生が利用可能です。Vi...
運用機関:
生物種:
Homo sapiens
説明:
医用画像情報のアーカイブとコンピュータネットワークを介してデータにアクセスできるようにするプロジェクトです。超音波、デジタルマンモグラフィー、磁気共鳴、CT、RTGなどの診断装置からのデータを収録して...
運用機関:
Centre for Cell Imaging, Institute of Integrative Biology, University of Liverpool
生物種:
All
説明:
リバプール大学細胞イメージングセンターのユーザーをサポートするために作成された画像/ SPMデータのリポジトリです。プロジェクトや文献に使用した免疫染色画像、データセットなどを収録しています。
運用機関:
Instituto Gulbenkian de Ciencia (IGC)
生物種:
All
説明:
オープンソース光学断層撮影スキャナ「OPenT」で撮影された胚の 3D データセットおよび胚の再構成データのコレクションです。ウサギ、ブタ、マウス、ウズラなどの３次元再構成画像、骨格や血管のみにした画...
運用機関:
Sage Bionetworks
生物種:
All
説明:
Synapse はチームがデータをシェア、分析を追跡、共同研究するための、共同的なオープンソース研究のプラットフォームです。データベースのインフラとホスティングを提供します。
運用機関:
School of Clinical Medicine, University of Cambridge
生物種:
Homo sapiens
説明:
デジタル形式のマンモグラフィ画像のデータベースです。「Portable Gray Map (PGM)」形式の解像度 50 ミクロンの画像が 322 枚（161ペア）、および関連するトルース（検証）デー...
運用機関:
生物種:
Caenorhabditis elegans | Cricetulus griseus | Drosophila | Homo sapiens | Mus musculus
説明:
自由にダウンロード可能な生物の顕微鏡画像セットのコレクションです。研究者は、ライフサイエンス分野の新たな画像分析アルゴリズムを開発、テスト、公開する際に、これらの画像セットを基準点として使用することが...
運用機関:
UNESCO UNITWIN CS-DC
生物種:
Branchiostoma lanceolatum | Danio rerio | Oryctolagus cuniculus | Paracentrotus lividus | Sphaerechinus granularis | ...
説明:
in vivo での 3D+時間を含む トータルイメージングデータの保存とアノテーションのためのウェブサービスです。独自設計のアルゴリズムによる細胞検出、形状セグメンテーション、運動解析のための EG...
運用機関:
The University of Adelaide (TERN Eco-informatics)
生物種:
Animalia | Viridiplantae
説明:
オーストラリアの陸生植物、動物、およびそれらの環境に関するデータや研究方法のデータベースです。方形区、グリッド、捕獲などの手法によりサンプリングされた同じ地点での生態プロットデータを中心に、観測、モニ...
運用機関:
BioImage Informatics, IPDM, France Bio-Imaging, Institut Curie, Strand Avadis
生物種:
Aedes aegypti | Drosophila | Homo sapiens | Mus musculus | Saccharomyces
説明:
進行中の共同研究に使用されるデータの他、France Bio Imaging の顕微鏡施設で撮影された画像を公開するデータベースです。出版物に関連しているか、画像処理の観点から関心を集めている（開発者...
運用機関:
生物種:
All
説明:
モジュール化され構成することができる、再利用可能な生物学的パーツのリポジトリです。プロモーター、機能パーツ、RBSなどの生物学的パーツについて、塩基配列、 生物種、内生事象、相互作用などの情報を収録し...
運用機関:
Cambridge Systems Biology Centre, University of Cambridge, European Commission under FP7 Grant Agreement
生物種:
Apis mellifera | Arabidopsis thaliana | Danio rerio | Drosophila | Drosophila melanogaster | ...
説明:
バイオイメージング画像を公開し、マイニングし、および統合するためのプロトタイププラットフォームです。Open Microscopy Environment が開発した OMERO および Bio-Fo...
運用機関:
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒト遺伝子の細胞機能に関する情報を統合し、表現型を示す顕微鏡画像などの補助的情報へのアクセスを提供するデータベースです。 EUが支援する２つのプロジェクト MitoCheck と MitoSysにより...
運用機関:
Bioinformation and DDBJ Center
生物種:
Homo sapiens
説明:
生物医学研究プロジェクトの成果として得られた、あらゆる種類の個人レベルでの遺伝的データと匿名化された表現型データを永続的にアーカイブし、共有するためのサービスです。アレイと新世代シークエンサーからの生...
運用機関:
生物種:
Homo sapiens
説明:
血友病（haemoglobinopathy）を扱う臨床医および研究者のための拡張リソースであり、専門家のアドバイスを求める患者のためのポータルサイトでもあります。ニュース、イベント、臨床試験、サラセミ...
運用機関:
Drug Disease Model Resource (DDMoRe)
生物種:
説明:
確率分布のオントロジーに基づく知識ベースです。150 以上の単変量分布と多変量分布を、その定義関数、特性、関係および再パラメータ化式を取り扱っています。本リソースは、モデルのアノテーション付与に利用で...
運用機関:
Institute of Medical Informatics (IMI), University of Muenster
生物種:
Homo sapiens
説明:
医療用フォームを作成、分析、共有、再利用するためのメタデータレジストリです。日常的な健康データの記録フォーム（EHR）や臨床試験の症例報告書（CRF）をシステムに依存しない CDISC Operati...
運用機関:
MAASTRO Clinic
生物種:
Homo sapiens
説明:
がんに関する臨床プロトコル、出版物、および研究データセットを持続的に保存するオンラインリポジトリです。提供されるデータは、文書からスプレッドシート、生体医療画像、治療シミュレーションまでさまざまです。...
運用機関:
生物種:
All | Homo sapiens
説明:
オミックスデータを補助的情報とともに格納し、管理するためのデータベースです。種間、手法間、タイプ間データが含まれています。また、規格の遵守にかかる作業を減らすことを目的としたユーザー用登録ツールを提供...
運用機関:
Big Data Center, Beijing Institute of Genomics (BIGD)
生物種:
Canis lupus
説明:
イヌおよびオオカミのゲノムの変異に関する情報を収載したゲノム SNP データベースです。SNP位置、変異塩基、変異頻度の情報をイヌとオオカミについて並べて表示します。一覧やブラウザによる表示、遺伝子名...
運用機関:
Stanford Center for Biomedical Informatics Research
生物種:
説明:
ウェブ･オントロジー言語（OWL）、リソース記述フレームワーク（RDF）、オープン生物学･生物医学オントロジー（OBO）フォーマット、プロテジェ（Protégé）フレーム、およびリッチリリースフォーマ...
運用機関:
Churchill Group, The Jackson Laboratory, MRC Institute of Genetics & Molecular Medicine (IGMM), University of Edinburgh
生物種:
Mus musculus
説明:
EMAGE は、マウス胚における in situ での遺伝子発現データを収載したデータベースです。データには、mRNA の in situ ハイブリダイゼーション、タンパク質の免疫組織化学、in si...
運用機関:
Churchill Group, The Jackson Laboratory, MRC Institute of Genetics & Molecular Medicine (IGMM), University of Edinburgh
生物種:
Mus musculus
説明:
e-Mouse Atlas (EMA) は、発生中のマウスの詳細なモデルです。マウスの形状、全身の解剖学的構造、および詳細な組織学的構造に関する情報、ならびに、遺伝子機能に関する情報をマッピングするこ...
運用機関:
生物種:
Danio rerio | Drosophila | Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus | ...
説明:
機能ゲノミクスデータのメタ分析、再利用、および共有のためのデータベースです。遺伝子発現プロファイルの分析を主なターゲットとしています。Gemma には数千件の公的研究のデータが含まれ、数千件の出版され...
運用機関:
STRENDA Commission
生物種:
All
説明:
Beilstein-Institut のサポートを受けるデータ保存･検索プラットフォームです。機能的酵素に関するデータを含む論文を執筆している研究者に対し、原稿をジャーナルに提出する前に、データセット...
運用機関:
eNanoMapper
生物種:
説明:
ナノ材料の特性データと生物学的および毒物学的情報を収載する公開データベースです。 材料の名称、報告文献、プロトコル、出力方法を収録しています。情報を検索し、JSON、CSV、XLSX、RDFなどの様々...
運用機関:
SIB Swiss Institute of Bioinformatics
生物種:
Animalia | Archaea | Bacteria | Fungi | Viridiplantae
説明:
ゲノムスケールで代謝ネットワークを集約することを目的とした、代謝産物と生化学反応の調和に関するデータベースです。各代謝ネットワークやパスウェイのモデルについて、化学化合物、細胞内区画、代謝反応、関連す...
運用機関:
Francis Crick Institute
生物種:
Mus musculus
説明:
マウスの胚性致死的ノックアウト株についてのデータベースです。包括的な 3D イメージング、組織学、免疫細胞化学、およびトランスクリプトミクスを組み合わせることで、発生ステージごとに胚の断面画像と変異箇...
運用機関:
生物種:
Homo sapiens
説明:
2 型糖尿病（T2D）に関するヒトの遺伝的情報を収載したオープンアクセスリソースです。DNA 変異体のうち、T2D または関連する形質（高いボディマス指数など）に伴うリスクの変化に関係するものを同定す...
運用機関:
生物種:
Caenorhabditis | Drosophila | Homo sapiens | Mus musculus
説明:
ENCODE は、ヒトゲノムの機能因子のパーツを包括的なリストにまとめることを目的としたデータベースです。タンパク質や RNA レベルで機能する因子、細胞や遺伝子が活性化する環境を統制する制御因子につ...
運用機関:
Institute of Clinical Physiology (IFC-CNR), Icahn School of Medicine at Mount Sinai, Institute of Informatics and Telematics (ITT), National Research Council, Ohio State University, University of Catania
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus
説明:
細胞外循環 RNA を取り扱ったデータベースです。主に、循環 miRNA およびその他のノンコーディング RNA に関する情報を含みます。本データベースは、PubMed に掲載された論文と Exoca...
運用機関:
Genomics England
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒト疾患に関連する仮想の遺伝子パネルの作成、保存、照会を可能にする、公開データベースです。100,000 Genomes Projectによりマッピングされた疾患関連の遺伝子について、疾患、遺伝様式、...
運用機関:
US Food and Drug Administration (FDA)
生物種:
Homo sapiens
説明:
UDI（Unique Device Identifiers） システムの一貫として、デバイス企業が FDA に提出した医療デバイス識別情報を収録するデータベースです。データベース内の情報を取得するため...
運用機関:
Bujnicki Lab, Laboratory of Bioinformatics and Protein Engineering, International Institute of Molecular and Cell Biology in Warsaw (IIMCB)
生物種:
Aquifex aeolicus | Arabidopsis thaliana | Archaeoglobus fulgidus | Bacillus subtilis | Chlorobium tepidum | ...
説明:
RNA修飾に関する包括的なデータベースです。修飾されたヌクレオシドの化学構造、RNA配列におけるそれらの局在、それらの生合成のパスウェイ、およびタンパク質補因子と共同でそれぞれの反応を起こす酵素につい...
運用機関:
Laboratory of Integrative Structural & Chemical Biology (iSCB)
生物種:
All
説明:
タンパク質 - タンパク質相互作用（PPI）のモジュール化に特化した、構造的データベースです。手作業でキュレーションされています。タンパク質 - タンパク質複合体およびタンパク質−モジュレーター複合体...
運用機関:
North Carolina State University
生物種:
Bos taurus | Caenorhabditis elegans | Canis lupus | Danio rerio | Eumetazoa | ...
説明:
ヒトの健康に対する環境化学物質の影響についてのデータベースです。化学物質と遺伝子、化学物質と疾患、および遺伝子と疾患の関係についてのデータを、学術的文献から手動でキュレーションし内部で統合して、化学−...
運用機関:
European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), HLA Informatics Group, Anthony Nolan Research Institute
生物種:
All
説明:
免疫系の遺伝子の多型性の研究のための統合データベースです。以下のデータベースで構成されています。
IMGT/HLA : ヒトMHC (HAL)の配列
KIR : ヒトKIR（Killer-cell I...
運用機関:
Plant Molecular Biology Institute (IBMP)
生物種:
Arabidopsis thaliana | Brachypodium distachyon | Chlamydomonas reinhardtii | Cyanophora paradoxa | Ectocarpus siliculosus | ...
説明:
完全にアノテーションを付された植物の核、プラスチドおよびミトコンドリアのゲノムから収集された tRNA 遺伝子配列を集約したデータベースです。各 tRNA 遺伝子について、線形二次構造ならびに生物学的...
運用機関:
Cambridge Systems Biology Centre, University of Cambridge, European Molecular Biology Laboratory (EMBL)
生物種:
All
説明:
メタボロミクスの実験や派生情報に関するデータベースです。異種間および異なる技法のデータが収載されており、代謝生成物の構造とそれらの参照スペクトル、生物学的役割、位置、濃度、ならびに代謝実験からの実験デ...
運用機関:
Division Signaling and Functional Genomics, German Cancer Research Center (DKFZ) and University of Heidelberg
生物種:
Drosophila melanogaster | Homo sapiens
説明:
文献で公開されたホモサピエンスおよびキイロショウジョウバエのRNAi表現型ならびにRNAi試薬に関する詳細情報のコレクションです。文献タイトル、解析方法、生物種、遺伝子ID、試薬IDなどのデータを収録...
運用機関:
Fiona Brinkman Laboratory, Simon Fraser University
生物種:
Archaea | Bacteria
説明:
配列が完全に決定された細菌ゲノムおよび古細菌ゲノムのオーソログに基づくオーソロジー予測を収録したデータベースです。以下の検索機能が含まれています。
（１）１つのリファレンスゲノムの有無を１つ以上の細菌...
運用機関:
Shanghai Jiao Tong University
生物種:
Bacteria
説明:
細菌におけるIV型分泌機構（T4SS）および同型のエフェクターのためのウェブベースのリソースです。染色体やプラスミドについて、系統、レプリコン、位置、機能、遺伝子のブラウザ情報が収録されています。レプ...
運用機関:
生物種:
Aedes aegypti | Anopheles gambiae | Arabidopsis thaliana | Bos taurus | Caenorhabditis elegans | ...
説明:
相互作用タンパク質内および相互作用タンパク質間のタンパク質翻訳後修飾（PTM）の機能的関連について、既知および予測のデータを集めたリソースです。（1）同様の進化歴を有するPTMの対を抽出する「共同進化...
運用機関:
Institute of Integrative Biology, University of Liverpool
生物種:
Caenorhabditis briggsae | Caenorhabditis elegans | Danio rerio | Drosophila melanogaster | Homo sapiens | ...
説明:
老化に関する生物学と遺伝学のためのデータベースとツールのコレクションです。手作業でキュレーションされた高品質のデータを備えた以下のデータベースを取り上げています。
1）GenAge は、ヒトとモデル生...
運用機関:
生物種:
Saccharomyces cerevisiae
説明:
パン酵母、ビール酵母としても知られる出芽酵母（Saccharomyces cerevisiae）に内在または産生される低分子代謝産物に関する、手作業でキュレーションされたデータベースです。書籍、科学雑...
運用機関:
Universiteit Maastricht, Gladstone Institutes
生物種:
Anopheles gambiae | Arabidopsis thaliana | Bacillus subtilis | Bos taurus | Caenorhabditis elegans | ...
説明:
生物学的パスウェイのキュレーションに特化したオープンな共同プラットフォームです。 パスウェイマップとそれを構成するタンパク質や遺伝子の配列、機能、ゲノムブラウザなど詳細情報へのリンクを収録しています。
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統合TVにて解説動画が公開されています (2017年10月04日 版）