サーバ更新のお知らせ
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データベースのレコード一覧 (件数: 2572)
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生物種
カテゴリ
稼動状況
地域
その他
運用機関:
Australian Research Council, University of Queensland
生物種:
Brassica
説明:
アブラナ科ゲノムのデータベースです。Brassica napus、Brassica oleracea、Brassica rapaのゲノム情報を集約し、SNPや機能の情報も合わせてブラウザによる表示と検...
運用機関:
Australian Research Council, Edwards Group, University of Western Australia, University of Queensland
生物種:
Triticum
説明:
コムギゲノムのデータベースです。コムギのパンゲノムおよびグループ7のゲノム情報を集約し、GBrowse2を用いて表示しています。コムギパンゲノムのアッセンブリー、SNP、遺伝子、CDs、アミノ酸配列、...
運用機関:
生物種:
Caenorhabditis elegans
説明:
線虫の系統保全と分与、全塩基配列の提供、遺伝子変異のマッピングプラットフォームを提供するサイトです。系統と塩基配列の情報、ブラウザとリストによる遺伝子位置や変異の詳細が収録されています。系統ごとの塩基...
運用機関:
Masaryk University (MU)
生物種:
Homo sapiens
説明:
高解像度の病理画像アトラスのデータベースです。皮膚疾患、胎生異常、新生児病理、骨髄疾患などに関する画像が収録されています。高解像度の画像を見るには、ログインが必要です。
運用機関:
生物種:
Drosophila
説明:
遺伝子発現を調節するシスエレメントのデータベースです。キイロショウジョウバエの胚盤葉胚を用いた発現研究で用いる実験手法やコンピュータ解析について、概要、解説やツールを収録しています。３次元遺伝子発現、...
運用機関:
生物種:
Homo sapiens
説明:
EORTC（欧州癌研究治療機関）の臨床研究に関するデータベースです。EORTCが関わる臨床治療、放射線療法、診断、分子イメージング、生体サンプルについて、対象サンプル数、処置、研究スタッフ、がんの種類...
運用機関:
San Diego Supercomputer Center, University of California San Diego
生物種:
Bos taurus | Homo sapiens | Mus musculus
説明:
細胞シグナルに関わるタンパク質のデータベースです。公開された資料から名称、配列、機能、関連する相互作用やパスウェイなどの情報を収集しています。Ensembl、Gene Ontology、UniProt...
運用機関:
National Institutes of Health
生物種:
All
説明:
癌生物医学情報科学グリッド（caBIG）を利用したマイクロアレイデータのデータベースです。2015年3月31日に運用終了しましたが、（https://wiki.nci.nih.gov/display/...
運用機関:
Institute of Human Genetics (IGH)
生物種:
Homo sapiens
説明:
遺伝性自己炎症疾患に関わる変異のデータベースです。遺伝子の位置、HGVS（Human genome variation society）で規定されたタンパク質名、配列名、塩基配列、テスト方法などを収録...
運用機関:
Institut Pasteur
生物種:
Bacteria
説明:
GenoList は微生物ゲノムの比較研究のための統合データベースです。現在のリリースは700種以上のゲノムデータを統合しています(Genome Reviews)。クエリーとナビゲーションユーザーイン...
運用機関:
Indian Institute of Science
生物種:
All
説明:
ゲノム配列におけるトランスメンブレンヘリックスをまとめたデータベースです。
運用機関:
Swiss Institute of Bioinformatics (SIB)
生物種:
All
説明:
ヨーロッパ、日本、韓国、アメリカの特許に記載されたタンパク質のアミノ酸配列、核酸の配列のデータベースです。検索ツールは機能していませんが、機関ごとのデータはFASTAとEMBL形式でダウンロードできま...
運用機関:
Bioinformatics Portal Site (BPS)
生物種:
Fungi
説明:
菌類を中心とした比較ゲノムのデータベースです。コンティグ情報、遺伝子情報、GC値、アミノ酸構成が収録されています。タキソノミー、コンティグ、ゲノム情報やドメインによるブラウズ、およびゲノムビューワーに...
運用機関:
Baylor College of Medicine
生物種:
All
説明:
タンパク質の配列におけるアミノ酸残基の進化的重要性をランク付けし、構造的に利用可能な場合はトップランクの残基を構造にマップして表示するツールです。リアルバリューとインテジャーとを使って表示するET V...
運用機関:
AgBase, Mississippi State University
生物種:
Metazoa | Viridiplantae
説明:
農作物や動物の遺伝子について遺伝子オントロジーを含めた構造アノテーションや機能アノテーションを行うデータベースです。データ収集元のDB名とアクセス番号、タンパク質名、遺伝子名、得られた生物種名、アミノ...
運用機関:
Institute of Molecular Medicine (IMM), Peking University
生物種:
Rhesus macaques
説明:
アカゲザル遺伝子のデータベースです。遺伝子ごとに概要、遺伝子や転写の機構、発現プロファイル、発現調整、変異と繰り返し、ヒト遺伝子との比較、遺伝子機能、表現形や疾患、薬剤開発の情報が収録されています。ゲ...
運用機関:
Institute of Pathogen Biology, Chinese Academy of Medical Sciences & Peking Union Medical College (CAMS&PUMC)
生物種:
Bacteria
説明:
病原菌の病原性因子に関する統合データベースです。病原菌ごとに基礎情報、特性、誘引する疾患、ゲノムと関連文献の情報を収録しています。病原菌による絞り込みやBLAST検索、キーワードによる検索が可能です。...
運用機関:
University of Washington
生物種:
Brugia malayi | Leishmania major | Schistosoma mansoni | Toxoplasma gondii
説明:
熱帯病に関する薬剤と病原体内ターゲットのデータベースです。らい菌、結核菌、マラリア原虫などの病原体に含まれるタンパク質について遺伝子ID、機能、代謝パスウェイ、一次構造（分子量、長さ、等電点、GPIア...
運用機関:
Structural Bioinformatics Group, Institute of Molecular Biology and Bioinformatics, Charité-University Medicine Berlin
生物種:
All
説明:
薬剤とターゲットとの相互作用に関するデータベースです。主に薬剤、タンパク質、副作用に重点を置き、 UniProt、SuperDrug、SIDERなどから以下の情報を収録しています。
薬剤：名称、Pu...
運用機関:
Dana-Farber Cancer Institute
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus
説明:
がん幹細胞の研究情報や分子プロファイルの解析ツールをまとめたポータルサイトです。幹細胞に関するデータセットやオンラインツールを収録したGalaxyとStem Cell Commonsがリンクされていま...
運用機関:
Institute of Biomedical Sciences (IBMS), Academia Sinica
生物種:
Homo sapiens
説明:
肺がんに関わるゲノムセットのデータベースです。肺がん遺伝子やmicroRNAについて以下の情報が収録されています。
（１）肺がん遺伝子の体細胞突然変異、実験的知見、臨床病理学的特徴
（２）高密度S...
運用機関:
University College London, Research Department of Structural and Molecular Biology, Institute of Structural and Molecular Biology, University College London
生物種:
All
説明:
Gene3Dは(PDB構造からの)CATHドメインファミリーを取得し、それらをPDB構造のない数百万のタンパク質配列に(HMMERから作成されたHidden Markovモデルを使って)割り当てます。
運用機関:
Myongji University
生物種:
Canis familiaris | Danio rerio | Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus
説明:
アポトーシス、炎症、ネクローシスおよび免疫細胞のシグナリングパスウェイの鍵となるdeath domain (DD) super family のデータベースです。文献から収集したヒトのDDについて、タ...
運用機関:
Center for Bioinformatics (CBI), Peking University
生物種:
Homo sapiens
説明:
自閉スペクトラム症（ASD）の遺伝的情報を収録したデータベースです。GWAS、ゲノムワイドCNV、連鎖解析、小さなスケールでの遺伝的関連、発現プロファイルなどから得られたASDに関連する遺伝子とCNV...
運用機関:
Stanford University School of Medicine
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトゲノムでキャプチャーされたオリゴヌクレオチドのデータベースです。ヌクレオチドの染色体上での位置、長さ、制限酵素、塩基配列、5末端'と3'末端の配列などを収録しています。染色体番号や位置、bed形式...
運用機関:
生物種:
All
説明:
遺伝子の必須性に着目したデータベースです。各遺伝子ごとにConditional（必須遺伝子）かNonessentialかの情報が付与されています。必須性の判断について、元になった文献情報、実験条件、遺...
運用機関:
Biological Data Management and Technology Center, Lawrence Berkeley National Laboratory
生物種:
Archaea | Bacteria | Eukaryota | Viruses
説明:
微生物のゲノムとマイクロバイオームのデータセットについてアノテーション、解析、分配をサポートするサイトです。DOE's Joint Genome Institute (JGI)で得られた配列にEBI ...
運用機関:
生物種:
Arabidopsis thaliana
説明:
シロイヌナズナのT-DNA挿入変異体由来のFlanking Sequence Tag（FST）のデータベースです。ベクター、対応する遺伝子、BLAST検索で一致する塩基配列、予測の挿入位置、遺伝子コー...
運用機関:
Mathivanan Lab, La Trobe Institute for Molecular Science
生物種:
All
説明:
細胞から分泌される直径30〜150nmの膜小胞（エクソソーム）のデータベースです。エクソソームについて、生物種、実験方法、検出した分子、文献、関連するパスウェイやタンパク質相互作用などの情報を収録して...
運用機関:
Center for Comparative Functional Genomics, Department of Biology, New York University, Max Delbrueck Center for Molecular Medicine (MDC), Max Planck Institute for Biology of Ageing, Howard Hughes Medical Institute
生物種:
Caenorhabditis elegans | Homo sapiens | Mus musculus
説明:
転写から翻訳までの間に行われるRNAレベルでの発現調整についてのデータベースです。発現調整を行うRNA結合タンパク質（RBP）およびマイクロRNA（miRNA）に対するRNA上の結合サイトの情報を収録...
運用機関:
Institute of Biochemistry and Biophysics Polish Academy of Sciences
生物種:
Arabidopsis thaliana | Caenorhabditis elegans | Drosophila melanogaster | Escherichia coli | Homo sapiens | ...
説明:
細胞活動において起こるゲノムの変化についてのデータベースです。クロマチンの再構成、ヒストンの変形、転写などのゲノムダイナミクス、DNA複製や翻訳などのDNA合成、DNAの修復、ダメージのチェックポイン...
運用機関:
生物種:
All
説明:
高分子内相互作用のデータベースです。高分子タンパク質のPDB ID、タンパク質に含まれるサブユニット、その相互作用の数とタイプ、および立体的な構造を収録しています。データはPDB IDやSCOPのサブ...
運用機関:
生物種:
Caenorhabditis | Danio rerio | Drosophila | Homo sapiens | Mus musculus | ...
説明:
Alliance of Genome Resourcesは、6つのモデル生物データベース（Saccharomyces Genome Database, WormBase, FlyBase, Zebra...
運用機関:
Oregon State University, Bioversity International, New York Botanical Garden, Lawrence Berkeley National Laboratory
生物種:
Rhodophyta | Phaeophyceae | Chlorophyta | Arabidopsis thaliana | Bryophyta | ...
説明:
植物のリファレンスオントロジーと遺伝子、表現型のデータを統合したデータベースです。Planteomeプロジェクトの開発した植物オントロジー（PO）、植物形質オントロジー（TO）、植物実験条件オントロジ...
運用機関:
Indiana University Bloomington
生物種:
All
説明:
クラウドコンピューティングおよびHPC（高性能計算）を利用した脳科学データの解析、データ管理、および可視化のためのオープンなオンラインプラットフォームです。ユーザーは自身のデータをアップロードしたり、...
運用機関:
Facultad de Ciencias Exactas y Naturales - Universidad de Buenos Aires
生物種:
All
説明:
病原体における薬剤標的の優先順位付けをするためのバイオインフォマティクスデータベースです。13の微生物ゲノム情報と実験情報、およびタンパク質の構造に基づいたドラッガビリティ予測、必須性、および代謝にお...
運用機関:
Technical University of Munich
生物種:
Homo sapiens
説明:
定量的質量分析に基づく大規模なプロテオミクスデータの探索が行えるインメモリデータベースです。遺伝子名やアクセッション番号などからのタンパク質/ペプチドの検索および染色体表示からヒトプロテオームのブラウ...
運用機関:
Indraprastha Institute of Information Technology (IIIT-Delhi)
生物種:
All
説明:
FlavorDB は、味と香りを表すフレーバー分子を収載したデータベースです。これらのうち 2,254 分子は、34 のカテゴリーに属する 936 の天然成分に由来しています。ダイナミックでユーザーフ...
運用機関:
NASA Ames Research Center
生物種:
Acinetobacter pittii | Arabidopsis thaliana | Aspergillus fumigatus | Aspergillus niger | Aspergillus terreus | ...
説明:
NASA GeneLab は、地球上の生物の宇宙飛行環境に対する分子反応を探る実験に対する研究者のアクセスを拡大するリソースです。国際宇宙ステーション上で行われた実験で生成された膨大な量の生データが、...
運用機関:
生物種:
All
説明:
タンパク質の天然変性（ID：intrinsic disorder）領域がパートナー（タンパク質、核酸または小分子）との相互作用においても維持され、生物学的機能に直接影響を及ぼすファジータンパク質複合体...
運用機関:
Institute of Enzymology, Research Centre for Natural Sciences, Hungarian Academy of Sciences, MTA-ELTE Momentum Bioinformatics Research Group
生物種:
All
説明:
天然変性タンパク質（IDPs: Intrinsically Disordered Proteins）と立体構造を持つタンパク質の複合体を収載したデータベースです。機能や構造のアノテーション情報に加え、...
運用機関:
Institute of Enzymology, Research Centre for Natural Sciences, Hungarian Academy of Sciences, MTA-ELTE Bioinformatics Research Group
生物種:
All
説明:
天然変性タンパク質同士で構成されるタンパク質複合体のデータベースです。単体の状態で安定した三次構造を持たないこれらのタンパク質の折りたたみは、複合体形成によって相互に誘導されます。このような複合体の情...
運用機関:
Ludwig-Maximilians-Universität München, Department Biologie II, Division of Neurobiology, Leibniz Supercomputing Centre of the Bavarian Academy of Sciences and Humanities
生物種:
All
説明:
神経科学データのための包括的で再現性のある管理･共有プラットフォームです。アップロードしたデータへの様々な場所からのアクセス、同期、バージョン管理、制限付きのデータ共有およびDOIを与えてデータを公開...
運用機関:
Ecole Polytechnique Federale de Lausanne, SIB Swiss Institute of Bioinformatics
生物種:
Apis mellifera | Arabidopsis thaliana | Caenorhabditis elegans | Danio rerio | Drosophila melanogaster | ...
説明:
公開された次世代シーケンシングデータおよび その他のゲノムアノテーションデータ（転写開始部位、SNP など）を標準フォーマット（SGA: Simple Genome Annotation）で保存するリ...
運用機関:
European Molecular Biology Laboratory (EMBL), National Center for Protein Sciences
生物種:
All
説明:
複数のレポジトリからのオミックスデータ（トランスクリプトミクス、ゲノミクス、プロテオミクス、メタボロミクス）を統合し、検索を可能にしたリソースです。ArrayExpress、PRIDE、MassIVE...
運用機関:
Frederick National Laboratory for Cancer Research
生物種:
All
説明:
CSSI (Center for Strategic Scientific Initiatives) DCC （Data Coordinating Center） Portal は、CSSI から資金...
運用機関:
Lamond Group, University of Dundee
生物種:
Caenorhabditis elegans | Homo sapiens | Mus musculus
説明:
ダンディー大学の Lamond グループと共同研究者によって行われた大規模実験データを提供するプロテオームのエンサイクロペディアです。ヒトおよびモデル生物の3万件以上のタンパク質に対する定量、合成と分...
運用機関:
iReceptor, Simon Fraser University
生物種:
説明:
適応免疫（抗原/B-cell, T-cell）受容体レパートリーにおける次世代シーケンシングデータ (AIRR-seq) を保存し、共有するためのプラットフォームです。iReceptor Gatewa...
運用機関:
RECOLNAT
生物種:
All
説明:
e-ReColNatはデジタル化された過去350年間の植物、動物、化石、地理に関する自然史コレクションを提供します。800万以上の標本と700万以上の画像データを含みます。アカウントを作成してデータを...
運用機関:
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
T細胞受容体配列を既知の抗原特異性とともに収録したキュレーションデータベースです。ウェブインターフェースからデータのブラウジングと検索を直感的に行うことができます。ユーザーのRepSeq (Immun...
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統合TVにて解説動画が公開されています (2017年10月04日 版）