レコード詳細
The Mass Genome Annotation Data Repository: MGA
| IDNBDC共通のデータベースID。日本語と英語など、タイトルが複数存在する場合は括弧を使用して併記する。 | NBDC02292 |
|---|---|
| 名称データベースの名称 | The Mass Genome Annotation Data Repository |
| 別称データベースの別称 | MGA |
| URLデータベースをWebで公開している場合、そのURL | https://epd.expasy.org/mga/ |
| 運用機関名現在データベースを運用している機関名 | Ecole Polytechnique Federale de Lausanne, SIB Swiss Institute of Bioinformatics |
| 運用機関所在国・地域運用機関が所在する国及び地域名 | スイス |
| 説明データベースの説明 | 公開された次世代シーケンシングデータおよび その他のゲノムアノテーションデータ（転写開始部位、SNP など）を標準フォーマット（SGA: Simple Genome Annotation）で保存するリポジトリです。配列の生データではなく、各生物種ゲノムへのマッピングデータを提供しています。これらのデータは、キュレータによりマニュアルキュレーションされています。MGA-searchページから、データのキーワード検索が行えます。MGA Data Overviewページからは、生物種や実験を選択したデータのブラウジングが可能です。また、FTPサイトからSGA形式データのダウンロードが行えます。さらに、「ChIP-seq」ツールやSSA サーバーを利用して様々な解析を行うことができます。 |
| 生物種データベースが扱う生物のTaxonomy NameとNCBI TaxonomyのID | Apis mellifera (7460), Arabidopsis thaliana (3702), Caenorhabditis elegans (6239), Danio rerio (7955), Drosophila melanogaster (7227), Homo sapiens (9606), Mus musculus (10090), Saccharomyces cerevisiae (4932), Schizosaccharomyces pombe (4896), Zea mays (4577) |
| タグ （対象）データベースに収録された主要データの対象を表すタグ |
ゲノム/遺伝子
cDNA/EST
遺伝的多様性
エピジェネティクス
DNA
RNA
タンパク質
糖質
脂質
代謝物
化学物質
薬
細胞/オルガネラ
個体/種
健康/疾患
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| タグ (データの種類)データベースに収録された主要データの種類を表すタグ |
表現型
バイオリソース
手法
オントロジー/用語/命名法
環境
配列
3D構造
化学構造
発現
局在
地理的分布
相互作用/パスウェイ
生物分類
分類
画像/動画
書誌/ドキュメント
ポータル
リポジトリ
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| 論文等 (PubMed ID/DOI)当該データベースに関連した論文のPubMed ID/DOI | ― |
| 言語データベースの内容の記載に使用されている言語 | 英語 |
| 稼動状況データベースの稼動状況 | 稼動中 |
| 一括ダウンロードデータへのリンク一括ダウンロードデータへのリンク | ― |
| 一括ダウンロードデータのデータ説明一括ダウンロードデータのデータ説明 | ― |
| データベースの利用許諾へのリンク一括ダウンロードデータの利用条件 | ― |
| データベースの使い方 | ― |
| データベースの連絡先 | ask-epd@googlegroups.com |
| API / SPARQL endpoint | ― |
| LSDBアーカイブへのリンクLSDBアーカイブへのリンク | ― |
| MEDALSデータベース便覧へのリンクMEDALSデータベース便覧へのリンク | ― |
| 統合TVへのリンク統合TVへのリンク | ― |
| FAIRsharingへのリンクFAIRsharingへのリンク | https://fairsharing.org/10.25504/FAIRsharing.9997ek |
| 類似データベースこのデータベースに類似したデータベース | |
| レコード管理者レコード管理者 | See the corresponding part in the FAIRsharing record |
| レコードの由来レコードの由来 |
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| レコード公開日日本語レコードの公開日 | 2019-03-28 |
| レコード最終更新日日本語レコードの最終更新日 | 2024-07-28 |
| 本レコードの利用条件 | Creative Commons Attribution and Share-alike (CC-BY-SA) International 4.0 license |