レコード詳細
Araport: Arabidopsis Information Portal
| IDNBDC共通のデータベースID。日本語と英語など、タイトルが複数存在する場合は括弧を使用して併記する。 | NBDC02433 | ||||||||||||
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| 名称データベースの名称 | Araport | ||||||||||||
| 別称データベースの別称 | Arabidopsis Information Portal | ||||||||||||
| URLデータベースをWebで公開している場合、そのURL | https://www.araport.org/ | ||||||||||||
| 運用機関名現在データベースを運用している機関名 | J. Craig Venter Institute, Texas Advanced Computing Center, The University of Texas at Austin, University of Cambridge | ||||||||||||
| 運用機関所在国・地域運用機関が所在する国及び地域名 | アメリカ合衆国 | ||||||||||||
| 説明データベースの説明 | シロイヌナズナの研究情報のポータルサイトです。ゲノムアノテーションデータTAIR10の後継にあたるAraport11データを無料で提供しています。ゲノム配列や機能に加えて、RNA-seqデータが統合されています。ウェブアプリケーションThaleMine、ゲノムブラウザJBrowseを利用してデータの検索・表示および解析を行なうことができます。ユーザーが開発できる「Science Apps」やAPIも用意されています。解析結果の保存やデータのダウンロード、Science Appsの利用には無料アカウントの作成が必要です。 | ||||||||||||
| 生物種データベースが扱う生物のTaxonomy NameとNCBI TaxonomyのID | Arabidopsis thaliana (3702) | ||||||||||||
| タグ （対象）データベースに収録された主要データの対象を表すタグ |
ゲノム/遺伝子
cDNA/EST
遺伝的多様性
エピジェネティクス
DNA
RNA
タンパク質
糖質
脂質
代謝物
化学物質
薬
細胞/オルガネラ
個体/種
健康/疾患
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| タグ (データの種類)データベースに収録された主要データの種類を表すタグ |
表現型
バイオリソース
手法
オントロジー/用語/命名法
環境
配列
3D構造
化学構造
発現
局在
地理的分布
相互作用/パスウェイ
生物分類
分類
画像/動画
書誌/ドキュメント
ポータル
リポジトリ
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| 論文等 (PubMed ID/DOI)当該データベースに関連した論文のPubMed ID/DOI |
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| 言語データベースの内容の記載に使用されている言語 | 英語 | ||||||||||||
| 稼動状況データベースの稼動状況 | 稼動中 | ||||||||||||
| 一括ダウンロードデータへのリンク一括ダウンロードデータへのリンク | https://www.araport.org/downloads | ||||||||||||
| 一括ダウンロードデータのデータ説明一括ダウンロードデータのデータ説明 | https://www.araport.org/data/araport11 | ||||||||||||
| データベースの利用許諾へのリンク一括ダウンロードデータの利用条件 | ― | ||||||||||||
| データベースの使い方 | https://www.araport.org/thalemine/user-guide, https://www.araport.org/jbrowse/user-guide, https://www.araport.org/tutorials | ||||||||||||
| データベースの連絡先 | araport@jcvi.org | ||||||||||||
| API / SPARQL endpoint | https://www.araport.org/api-explorer | ||||||||||||
| LSDBアーカイブへのリンクLSDBアーカイブへのリンク | ― | ||||||||||||
| MEDALSデータベース便覧へのリンクMEDALSデータベース便覧へのリンク | ― | ||||||||||||
| 統合TVへのリンク統合TVへのリンク | ― | ||||||||||||
| FAIRsharingへのリンクFAIRsharingへのリンク | https://fairsharing.org/biodbcore-001076/ | ||||||||||||
| 類似データベースこのデータベースに類似したデータベース | |||||||||||||
| レコード管理者レコード管理者 | Integbio Database Catalog | ||||||||||||
| レコードの由来レコードの由来 |
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| レコード公開日日本語レコードの公開日 | 2019-07-10 | ||||||||||||
| レコード最終更新日日本語レコードの最終更新日 | 2019-07-10 | ||||||||||||
| 本レコードの利用条件 | Creative Commons CC0 license |