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データベースのレコード一覧 (件数: 2582)
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生物種
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その他
運用機関:
Arieh Warshel Institute of Computational Biology, The Chinese University of Hong Kong
生物種:
Archaea | Bacteria | Fungi | Embryophyta | Homo sapiens | ...
説明:
抗菌ペプチド（Antimicrobial peptides: AMP）のデータベースです。AMPについて配列、取得生物種、ターゲットとなる種などの基本情報、抗菌活性、物理化学的特性、相互作用タンパク質...
運用機関:
Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
体細胞における一塩基多型(SNV）の包括的なカタログです。ヒトおよびマウスの正常組織の単一細胞で発生する体細胞のSNVの情報を、公開された研究成果または独自の研究成果から収集しています。各エントリには...
運用機関:
Xishuangbanna Tropical Botanical Garden, Chinese Academy of Sciences
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus | Sus scrofa | Oryctolagus cuniculus | ...
説明:
CRISPR/Cas9システムにおける長鎖ノンコーディングRNA（lncRNA）用のガイドRNA（sgRNA）のデータベースです。lncRNAのID、ゲノム上の位置、配列や機能とともに、ペアとなるsg...
運用機関:
University of Lausanne
生物種:
Euteleostomi
説明:
タンパク質コード遺伝子の分子内共進化のデータベースです。脊椎動物亜門のうち現存する真口類（bony vertebrates, Euteleostomi）の中の8,000以上のタンパク質ファミリーについ...
運用機関:
National University of Singapore
生物種:
Viridiplantae | Homo sapiens
説明:
食用・薬用等さまざまな有用植物の分子活性を集めたデータベースです。文献および公開データベースより情報を収集しています。キーワード、成分、植物の用途、標的タンパク質、KEGG Pathway、GO、ヒト...
運用機関:
University of Miami Miller School of Medicine
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus | Danio rerio | Schizosaccharomyces pombe | ...
説明:
クロマチン免疫沈降法における定量的PCR（ChIP-qPCR）のための、検証済プライマーを格納するレポジトリです。査読付き論文から、有効な対照と比較して5倍以上の増幅が報告されているプライマーの情報を...
運用機関:
Kunming Institute of Zoology, Chinese Academy of Sciences
生物種:
Tupaia belangeri
説明:
南アジアに広く分布するツパイのゲノムデータベースです。リファレンスゲノム（高品質ドラフトゲノム、染色体レベルのゲノムアッセンブリ）についてのアノテーション、組織ごとの遺伝子発現パターン、6個体のゲノム...
運用機関:
Wellcome Sanger Institute
生物種:
Homo sapiens
説明:
がん細胞株およびオルガノイドモデルの情報を提供するデータベースです。患者、検体及び細胞モデル間の関係についての情報や、遺伝子変異・発現・CNV・メチル化・薬剤感受性等の、付随するゲノム及び機能データが...
運用機関:
Harbin Medical University
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus
説明:
ヒトおよびマウスの組織における様々な細胞タイプに対する網羅的で正確な細胞マーカーの情報を提供するデータベースです。細胞マーカー、組織タイプ、細胞タイプ、がんタイプおよびソースの情報を10万以上の論文か...
運用機関:
Huazhong University of Science and Technology
生物種:
Homo sapiens
説明:
33のヒトがんタイプにおける、スプライシング量的形質座位（sQTL）の情報を提供するデータベースです。ユーザーは、sQTL、患者の全生存期間と関連のあるsQTL、および、GWASによる連鎖不平衡領域と...
運用機関:
Harbin Medical University
生物種:
Homo sapiens
説明:
25のがんタイプにおける、単一細胞レベルでの機能的な状態および遺伝子発現プロファイルを提供するデータベースです。シングルセルRNA-seqデータから情報を収集し、各細胞に14の機能的状態（stemne...
運用機関:
Edward Via College of Osteopathic Medicine
生物種:
Homo sapiens
説明:
マイクロサテライトの比較解析データベースです。1000ゲノムプロジェクト中の2529人からの生殖細胞系列のマイクロサテライト情報を含んでいます。民族や集団名から検索し、個々のサンプルの情報および含まれ...
運用機関:
Helmholtz Centre for Infection Research
生物種:
Pseudomonas aeruginosa
説明:
緑膿菌（Pseudomonas aeruginosa）の臨床分離株の情報を集めたデータベースです。各分離株の薬剤感受性や毒性などの表現型データに加え、遺伝子配列や発現情報が格納されています。Pheno...
休止
AWESOME: A Website Exhibits SNP On Modification Event
運用機関:
Tongji Medical College Huazhong University of Sciences and Technology
生物種:
Homo sapiens
説明:
翻訳後修飾（PTM）に影響するSNPの情報を集めたデータベースです。実験データおよび複数の予測ツールによって得られた、SNPに影響されるPTMの強度を数値化して格納しています。遺伝子名、rsID、染色...
運用機関:
University of Southern California
生物種:
cellular organisms
説明:
再構築された共通祖先生物の遺伝子およびゲノムのリソースです。階層的なツリー表示もしくは系統樹表示から祖先生物種を選択すると、存在が推測されるタンパク質コード遺伝子リストが表示されます。遺伝子リストはP...
運用機関:
Institute of Molecular Genetics of the ASCR
生物種:
Homo sapiens
説明:
古代ヒトミトコンドリアゲノムのデータベースです。古代検体より得られたミトコンドリアDNA（mtDNA）配列（FASTA形式）および手作業によりキュレーションされたメタデータが提供されており、無料でダウ...
運用機関:
University of California, San Diego
生物種:
Thermotoga maritima MSB8 | Methylorubrum extorquens AM1 | Escherichia coli B str. REL606 | Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 | Escherichia coli BW25113
説明:
微生物の実験室内適応進化実験から得られた突然変異の情報を集めたデータベースです。突然変異情報はゲノム上の位置、変異の種類、実験条件、文献などと関連づけて格納されています。遺伝子名や変異の種類、プロジェ...
運用機関:
独立行政法人酒類総合研究所
生物種:
Saccharomyces cerevisiae Kyokai no. 7 | Saccharomyces cerevisiae S288c
説明:
清酒酵母ゲノムデータベースでは、清酒酵母の代表的な菌株である「きょうかい7号（K7）」のゲノム配列や個別の遺伝子に関する情報の閲覧や、相同性検索などが可能です。また、ドットプロット解析や差分解析機能も...
運用機関:
Iowa State University
生物種:
Sus scrofa
説明:
ブタゲノム情報を総合的に提供するデータベースです。Gene Pages・Biomart（遺伝子情報の検索）、Pig QTLdb・Gbrowse（量的形質遺伝子座などゲノム情報のマッピング・閲覧）、AN...
運用機関:
Simon Fraser University
生物種:
Burkholderia
説明:
バークホルデリア属細菌のゲノムデータベースです。嚢胞性線維症（Cystic Fibrosis）患者に感染症を引き起こすセパシア菌群（Burkholderia cepacia complex）ゲノムのア...
運用機関:
公益財団法人 かずさDNA研究所
生物種:
Chrysanthemum morifolium
説明:
キク類のゲノムデータベースです。全ゲノム配列の決定から遺伝子を推定し、遺伝子ごとの塩基配列、アミノ酸配列、CDSの配列、TAIRやAraport11からBLAST検索により得られる解析結果、Inter...
運用機関:
公益財団法人 かずさDNA研究所
生物種:
Eucalyptus camaldulensis
説明:
ユーカリのゲノム情報データベースです。Eucalyptus camaldulensis について遺伝子ごとの配列データに加えてBLAST2による相同性検索結果、InterProからタンパク質ファミリー...
運用機関:
公益財団法人 かずさDNA研究所
生物種:
Zoysia japonica | Zoysia matrella | Zoysia pacifica
説明:
シバ属のゲノム情報データベースです。シバ（Zoysia japonica）、コウライシバ（Z. pacifica）、コウシュンシバ（Z. matrella (L.)）について、遺伝子ごとの配列データに...
運用機関:
公益財団法人 かずさDNA研究所
生物種:
Ipomoea batatas
説明:
サツマイモのゲノム情報データベースです。遺伝子ごとの配列データに加えてTAIR、NRからBLASTにより得られる解析結果やInterProScanからのGOアノテーション情報を収録しています。BLAS...
運用機関:
公益財団法人 かずさDNA研究所
生物種:
Prunus avium | Prunus yedoensis
説明:
佐藤錦 (Prunus avium) とソメイヨシノ (Cerasus x yedoensis) のゲノム情報データベースです。遺伝子アノテーションを伴う全ゲノム配列、SNPやindelの分子マーカー...
運用機関:
公益財団法人 かずさDNA研究所
生物種:
Solanum melongena L.
説明:
ナス (Solanum melongena L.)のゲノム情報のデータベースです。遺伝子ごとの配列データに加えてBLASTによるITAG、TAIR、NR、Swissprotなど既存データベースから得ら...
運用機関:
MISTEA / LEPSE, INRA (French National Institute for Agricultural Research)
生物種:
Viridiplantae
説明:
植物フェノミクスデータのための、オントロジーをベースにしたオープンソース・インフォメーションシステムです。温室やフィールド等異なる条件下で得られた、画像・数値・テキストデータなどを、再利用・解析可能な...
運用機関:
独立行政法人製品評価技術基盤機構
生物種:
Bacteria | Fungi
説明:
生物資源とその関連情報（生物の特定情報、オミックス情報など）を一元化する生物資源データのプラットフォームです。NBRCが保有する２万種類以上の微生物株情報について、物質生産や薬剤耐性などの特性情報や文...
運用機関:
国立研究開発法人国立環境研究所
生物種:
Scolopax mira | Haliaeetus albicilla | Ciconia boyciana | Bubo blakistoni | Grus japonensis | ...
説明:
絶滅危惧種を中心とした全ゲノムドラフト配列のデータベースです。国立環境研究所の環境ゲノム科学研究推進事業の成果として生態系環境研究センターが作成した、アマミヤマシギ、コウノトリ、シマフクロウ、ツシマヤ...
運用機関:
国立研究開発法人国立環境研究所
生物種:
Scleractinia
説明:
鹿児島県種子島を中心として記録された有藻性イシサンゴ類のデータベースです。学名、和名、生時・骨格についての写真や形態的特徴のほか、生息環境や国内での分布状況を収録しています。また、再検討が必要な分類学...
運用機関:
国立研究開発法人国立環境研究所
生物種:
説明:
環境リスクに着目した様々な化学物質関連情報を集約している化学物質データベースです。特に農薬や環境分析法に関する情報を約70の出典から収集し、法規制等、曝露関連、健康影響、生態影響試験、リスク評価・有害...
運用機関:
国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所
生物種:
説明:
薬物代謝および薬物動態の解析と予測のためのデータベースです。ChEMBLに収録された医薬品の情報から化合物の情報とそれらの薬物動態に関わる情報を収集し、互換性のある条件で測定されたデータを選択し、キュ...
運用機関:
University of Georgia, George Washington University
生物種:
All
説明:
糖質と糖鎖複合体のデータベースです。国際的な複数のデータベースから情報を取得し、情報源のデータベース、生物種、機能、アミノ酸配列、パスウェイ、アイソフォーム、オルソログ、関連疾患、変異、発現などの多く...
運用機関:
J. Craig Venter Institute, Texas Advanced Computing Center, The University of Texas at Austin, University of Cambridge
生物種:
Arabidopsis thaliana
説明:
シロイヌナズナの研究情報のポータルサイトです。ゲノムアノテーションデータTAIR10の後継にあたるAraport11データを無料で提供しています。ゲノム配列や機能に加えて、RNA-seqデータが統合さ...
運用機関:
一般社団法人日本再生医療学会
生物種:
Homo sapiens
説明:
再生医療を受ける患者の症例データを登録するデータベースです。臨床研究に対応する「再生医療等臨床研究データ登録システム（NRMD／CR）」、市販後調査に対応する「再生医療等製品使用データ登録システム（N...
運用終了
P-CREATEゲノム解析データポータル
運用機関:
次世代がんP-CREATEサポート機関事務局（公益財団法人がん研究会 がん研究所内）
生物種:
Homo sapiens
説明:
「次世代がん研究シーズ戦略的育成プログラム(P-DIRECT)」のゲノム解析データポータルを引き継ぎ、「次世代がん医療創生研究事業(P-CREATE)」で取得されるデータと併せて公開しています。オープ...
運用機関:
東京女子医科大学
生物種:
Caenorhabditis elegans
説明:
ナショナルバイオリソースプロジェクト「線虫」は東京女子医科大学を中核機関とし、実験動物線虫（C. elegans）の遺伝子欠失変異体の収集・保存・提供を行っています。このほかに、Cre recombi...
運用機関:
東北大学 大学院情報科学研究科
生物種:
説明:
タンパク質とリガンドの３次元相互作用データベースです。KEGG代謝パスウェイ上の酵素反応について、自動的に収集及び予測したタンパク質とリガンドの3D複合体構造が収録されています。以下の3つのカテゴリー...
運用機関:
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所
生物種:
Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus
説明:
hGTOPはヒト、マウス、ラットのゲノムに含まれる蛋白質の構造アノテーションデータベースです。生物種を指定し、キーワードによる検索が可能です。予測２次構造や天然変性領域、モチーフなどの情報およびPDB...
運用機関:
早稲田大学
生物種:
説明:
VaProSは構造生命科学データクラウドです。ゲノム情報、蛋白質の構造や機能などを扱う複数の内部・公共のデータベース・ツールを横断的に検索することができます。キーワード、DNA/アミノ酸配列およびEn...
運用機関:
いわて東北メディカル・メガバンク機構
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトDNAメチル化情報、遺伝子発現情報、ゲノム多型情報を統合した多層オミックスデータベースです。東北メディカル・メガバンク計画の参加者約100人のCD4陽性Tリンパ球、単球、好中球を用いたWGBS、W...
運用機関:
東京大学 大学院理学系研究科附属臨海実験所
生物種:
Anneissia japonica
説明:
ニッポンウミシダ (Oxycomanthus japonicus) の飼育と提供を行っています。ウミシダの幼体、成体、すべての発生段階の固定試料、cDNA、BACライブラリー、EST、マイクロアレイの...
運用機関:
東京大学医科学研究所内 バイオバンク・ジャパン事務局
生物種:
Homo sapiens
説明:
全国の医療機関において51疾患・約27万人の患者から収集したDNA、血清、臨床情報を保管している、学術研究用の資源バンクです。研究者は「保有試料検索システム（ https://searchweb.sv...
運用機関:
独立行政法人医薬品医療機器総合機構
生物種:
Homo sapiens
説明:
医薬品の製造販売業者または医療機関等から報告された国内の副作用報告をラインリスト形式及びCSVファイル形式で公開しています。 医薬品の一般名・販売名や副作用名等から、副作用が疑われる症例報告のラインリ...
運用機関:
理化学研究所 脳神経科学研究センター
生物種:
Callithrix jacchus
説明:
コモンマーモセット（Callithrix jacchus）脳における高解像度の遺伝子発現アトラスを提供するデータベースです。in situ hybridization (ISH) 法によって得られた各...
運用機関:
理化学研究所 脳神経科学研究センター, Brain/MINDS Database Council
生物種:
Callithrix jacchus | Homo sapiens
説明:
Brain/MINDS プロジェクトで得られたデータを公開するサイトです。組織画像とMRI画像を組み合わせたコモンマーモセット（Callithrix jacchus）のデジタル3次元標準脳アトラスを公...
運用機関:
東海大学 医学部
生物種:
cellular organisms | Viroids | Viruses
説明:
公開されているゲノム配列を集めた大規模データベースです。主にNCBI Assemblyから完全長のゲノム配列を収集しています。動物や植物では1つの生物種につき1つのゲノム配列のみを含んでいます。また、...
運用機関:
厚生労働省 国立感染症研究所
生物種:
Escherichia coli | Klebsiella pneumoniae | Enterobacter cloacae | Salmonella | Klebsiella oxytoca | ...
説明:
薬剤耐性菌のゲノムデータベースです。国内外で分離された患者・家畜・環境など様々な由来の菌株について、プラスミドゲノムと染色体ゲノムを分離したうえで解読・解析し、付随する疫学情報と共にデータベースとして...
運用機関:
Naturalis Biodiversity Center
生物種:
all
説明:
Naturalis Biodiversity Center が開発、管理する生物種情報の管理システムサイトです。Linnaeus NGを利用して作成されたヨーロッパや東南アジアなど各地の生物種に関する...
運用機関:
国立研究開発法人産業技術総合研究所
生物種:
Homo sapiens
説明:
産総研 デジタルヒューマン研究センター／デジタルヒューマン工学研究センター／人間情報研究部門 デジタルヒューマン研究グループにおいて作成、公開されていた「AIST人体寸法・形状データベース」のデータ公...
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統合TVにて解説動画が公開されています (2017年10月04日 版）