サーバ更新のお知らせ
2025年3月19日にサーバ更新を実施しました。
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データベースのレコード一覧 (件数: 2572)
並び替え:
生物種
カテゴリ
稼動状況
地域
その他
運用機関:
REFLORA Programme
生物種:
Chlorophyta | Phaeophyceae | Rhodophyta | Fungi | Viridiplantae
説明:
ブラジルのすべての既知の植物、藻類、および菌類についてのデータベースです。命名法、地理的分布（ブラジル国内の分布範囲、固有種バイオーム）の他、各生物の生活型、基質、および植生の種類に関する貴重なデータ...
運用機関:
Ben-Gurion University of the Negev
生物種:
Homo sapiens
説明:
組織内のヒトタンパク質の分子相互作用についてのデータベースです。実験的に同定されたタンパク質-タンパク質相互作用 (PPI) 情報を、双方のタンパク質を発現することが示されたヒトの組織と関連付けて収録...
運用機関:
生物種:
All
説明:
人が監督する手法と監督しない手法を組み合わせた自動的分類手法に基づく DNA 構造モチーフのデータベースです。2013 年 2 月までにリリースされた、X線 および NMR を用いたDNA構造解析に...
運用機関:
Computer and Laboratory Investigation of Proteins of Human Origin Group (CALIPHO), Swiss Institute of Bioinformatics
生物種:
Insecta | Acari | Vertebrata
説明:
Cellosaurus は、生物医学研究に用いられる細胞株に関するデータベースです。不死化細胞株、天然の不死化細胞株（例：幹細胞株）、広く流通し、使用されている有限寿命細胞株、ヒト、マウスおよびラット...
運用機関:
生物種:
Homo sapiens
説明:
GPnotebook は臨床医学全分野にわたる簡潔な概要集です。情報を迅速に検索できるよう、体系的に整理して情報を収載しています。GPnotebook の内容は、英国における臨床実務に基づいており、疾...
運用機関:
Edwards Group, University of Western Australia, University of Queensland
生物種:
Cicer arietinum
説明:
ヒヨコ豆のゲノムと遺伝子の配列、機能、分離された染色体アラインメントを含むリソースです。機能に関するアノテーションを GBrowse で検索できます。また、配列の相同性を検索するツールやダウンロード可...
運用機関:
Australian National Data Service (ANDS), Edwards Group, University of Western Australia
生物種:
Hordeum vulgare | Oryza sativa | Triticum aestivum | Zea mays
説明:
様々な作物におけるタンパク質の細胞内局在をワンストップで調べることができるデータベースです。大規模スケールのMS/MS（質量分析）結果、蛍光タグ実験の結果、ナズナの実験的タンパク質-タンパク質相互作用...
運用機関:
Queensland University of Technology (QUT)
生物種:
Musa | Musa acuminata | Musa balbisiana
説明:
熱帯や亜熱帯の国々で重要な作物であるバナナについて、遺伝学的手法による品種改良に取り組むBanana21プロジェクトのサイトです。バナナの栄養強化、バナナの病気コントロール、環境ストレスへの対応に関す...
運用機関:
Australian National Data Service (ANDS), James Cook University
生物種:
All
説明:
熱帯に関する情報を登録することができるオープンなポータルサイトです。物理的環境および自然環境、社会およびコミュニティ（言語および文化的データ等）、ならびに経済に関係するデータを収録しています。各レコー...
運用機関:
Central European Institute of Technology
生物種:
All
説明:
Protein Data Bank を対象としたリガンドと非標準残基の検証結果のコレクションです。重原子 6 個より大きい HET残基が wwPDB CCD に保存されたモデルリガンドまたは残基と同じ...
運用機関:
The University of North Carolina, Chapel Hill Eshelman School of Pharmacy
生物種:
説明:
アノテーションが付された低分子阻害剤、作動薬（アゴニスト）、およびその他の化学的ツールのカタログです。アノテーションは広範であり、細胞およびモデル生物における活性の有無を識別します。各レコードには、構...
運用機関:
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒトゲノムで同定された生殖系列 de novo 変異体のコレクションです。子供には存在するが親には存在しない de novo 変異体に関するWhole-ExomeやWhole genomeのシーケンス...
運用機関:
生物種:
All
説明:
MultiCellDS プロジェクトによるファイルを格納するためのデータベースです。多細胞実験データ、シミュレーションデータ、臨床データを収録しています。乳癌（MCF7、MCF10A、MDA-MB-2...
運用機関:
生物種:
All
説明:
DataMedはさまざまなデータレポジトリ やデータ集を横断的に検索し、データセットを発見するための生物医学データ検索エンジン（プロトタイプ）です。データセットの検索とそれらに関するアクセス情報の提供...
運用機関:
Bioconductor
生物種:
All
説明:
Bioconductor は、ハイスループットゲノムデータを解析し、理解するためのツールを提供します。統計的プログラミング言語「R」を使用した、オープンソースかつオープン開発ソフトウェアプロジェクトで...
運用機関:
Bodleian Library, University of Oxford
生物種:
All
説明:
Oxford University Research Archive (ORA)はオックスフォード大学組織のレポジトリであり、そのメンバーの学術研究成果物のホームです。リソース内の各項目にはDOIが付...
運用機関:
National Institute for Research in Reproductive Health (NIRRH)
生物種:
説明:
CAMPR3 (Collection of Anti-Microbial Peptides) データベースに含まれる 45 の主要な抗菌性ペプチド (AMP) ファミリーに属する抗菌ペプチドを同定する...
運用機関:
Life Imaging Center (LIC), University of Freiburg
生物種:
Danio rerio
説明:
幼生ゼブラフィッシュの脳における仮想共局在研究のためのイメージングおよび画像解析フレームワークです。現在、72 hpf（受精後経過時間）、48 hpf、および 96 hpf の幼生が利用可能です。Vi...
運用機関:
生物種:
Homo sapiens
説明:
医用画像情報のアーカイブとコンピュータネットワークを介してデータにアクセスできるようにするプロジェクトです。超音波、デジタルマンモグラフィー、磁気共鳴、CT、RTGなどの診断装置からのデータを収録して...
運用機関:
Centre for Cell Imaging, Institute of Integrative Biology, University of Liverpool
生物種:
All
説明:
リバプール大学細胞イメージングセンターのユーザーをサポートするために作成された画像/ SPMデータのリポジトリです。プロジェクトや文献に使用した免疫染色画像、データセットなどを収録しています。
運用機関:
Instituto Gulbenkian de Ciencia (IGC)
生物種:
All
説明:
オープンソース光学断層撮影スキャナ「OPenT」で撮影された胚の 3D データセットおよび胚の再構成データのコレクションです。ウサギ、ブタ、マウス、ウズラなどの３次元再構成画像、骨格や血管のみにした画...
運用機関:
Sage Bionetworks
生物種:
All
説明:
Synapse はチームがデータをシェア、分析を追跡、共同研究するための、共同的なオープンソース研究のプラットフォームです。データベースのインフラとホスティングを提供します。
運用機関:
School of Clinical Medicine, University of Cambridge
生物種:
Homo sapiens
説明:
デジタル形式のマンモグラフィ画像のデータベースです。「Portable Gray Map (PGM)」形式の解像度 50 ミクロンの画像が 322 枚（161ペア）、および関連するトルース（検証）デー...
運用機関:
生物種:
Caenorhabditis elegans | Cricetulus griseus | Drosophila | Homo sapiens | Mus musculus
説明:
自由にダウンロード可能な生物の顕微鏡画像セットのコレクションです。研究者は、ライフサイエンス分野の新たな画像分析アルゴリズムを開発、テスト、公開する際に、これらの画像セットを基準点として使用することが...
運用機関:
UNESCO UNITWIN CS-DC
生物種:
Branchiostoma lanceolatum | Danio rerio | Oryctolagus cuniculus | Paracentrotus lividus | Sphaerechinus granularis | ...
説明:
in vivo での 3D+時間を含む トータルイメージングデータの保存とアノテーションのためのウェブサービスです。独自設計のアルゴリズムによる細胞検出、形状セグメンテーション、運動解析のための EG...
運用機関:
The University of Adelaide (TERN Eco-informatics)
生物種:
Animalia | Viridiplantae
説明:
オーストラリアの陸生植物、動物、およびそれらの環境に関するデータや研究方法のデータベースです。方形区、グリッド、捕獲などの手法によりサンプリングされた同じ地点での生態プロットデータを中心に、観測、モニ...
運用機関:
BioImage Informatics, IPDM, France Bio-Imaging, Institut Curie, Strand Avadis
生物種:
Aedes aegypti | Drosophila | Homo sapiens | Mus musculus | Saccharomyces
説明:
進行中の共同研究に使用されるデータの他、France Bio Imaging の顕微鏡施設で撮影された画像を公開するデータベースです。出版物に関連しているか、画像処理の観点から関心を集めている（開発者...
運用機関:
The Jackson Laboratory
生物種:
Homo sapiens
説明:
半自動/手作業でキュレーションされた腫瘍に関するゲノムプロファイルのデータベースです。遺伝子/変異体のアノテーション、治療に関する知見、診断/予後情報、および臨床試験に関するデータを取り扱っています。...
運用機関:
生物種:
All
説明:
モジュール化され構成することができる、再利用可能な生物学的パーツのリポジトリです。プロモーター、機能パーツ、RBSなどの生物学的パーツについて、塩基配列、 生物種、内生事象、相互作用などの情報を収録し...
運用機関:
Cambridge Systems Biology Centre, University of Cambridge, European Commission under FP7 Grant Agreement
生物種:
Apis mellifera | Arabidopsis thaliana | Danio rerio | Drosophila | Drosophila melanogaster | ...
説明:
バイオイメージング画像を公開し、マイニングし、および統合するためのプロトタイププラットフォームです。Open Microscopy Environment が開発した OMERO および Bio-Fo...
運用機関:
生物種:
Homo sapiens
説明:
ヒト遺伝子の細胞機能に関する情報を統合し、表現型を示す顕微鏡画像などの補助的情報へのアクセスを提供するデータベースです。 EUが支援する２つのプロジェクト MitoCheck と MitoSysにより...
運用機関:
Bioinformation and DDBJ Center
生物種:
Homo sapiens
説明:
生物医学研究プロジェクトの成果として得られた、あらゆる種類の個人レベルでの遺伝的データと匿名化された表現型データを永続的にアーカイブし、共有するためのサービスです。アレイと新世代シークエンサーからの生...
運用機関:
生物種:
Homo sapiens
説明:
血友病（haemoglobinopathy）を扱う臨床医および研究者のための拡張リソースであり、専門家のアドバイスを求める患者のためのポータルサイトでもあります。ニュース、イベント、臨床試験、サラセミ...
運用機関:
Drug Disease Model Resource (DDMoRe)
生物種:
説明:
確率分布のオントロジーに基づく知識ベースです。150 以上の単変量分布と多変量分布を、その定義関数、特性、関係および再パラメータ化式を取り扱っています。本リソースは、モデルのアノテーション付与に利用で...
運用機関:
Institute of Medical Informatics (IMI), University of Muenster
生物種:
Homo sapiens
説明:
医療用フォームを作成、分析、共有、再利用するためのメタデータレジストリです。日常的な健康データの記録フォーム（EHR）や臨床試験の症例報告書（CRF）をシステムに依存しない CDISC Operati...
運用機関:
Istituto di Ricovero e Cura a Carattere Scientifico (IRCCS)
生物種:
Homo sapiens
説明:
CLIMA 2 は、独自のデータベースに、認証されたヒト細胞株 STR プロファイルの全てを収載することを目指した統合データベースです。データベースの内容は、ホームページのテーブル内でダイナミックに要...
運用機関:
MAASTRO Clinic
生物種:
Homo sapiens
説明:
がんに関する臨床プロトコル、出版物、および研究データセットを持続的に保存するオンラインリポジトリです。提供されるデータは、文書からスプレッドシート、生体医療画像、治療シミュレーションまでさまざまです。...
運用機関:
生物種:
All | Homo sapiens
説明:
オミックスデータを補助的情報とともに格納し、管理するためのデータベースです。種間、手法間、タイプ間データが含まれています。また、規格の遵守にかかる作業を減らすことを目的としたユーザー用登録ツールを提供...
運用機関:
Big Data Center, Beijing Institute of Genomics (BIGD)
生物種:
Canis lupus
説明:
イヌおよびオオカミのゲノムの変異に関する情報を収載したゲノム SNP データベースです。SNP位置、変異塩基、変異頻度の情報をイヌとオオカミについて並べて表示します。一覧やブラウザによる表示、遺伝子名...
運用機関:
Stanford Center for Biomedical Informatics Research
生物種:
説明:
ウェブ･オントロジー言語（OWL）、リソース記述フレームワーク（RDF）、オープン生物学･生物医学オントロジー（OBO）フォーマット、プロテジェ（Protégé）フレーム、およびリッチリリースフォーマ...
運用機関:
生物種:
Scleractinia
説明:
イシサンゴ目の珊瑚の生活史形質、系統発生的および生物地理的データを集めたデータベースです。野外調査や採取したもの、文献から抽出した情報など観察データや形質情報を収録しています。種、特徴、リソース、採集...
運用機関:
生物種:
Homo sapiens
説明:
RNA 結合タンパク質によって媒介される転写後調節に関与する機能的変異体のデータベースです。RBP結合部位（rbSNP）におけるdbSNP、SNPによる二次構造変化（RiboSNitch）、miRNA...
運用機関:
Churchill Group, The Jackson Laboratory, MRC Institute of Genetics & Molecular Medicine (IGMM), University of Edinburgh
生物種:
Mus musculus
説明:
EMAGE は、マウス胚における in situ での遺伝子発現データを収載したデータベースです。データには、mRNA の in situ ハイブリダイゼーション、タンパク質の免疫組織化学、in si...
運用機関:
Churchill Group, The Jackson Laboratory, MRC Institute of Genetics & Molecular Medicine (IGMM), University of Edinburgh
生物種:
Mus musculus
説明:
e-Mouse Atlas (EMA) は、発生中のマウスの詳細なモデルです。マウスの形状、全身の解剖学的構造、および詳細な組織学的構造に関する情報、ならびに、遺伝子機能に関する情報をマッピングするこ...
運用機関:
生物種:
Danio rerio | Drosophila | Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus | ...
説明:
機能ゲノミクスデータのメタ分析、再利用、および共有のためのデータベースです。遺伝子発現プロファイルの分析を主なターゲットとしています。Gemma には数千件の公的研究のデータが含まれ、数千件の出版され...
運用機関:
STRENDA Commission
生物種:
All
説明:
Beilstein-Institut のサポートを受けるデータ保存･検索プラットフォームです。機能的酵素に関するデータを含む論文を執筆している研究者に対し、原稿をジャーナルに提出する前に、データセット...
運用機関:
eNanoMapper
生物種:
説明:
ナノ材料の特性データと生物学的および毒物学的情報を収載する公開データベースです。 材料の名称、報告文献、プロトコル、出力方法を収録しています。情報を検索し、JSON、CSV、XLSX、RDFなどの様々...
運用機関:
SIB Swiss Institute of Bioinformatics
生物種:
Animalia | Archaea | Bacteria | Fungi | Viridiplantae
説明:
ゲノムスケールで代謝ネットワークを集約することを目的とした、代謝産物と生化学反応の調和に関するデータベースです。各代謝ネットワークやパスウェイのモデルについて、化学化合物、細胞内区画、代謝反応、関連す...
運用機関:
Francis Crick Institute
生物種:
Mus musculus
説明:
マウスの胚性致死的ノックアウト株についてのデータベースです。包括的な 3D イメージング、組織学、免疫細胞化学、およびトランスクリプトミクスを組み合わせることで、発生ステージごとに胚の断面画像と変異箇...
運用機関:
生物種:
Homo sapiens
説明:
2 型糖尿病（T2D）に関するヒトの遺伝的情報を収載したオープンアクセスリソースです。DNA 変異体のうち、T2D または関連する形質（高いボディマス指数など）に伴うリスクの変化に関係するものを同定す...
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統合TVにて解説動画が公開されています (2017年10月04日 版）